BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296C08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 37,603,352 - 37,690,733
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042132, LOC545600, LOC621458
Downstream geneLOC277771, LOC100039448, LOC665520
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296C08.bB6Ng01-296C08.g
ACCGA091830GA091831
length1,1241,115
definitionB6Ng01-296C08.b B6Ng01-296C08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,689,585 - 37,690,733)(37,603,352 - 37,604,472)
sequence
gaattctgatactgatactataatttggggtcttcacccagctttgagca
aatacaacttaaatatatactgtcaaataaacttgtatgtacatgagtgt
gagatgtattgaatatgtaacttcttttggctaccactgacagagaagct
cagttcccttgcttgtaagaagctggttgtttcctgaataaatgacaagt
gaaaaatgaaatgagacctaaaacataaaacaaggtagacatgatcatct
caatattaagaacagtatattaatcttctggcagtccatttgcataatta
aactttgtaagataacttttttttctcttgtgggcaaaatctagaataag
agtctttgctgaaggcttttatttgagagaaaaatctgctaataatacct
catataagtgctatcaagaatagaccaacagcgtaaagtaactattgact
taaatgaaggctttataataatgttttgatcttcaacattcaaaacttta
atatctaagtttcaactttaattgtcttatataacttcctcaaacctact
ctaatgacttatttattgtctctgtgttttcataatcttataaggacatt
attagatgtactattgacattcgatctacatttccaatgaaaaagtgtat
cgcttatccaaatgaaaagccaagtagacaacattattgacaagccaaaa
tcaataaaattatataagtcattaaagttagctacccagtccttttccag
ccttgaaatacttgaggcacacaactatattataccgcattaaataatct
gaagaagaagaactcaggttcaagccacacattcagaagctataccaaat
tgcaattttcttttgagtatagagtaagttatagatgcaatcaaatgtaa
agacatcgttatggcatattgaactataagtcactaaattgtctgctcaa
aatggcctccacctccaagattgtattatacttgtcatcatttgagacaa
atctatttaaatgcaatgacacatgagcatgaaaccaaatatacgcaaga
atctagtgaagaaatgagtggtttagcatttcatcaaatcaaagtagatt
ggtggtttcaaaactctactgaaa

gaattcactatgtagtttgtgctggacacagttttcactccaaagtacta
aaataaacaccactctatatttattttgccatttttataaaccaccaatt
taatagcttgaagtaatatataatattactcattcagtaaaataattgta
aaagaactgattcatataatatcttaggtgttggttgatagaaacatctg
gggtacaaacatttaattttcatctgctttatgtaaaaagacagtattat
cagctcccatactttaacaagatgaagcttatgaatcacagaaaatggcc
tagggtttggatgataatgtaatgggcttgcttgatctcttttagactgt
caatgtttgagcattgcaaaaggatgaatattgtttataacatataatta
aaaactatatttctcactggcttttacttatgtgaaaagtactagtatga
ttattacttaacaaaaaatagcttcttatcattaagaaaaattcaattat
tctgatatagatatactctagaatatgaatccttgaatgaaatgagaaag
catgcatataaaaccatgtcagttttttaatatgttgactttgtttcaaa
accaattaatggttttattaaagtgatttcagctaattatacaataacta
ggccatccatttaaaaagtcattatacctcaaatattagaaattattaat
tattttatatacactcgctgtccaatttagttaatttacatgcctatttg
actcactaatatacttgacatattgtagttgacgttttgtataaaatcaa
acttaaagtcagttgaatcaaagaatgcattattatcagaaagaaatgtt
tattcaaaatctaggatatgaatcattaagaaaaatttgtttcatatttt
taatttcttaagtatataatttcaaatacgaaagttatgacctgaacaca
taagcacattctctgatacatagtgaagtactttacgtttatatttgggt
ctctatatacatgtgtggatgtttgttctagttattattttgtagcacat
tttgtatctttgtatgtaattacattgaacagatatatgcaggatgagat
ggaatttaggctagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_37689585_37690733
seq2: B6Ng01-296C08.b_45_1168 (reverse)

seq1  TTTCAGGTTAGAGTTTTTGAAAACAAACAAATCTACTTTTGAATTTGATT  50
      ||||||  ||||| |||||||| |  || ||||||||||   ||||||| 
seq2  TTTCAG--TAGAG-TTTTGAAACC--ACCAATCTACTTT--GATTTGAT-  42

seq1  GAAAATGCTAAACCACTCAATTTCTTCAACTAGAATTCTTTGCGTATAAT  100
        |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||| ||
seq2  -GAAATGCTAAACCACTC-ATTTCTTC-ACTAG-ATTC-TTGCGTAT-AT  86

seq1  TTGGTTTCATTGCTTCATGGTTGTTCATTTGCATTTAAATAGATTTGTCT  150
      ||||||||| ||| |||||  || ||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  TTGGTTTCA-TGC-TCATG--TG-TCA-TTGCATTTAAATAGATTTGTC-  129

seq1  TCAAATGATGAACAAAGTATAATACAAATCTTGGAGGTGGAGGCCATTTT  200
      |||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGATGA--CAAGTATAATAC-AATCTTGGAGGTGGAGGCCATTTT  176

seq1  GAGCAGACAATTTAGTGACCTTATAGTTCAATATGCCATAACGATGTCTT  250
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGACAATTTAGTGA-CTTATAGTTCAATATGCCATAACGATGTCTT  225

seq1  TACATTTGATTGCATCTATAACTTACTCTATACTCAAAAGAAAATTGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTGATTGCATCTATAACTTACTCTATACTCAAAAGAAAATTGCAA  275

seq1  TTTGGTATAGCTTCTGAATGTGTGGCTTGAACCTGAGTTCTTCTTCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTATAGCTTCTGAATGTGTGGCTTGAACCTGAGTTCTTCTTCTTCA  325

seq1  GATTATTTAATGCGGTATAATATAGTTGTGTGCCTCAAGTATTTCAAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTTAATGCGGTATAATATAGTTGTGTGCCTCAAGTATTTCAAGGC  375

seq1  TGGAAAAGGACTGGGTAGCTAACTTTAATGACTTATATAATTTTATTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAGGACTGGGTAGCTAACTTTAATGACTTATATAATTTTATTGAT  425

seq1  TTTGGCTTGTCAATAATGTTGTCTACTTGGCTTTTCATTTGGATAAGCGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTTGTCAATAATGTTGTCTACTTGGCTTTTCATTTGGATAAGCGA  475

seq1  TACACTTTTTCATTGGAAATGTAGATCGAATGTCAATAGTACATCTAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTTTTCATTGGAAATGTAGATCGAATGTCAATAGTACATCTAATA  525

seq1  ATGTCCTTATAAGATTATGAAAACACAGAGACAATAAATAAGTCATTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTTATAAGATTATGAAAACACAGAGACAATAAATAAGTCATTAGA  575

seq1  GTAGGTTTGAGGAAGTTATATAAGACAATTAAAGTTGAAACTTAGATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTTTGAGGAAGTTATATAAGACAATTAAAGTTGAAACTTAGATATT  625

seq1  AAAGTTTTGAATGTTGAAGATCAAAACATTATTATAAAGCCTTCATTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTTGAATGTTGAAGATCAAAACATTATTATAAAGCCTTCATTTAA  675

seq1  GTCAATAGTTACTTTACGCTGTTGGTCTATTCTTGATAGCACTTATATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATAGTTACTTTACGCTGTTGGTCTATTCTTGATAGCACTTATATGA  725

seq1  GGTATTATTAGCAGATTTTTCTCTCAAATAAAAGCCTTCAGCAAAGACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTATTAGCAGATTTTTCTCTCAAATAAAAGCCTTCAGCAAAGACTC  775

seq1  TTATTCTAGATTTTGCCCACAAGAGAAAAAAAAGTTATCTTACAAAGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTAGATTTTGCCCACAAGAGAAAAAAAAGTTATCTTACAAAGTTT  825

seq1  AATTATGCAAATGGACTGCCAGAAGATTAATATACTGTTCTTAATATTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGCAAATGGACTGCCAGAAGATTAATATACTGTTCTTAATATTGA  875

seq1  GATGATCATGTCTACCTTGTTTTATGTTTTAGGTCTCATTTCATTTTTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATCATGTCTACCTTGTTTTATGTTTTAGGTCTCATTTCATTTTTCA  925

seq1  CTTGTCATTTATTCAGGAAACAACCAGCTTCTTACAAGCAAGGGAACTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCATTTATTCAGGAAACAACCAGCTTCTTACAAGCAAGGGAACTGA  975

seq1  GCTTCTCTGTCAGTGGTAGCCAAAAGAAGTTACATATTCAATACATCTCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCTGTCAGTGGTAGCCAAAAGAAGTTACATATTCAATACATCTCA  1025

seq1  CACTCATGTACATACAAGTTTATTTGACAGTATATATTTAAGTTGTATTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATGTACATACAAGTTTATTTGACAGTATATATTTAAGTTGTATTT  1075

seq1  GCTCAAAGCTGGGTGAAGACCCCAAATTATAGTATCAGTATCAGAATTC  1149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAAGCTGGGTGAAGACCCCAAATTATAGTATCAGTATCAGAATTC  1124


seq1: chr4_37603352_37604472
seq2: B6Ng01-296C08.g_68_1182

seq1  GAATTCACTATGTAGTTTGTGCTGGACACAGTTTTCACTCCAAAGTACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGTTTGTGCTGGACACAGTTTTCACTCCAAAGTACTA  50

seq1  AAATAAACACCACTCTATATTTATTTTGCCATTTTTATAAACCACCAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAACACCACTCTATATTTATTTTGCCATTTTTATAAACCACCAATT  100

seq1  TAATAGCTTGAAGTAATATATAATATTACTCATTCAGTAAAATAATTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGCTTGAAGTAATATATAATATTACTCATTCAGTAAAATAATTGTA  150

seq1  AAAGAACTGATTCATATAATATCTTAGGTGTTGGTTGATAGAAACATCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACTGATTCATATAATATCTTAGGTGTTGGTTGATAGAAACATCTG  200

seq1  GGGTACAAACATTTAATTTTCATCTGCTTTATGTAAAAAGACAGTATTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACAAACATTTAATTTTCATCTGCTTTATGTAAAAAGACAGTATTAT  250

seq1  CAGCTCCCATACTTTAACAAGATGAAGCTTATGAATCACAGAAAATGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCATACTTTAACAAGATGAAGCTTATGAATCACAGAAAATGGCC  300

seq1  TAGGGTTTGGATGATAATGTAATGGGCTTGCTTGATCTCTTTTAGACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTTGGATGATAATGTAATGGGCTTGCTTGATCTCTTTTAGACTGT  350

seq1  CAATGTTTGAGCATTGCAAAAGGATGAATATTGTTTATAACATATAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTTGAGCATTGCAAAAGGATGAATATTGTTTATAACATATAATTA  400

seq1  AAAACTATATTTCTCACTGGCTTTTACTTATGTGAAAAGTACTAGTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATATTTCTCACTGGCTTTTACTTATGTGAAAAGTACTAGTATGA  450

seq1  TTATTACTTAACAAAAAATAGCTTCTTATCATTAAGAAAAATTCAATTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTTAACAAAAAATAGCTTCTTATCATTAAGAAAAATTCAATTAT  500

seq1  TCTGATATAGATATACTCTAGAATATGAATCCTTGAATGAAATGAGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATATAGATATACTCTAGAATATGAATCCTTGAATGAAATGAGAAAG  550

seq1  CATGCATATAAAACCATGTCAGTTTTTTAATATGTTGACTTTGTTTCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATATAAAACCATGTCAGTTTTTTAATATGTTGACTTTGTTTCAAA  600

seq1  ACCAATTAATGGTTTTATTAAAGTGATTTCAGCTAATTATACAATAACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTAATGGTTTTATTAAAGTGATTTCAGCTAATTATACAATAACTA  650

seq1  GGCCATCCATTTAAAAAGTCATTATACCTCAAATATTAGAAATTATTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCCATTTAAAAAGTCATTATACCTCAAATATTAGAAATTATTAAT  700

seq1  TATTTTATATACACTCGCTGTCCAATTTAGTTAATTTACATGCCTATTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATATACACTCGCTGTCCAATTTAGTTAATTTACATGCCTATTTG  750

seq1  ACTCACTAATATACTTGACATATTGTAGTTGACGTTTTGTATAAAATCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTAATATACTTGACATATTGTAGTTGACGTTTTGTATAAAATCAA  800

seq1  ACTTAAAGTCAGTTGAATCAAAGAATGCATTATTATCAGAAAGAAATGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAGTCAGTTGAATCAAAGAATGCATTATTATCAGAAAGAAATGTT  850

seq1  TATTCAAAATCTAGGATATGAATCATTAAGAAAAATTTGTTTCATATTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAAAATCTAGGATATGAATCATTAAGAAAAATTTGTTTCATATTTT  900

seq1  TAATTTCTTAAGTATATAATTTCAAATACGAAAGTTATGACCTGAACACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAATTTCTTAAGTATATAATTTCAAATACGAAAGTTATGACCTGAACAC-  949

seq1  ATAAGCACATTCTCTGAATACATAGTGAAGTACTTTACGTTTATATTT-G  999
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATAAGCACATTCTCTG-ATACATAGTGAAGTACTTTACGTTTATATTTGG  998

seq1  GTCTCTAATATACATGTGTGGATGTTTGTCTAAGTTA-TATTTTGTAGCA  1048
      |||||| ||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||
seq2  GTCTCT-ATATACATGTGTGGATGTTTGTTCTAGTTATTATTTTGTAGCA  1047

seq1  CATTTTGTATCTTTGTATGTTATTAACATTTGAAACAGATATATGCAAAG  1098
      |||||||||||||||||||| ||| |||||   ||||||||||||| | |
seq2  CATTTTGTATCTTTGTATGTAATT-ACATT--GAACAGATATATGC-AGG  1093

seq1  ATGAGAATGATATTTAGGATAGT  1121
      ||||| |||  ||||||| ||||
seq2  ATGAG-ATGGAATTTAGGCTAGT  1115


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |