BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279L08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 151,424,117 - 151,564,171
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNol9, EG666980, Plekhg5, Tnfrsf25, Espn, LOC100043284, Hes2, Acot7
Upstream geneVamp3, Camta1, LOC100041960, Dnajc11, Thap3, Phf13, Klhl21, Zbtb48, Tas1r1
Downstream geneGpr153, Hes3, Icmt, Rnf207, Rpl22, Chd5, Kcnab2, LOC100042028, Nphp4, LOC667039, Gm833
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279L08.bB6Ng01-279L08.g
ACCGA079623GA079624
length9781,172
definitionB6Ng01-279L08.b B6Ng01-279L08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,424,117 - 151,425,092)(151,562,996 - 151,564,171)
sequence
gaattcctgatgtctttggcaggtttggcagggacacagaatcctggcca
ctgccttgtggccatgacacagctacttttgcttggcagtgctgtagatg
gaacccctaagagtagtggttctcaacccgtggatagtgatcgcccacaa
tgctgcatattagatacttacatcatgattaatgacaatagcagtattgc
agttataaagaagcaacaaaaatagttttatggccgggcagtggtggcgc
atacctttaatcccagcacttgagaggcagaggcaggtggatttctgagt
tcaaggccagcctggtctacagagtgagttccaggacagccagggctaca
cagagaaaccctgtcttgaaaaaacaaaaacgaaaaagttttgtggttga
gggtcccttccaaggtgaactgtaataaagggtcgtagcactgggcagat
gaagaacacggccctcgagcgttgctctgtcttaggcgagtgcttgggga
ctcactgctcctgtgttcatttcctaggaccgccgtacactcaccagagg
aaaccacagaggatggtgtactatgggaagatgaactgttacaatgacta
cgagaattacattgacatagtaaaatacgtgttcagagattacaagagag
agtttccacttatcatcaacacgatgggctgggtgtcaggtaagacctgc
acacatgtgcagctgccatgagcactgcacccacacacgatgacatgggg
tgctcgggtgagggggagcatgggtagcttgtagctgagaacagccctgg
atgttccaatgcagagcataccggcattcatcatggctgtccttcttatg
tgctgctgagcatcaaacccaggagctctcggcactcgagccacagctct
gagaatctcttatataaacagtacctgttaataaacaagccagccgggcc
ctggtagcacacacctttaattccagca
gaattctgtaagaacactccgggaaatcaaagcaagagtcttgtgacctc
agcttcttcaaagcatagacttgtttgcagtggatggcagtttccttcag
attacccagtatcacttgctgttgtttttcagttaaaggtttacactgtc
cttatatggctccacaggaaaacatggttttgccatgtgtggacttgtct
ttatgactgtattcagcctggactcatgagaactttgcttgtatgacctt
ttctgaggtgctgagtaaagccagcaactgcatgagaccttagtcctctt
cacttatcaattccgttctcccaggtcccacgacctctagagtggtgacc
cttgcccacgttacatgattacaagcactgcatatgccaggcatagtggc
acatgcctatagccccagcactggggaaggtgcagaaagggagaccagcc
cttcagaggctgagcagggaaaagcacttgacagaaaggccaacaaccga
gagatggcccagtggataagagcactggctgttcctccagaggacccata
ttccatccccagcacccacatggcagctcacaacagtcagaaactccagt
tccaggggatgcaacaccctcttccgacctccaaggacactgtgtgcaca
tgatgcacaaatacacataaaaaatgaaaaaaaaaagttccaggtaggct
gggctacatgatactatcacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacgcacacacatgcacagactgacaaaaggaaatctcgacatgcaa
ccacacaaatgagcaaagaactgaggagggcaccactacaagccactgta
caaggcgcctgaatacagaacagacagattcagagaactcctcctgtcta
caatagaaggtaggctgccagaaactgggaagccgaggggctgtctggta
aaggctagcctagagcttccttctggagacatgcgctaatgaatgcacac
tgaaccaacaacactggaaaacagttacgttcataaatggatgcacctat
tattaaacaaatttgagactgcaaaaatatgagaagaataaattgattct
ggaattataagaacctttatgagctactagtaaaggccagcctatcagag
ccaggctaagtctcaaggtgcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_151424117_151425092
seq2: B6Ng01-279L08.b_45_1022

seq1  GAATTCCTGATGTCTTTGGCAGGTTTGGCAGGGACACAGAATCCTGGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATGTCTTTGGCAGGTTTGGCAGGGACACAGAATCCTGGCCA  50

seq1  CTGCCTTGTGGCCATGACACAGCTACTTTTGCTTGGCAGTGCTGTAGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTGTGGCCATGACACAGCTACTTTTGCTTGGCAGTGCTGTAGATG  100

seq1  GAACCCCTAAGAGTAGTGGTTCTCAACCCGTGGATAGTGATCGCCCACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCCTAAGAGTAGTGGTTCTCAACCCGTGGATAGTGATCGCCCACAA  150

seq1  TGCTGCATATTAGATACTTACATCATGATTAATGACAATAGCAGTATTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCATATTAGATACTTACATCATGATTAATGACAATAGCAGTATTGC  200

seq1  AGTTATAAAGAAGCAACAAAAATAGTTTTATGGCCGGGCAGTGGTGGCGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAAAGAAGCAACAAAAATAGTTTTATGGCCGGGCAGTGGTGGCGC  250

seq1  ATACCTTTAATCCCAGCACTTGAGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTTTAATCCCAGCACTTGAGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGT  300

seq1  TCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACA  350

seq1  CAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAAACAAAAACGAAAAAGTTTTGTGGTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAAACAAAAACGAAAAAGTTTTGTGGTTGA  400

seq1  GGGTCCCTTCCAAGGTGAACTGTAATAAAGGGTCGTAGCACTGGGCAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCCTTCCAAGGTGAACTGTAATAAAGGGTCGTAGCACTGGGCAGAT  450

seq1  GAAGAACACGGCCCTCGAGCGTTGCTCTGTCTTAGGCGAGTGCTTGGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAACACGGCCCTCGAGCGTTGCTCTGTCTTAGGCGAGTGCTTGGGGA  500

seq1  CTCACTGCTCCTGTGTTCATTTCCTAGGACCGCCGTACACTCACCAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGCTCCTGTGTTCATTTCCTAGGACCGCCGTACACTCACCAGAGG  550

seq1  AAACCACAGAGGATGGTGTACTATGGGAAGATGAACTGTTACAATGACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACAGAGGATGGTGTACTATGGGAAGATGAACTGTTACAATGACTA  600

seq1  CGAGAATTACATTGACATAGTAAAATACGTGTTCAGAGATTACAAGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAATTACATTGACATAGTAAAATACGTGTTCAGAGATTACAAGAGAG  650

seq1  AGTTTCCACTTATCATCAACACGATGGGCTGGGTGTCAGGTAAGACCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCACTTATCATCAACACGATGGGCTGGGTGTCAGGTAAGACCTGC  700

seq1  ACACATGTGCAGCTGCCATGAGCACTGCACCCACACACGATGACATGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTGCAGCTGCCATGAGCACTGCACCCACACACGATGACATGGGG  750

seq1  TGCTCGGGTGAGGGGGAGCATGGGTAGCTTGTAGCTGAGAACAGCCCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGGGTGAGGGGGAGCATGGGTAGCTTGTAGCTGAGAACAGCCCTGG  800

seq1  ATGTTCCAATGCAGAGCATACCGGCATTCATCATGGCTGTCCTTCTTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCAATGCAGAGCATACCGGCATTCATCATGGCTGTCCTTCTTATG  850

seq1  TGCTGCTGAGCATCAAACCCAGGAGCTC-CGGCACTCGAGCCACAGCTCT  899
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGAGCATCAAACCCAGGAGCTCTCGGCACTCGAGCCACAGCTCT  900

seq1  GAGAATCTCTTATATAAACAGTACCTGTTAATAAACAAGCCAGCCGGG-C  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAGAATCTCTTATATAAACAGTACCTGTTAATAAACAAGCCAGCCGGGCC  950

seq1  CTGGTAGCACACACCTTTAATCCCAGCA  976
      ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGGTAGCACACACCTTTAATTCCAGCA  978

seq1: chr4_151562996_151564171
seq2: B6Ng01-279L08.g_65_1236 (reverse)

seq1  CGCA-CTTGA-CCTTAGCCTGCCCTCTGATAGGCTTGTCTTTTACTAGTT  48
      |||| |||||  |||||||||  ||||||||||| || | ||||||||| 
seq2  CGCACCTTGAGACTTAGCCTG-GCTCTGATAGGC-TGGCCTTTACTAGT-  47

seq1  GAGCTCATAAAAGTTCTTTATAAATTTCAGATACAATTTA-TCTTCTCAT  97
       |||||||||| |||| |||| |||| ||||  ||||||| |||||||||
seq2  -AGCTCATAAAGGTTC-TTAT-AATTCCAGAATCAATTTATTCTTCTCAT  94

seq1  ATTTTTCCAGTTCCTCAAAATTTGTTTAATAATAGGTTCCATCCCATTTA  147
      |||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||
seq2  ATTTTTGCAGT--CTC-AAATTTGTTTAATAATAGG-TGCAT-CCATTTA  139

