BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270P24
Chromosome4 (Build37)
Map Location 113,495,038 - 113,612,037
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC242627
Upstream geneLOC433745, LOC545668, LOC230622, LOC100040607
Downstream geneLOC100040625, A630098G03Rik, LOC666048, Foxd2, LOC100040736, Foxe3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270P24.bB6Ng01-270P24.g
ACCGA073196GA073197
length1,151982
definitionB6Ng01-270P24.b B6Ng01-270P24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,610,882 - 113,612,037)(113,495,038 - 113,496,018)
sequence
gaattcagttatatttaaatatctcccaatatttaatgtgtctgttgctt
tggtaagtacatgtcctcacctcctaatgttttccatctccaccttgtct
actcacacatcatgaagatgtgctctgcctaaaggtatttcatctagtag
ttacctctcccagcatattgcaaactgacataactttccttatccactct
aaacccatgttcaaatcttacatccgaataagtattaatttgatagccag
cctgaagcatacaacttgcctacctatatgtatctggaagtccctgtttc
tttacccttttaactttactttctttcttaataacttttttcttttatct
attatgcaactgtaggattatgaaatttcattatacctgtgtcctttaaa
aaataaatccttggcagttttatacactaacccacataacagatttaaat
attagatgccatttagtaagtaattaaacaatacttgatgttctgattaa
atgaaatacgttttaaaaaatgggttgtaaacatgcatcagtattggttt
ccatccatgaaatacctacatactacctacaagaggctattaaaaagact
aaatccactgatttagtagacatatgtctatatgtacatatgtttgtgta
taaattatgtatgtatatgtaaacaatagtacacatatatgtatatatta
atgaggaagataattgaaatatttgttaagttatttataccttcattgaa
taactatatatatatatatatatatatatatatatatataatatcttttg
tcatttgtgaatcacaaacaagatattttaatgtaattttaattaacaca
aactttggagattgtgctgcactttagaaaatatgagatttaagcatatt
tgatattcactaaaaccaaaagaataatgaagatggatgacacagaaaag
gtctcaaacaatttaatcatgcaaatttgctactaactgactggtaggct
ggccaaattccagttgagcctcattgtgttaatttgtatgaaatttatca
taggaaagggaactaattcttgtgaattacagtcataaagtttagagcct
aaattaagctaattccacagagcaatgttccaatatgttagagaattcat
g

gaattcacctcatggccccaaaacgaaaattacataattttgtgaaagat
gaaacattatattgggcagacaaagggaaggtggagtggaaagtagggaa
agagaagatggagaaaatggaaaagggagaggacatgcaggaaggggaag
aagaagaaaagttttaaacggtttcatagatgtggaagttggtagtgtag
tgggagatctgcccaatttgggcacacagcatgtattcatgttaactaag
ctgtgttttcattcccaggccatttttgcgttggagagtgaccacaacaa
aatggagtccaatgtattgatttaaactcgactaaactgagataaaaatt
cactgtcctcaaacacttgaatgggtttgggcggcgatataggatgaagc
agtgtatatttgaaggtggcagggtttgaggggcctgcgtagaatggcag
acaggcatctgcactgaatgagagatgttcggtgttctctttgacttata
ctccattccccacactgcctccaccacaccaaacaatgacaaaaaatgtg
gctcttcttacatttcagctcctccgtgtaaataaagaatcaggaaacaa
aggtacaaagttctctggaccaggtaactcattgatacaaaggcaaaaat
ataaccatttgatacttaaagatgggaaatttcacatgcagttcggaact
agaaagggaatattagtaactgactccaagaagagagagcagtgagaatt
tcctgatatgaacaagtgttaattaactaaagtgtgcagctcccaggttg
agagcataacatacagatattataataggtattaattaaataaatatcta
atgtctcaggtagagagcacaacaaataaattggtataactaggatgtct
gctcgaggcagagagttaacaattaaatctagcttgcttctattgggaga
tattagtgaatatttaattaattgcttaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_113610882_113612037
seq2: B6Ng01-270P24.b_46_1196 (reverse)

seq1  CATGAATTCTCCTACATTATTGTGAACATTTGATTTTGTGGAATAAGCTT  50
      |||||||||||  ||| ||||| |||||||    | |||||||| |||||
seq2  CATGAATTCTCTAACA-TATTG-GAACATT--GCTCTGTGGAATTAGCTT  46

seq1  ATATTTA-GCTCT-AACTTTATGACTGGTAATTCACAAGAATTAGTTCC-  97
      | ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  A-ATTTAGGCTCTAAACTTTATGACT-GTAATTCACAAGAATTAGTTCCC  94

seq1  -TTTCTATGATAAATTTTCATACCAAATAACACAATGA-GCTCAAACTGG  145
       || |||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||| ||||||
seq2  TTTCCTATGATAAA-TTTCATACAAATTAACACAATGAGGCTC-AACTGG  142

seq1  AATTTGGCCAGCCTACCAGTCAGTTAGTAGCAAAATTTTGCATGATTAAA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  AATTTGGCCAGCCTACCAGTCAGTTAGTAGCAAA--TTTGCATGATTAAA  190

seq1  TTTGTTTGAGACCTTTTCTGTGTCATCCATCTTCATTATTCTTTTGG-TT  244
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  -TTGTTTGAGACCTTTTCTGTGTCATCCATCTTCATTATTCTTTTGGTTT  239

seq1  TAGTGAATATCAAATATGCTTAAATCTCATATTTTCTAAAGTGCAGCACA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAATATCAAATATGCTTAAATCTCATATTTTCTAAAGTGCAGCACA  289

seq1  ATCTCCAAAGTTTGTGTTAATTAAAATTACATTAAAATATCTTGTTTGTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAAAGTTTGTGTTAATTAAAATTACATTAAAATATCTTGTTTGTG  339

seq1  ATTCACAAATGACAAAAGATATTATATATATATATATATATATATATATA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACAAATGACAAAAGATATTATATATATATATATATATATATATATA  389

seq1  TATATATAGTTATTCAATGAAGGTATAAATAACTTAACAAATATTTCAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATAGTTATTCAATGAAGGTATAAATAACTTAACAAATATTTCAAT  439

seq1  TATCTTCCTCATTAATATATACATATATGTGTACTATTGTTTACATATAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCCTCATTAATATATACATATATGTGTACTATTGTTTACATATAC  489

seq1  ATACATAATTTATACACAAACATATGTACATATAGACATATGTCTACTAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAATTTATACACAAACATATGTACATATAGACATATGTCTACTAA  539

seq1  ATCAGTGGATTTAGTCTTTTTAATAGCCTCTTGTAGGTAGTATGTAGGTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGGATTTAGTCTTTTTAATAGCCTCTTGTAGGTAGTATGTAGGTA  589

seq1  TTTCATGGATGGAAACCAATACTGATGCATGTTTACAACCCATTTTTTAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGGATGGAAACCAATACTGATGCATGTTTACAACCCATTTTTTAA  639

seq1  AACGTATTTCATTTAATCAGAACATCAAGTATTGTTTAATTACTTACTAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTATTTCATTTAATCAGAACATCAAGTATTGTTTAATTACTTACTAA  689

seq1  ATGGCATCTAATATTTAAATCTGTTATGTGGGTTAGTGTATAAAACTGCC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATCTAATATTTAAATCTGTTATGTGGGTTAGTGTATAAAACTGCC  739

seq1  AAGGATTTATTTTTTAAAGGACACAGGTATAATGAAATTTCATAATCCTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTTATTTTTTAAAGGACACAGGTATAATGAAATTTCATAATCCTA  789

seq1  CAGTTGCATAATAGATAAAAGAAAAAAGTTATTAAGAAAGAAAGTAAAGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCATAATAGATAAAAGAAAAAAGTTATTAAGAAAGAAAGTAAAGT  839

seq1  TAAAAGGGTAAAGAAACAGGGACTTCCAGATACATATAGGTAGGCAAGTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGGTAAAGAAACAGGGACTTCCAGATACATATAGGTAGGCAAGTT  889

seq1  GTATGCTTCAGGCTGGCTATCAAATTAATACTTATTCGGATGTAAGATTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTTCAGGCTGGCTATCAAATTAATACTTATTCGGATGTAAGATTT  939

seq1  GAACATGGGTTTAGAGTGGATAAGGAAAGTTATGTCAGTTTGCAATATGC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGGGTTTAGAGTGGATAAGGAAAGTTATGTCAGTTTGCAATATGC  989

seq1  TGGGAGAGGTAACTACTAGATGAAATACCTTTAGGCAGAGCACATCTTCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAGGTAACTACTAGATGAAATACCTTTAGGCAGAGCACATCTTCA  1039

seq1  TGATGTGTGAGTAGACAAGGTGGAGATGGAAAACATTAGGAGGTGAGGAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGTGAGTAGACAAGGTGGAGATGGAAAACATTAGGAGGTGAGGAC  1089

seq1  ATGTACTTACCAAAGCAACAGACACATTAAATATTGGGAGATATTTAAAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACTTACCAAAGCAACAGACACATTAAATATTGGGAGATATTTAAAT  1139

seq1  ATAACTGAATTC  1156
      ||||||||||||
seq2  ATAACTGAATTC  1151


seq1: chr4_113495038_113496018
seq2: B6Ng01-270P24.g_62_1043

seq1  GAATTCACCTCATGGCCCCAAAACGAAAATTACATAATTTTGTGAAAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTCATGGCCCCAAAACGAAAATTACATAATTTTGTGAAAGAT  50

seq1  GAAACATTATATTGGGCAGACAAAGGGAAGGTGGAGTGGAAAGTAGGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATTATATTGGGCAGACAAAGGGAAGGTGGAGTGGAAAGTAGGGAA  100

seq1  AGAGAAGATGGAGAAAATGGAAAAGGGAGAGGACATGCAGGAAGGGGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGATGGAGAAAATGGAAAAGGGAGAGGACATGCAGGAAGGGGAAG  150

seq1  AAGAAGAAAAGTTTTAAACGGTTTCATAGATGTGGAAGTTGGTAGTGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAAAAGTTTTAAACGGTTTCATAGATGTGGAAGTTGGTAGTGTAG  200

seq1  TGGGAGATCTGCCCAATTTGGGCACACAGCATGTATTCATGTTAACTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGATCTGCCCAATTTGGGCACACAGCATGTATTCATGTTAACTAAG  250

seq1  CTGTGTTTTCATTCCCAGGCCATTTTTGCGTTGGAGAGTGACCACAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTTTCATTCCCAGGCCATTTTTGCGTTGGAGAGTGACCACAACAA  300

seq1  AATGGAGTCCAATGTATTGATTTAAACTCGACTAAACTGAGATAAAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGTCCAATGTATTGATTTAAACTCGACTAAACTGAGATAAAAATT  350

seq1  CACTGTCCTCAAACACTTGAATGGGTTTGGGCGGCGATATAGGATGAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCCTCAAACACTTGAATGGGTTTGGGCGGCGATATAGGATGAAGC  400

seq1  AGTGTATATTTGAAGGTGGCAGGGTTTGAGGGGCCTGCGTAGAATGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATATTTGAAGGTGGCAGGGTTTGAGGGGCCTGCGTAGAATGGCAG  450

seq1  ACAGGCATCTGCACTGAATGAGAGATGTTCGGTGTTCTCTTTGACTTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCATCTGCACTGAATGAGAGATGTTCGGTGTTCTCTTTGACTTATA  500

seq1  CTCCATTCCCCACACTGCCTCCACCACACCAAACAATGACAAAAAATGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTCCCCACACTGCCTCCACCACACCAAACAATGACAAAAAATGTG  550

seq1  GCTCTTCTTACA-TTCAGCTCCTCCGTGTAAATAAAGAATCAGGAAACAA  599
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCTTACATTTCAGCTCCTCCGTGTAAATAAAGAATCAGGAAACAA  600

seq1  AGGTACAAAGTTCTCTGGACCAGGTAACTCATTGATACAAAGGCAAAAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACAAAGTTCTCTGGACCAGGTAACTCATTGATACAAAGGCAAAAAT  650

seq1  ATAACCATTTGATACTTAAAGATGGGAAATTTCACATGCAGTTCGGAACT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCATTTGATACTTAAAGATGGGAAATTTCACATGCAGTTCGGAACT  700

seq1  AGAAAGGGAATATTAGTAACTGACTCCAAGAAGAGAGAGCAGTGAGAATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGGAATATTAGTAACTGACTCCAAGAAGAGAGAGCAGTGAGAATT  750

seq1  TCCTGATATGAACAAGTGTTAATTAACTAAAGTGTGCAGCT-CCAGGTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCCTGATATGAACAAGTGTTAATTAACTAAAGTGTGCAGCTCCCAGGTTG  800

seq1  AGAGCATAACATACAGATATTATAATAGGTATTAATTAAATAAATATCT-  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGAGCATAACATACAGATATTATAATAGGTATTAATTAAATAAATATCTA  850

seq1  ATGTCTCAAGGTAGAGAGCACAACAAATAAA-TGGTATAAC-AGGATGTC  895
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  ATGTCTC-AGGTAGAGAGCACAACAAATAAATTGGTATAACTAGGATGTC  899

seq1  TGCTCGAGGCAGAGAGTTTAACAATTAAAATCTAGC-TGCTTCCTATTGG  944
      |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||
seq2  TGCTCGAGGCAGAGAG-TTAACAATT-AAATCTAGCTTGCTT-CTATTGG  946

seq1  GAGATATTAGTGAATATTTTAATTAATTGCTTTAAAA  981
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  GAGATATTAGTGAATA-TTTAATTAATTGCTTAAAAA  982


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |