BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296A22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 68,082,448 - 68,197,529
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHmgb1-rs18, LOC433715, Tcp1-ps1
Downstream geneDbc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296A22.bB6Ng01-296A22.g
ACCGA091764GA091765
length1,2031,084
definitionB6Ng01-296A22.b B6Ng01-296A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,082,448 - 68,083,646)(68,196,433 - 68,197,529)
sequence
gaattcaaatacccactatcaatttcaaaacaagaacaggtacagtgtca
tgaacctataattccactgctgagaagtgggaaagagagatcctctgata
ttcctggcctggctagatagccagctttgtttaaattaatcaactcctgg
ttcaatgtcaaaccctgtctcaaaaattaaagtaaaatgtgattaaataa
gttgctagtaattgattctgacctccacatgtgcatgcaagtgtacacat
atgcactcactcacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
ccctatggtaaaagaattcctcactctgcttttgttgtcttcattgttgt
tgttaataaaggctgtaatgtggccaggaatgtaaaaccacctcaccagg
taatattataggtggatctcattccaaaatctagcttcagtacttctttg
catgttcttatactggtgactcaactcccctcagcattaatttccttaaa
tgcagattatgggtatcagcagtgtctgactctaaaggttggcataagga
tgaaatcatgaagctttctacctagagttatgaaaagtcagtgcagggat
tctagaataatccattgcttgaacaaccagagaatggaagtcctcattgt
ttttgcttgcaataaagtattactgatccttagttaatacttgtagaata
actactatgaagaaaaacaaacaaaatagaactaaagaaaatttgataag
tagcctatattctctttcctttatcaaaattgggaagcagggtgaacttc
atgaaagctccagagacctggtatataacagactcccaggactcaatagg
gatgaccttagccaaaatggccaacagtggggatatgtgatctgaaaggg
accacctctagtagataaaatgtgctcccactagagggatgaggtcacca
aaccacctccagaatttttcatgtctaaaacaaatgctgggacaaaatgg
agcatgtattgaagaaaaggccatccaaagacctgccaaatttgggatcc
atcccatgggtgtgcaccaaaccatgacactattactgatgcaatgtgtg
ctttgcatgcatggagcctagcatggctgtctatgaaagtctgcagcagc
tgctaaacagatgcggaatactaaccggcccaaatcattggggctcctaa
tat

gaattcattctctctagagtcatccagccagcctctcactgaactcgctc
atactgcattcctttaaggatttataagacagaaaagaaaatagcaagac
agataaaaacatttcttgatacaggcataaagctctaaggaataaaagca
gggaggggagccccagacaggaaaagactagagaagattaaatgtgtacg
tgtcactaatcactatattcaaccttttagaaatgctctttgtgcagaaa
ggcgtttatagaaagagagcttacaaagaaatgggacacagacctgagac
acaaagttcgaaggcaaaatgtaatgtgattaagctccaagtggcttgta
gccaaatgtggagttctccacatatagtccacttaacctgaccttgattt
aaaaagctgttccacctacacatgtgcagagggatgggtaaggaactgag
atggaaaagctcccagcatcctccccacatcacagtgcttagttacaaag
gatcttgaagtctgactgattaccaagcaattataaacacatttggaaac
tgtttcctcccagaggctccaggctctatgttggaaggggctccttttct
cacccaagtcatggtaattaagtgagaagtgactttttttttatagccaa
tgattttccacagcaggaaggagagagattttgtaaatatttacaaaata
ctctatgtacacacacaaagagaaaaagatcacaggtggaaagggcactg
gaactatgtattgttgctgctatgccacacaaaagggaggttgaggctgg
gaggcagaacatggttttcctgaaatcactgatggaactggagtctggat
gcagaacatgctcctatagctctctttgtacagcacatgggttgtgtgtt
gtaggaaacagtgatcagggacttctcatgtgcaagtcattctttttttt
tttttttccattttttgtaggtatttagctcattacatttcatgctatac
caaaagtcccccatacccacccaccccactccctaccaaccactcccact
tttcgacctgcattccctgtactgagcattaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_68082448_68083646
seq2: B6Ng01-296A22.b_42_1244

seq1  GAATTCAAATACCCACTATCAATTTCAAAACAAGAACAGGTACAGTGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATACCCACTATCAATTTCAAAACAAGAACAGGTACAGTGTCA  50

seq1  TGAACCTATAATTCCACTGCTGAGAAGTGGGAAAGAGAGATCCTCTGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTATAATTCCACTGCTGAGAAGTGGGAAAGAGAGATCCTCTGATA  100

seq1  TTCCTGGCCTGGCTAGATAGCCAGCTTTGTTTAAATTAATCAACTCCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGCCTGGCTAGATAGCCAGCTTTGTTTAAATTAATCAACTCCTGG  150

seq1  TTCAATGTCAAACCCTGTCTCAAAAATTAAAGTAAAATGTGATTAAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGTCAAACCCTGTCTCAAAAATTAAAGTAAAATGTGATTAAATAA  200

seq1  GTTGCTAGTAATTGATTCTGACCTCCACATGTGCATGCAAGTGTACACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTAGTAATTGATTCTGACCTCCACATGTGCATGCAAGTGTACACAT  250

seq1  ATGCACTCACTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTCACTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  300

seq1  CCCTATGGTAAAAGAATTCCTCACTCTGCTTTTGTTGTCTTCATTGTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATGGTAAAAGAATTCCTCACTCTGCTTTTGTTGTCTTCATTGTTGT  350

seq1  TGTTAATAAAGGCTGTAATGTGGCCAGGAATGTAAAACCACCTCACCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATAAAGGCTGTAATGTGGCCAGGAATGTAAAACCACCTCACCAGG  400

seq1  TAATATTATAGGTGGATCTCATTCCAAAATCTAGCTTCAGTACTTCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTATAGGTGGATCTCATTCCAAAATCTAGCTTCAGTACTTCTTTG  450

seq1  CATGTTCTTATACTGGTGACTCAACTCCCCTCAGCATTAATTTCCTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCTTATACTGGTGACTCAACTCCCCTCAGCATTAATTTCCTTAAA  500

seq1  TGCAGATTATGGGTATCAGCAGTGTCTGACTCTAAAGGTTGGCATAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATTATGGGTATCAGCAGTGTCTGACTCTAAAGGTTGGCATAAGGA  550

seq1  TGAAATCATGAAGCTTTCTACCTAGAGTTATGAAAAGTCAGTGCAGGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCATGAAGCTTTCTACCTAGAGTTATGAAAAGTCAGTGCAGGGAT  600

seq1  TCTAGAATAATCCATTGCTTGAACAACCAGAGAATGGAAGTCCTCATTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAATAATCCATTGCTTGAACAACCAGAGAATGGAAGTCCTCATTGT  650

seq1  TTTTGCTTGCAATAAAGTATTACTGATCCTTAGTTAATACTTGTAGAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTGCAATAAAGTATTACTGATCCTTAGTTAATACTTGTAGAATA  700

seq1  ACTACTATGAAGAAAAACAAACAAAATAGAACTAAAGAAAATTTGATAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTATGAAGAAAAACAAACAAAATAGAACTAAAGAAAATTTGATAAG  750

seq1  TAGCCTATATTCTCTTTCCTTTATCAAAATTGGGAAGCAGGGTGAACTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTATATTCTCTTTCCTTTATCAAAATTGGGAAGCAGGGTGAACTTC  800

seq1  ATGAAAGCTCCAGAGACCTGGTATATAACAGACTCCCAGGACTCAATAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGCTCCAGAGACCTGGTATATAACAGACTCCCAGGACTCAATAGG  850

seq1  GATGACCTTAGCCAAAATGGCCAACAGTGGGGATATGTGATCTG-AAGGG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GATGACCTTAGCCAAAATGGCCAACAGTGGGGATATGTGATCTGAAAGGG  900

seq1  ACCACCTCTAGTAGATAAAATGTGCTCCCACTAGAGGGATGAGGTCACCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTCTAGTAGATAAAATGTGCTCCCACTAGAGGGATGAGGTCACCA  950

seq1  AACCACCTCCAGAATTTTTCATGTCTAAAACAAATGCTGGGACAAAATGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCTCCAGAATTTTTCATGTCTAAAACAAATGCTGGGACAAAATGG  1000

seq1  AGCATGTATTGAAGAAAAGGCCATCCAAAGACCTGCCAAAATTGGGATCC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCATGTATTGAAGAAAAGGCCATCCAAAGACCTGCCAAATTTGGGATCC  1050

seq1  ATCCCATGGGTGTGCACCAAACCATGACACTATTACTGATGCCATGTTGT  1099
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  ATCCCATGGGTGTGCACCAAACCATGACACTATTACTGATGCAATG-TGT  1099

seq1  GC-TTGCATGCAT-GAGCCTAGCATGCCTGTCCTATGAAAAGTTCTGCCA  1147
      || |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||   |||| ||
seq2  GCTTTGCATGCATGGAGCCTAGCATGGCTGT-CTATGAAA--GTCTG-CA  1145

seq1  GCAGCTGGCTAAAACAGATGCAG-ATACTAACAG---CCAATCATTGG--  1191
      |||||| ||| |||||||||| | |||||||| |   | |||||||||  
seq2  GCAGCT-GCT-AAACAGATGCGGAATACTAACCGGCCCAAATCATTGGGG  1193

seq1  --TCTAATAT  1199
         |||||||
seq2  CTCCTAATAT  1203


seq1: chr4_68196433_68197529
seq2: B6Ng01-296A22.g_65_1148 (reverse)

seq1  CTTTATATGCTCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGTGGGAGTGG  50
      ||||| ||||| ||||||| ||||| ||   || | |||||||||||| |
seq2  CTTTA-ATGCT-CAGTACA-GGGAATGC--AGGTCGAAAAGTGGGAGT-G  44

seq1  GTGGGTAGGGGAGTGGGGGTGGGTGGGTATGGGGGACTTTTGGTATAGCA  100
      || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTA-GGGAGT-GGGGTGGGTGGGTATGGGGGACTTTTGGTATAGCA  92

seq1  TTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTAACAAAAAATGGAAAAAAAAAAA  150
      |  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  T--GAAATGT-AATGAGCTAAATACCT-ACAAAAAATGGAAAAAAAAAAA  138

seq1  AAAAGAATGAACCTTGCACATGAGAAGTCCCTGATCACTGTTTCCTACAA  200
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATGA--CTTGCACATGAGAAGTCCCTGATCACTGTTTCCTACAA  186

seq1  CACACAA-CCATGTGCTGTACAAAGAGAGCTATAGGAGCATGTTCTGCAT  249
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAACCCATGTGCTGTACAAAGAGAGCTATAGGAGCATGTTCTGCAT  236

seq1  CCAGACTCCAGTTCCATCAGTGATTTCAGGAAAACCATGTTCTGCCTCCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTCCAGTTCCATCAGTGATTTCAGGAAAACCATGTTCTGCCTCCC  286

seq1  AGCCTCAACCTCCCTTTTGTGTGGCATAGCAGCAACAATACATAGTTCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAACCTCCCTTTTGTGTGGCATAGCAGCAACAATACATAGTTCCA  336

seq1  GTGCCCTTTCCACCTGTGATCTTTTTCTCTTTGTGTGTGTACATAGAGTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTTTCCACCTGTGATCTTTTTCTCTTTGTGTGTGTACATAGAGTA  386

seq1  TTTTGTAAATATTTACAAAATCTCTCTCCTTCCTGCTGTGGAAAATCATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAAATATTTACAAAATCTCTCTCCTTCCTGCTGTGGAAAATCATT  436

seq1  GGCTATAAAAAAAAAGTCACTTCTCACTTAATTACCATGACTTGGGTGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATAAAAAAAAAGTCACTTCTCACTTAATTACCATGACTTGGGTGAG  486

seq1  AAAAGGAGCCCCTTCCAACATAGAGCCTGGAGCCTCTGGGAGGAAACAGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAGCCCCTTCCAACATAGAGCCTGGAGCCTCTGGGAGGAAACAGT  536

seq1  TTCCAAATGTGTTTATAATTGCTTGGTAATCAGTCAGACTTCAAGATCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAATGTGTTTATAATTGCTTGGTAATCAGTCAGACTTCAAGATCCT  586

seq1  TTGTAACTAAGCACTGTGATGTGGGGAGGATGCTGGGAGCTTTTCCATCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACTAAGCACTGTGATGTGGGGAGGATGCTGGGAGCTTTTCCATCT  636

seq1  CAGTTCCTTACCCATCCCTCTGCACATGTGTAGGTGGAACAGCTTTTTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCTTACCCATCCCTCTGCACATGTGTAGGTGGAACAGCTTTTTAA  686

seq1  ATCAAGGTCAGGTTAAGTGGACTATATGTGGAGAACTCCACATTTGGCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGGTCAGGTTAAGTGGACTATATGTGGAGAACTCCACATTTGGCTA  736

seq1  CAAGCCACTTGGAGCTTAATCACATTACATTTTGCCTTCGAACTTTGTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCACTTGGAGCTTAATCACATTACATTTTGCCTTCGAACTTTGTGT  786

seq1  CTCAGGTCTGTGTCCCATTTCTTTGTAAGCTCTCTTTCTATAAACGCCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTCTGTGTCCCATTTCTTTGTAAGCTCTCTTTCTATAAACGCCTT  836

seq1  TCTGCACAAAGAGCATTTCTAAAAGGTTGAATATAGTGATTAGTGACACG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACAAAGAGCATTTCTAAAAGGTTGAATATAGTGATTAGTGACACG  886

seq1  TACACATTTAATCTTCTCTAGTCTTTTCCTGTCTGGGGCTCCCCTCCCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATTTAATCTTCTCTAGTCTTTTCCTGTCTGGGGCTCCCCTCCCTG  936

seq1  CTTTTATTCCTTAGAGCTTTATGCCTGTATCAAGAAATGTTTTTATCTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATTCCTTAGAGCTTTATGCCTGTATCAAGAAATGTTTTTATCTGT  986

seq1  CTTGCTATTTTCTTTTCTGTCTTATAAATCCTTAAAGGAATGCAGTATGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTATTTTCTTTTCTGTCTTATAAATCCTTAAAGGAATGCAGTATGA  1036

seq1  GCGAGTTCAGTGAGAGGCTGGCTGGATGACTCTAGAGAGAATGAATTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGTTCAGTGAGAGGCTGGCTGGATGACTCTAGAGAGAATGAATTC  1084


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |