BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282G16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 21,586,047 - 21,707,940
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrdm13, Ccnc, 2610029I01Rik, Usp45
Upstream geneE130310K16Rik
Downstream gene4930528A17Rik, 5730406M06Rik, Coq3, 6230409E13Rik, LOC100040379, Fbxl4, Pou3f2, LOC664911, 1700025O08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282G16.bB6Ng01-282G16.g
ACCGA081638GA081639
length1,1151,144
definitionB6Ng01-282G16.b B6Ng01-282G16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,586,047 - 21,587,178)(21,706,795 - 21,707,940)
sequence
gaattcaaagccagcttgagctacatgtgaccctgtctcaaaacacaaaa
agttctaaggtcagtacctactatgaaaaaatcagaactactatgtgtta
attaatcaacacaatgagactaaaatcgaccctattgcaatgcaaacatc
tgggagacataggtgagcagtagagtttgtgcctaacaaatgaaagcttg
gggtccaataccctgaagctttgtccatcctgggagagccgacattttaa
taaagatggcagactggttatcaaatacaaatgtacatgtgtacaaaatg
cactaagagcaattacaaccacaaggaaaacccagaagttcttgattaaa
gaaatggaccctgaactgggctcttcttctatatacacatcaccatgagt
gactaatagtccataccaagtccctctgcatcctcattagccccaatcat
cagccacctataaacccaacctgtgacttaataacattttgatatgtcta
aagtcacaacgtgttagtaaaagtaaggtcttccagatcacccacttact
tcacactaaattaggtgtatgtatgtgccatggatgccaaggcaaactac
ataagcatcggagatatctgggagactcacaacaaattaaaaactctatc
atcttactctgataataaattaacatcatcactgcattgaaaactagtta
ttactataagagtatctagttctccatcacattcccaagagactttgaac
tttttgtatcccaaagaatatactccttaacatcacccaggtaatcggtc
tagtctcactccacagttccttcccattcggcaaccaaagcgatctcttg
gccatccacgtgttcataatgctaatgactgcatagcactaaccagacac
tcagtaaaggttttgtgaatgcttgagtgagcaagtgaataaagaaccct
gaaatgagtgaagacaaaattcatatattcactcattttaaaatcaaaga
caacactatgctgtatatgctaagtattgaaaggaaatattcagtataaa
aatgctattatgtaagtatctcaccatctttctagtggctttctggtgct
gtgataaaacgtgac

gaattcttcttaccctcacccacacagtgagtttaaggctagccagggct
agagaccatggctcaaaaaggttcaccatctgtacacctgtggtgtctga
gagacttaattttaaagagcaacgagaaagacaaagaacaatatgacaat
ttgaatgtacttataacttaaacaaaaggccaataagaacaccaacaatg
gctttgtaggtggagctagagaagctaagtctcagatgtatgcagaaaac
ggtgagaataaagtactgattttattactgaaaagcatctattgctactt
ctttagcccaccacggtctgagatgccagataccacaatttaccagcaat
gtcatcggaagaatcttcatcatgaggcagcagtggtcttttatttcttt
tgcctttttcaggtagatcttttgatggatcttttacccgcatctgttat
ttactgtaaagtttcaagaaaaataataatactttaatctctaaaattaa
actatgcttaatgcatattcaaactagactggtcaaatcaacagaggaaa
gataaggaagactaaattaaaccacaatacaggcacacaggactgagtgt
gaagcgacagaactcatggaagaccctgggtcctagccccaatattgcct
tagatacaattaacacacaaagggcacattccagccgctccagtatagac
tgtgattattccccaagcatttcaaaatcccttggctgaattctaaccta
caatgtgacagcactaggagatgggccccagtaagagtagatgagagtca
cccttcatttatggaaagtaacaagaagagagccaagacaaatggagctt
cttaaaaccagggcctaccagtacccttccctgtagcaagggacttctag
cccctgagtccctactagtgattactgttactcagtggatagtaattttt
tttattgacctgaactaaggacagtctatctccatgcatatcatctcaga
ggtaaagtttggaaaatagtactgcttcctatgatggcttctttccttac
cctgtcaccttatgcagacaatgcagctgaagactcacatttgacctagg
aaaagatattttagacctaaggatttaggctaacgctgtactac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_21586047_21587178
seq2: B6Ng01-282G16.b_46_1160

seq1  GAATTCAAAGCCAGCTTGAGCTACATGTGACCCTGTCTCAAAACACAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCCAGCTTGAGCTACATGTGACCCTGTCTCAAAACACAAAA  50

seq1  AGTTCTAAGGTCAGTACCTACTATGAAAAAATCAGAACTACTATGTGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTAAGGTCAGTACCTACTATGAAAAAATCAGAACTACTATGTGTTA  100

seq1  ATTAATCAACACAATGAGACTAAAATCGACCCTATTGCAATGCAAACATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCAACACAATGAGACTAAAATCGACCCTATTGCAATGCAAACATC  150

