BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275I03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 21,752,662 - 21,935,394
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp45, 4930528A17Rik, 5730406M06Rik, Coq3, 6230409E13Rik
Upstream genePrdm13, Ccnc, 2610029I01Rik
Downstream geneLOC100040379, Fbxl4, Pou3f2, LOC664911, 1700025O08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275I03.bB6Ng01-275I03.g
ACCGA076527GA076528
length1,0691,161
definitionB6Ng01-275I03.b B6Ng01-275I03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,934,332 - 21,935,394)(21,752,662 - 21,753,816)
sequence
gaattcagtgttcctttctctgagacctccttgcccacaccataaggcct
ttcactgagatggagatgcaaaccaggggctgaatacaaaattaaatgtc
ttctttgatgaagaagagatcaggagacagcagagagaccttgaggccaa
gattatatgagttatgaggatgaggacttaggggatactgagactgctta
gagatgaacgtgttgtgttgcctctcagggtagagacaagggaagcccag
atgctgtgctttggatttcagtttcagactctcccaagagagctaggcgg
ggtccaatggcaactcctctactcccaaaagtttgctgagccagccagag
atttcttcaaaaaagttctctgaccaaagctataaacaccaataagggga
catctttgtcattggtcaatatcaatccatccatttgagagccctataga
aaattccttcaagcaaagggcaagaggaaaactggaagctatcctgaggg
aattgtagaaggggaaggcaaatcagaacgtgctagtttctaatatgact
tcctactgtgtataagaattcttggaagtagaagaaattggggctgggga
atttgctatagtctataagtgctttttgagactagatggatgcgtttatt
caataaagtgctctacaaaacccttttcagggttatcaaatcagaaattg
gatttgcacaacattaatgctcatgtggtaattagcagccatcacctcca
tgtggtacattactatctttctaatgcagaagctgatcatgtgatcacgc
aaaatgaatacactaattgtggggacttgtaagctgctatatttgaaaaa
gctaatgctacacctggcaatcacttccatgagtccaaactctaggccat
ccttctgcagattcccggaagcttaagtcatccacagctctgtcaaggta
cacctgggacatcaaacccagtaaacatctttatttgtcatgagatgcaa
agtgagccttcttgggaagccctgaatgtgaaaataacgctaagcctgaa
tttgcttctctctcgctgg
gaattctcacctgatgaattttcgctaccatcagtgaatgcaaagactat
ttttggtggctgcactgttgcttgggctggggagagggcttagtagataa
ttatgctgaaacaggcagggagaggcagatgcatcttgtggtcaacatag
tgagctccaatacagcctgggccaaatggtgaggccctagcataaaaaaa
taaaacgaaacaaaggaaaaacccaaggtggaaaagtgattatgaaagct
atgtgcgcactgtcaacttccggcctccacgtgcatgtacacaatgtgcg
ttacctgtgtgccccccgcccccacaacatacatttaaaaagtttcttta
atatttttaaaacatgctttagcaggtgttgtgggtcacacttttagtcc
tggtacatggaggcaaagacaggcagatctgtgagtttgaggccagcctg
gtctacagactgagtttcaggacagccagggctacacagagaaatcttgg
tcccctatcctctccttccccaaaaaacaccccaaaacatgatgcaatac
tatataaataggtttttataaatgcctaccatgttataagtaatataggc
aatgaaattttacaagtaactctgttatatgttattcagaaaagaaagca
ggaggagtttataccaatgccaggaagcaactcctcatatctgccgttcc
tgctatcctaatccttcatcttaaaagattccaccaggtaagagtccgtt
tagccacactatagtcaggttcatgatatgttcgtagagtcctaagtcct
ctgagagactgttacgctttagaaagtgcttcctgggaattaaaagaatt
atgtgagatttcttgtcctgggtgagggggaagcttgactaatattgaaa
gatttaagtgatgtctctaagtggtgtgtggtcacaagtatgtcttaatg
gagactaaatgttactaggaggacttacaggagcaaaaaggcaaagccca
cacagctttggagctcccgtgaatgggtgtctgagctggccaggtgctga
cgaggagacttagccaaaggaaggaggggaggcctacacccccatcccac
aatggcttcaaccagatggccttaggttaaggaagatggcccttctgtta
actggtttatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_21934332_21935394
seq2: B6Ng01-275I03.b_47_1115 (reverse)

seq1  CCAGC-AGAGAGAAGCAAA-TCAG--CTAGCGTTATTTTCAACATTCCAG  46
      ||||| ||||||||||||| ||||   ||||||||||||| ||||||  |
seq2  CCAGCGAGAGAGAAGCAAATTCAGGCTTAGCGTTATTTTC-ACATTCAGG  49

seq1  GCTTCC--AGGAGGCTCACTTTGCATCTCATGACAAATAAAGATG-TTAC  93
      ||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCTTCCCAAGAAGGCTCACTTTGCATCTCATGACAAATAAAGATGTTTAC  99

seq1  TGGGTTTGATGT-CCAGGTGTACCCTGACAGAGCTGTGGATGACCTTAAG  142
      |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGGGTTTGATGTCCCAGGTGTACCTTGACAGAGCTGTGGATGA-CTTAAG  148

seq1  CTTCCGGGAATCTGCAGAAGGATGGCCTAGAGTTTGGACTCATGGAAGTG  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCGGGAATCTGCAGAAGGATGGCCTAGAGTTTGGACTCATGGAAGTG  198

seq1  ATTGCCAGGTGTAGCATTAGCTTTTTCAAATATAGCAGCTTACAAGTCCC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCAGGTGTAGCATTAGCTTTTTCAAATATAGCAGCTTACAAGTCCC  248

seq1  CACAATTAGTGTATTCATTTTGCGTGATCACATGATCAGCTTCTGCATTA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTAGTGTATTCATTTTGCGTGATCACATGATCAGCTTCTGCATTA  298

seq1  GAAAGATAGTAATGTACCACATGGAGGTGATGGCTGCTAATTACCACATG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATAGTAATGTACCACATGGAGGTGATGGCTGCTAATTACCACATG  348

seq1  AGCATTAATGTTGTGCAAATCCAATTTCTGATTTGATAACCCTGAAAAGG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTAATGTTGTGCAAATCCAATTTCTGATTTGATAACCCTGAAAAGG  398

seq1  GTTTTGTAGAGCACTTTATTGAATAAACGCATCCATCTAGTCTCAAAAAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTAGAGCACTTTATTGAATAAACGCATCCATCTAGTCTCAAAAAG  448

seq1  CACTTATAGACTATAGCAAATTCCCCAGCCCCAATTTCTTCTACTTCCAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATAGACTATAGCAAATTCCCCAGCCCCAATTTCTTCTACTTCCAA  498

seq1  GAATTCTTATACACAGTAGGAAGTCATATTAGAAACTAGCACGTTCTGAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATACACAGTAGGAAGTCATATTAGAAACTAGCACGTTCTGAT  548

seq1  TTGCCTTCCCCTTCTACAATTCCCTCAGGATAGCTTCCAGTTTTCCTCTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTCCCCTTCTACAATTCCCTCAGGATAGCTTCCAGTTTTCCTCTT  598

seq1  GCCCTTTGCTTGAAGGAATTTTCTATAGGGCTCTCAAATGGATGGATTGA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTGCTTGAAGGAATTTTCTATAGGGCTCTCAAATGGATGGATTGA  648

seq1  TATTGACCAATGACAAAGATGTCCCCTTATTGGTGTTTATAGCTTTGGTC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGACCAATGACAAAGATGTCCCCTTATTGGTGTTTATAGCTTTGGTC  698

seq1  AGAGAACTTTTTTGAAGAAATCTCTGGCTGGCTCAGCAAACTTTTGGGAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACTTTTTTGAAGAAATCTCTGGCTGGCTCAGCAAACTTTTGGGAG  748

seq1  TAGAGGAGTTGCCATTGGACCCCGCCTAGCTCTCTTGGGAGAGTCTGAAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGAGTTGCCATTGGACCCCGCCTAGCTCTCTTGGGAGAGTCTGAAA  798

seq1  CTGAAATCCAAAGCACAGCATCTGGGCTTCCCTTGTCTCTACCCTGAGAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATCCAAAGCACAGCATCTGGGCTTCCCTTGTCTCTACCCTGAGAG  848

seq1  GCAACACAACACGTTCATCTCTAAGCAGTCTCAGTATCCCCTAAGTCCTC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACACAACACGTTCATCTCTAAGCAGTCTCAGTATCCCCTAAGTCCTC  898

seq1  ATCCTCATAACTCATATAATCTTGGCCTCAAGGTCTCTCTGCTGTCTCCT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCATAACTCATATAATCTTGGCCTCAAGGTCTCTCTGCTGTCTCCT  948

seq1  GATCTCTTCTTCATCAAAGAAGACATTTAATTTTGTATTCAGCCCCTGGT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTTCTTCATCAAAGAAGACATTTAATTTTGTATTCAGCCCCTGGT  998

seq1  TTGCATCTCCATCTCAGTGAAAGGCCTTATGGTGTGGGCAAGGAGGTCTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCTCCATCTCAGTGAAAGGCCTTATGGTGTGGGCAAGGAGGTCTC  1048

seq1  AGAGAAAGGAACACTGAATTC  1063
      |||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGGAACACTGAATTC  1069

seq1: chr4_21752662_21753816
seq2: B6Ng01-275I03.g_65_1225

seq1  GAATTCTCACCTGATGAATTTTCGCTACCATCAGTGAATGCAAAGACTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCTGATGAATTTTCGCTACCATCAGTGAATGCAAAGACTAT  50

seq1  TTTTGGTGGCTGCACTGTTGCTTGGGCTGGGGAGAGGGCTTAGTAGATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTGGCTGCACTGTTGCTTGGGCTGGGGAGAGGGCTTAGTAGATAA  100