seq1  TGAACGTAACTGTTTCCCAGTGT--GTGGTTCAGTGTGCATTCA-TAGCG  194
      ||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||| |||||
seq2  TGAACGTAACTGTTTTCCAGTGTTGTTGGTTCAGTGTGCATTCATTAGCG  189

seq1  CATGTCTCCAGAAGGAAGCTCTAGGCTAGCC-TTACCAGACAGCCCCTCG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTCCAGAAGGAAGCTCTAGGCTAGCCTTTACCAGACAGCCCCTCG  239

seq1  GCTTCCCAGTTTCTGGCAGCCTACCTTCTATTGTAGACAGGAGGAGTTCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCAGTTTCTGGCAGCCTACCTTCTATTGTAGACAGGAGGAGTTCT  289

seq1  CTGAATCTGTCTGTTCTGTATTCAGGCGCCTTGTACAGTGGCTTGTAGTG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCTGTCTGTTCTGTATTCAGGCGCCTTGTACAGTGGCTTGTAGTG  339

seq1  GTGCCCTCCTCAGTTCTTTGCTCATTTGTGTGGTTGCATGTCGAGATTTC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTCCTCAGTTCTTTGCTCATTTGTGTGGTTGCATGTCGAGATTTC  389

seq1  CTTTTGTCAGTCTGTGCATGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTCAGTCTGTGCATGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  439

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGATAGTATCATGTAGCCCAGCCTACCTGGAACTTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGATAGTATCATGTAGCCCAGCCTACCTGGAACTTT  489

seq1  TTTTTTTCATTTTTTATGTGTATTTGTGCATCATGTGCACACAGTGTCCT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCATTTTTTATGTGTATTTGTGCATCATGTGCACACAGTGTCCT  539

seq1  TGGAGGTCGGAAGAGGGTGTTGCATCCCCTGGAACTGGAGTTTCTGACTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTCGGAAGAGGGTGTTGCATCCCCTGGAACTGGAGTTTCTGACTG  589

seq1  TTGTGAGCTGCCATGTGGGTGCTGGGGATGGAATATGGGTCCTCTGGAGG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGCTGCCATGTGGGTGCTGGGGATGGAATATGGGTCCTCTGGAGG  639

seq1  AACAGCCAGTGCTCTTATCCACTGGGCCATCTCTCGGTTGTTGGCCTTTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCAGTGCTCTTATCCACTGGGCCATCTCTCGGTTGTTGGCCTTTC  689

seq1  TGTCAAGTGCTTTTCCCTGCTCAGCCTCTGAAGGGCTGGTCTCCCTTTCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGTGCTTTTCCCTGCTCAGCCTCTGAAGGGCTGGTCTCCCTTTCT  739

seq1  GCACCTTCCCCAGTGCTGGGGCTATAGGCATGTGCCACTATGCCTGGCAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTCCCCAGTGCTGGGGCTATAGGCATGTGCCACTATGCCTGGCAT  789

seq1  ATGCAGTGCTTGTAATCATGTAACGTGGGCAAGGGTCACCACTCTAGAGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTGCTTGTAATCATGTAACGTGGGCAAGGGTCACCACTCTAGAGG  839

seq1  TCGTGGGACCTGGGAGAACGGAATTGATAAGTGAAGAGGACTAAGGTCTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGGGACCTGGGAGAACGGAATTGATAAGTGAAGAGGACTAAGGTCTC  889

seq1  ATGCAGTTGCTGGCTTTACTCAGCACCTCAGAAAAGGTCATACAAGCAAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTTGCTGGCTTTACTCAGCACCTCAGAAAAGGTCATACAAGCAAA  939

seq1  GTTCTCATGAGTCCAGGCTGAATACAGTCATAAAGACAAGTCCACACATG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCATGAGTCCAGGCTGAATACAGTCATAAAGACAAGTCCACACATG  989

seq1  GCAAAACCATGTTTTCCTGTGGAGCCATATAAGGACAGTGTAAACCTTTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAACCATGTTTTCCTGTGGAGCCATATAAGGACAGTGTAAACCTTTA  1039

seq1  ACTGAAAAACAACAGCAAGTGATACTGGGTAATCTGAAGGAAACTGCCAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAAACAACAGCAAGTGATACTGGGTAATCTGAAGGAAACTGCCAT  1089

seq1  CCACTGCAAACAAGTCTATGCTTTGAAGAAGCTGAGGTCACAAGACTCTT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCAAACAAGTCTATGCTTTGAAGAAGCTGAGGTCACAAGACTCTT  1139

seq1  GCTTTGATTTCCCGGAGTGTTCTTACAGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGATTTCCCGGAGTGTTCTTACAGAATTC  1172