BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288B01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 33,352,265 - 33,450,024
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRngtt
Upstream geneBach2, Gja10, Casp8ap2, Mdn1, Lyrm2, Ankrd6, LOC665298, Rragd, 4933421O10Rik, Ube2j1, LOC100039142, Gabrr2, Gabrr1, Acy1l2, Srrp, Pnrc1
Downstream geneLOC100041919, LOC100041924, Cnr1, Spaca1, LOC100039220, LOC665361, LOC665367
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288B01.bB6Ng01-288B01.g
ACCGA085825GA085826
length1,081475
definitionB6Ng01-288B01.b B6Ng01-288B01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,448,955 - 33,450,024)(33,352,265 - 33,352,745)
sequence
gaattcaatacctagaactataaaaatatattaatatataacatgcacat
taactcagtgacaattctaacaattgtatgaattataagagtacttacat
tgaacttaattatgtcatagatcaaatatcttgggacggcctgtccattt
actttgtcaatgatcatttccttaaaagaaacaaagatgcatttttactt
taatagcaacttttttcattttattagaatataatacacacagagaaaag
gtataaagcttcaatatttgttttgattagatttcaaagcgcacacactt
atactcataaattcagtacgttttcacaatgtcaaaaatctttactatat
atttataatatatgttgttataatatatgatgttacctccttgtgttttg
agttagagatttgtagttttgtttggagtcagagtcttgctatgtagctc
ctggctagtccctagctatgtagcccctagctcatgaggtagctaaggct
agtcaggaactctcagcaatcctcctacctcaaccttaaaaatggtagac
ttatacacttgcaccatcacaaccagttatatgttctttatagctaaatg
gctacactacattctccattatgtttatattactagcaatattatttagc
aatatttaaaagtaagcattttaaattctgaaattcagcatcattttgat
aattatgtttaaccactgtttaaaattgttacatgctgattaattttagt
cttataataaatttttcatacaaagatcacttcattgaaatccaccatgg
ttattaaaaagtcaaaacaaattctgtatgaggcacagttgaatgcaggc
catctcagcatcttgaggacaaaggcaggaaagtgagattcacagccacc
caccacctcagggctacgggtgtgtgctacaatgctgcagtcatgctaca
gtttggatagaccagggctttgttcgtgtatacccaagttactcgaccca
ctatagctaacagctccagtctcaaatttggtatttaacctgtttaactg
aaatgtggtttaccttaatacatttccatat
ttccgatgaaagacacacacactttagcccaattttgaaatgctgggatt
agcttaaaagctgagcagttctacacctcttgctgctaccccaggccgat
tggggaagtggccagtggccacccactcaattctcacatggctagttggc
tttctctccagcagctcctaaatctcattcgcccccctcccccacaccca
gtcacagggattctcttctctcttcctctctccagtgtcctagccctcac
aaacccaagggacacaccccatctttctttgctcagccattggccgctgg
catctttattgattggttaaaaaccaattgaggacaaggaccttcagagt
tagacccaatccccaacacctgaagggttatcaaatccaagtacattcaa
gccacactaaatgaactcaataagttatgtagccgggcagtggtggcgca
cgcttttaatcccagcacttgggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_33448955_33450024
seq2: B6Ng01-288B01.b_48_1128 (reverse)

seq1  ATATGGAAATGT-TTAA-GTAAA-CACATTTCAG-TAAACAGGTTAAAAT  46
      |||||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||
seq2  ATATGGAAATGTATTAAGGTAAACCACATTTCAGTTAAACAGGTT-AAAT  49

seq1  AACAAATTTGAGACTGGAGCTG-TAGCT-TAGTTGGTCGAGT-ACTTGGG  93
      | |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||
seq2  ACCAAATTTGAGACTGGAGCTGTTAGCTATAGTGGGTCGAGTAACTTGGG  99

seq1  TAT-CACGAACAAAGCCCTGGTTCTATCCAAACTGCTGCATGACTGCAGC  142
      ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||
seq2  TATACACGAACAAAGCCCTGG-TCTATCCAAACTGTAGCATGACTGCAGC  148

seq1  ATTGTAGCACACACCCGTAGCCCTGAGGTGGTGGGTGGCTGTGAATCTCA  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAGCACACACCCGTAGCCCTGAGGTGGTGGGTGGCTGTGAATCTCA  198

seq1  CTTTCCTGCCTTTGTCCTC-AGATGCTGAGATGGCCTGCATTTCACTGTG  241
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  CTTTCCTGCCTTTGTCCTCAAGATGCTGAGATGGCCTGCATTCAACTGTG  248

seq1  CCTCATACAGAATTTGTTTTGACTTTTTAATAACCATGGTGGATTTC-AT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCTCATACAGAATTTGTTTTGACTTTTTAATAACCATGGTGGATTTCAAT  298

seq1  GAAGTGATCTTTGTATG-AAAATTTATTATAAGACT-AAATTAATCAGCA  338
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAAGTGATCTTTGTATGAAAAATTTATTATAAGACTAAAATTAATCAGCA  348

seq1  TGTAACAATTTTAAACAGTGGTTAAACATAATTATCAAAATGATGCTGAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACAATTTTAAACAGTGGTTAAACATAATTATCAAAATGATGCTGAA  398

seq1  TTTCAGAATTTAAAATGCTTACTTTTAAATATTGCT-AATAATATTGCTA  437
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTCAGAATTTAAAATGCTTACTTTTAAATATTGCTAAATAATATTGCTA  448

seq1  GTAATATAAACATAATGGAGAATGTAGTGTAGCCATTTAGCTATAAAGAA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATAAACATAATGGAGAATGTAGTGTAGCCATTTAGCTATAAAGAA  498

seq1  CATATAACTGGTTGTGATGGTGCAAGTGTATAAGTCTACCATTTTTAAGG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAACTGGTTGTGATGGTGCAAGTGTATAAGTCTACCATTTTTAAGG  548

seq1  TTGAGGTAGGAGGATTGCTGAGAGTTCCTGACTAGCCTTAGCTACCTCAT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTAGGAGGATTGCTGAGAGTTCCTGACTAGCCTTAGCTACCTCAT  598

seq1  GAGCTAGGGGCTACATAGCTAGGGACTAGCCAGGAGCTACATAGCAAGAC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGGGGCTACATAGCTAGGGACTAGCCAGGAGCTACATAGCAAGAC  648

seq1  TCTGACTCCAAACAAAACTACAAATCTCTAACTCAAAACACAAGGAGGTA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTCCAAACAAAACTACAAATCTCTAACTCAAAACACAAGGAGGTA  698

seq1  ACATCATATATTATAACAACATATATTATAAATATATAGTAAAGATTTTT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATATATTATAACAACATATATTATAAATATATAGTAAAGATTTTT  748

seq1  GACATTGTGAAAACGTACTGAATTTATGAGTATAAGTGTGTGCGCTTTGA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGTGAAAACGTACTGAATTTATGAGTATAAGTGTGTGCGCTTTGA  798

seq1  AATCTAATCAAAACAAATATTGAAGCTTTATACCTTTTCTCTGTGTGTAT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAATCAAAACAAATATTGAAGCTTTATACCTTTTCTCTGTGTGTAT  848

seq1  TATATTCTAATAAAATGAAAAAAGTTGCTATTAAAGTAAAAATGCATCTT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCTAATAAAATGAAAAAAGTTGCTATTAAAGTAAAAATGCATCTT  898

seq1  TGTTTCTTTTAAGGAAATGATCATTGACAAAGTAAATGGACAGGCCGTCC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTTTTAAGGAAATGATCATTGACAAAGTAAATGGACAGGCCGTCC  948

seq1  CAAGATATTTGATCTATGACATAATTAAGTTCAATGTAAGTACTCTTATA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATATTTGATCTATGACATAATTAAGTTCAATGTAAGTACTCTTATA  998

seq1  ATTCATACAATTGTTAGAATTGTCACTGAGTTAATGTGCATGTTATATAT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATACAATTGTTAGAATTGTCACTGAGTTAATGTGCATGTTATATAT  1048

seq1  TAATATATTTTTATAGTTCTAGGTATTGAATTC  1070
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATATTTTTATAGTTCTAGGTATTGAATTC  1081

seq1: chr4_33352265_33352745
seq2: B6Ng01-288B01.g_69_549

seq1  GAATTCTTCCGATGAAAGACACACACACTTTAGCCCAATTTTGAAATGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCGATGAAAGACACACACACTTTAGCCCAATTTTGAAATGCT  50

seq1  GGGATTAGCTTAAAAGCTGAGCAGTTCTACACCTCTTGCTGCTACCCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTAGCTTAAAAGCTGAGCAGTTCTACACCTCTTGCTGCTACCCCAG  100

seq1  GCCGATTGGGGAAGTGGCCAGTGGCCACCCACTCAATTCTCACATGGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGATTGGGGAAGTGGCCAGTGGCCACCCACTCAATTCTCACATGGCTA  150

seq1  GTTGGCTTTCTCTCCAGCAGCTCCTAAATCTCATTCGCCCCCCTCCCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCTTTCTCTCCAGCAGCTCCTAAATCTCATTCGCCCCCCTCCCCCA  200

seq1  CACCCAGTCACAGGGATTCTCTTCTCTCTTCCTCTCTCCAGTGTCCTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGTCACAGGGATTCTCTTCTCTCTTCCTCTCTCCAGTGTCCTAGC  250

seq1  CCTCACAAACCCAAGGGACACACCCCATCTTTCTTTGCTCAGCCATTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAAACCCAAGGGACACACCCCATCTTTCTTTGCTCAGCCATTGGC  300

seq1  CGCTGGCATCTTTATTGATTGGTTAAAAACCAATTGAGGACAAGGACCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGGCATCTTTATTGATTGGTTAAAAACCAATTGAGGACAAGGACCTT  350

seq1  CAGAGTTAGACCCAATCCCCAACACCTGAAGGGTTATCAAATCCAAGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTAGACCCAATCCCCAACACCTGAAGGGTTATCAAATCCAAGTAC  400

seq1  ATTCAAGCCACACTAAATGAACTCAATAAGTTATGTAGCCGGGCAGTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGCCACACTAAATGAACTCAATAAGTTATGTAGCCGGGCAGTGGT  450

seq1  GGCGCACGCTTTTAATCCCAGCACTTGGGAG  481
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGCACGCTTTTAATCCCAGCACTTGGGAG  481