seq1  TTATGCTGAAACAGGCAGGGAGAGGCAGATGCATCTTGTGGTCAACATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTGAAACAGGCAGGGAGAGGCAGATGCATCTTGTGGTCAACATAG  150

seq1  TGAGCTCCAATACAGCCTGGGCCAAATGGTGAGGCCCTAGCATAAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCCAATACAGCCTGGGCCAAATGGTGAGGCCCTAGCATAAAAAAA  200

seq1  TAAAACGAAACAAAGGAAAAACCCAAGGTGGAAAAGTGATTATGAAAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACGAAACAAAGGAAAAACCCAAGGTGGAAAAGTGATTATGAAAGCT  250

seq1  ATGTGCGCACTGTCAACTTCCGGCCTCCACGTGCATGTACACAATGTGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCGCACTGTCAACTTCCGGCCTCCACGTGCATGTACACAATGTGCG  300

seq1  TTACCTGTGTGCCCCCCGCCCCCACAACATACATTTAAAAAGTTTCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGTGTGCCCCCCGCCCCCACAACATACATTTAAAAAGTTTCTTTA  350

seq1  ATATTTTTAAAACATGCTTTAGCAGGTGTTGTGGGTCACACTTTTAGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTAAAACATGCTTTAGCAGGTGTTGTGGGTCACACTTTTAGTCC  400

seq1  TGGTACATGGAGGCAAAGACAGGCAGATCTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACATGGAGGCAAAGACAGGCAGATCTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTG  450

seq1  GTCTACAGACTGAGTTTCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAATCTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAGACTGAGTTTCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAATCTTGG  500

seq1  TCCCCTATCCTCTCCTTCCCCAAAAAACACCCCAAAACATGATGCAATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTATCCTCTCCTTCCCCAAAAAACACCCCAAAACATGATGCAATAC  550

seq1  TATATAAATAGGTTTTTATAAATGCCTACCATGTTATAAGTAATATAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAATAGGTTTTTATAAATGCCTACCATGTTATAAGTAATATAGGC  600

seq1  AATGAAATTTTACAAGTAACTCTGTTATATGTTATTCAGAAAAGAAAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAATTTTACAAGTAACTCTGTTATATGTTATTCAGAAAAGAAAGCA  650

seq1  GGAGGAGTTTATACCAATGCCAGGAAGCAACTCCTCATATCTGCCGTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGTTTATACCAATGCCAGGAAGCAACTCCTCATATCTGCCGTTCC  700

seq1  TGCTATCCTAATCCTTCATCTTAAAAGATTCCACCAGGTAAGAGTCCGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATCCTAATCCTTCATCTTAAAAGATTCCACCAGGTAAGAGTCCGTT  750

seq1  TAGCCACACTATAGTCAGGTTCATGATATGTTCGTAGAGTCCTAAGTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCACACTATAGTCAGGTTCATGATATGTTCGTAGAGTCCTAAGTCCT  800

seq1  CTGAGAGACTGTTACGCTTTAGAAAGTGCTTCCT-GGAATTAAAAGAATT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGAGAGACTGTTACGCTTTAGAAAGTGCTTCCTGGGAATTAAAAGAATT  850

seq1  ATGTGAGATTTCTTGTCCTGGGTGAGGGGGAAGCTTGACTAATATTGAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGATTTCTTGTCCTGGGTGAGGGGGAAGCTTGACTAATATTGAAA  900

seq1  GATTTAAGTGATGTCTCTAAGTGGTGTGTGGTCACAAGTATGTCTTAATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAAGTGATGTCTCTAAGTGGTGTGTGGTCACAAGTATGTCTTAATG  950

seq1  GAGACTAAATGTTACTAAGAAGACTTACAAGGAGCAAAAAGGCAAAGCCC  999
      ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTAAATGTTACTAGGAGGACTTAC-AGGAGCAAAAAGGCAAAGCCC  999

seq1  ACACAGCTTTTGAGCTCCCGTGA--TGGTGTCTGAGCTGGCCA-GTGCTG  1046
      |||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACACAGCTTTGGAGCTCCCGTGAATGGGTGTCTGAGCTGGCCAGGTGCTG  1049

seq1  ACGA-GAGACTAAG-CAAAGGAAGGAGGGAGGCCCTACACCCC--ACCCA  1092
      |||| |||||| || ||||||||||||||  | ||||||||||   ||||
seq2  ACGAGGAGACTTAGCCAAAGGAAGGAGGGGAGGCCTACACCCCCATCCCA  1099

seq1  CAA-GGCTTCAACCCAGATGCCTTTAGTGTTAAAGAAAAGATGGCCTTTC  1141
      ||| |||||||| ||||||| | |||| ||||| |  ||||||||| |||
seq2  CAATGGCTTCAA-CCAGATGGCCTTAG-GTTAAGG--AAGATGGCCCTTC  1145

seq1  TG-TAACT-GTTTATG  1155
      || ||||| |||||||
seq2  TGTTAACTGGTTTATG  1161