seq1  TGGGAGACATAGGTGAGCAGTAGAGTTTGTGCCTAACAAATGAAAGCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGACATAGGTGAGCAGTAGAGTTTGTGCCTAACAAATGAAAGCTTG  200

seq1  GGGTCCAATACCCTGAAGCTTTGTCCATCCTGGGAGAGCCGACATTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCAATACCCTGAAGCTTTGTCCATCCTGGGAGAGCCGACATTTTAA  250

seq1  TAAAGATGGCAGACTGGTTATCAAATACAAATGTACATGTGTACAAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATGGCAGACTGGTTATCAAATACAAATGTACATGTGTACAAAATG  300

seq1  CACTAAGAGCAATTACAACCACAAGGAAAACCCAGAAGTTCTTGATTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGAGCAATTACAACCACAAGGAAAACCCAGAAGTTCTTGATTAAA  350

seq1  GAAATGGACCCTGAACTGGGCTCTTCTTCTATATACACATCACCATGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGACCCTGAACTGGGCTCTTCTTCTATATACACATCACCATGAGT  400

seq1  GACTAATAGTCCATACCAAGTCCCTCTGCATCCTCATTAGCCCCAATCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATAGTCCATACCAAGTCCCTCTGCATCCTCATTAGCCCCAATCAT  450

seq1  CAGCCACCTATAAACCCAACCTGTGACTTAATAACATTTTGATATGTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACCTATAAACCCAACCTGTGACTTAATAACATTTTGATATGTCTA  500

seq1  AAGTCACAACGTGTTAGTAAAAGTAAGGTCTTCCAGATCACCCACTTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACAACGTGTTAGTAAAAGTAAGGTCTTCCAGATCACCCACTTACT  550

seq1  TCACACTAAATTAGGTGTATGTATGTGCCATGGATGCCAAGGCAAACTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTAAATTAGGTGTATGTATGTGCCATGGATGCCAAGGCAAACTAC  600

seq1  ATAAGCATCGGAGATATCTGGGAGACTCACAACAAATTAAAAACTCTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCATCGGAGATATCTGGGAGACTCACAACAAATTAAAAACTCTATC  650

seq1  ATCTTACTCTGATAATAAATTAACATCATCACTGCATTGAAAACTAGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACTCTGATAATAAATTAACATCATCACTGCATTGAAAACTAGTTA  700

seq1  TTACTATAAGAGTATCTAGTTCTCCATCACATTCCCAAGAGACTTTGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATAAGAGTATCTAGTTCTCCATCACATTCCCAAGAGACTTTGAAC  750

seq1  TTTTTGTATCCCAAAGAATATACTCCTTAACATCACCCAGGTAATCGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTATCCCAAAGAATATACTCCTTAACATCACCCAGGTAATCGGTC  800

seq1  TAGTCTCACTCCACAGTTCCTTCCCATTCGGCAACCAAAGCGATCTCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCACTCCACAGTTCCTTCCCATTCGGCAACCAAAGCGATCTCTTG  850

seq1  GCCATCCACGTGTTCATAATGCTAATGACTGCATAGCACTAACCAGACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCCACGTGTTCATAATGCTAATGACTGCATAGCACTAACCAGACAC  900

seq1  TCAGTAAAGGTTTTGTGAATGCTTGAGTGAGCAAGTGAATAAAAGAACCT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  TCAGTAAAGGTTTTGTGAATGCTTGAGTGAGCAAGTGAAT-AAAGAACCC  949

seq1  GAAAATGAGTGAAGACAAAAATTCATATATTCACTCATTTTAAAATCAAA  1000
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGAGTGAAGAC-AAAATTCATATATTCACTCATTTTAAAATCAAA  998

seq1  GACAACACTATGCTTGTATATGCTAAAGTATTGAAAGGAAAATATTTCAA  1050
      ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||   |
seq2  GACAACACTATGC-TGTATATGCT-AAGTATTGAAAGG-AAATATT--CA  1043

seq1  GTTAATAAAAATGCTATTATGTAAGGTATCTCAACATCCTTTTCCTAGTT  1100
      ||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||   || |||| |
seq2  GT--ATAAAAATGCTATTATGTAA-GTATCTCACCATC---TTTCTAG-T  1086

seq1  TGTTTTCTGGTGCTGTGATTAAAAACCGTGAC  1132
       | ||||||||||||||||   ||| ||||||
seq2  GGCTTTCTGGTGCTGTGAT---AAAACGTGAC  1115


seq1: chr4_21706795_21707940
seq2: B6Ng01-282G16.g_67_1210 (reverse)

seq1  GTAGTACAGCGGTTAGGGCTCCTAACTCC-TAGGTCTAATATCTTTTTTC  49
      |||||||||| |||||    ||||| ||| ||||||||| || | |||||
seq2  GTAGTACAGC-GTTAG----CCTAAATCCTTAGGTCTAAAATATCTTTTC  45

seq1  CT-GGTCCAATGTGGGTCTTCAGCTGCCATTGTCTGCATAA-GTGACAGG  97
      || |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  CTAGGTCAAATGTGAGTCTTCAGCTG-CATTGTCTGCATAAGGTGACAGG  94

seq1  GTAAGGAAAGAGCCCATCATAGGAAGCAGTACTTATTTTCAAACTTTACC  147
      |||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||
seq2  GTAAGGAAAGAAGCCATCATAGGAAGCAGTACTATTTTCCAAACTTTACC  144

seq1  TCTGAGATGATATGCATGGAGATAGACTGT-CTTAGTTCAGGTCAAT-AA  195
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TCTGAGATGATATGCATGGAGATAGACTGTCCTTAGTTCAGGTCAATAAA  194

seq1  AAAAATTACTATCCACTGAGTAACAGTAATCACTAGTTAGGGACTCAGGG  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAAAATTACTATCCACTGAGTAACAGTAATCACTAG-TAGGGACTCAGGG  243

seq1  GCTAGAAGTCCCTTGCTACAGGGAAGGGTACTGGTAGGCCCTGGTTTTAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAGTCCCTTGCTACAGGGAAGGGTACTGGTAGGCCCTGGTTTTAA  293

seq1  GAAGCTCCATTTGTCTTGGCTCTCTTCTTGTTACTTTCCATAAATGAAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCCATTTGTCTTGGCTCTCTTCTTGTTACTTTCCATAAATGAAGG  343

seq1  GTGACTCTCATCTACTCTTACTGGGGCCCATCTCCTAGTGCTGTCACATT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTCTCATCTACTCTTACTGGGGCCCATCTCCTAGTGCTGTCACATT  393

seq1  GTAGGTTAGAATTCAGCCAAGGGATTTTGAAATGCTTGGGGAATAATCAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTTAGAATTCAGCCAAGGGATTTTGAAATGCTTGGGGAATAATCAC  443

seq1  AGTCTATACTGGAGCGGCTGGAATGTGCCCTTTGTGTGTTAATTGTATCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATACTGGAGCGGCTGGAATGTGCCCTTTGTGTGTTAATTGTATCT  493

seq1  AAGGCAATATTGGGGCTAGGACCCAGGGTCTTCCATGAGTTCTGTCGCTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAATATTGGGGCTAGGACCCAGGGTCTTCCATGAGTTCTGTCGCTT  543

seq1  CACACTCAGTCCTGTGTGCCTGTATTGTGGTTTAATTTAGTCTTCCTTAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCAGTCCTGTGTGCCTGTATTGTGGTTTAATTTAGTCTTCCTTAT  593

seq1  CTTTCCTCTGTTGATTTGACCAGTCTAGTTTGAATATGCATTAAGCATAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCTGTTGATTTGACCAGTCTAGTTTGAATATGCATTAAGCATAG  643

seq1  TTTAATTTTAGAGATTAAAGTATTATTATTTTTCTTGAAACTTTACAGTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTTAGAGATTAAAGTATTATTATTTTTCTTGAAACTTTACAGTA  693

seq1  AATAACAGATGCGGGTAAAAGATCCATCAAAAGATCTACCTGAAAAAGGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAGATGCGGGTAAAAGATCCATCAAAAGATCTACCTGAAAAAGGC  743

seq1  AAAAGAAATAAAAGACCACTGCTGCCTCATGATGAAGATTCTTCCGATGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAATAAAAGACCACTGCTGCCTCATGATGAAGATTCTTCCGATGA  793

seq1  CATTGCTGGTAAATTGTGGTATCTGGCATCTCAGACCGTGGTGGGCTAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTGGTAAATTGTGGTATCTGGCATCTCAGACCGTGGTGGGCTAAA  843

seq1  GAAGTAGCAATAGATGCTTTTCAGTAATAAAATCAGTACTTTATTCTCAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGCAATAGATGCTTTTCAGTAATAAAATCAGTACTTTATTCTCAC  893

seq1  CGTTTTCTGCATACATCTGAGACTTAGCTTCTCTAGCTCCACCTACAAAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTTCTGCATACATCTGAGACTTAGCTTCTCTAGCTCCACCTACAAAG  943

seq1  CCATTGTTGGTGTTCTTATTGGCCTTTTGTTTAAGTTATAAGTACATTCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTTGGTGTTCTTATTGGCCTTTTGTTTAAGTTATAAGTACATTCA  993

seq1  AATTGTCATATTGTTCTTTGTCTTTCTCGTTGCTCTTTAAAATTAAGTCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCATATTGTTCTTTGTCTTTCTCGTTGCTCTTTAAAATTAAGTCT  1043

seq1  CTCAGACACCACAGGTGTACAGATGGTGAACCTTTTTGAGCCATGGTCTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACACCACAGGTGTACAGATGGTGAACCTTTTTGAGCCATGGTCTC  1093

seq1  TAGCCCTGGCTAGCCTTAAACTCACTGTGTGGGTGAGGGTAAGAAGAATT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGGCTAGCCTTAAACTCACTGTGTGGGTGAGGGTAAGAAGAATT  1143

seq1  C  1146
      |
seq2  C  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |