BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273A14
Chromosome4 (Build37)
Map Location 14,418,843 - 14,478,414
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc26a7
Upstream geneRunx1t1, LOC625831, LOC433687, LOC100040030, LOC433688
Downstream gene1700034K16Rik, Otud6b, LOC100040047, Tmem55a, OTTMUSG00000004551, Efcbp1, Tmem64
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273A14.bB6Ng01-273A14.g
ACCGA074709GA074710
length1,1621,139
definitionB6Ng01-273A14.b B6Ng01-273A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,418,843 - 14,420,002)(14,477,279 - 14,478,414)
sequence
gaattccactgtaagtacattacaagttttagtctcaaatagattttaaa
gggggagggggcaagcttcaatttatagttcttaatcctattaagtaaag
agttgatatttcaatattttcatgatgtgaaaagagggatggggagggaa
aaaaggaggcagctgcaacaggaatactataccaactccatttggacagt
cataccactttcctcaaattttaattccacagcaaaacaaaacaaaacaa
acaaacaagcaaacaaaacacacaactacatgaactgtctgtcactaagg
tggggtgaaaatacaacctgttcatgcgggttacccatgaatgtctccct
ctccatccatctcctgtcctcccttaccaccaccctgctcccaagaacac
atttcctcctccactctgctcttaacacaacccagatacatcattaatca
tctttcctcaccagcatttattctgagctttgatctctcaggttctggtg
ataatgtctttcaaactacttggataaattattccagagacaaatatatc
ggaatagaatctatgtgcttttaattctttattctacctacttcattcca
aataaatggctaatgatgagaattttaggccagggaagtggataatctga
ctcagtggagtatttagatactcttaaaatcctactacgatgtggtcagt
catccttacagtcttatattcattcttcctgtgtcctcattcttttcatc
cttctgtggtcttggcttcattagcttaggcaaatgcactcttactaaaa
gggtaggttccttcaaactttgtaaggaaatgggcagtgcagaaacttgg
gagtcaatagtatactcaacaatgtgcaagagagatggaaggagcataga
gttgtgggagctgatcagtaagtggtggctctgatctgtaagagcaaggc
ctttatatctccttcctcttgcattcacaatatgagaagttgcatttaac
tagattaaaaaaaaaaaaagaaaatcatggtgggaattctagcttttctg
tctatttcactcattattggagggttctaaaagtcgagtagctgctcttt
ctggctatgattttttcagatattgaacaagtgccagttttctaagccat
gaaggcttctga

gaattctactcctacaagttgagggtaatttggtagcatgaagagatcta
ttctaggctgttctttctctactcactccagcttcatcctgctcatgact
ctgaaccagtgtcaaacgttggccatgtccactgtcccatcacaactacc
cctgggtcccccatgggtatctctggtatggaagatgccctgtaaccagg
caagatgctgtataagcagtgaattatagatatttgagtatctgcagcat
agatagaggagaaacaagagtagatttgagttgggttcctattctttatc
ctccaaagcttcccacgtaaagggaatgagacagctgaaggagggccagt
tagaacttatcttttgcattctggatagaatcccttcttgtctgtgtcta
agagcagcactggtctatagatacccataatagtaacaaaatattacaga
gaaactggtgacctcaacagacaaagaaatcatgttaaatacagcaaaaa
atcagagtgctgtctcattgactgttcttagactactcatatatcacttt
aatatttttatagtttacttttgaactttcttttgttagacctaaagtga
cattttgcattttaagcccatttcatgttttagaacctttttttttttac
aagttcagttaaattaaacaaaaggcatagttaggaatacaactacaaaa
gctactttttacttgtaagcattgattgttagatgttctttatttcatag
tgtaactttgttgtgctgttactctgatcatgtatatgggcaatttgtac
tttaactagatgattgatgtatctcttttaaggaggtaagtcacttaaag
ttgcttttgttattttgtttctatttgtcctcagaagacttctcaagact
cactttaggtgatacaactagtttttactttacagggttatcattataca
gtaactcaacttgggtaacattcttcaacatttgtatttagatctcaaat
ataatttagccatagcccaatacagtaggccatgaaattatattagcaat
aaagcagaagaactaacataaactttgtatcagcattcttctttcagagc
agctaaatcctcttaacggctcaactatgtttctccagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_14418843_14420002
seq2: B6Ng01-273A14.b_31_1192

seq1  GAATTCCACTGTAAGTACATTACAAGTTTTAGTCTCAAATAGATTTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGTAAGTACATTACAAGTTTTAGTCTCAAATAGATTTTAAA  50

seq1  GGGGGAGGGGGCAAGCTTCAATTTATAGTTCTTAATCCTATTAAGTAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAGGGGGCAAGCTTCAATTTATAGTTCTTAATCCTATTAAGTAAAG  100

seq1  AGTTGATATTTCAATATTTTCATGATGTGAAAAGAGGGATGGGGAGGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATATTTCAATATTTTCATGATGTGAAAAGAGGGATGGGGAGGGAA  150

seq1  AAAAGGAGGCAGCTGCAACAGGAATACTATACCAACTCCATTTGGACAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAGGCAGCTGCAACAGGAATACTATACCAACTCCATTTGGACAGT  200

seq1  CATACCACTTTCCTCAAATTTTAATTCCACAGCAAAACAAAACAAAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCACTTTCCTCAAATTTTAATTCCACAGCAAAACAAAACAAAACAA  250

seq1  ACAAACAAGCAAACAAAACACACAACTACATGAACTGTCTGTCACTAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAGCAAACAAAACACACAACTACATGAACTGTCTGTCACTAAGG  300

seq1  TGGGGTGAAAATACAACCTGTTCATGCGGGTTACCCATGAATGTCTCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGAAAATACAACCTGTTCATGCGGGTTACCCATGAATGTCTCCCT  350

seq1  CTCCATCCATCTCCTGTCCTCCCTTACCACCACCCTGCTCCCAAGAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCCATCTCCTGTCCTCCCTTACCACCACCCTGCTCCCAAGAACAC  400

seq1  ATTTCCTCCTCCACTCTGCTCTTAACACAACCCAGATACATCATTAATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTCCTCCACTCTGCTCTTAACACAACCCAGATACATCATTAATCA  450

seq1  TCTTTCCTCACCAGCATTTATTCTGAGCTTTGATCTCTCAGGTTCTGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTCACCAGCATTTATTCTGAGCTTTGATCTCTCAGGTTCTGGTG  500

seq1  ATAATGTCTTTCAAACTACTTGGATAAATTATTCCAGAGACAAATATATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTCTTTCAAACTACTTGGATAAATTATTCCAGAGACAAATATATC  550

seq1  GGAATAGAATCTATGTGCTTTTAATTCTTTATTCTACCTACTTCATTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAGAATCTATGTGCTTTTAATTCTTTATTCTACCTACTTCATTCCA  600

seq1  AATAAATGGCTAATGATGAGAATTTTAGGCCAGGGAAGTGGATAATCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGGCTAATGATGAGAATTTTAGGCCAGGGAAGTGGATAATCTGA  650

seq1  CTCAGTGGAGTATTTAGATACTCTTAAAATCCTACTACGATGTGGTCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGAGTATTTAGATACTCTTAAAATCCTACTACGATGTGGTCAGT  700

seq1  CATCCTTACAGTCTTATATTCATTCTTCCTGTGTCCTCATTCTTTTCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTACAGTCTTATATTCATTCTTCCTGTGTCCTCATTCTTTTCATC  750

seq1  CTTCTGTGGTCTTGGCTTCATTAGCTTAGGCAAATGCACTCTTACTAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTGGTCTTGGCTTCATTAGCTTAGGCAAATGCACTCTTACTAAAA  800

seq1  GGGTAGGTTCCTTCAAACTTTGTAAGGAAATGGGCAGTGCAGAAACTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGGTTCCTTCAAACTTTGTAAGGAAATGGGCAGTGCAGAAACTTGG  850

seq1  GAGTCAATAGTATACTCAACAATGTGCAAGAGAGATGGAAGGAGCATAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAATAGTATACTCAACAATGTGCAAGAGAGATGGAAGGAGCATAGA  900

seq1  GTTGTGGGAGCTGATCAGTAAGTGGTGGCTCTGATCTGTAAGAGC-AGGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTGTGGGAGCTGATCAGTAAGTGGTGGCTCTGATCTGTAAGAGCAAGGC  950

seq1  CTTTATATCTCC-TCCTCTTGCATTCACAATATGAGAAGTTGCATTTAAA  998
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTTATATCTCCTTCCTCTTGCATTCACAATATGAGAAGTTGCATTT-AA  999

seq1  CTAGATT-TAAAAAAAAAAAGAAAATCATGGT-GGAATTCTAGC-TTTCT  1045
      |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  CTAGATTAAAAAAAAAAAAAGAAAATCATGGTGGGAATTCTAGCTTTTCT  1049

seq1  GTCTATTTCACTCATTATTGGAGGGTTCTAAAAGTCGAGTAGCTGCTCTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTTCACTCATTATTGGAGGGTTCTAAAAGTCGAGTAGCTGCTCTT  1099

seq1  CTGGGCTATGATTTTTTCAGAATATGAACAAAGTGCCAGGTTTCTAAGCC  1145
         ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TCTGGCTATGATTTTTTCAGATATTGAAC-AAGTGCCAGTTTTCTAAGCC  1148

seq1  ATGAAAAGCTTCTGA  1160
      ||| || ||||||||
seq2  ATG-AAGGCTTCTGA  1162


seq1: chr4_14477279_14478414
seq2: B6Ng01-273A14.g_64_1202 (reverse)

seq1  CCTGGAG-AACATAGGTTGAGCCCTTTAGAGATTTTAGGCTGCTCTG-AA  48
      ||||||| |||||| |||||||| || ||||  |||| ||||||||| ||
seq2  CCTGGAGAAACATA-GTTGAGCCGTTAAGAGGATTTA-GCTGCTCTGAAA  48

seq1  GA--GATGCTGATTACAAAGTTTATGTTAGTTCTTCTGCTTTATTGCT-A  95
      ||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAAGAATGCTGA-TACAAAGTTTATGTTAGTTCTTCTGCTTTATTGCTAA  97

seq1  TATAATTTCATGGCCTACTGTATTGGGCTATGGCTAAATTATATTTGAGA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTCATGGCCTACTGTATTGGGCTATGGCTAAATTATATTTGAGA  147

seq1  TCTTAAATACAAATGTTGAAGAATGTTA-CCAAGTTGAGTTACTGTATAA  194
      || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TC-TAAATACAAATGTTGAAGAATGTTACCCAAGTTGAGTTACTGTATAA  196

seq1  TGATAA-CCTGTAAAGTAAAAACTAGTTGTATCACCTAAAGTGAGTCTTG  243
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACCCTGTAAAGTAAAAACTAGTTGTATCACCTAAAGTGAGTCTTG  246

seq1  AGAAGTCTTCTGAGGACAAATAGAAACAAAATAACAAAAGCAACTTTAAG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCTTCTGAGGACAAATAGAAACAAAATAACAAAAGCAACTTTAAG  296

seq1  TGACTTACCTCCTTAAAAGAGATACATCAATCATCTAGTTAAAGTACAAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTACCTCCTTAAAAGAGATACATCAATCATCTAGTTAAAGTACAAA  346

seq1  TTGCCCATATACATGATCAGAGTAACAGCACAACAAAGTTACACTATGAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCATATACATGATCAGAGTAACAGCACAACAAAGTTACACTATGAA  396

seq1  ATAAAGAACATCTAACAATCAATGCTTACAAGTAAAAAGTAGCTTTTGTA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAACATCTAACAATCAATGCTTACAAGTAAAAAGTAGCTTTTGTA  446

seq1  GTTGTATTCCTAACTATGCCTTTTGTTTAATTTAACTGAACTTGTAAAAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATTCCTAACTATGCCTTTTGTTTAATTTAACTGAACTTGTAAAAA  496

seq1  AAAAAAGGTTCTAAAACATGAAATGGGCTTAAAATGCAAAATGTCACTTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGGTTCTAAAACATGAAATGGGCTTAAAATGCAAAATGTCACTTT  546

seq1  AGGTCTAACAAAAGAAAGTTCAAAAGTAAACTATAAAAATATTAAAGTGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTAACAAAAGAAAGTTCAAAAGTAAACTATAAAAATATTAAAGTGA  596

seq1  TATATGAGTAGTCTAAGAACAGTCAATGAGACAGCACTCTGATTTTTTGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAGTAGTCTAAGAACAGTCAATGAGACAGCACTCTGATTTTTTGC  646

seq1  TGTATTTAACATGATTTCTTTGTCTGTTGAGGTCACCAGTTTCTCTGTAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTAACATGATTTCTTTGTCTGTTGAGGTCACCAGTTTCTCTGTAA  696

seq1  TATTTTGTTACTATTATGGGTATCTATAGACCAGTGCTGCTCTTAGACAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTTACTATTATGGGTATCTATAGACCAGTGCTGCTCTTAGACAC  746

seq1  AGACAAGAAGGGATTCTATCCAGAATGCAAAAGATAAGTTCTAACTGGCC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGAAGGGATTCTATCCAGAATGCAAAAGATAAGTTCTAACTGGCC  796

seq1  CTCCTTCAGCTGTCTCATTCCCTTTACGTGGGAAGCTTTGGAGGATAAAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCAGCTGTCTCATTCCCTTTACGTGGGAAGCTTTGGAGGATAAAG  846

seq1  AATAGGAACCCAACTCAAATCTACTCTTGTTTCTCCTCTATCTATGCTGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGAACCCAACTCAAATCTACTCTTGTTTCTCCTCTATCTATGCTGC  896

seq1  AGATACTCAAATATCTATAATTCACTGCTTATACAGCATCTTGCCTGGTT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTCAAATATCTATAATTCACTGCTTATACAGCATCTTGCCTGGTT  946

seq1  ACAGGGCATCTTCCATACCAGAGATACCCATGGGGGACCCAGGGGTAGTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCATCTTCCATACCAGAGATACCCATGGGGGACCCAGGGGTAGTT  996

seq1  GTGATGGGACAGTGGACATGGCCAACGTTTGACACTGGTTCAGAGTCATG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGGACAGTGGACATGGCCAACGTTTGACACTGGTTCAGAGTCATG  1046

seq1  AGCAGGATGAAGCTGGAGTGAGTAGAGAAAGAACAGCCTAGAATAGATCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGATGAAGCTGGAGTGAGTAGAGAAAGAACAGCCTAGAATAGATCT  1096

seq1  CTTCATGCTACCAAATTACCCTCAACTTGTAGGAGTAGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGCTACCAAATTACCCTCAACTTGTAGGAGTAGAATTC  1139


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |