BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296P20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 64,900,593 - 65,024,903
singlet/doubletdoublet
Overlap genePappa
Upstream genenone
Downstream geneAstn2, Trim32
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296P20.bB6Ng01-296P20.g
ACCGA092461GA092462
length1,0321,090
definitionB6Ng01-296P20.b B6Ng01-296P20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,023,881 - 65,024,903)(64,900,593 - 64,901,672)
sequence
gaattcttcgagacatagcttacattctgtctcctcatgaaacctccagt
tttctctaatcctttctccacaattattcatatattgacaatgcactaat
tgtctaataacttggtagttctttccataaattcttgtgcaactctcctg
tccatagcctttgtcctggatactccctctgtctgcaacactccctgaat
tcatcttgctctgctggacataatggaaattccacatgcacatcacattg
ttagtgcaaaggctggtgagtttttccaagacttggttttctatactgca
attcaaatgtggccaatagctttaccaacagaaagaaaattccccaagga
caggagcgatgtttattttattcatgaaggaatctttacttattcctgta
atagatatatagtttgtagactgtcagagacactgacatctgtgatttac
ttactgtgtccctcccattatcagtgagcagggaagggtttatttgtttg
ttggttggttggttggtttgatgtacatgcatgtgtactactgcatcata
gccagtgaagcaaataattagtggagcctaggaacttttaatatagttga
acacatgttaaggtcagagacctgacagtcatgaagagcccagaaccctg
tgatgaaaatgtcttagttcctccagcatttgtaggttcaagtattgtta
cccaagggagaaaaatactcctgggcatatacccagaagatgctcccaac
atattagaaggacacatgctccactatgtgcatagcagccatatttataa
tagccaaaagctggaaacaaccccagatgctctctcaacagaggatttag
atacagaagattgtggtacatttacacaatgggattacagctattaaaaa
caaggacataatgaaattttgcaaacaattggatggaaccttgagaatat
catccttgagtgaggtgattcagtcacaaggacaaattatggtatgtact
tccctgataagtggatacttgcccaaagtttg

gaattcttcataattgtaaacactgctagaacctacctttcgtctttgcc
agccatcagtgattctgatctatataaatgaatacttacctattttgctt
aggcgaatgagatatgccactttagaacaccctggaggaaggttctggtg
aaggtagaatgtgggacctggaccttctaaaataaatgcttgggtgtcta
tccaccccatccggtgttgttttaaaactattcagccatgggcaacaact
agaaagatgttttcaggaaagcatcagcaagctgcagtcctcagaccaga
atgttatatttgtacgtttggagggaaccacagccatgtgtgctcctgtg
tctgacagcttttctgacacatctgagtctagtgggtaaagcaagatcct
atgtcccagagaaacgaaaatactatctgtccctttaaccataaagattt
tcacttgctaatctgaacatgagagggtatttgattcttttgtagtgtct
ggtgcagagagtaaatggaaattaggatgttattctccacttattgcaaa
atgaactaaaatttaaatatagagtggtaaagctgaaagactcttctaga
aatagcactgagtggtgagtctagaatcatcttcccttgctgctttgggc
ctcatttttccttctactcagactagaatgaattttctggattatacgtt
tttaaaatgtttctctgtaatgtttgtgaagagaaggttgtttgttgttg
agaagccgagacttgcttcctcctaagtccagtatacaaacatattcttt
actaggttcaagtgatccgttggtggtagcgtttgaggatcatcttttgt
atgccaagcatatttctaaactattagtccctggacaactttttttatgg
atcacttttttgctcattagaagaaaggaatgtttgtagcagacgataaa
acaaaaacagagttatgctgtctttaaaccaaagagcttggcctcggtgg
tgatggtgtgtgaatttaacccccagtacctcagagcagagctcttgtga
tttttattgaacttcagggcagctagtctacaaagcaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_65023881_65024903
seq2: B6Ng01-296P20.b_51_1082 (reverse)

seq1  CAAACTTTTGGGCTAGTATCCACTTATCAGTG-AGTACATACCATATTTG  49
      ||||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| || 
seq2  CAAAC-TTTGGGCAAGTATCCACTTATCAGGGAAGTACATACCATAATTT  49

seq1  TTCCTTTGTGACTGAATCACCTCACTC-AGGATGATATTCTCAA-GTTCC  97
       ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  GTCC-TTGTGACTGAATCACCTCACTCAAGGATGATATTCTCAAGGTTCC  98

seq1  ATCCATTTGTCTGC-AAATTTCATTATGTCCTTGTTTTTAATAGCTGT-A  145
      ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATCCAATTGTTTGCAAAATTTCATTATGTCCTTGTTTTTAATAGCTGTAA  148

seq1  TTCCATTGTGTAAATGTACCAC-ATTTTCTGTATCT-AATCCTCTGTTGA  193
      | |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||
seq2  TCCCATTGTGTAAATGTACCACAATCTTCTGTATCTAAATCCTCTGTTGA  198

seq1  G-GGGCATCT-GGGTTGTTTCCAGCTTTTGGCTATTATAAATATGGCTGC  241
      | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCATCTGGGGTTGTTTCCAGCTTTTGGCTATTATAAATATGGCTGC  248

seq1  TATGCACATAGTGGAGCATGTGTCCTTCTAATATGTT-GGAGCATCTTCT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATGCACATAGTGGAGCATGTGTCCTTCTAATATGTTGGGAGCATCTTCT  298

seq1  GGGTATATGCCCAGGAGTATTTTTCT-CCTTGGGTAACAATACTTGAACC  339
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATATGCCCAGGAGTATTTTTCTCCCTTGGGTAACAATACTTGAACC  348

seq1  TACAAATGCTGGAGGAACTAAGACATTTTCATCACAGGGTTCTGGGCTCT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATGCTGGAGGAACTAAGACATTTTCATCACAGGGTTCTGGGCTCT  398

seq1  TCATGACTGTCAGGTCTCTGACCTTAACATGTGTTCAACTATATTAAAAG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACTGTCAGGTCTCTGACCTTAACATGTGTTCAACTATATTAAAAG  448

seq1  TTCCTAGGCTCCACTAATTATTTGCTTCACTGGCTATGATGCAGTAGTAC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGGCTCCACTAATTATTTGCTTCACTGGCTATGATGCAGTAGTAC  498

seq1  ACATGCATGTACATCAAACCAACCAACCAACCAACAAACAAATAAACCCT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCATGTACATCAAACCAACCAACCAACCAACAAACAAATAAACCCT  548

seq1  TCCCTGCTCACTGATAATGGGAGGGACACAGTAAGTAAATCACAGATGTC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCTCACTGATAATGGGAGGGACACAGTAAGTAAATCACAGATGTC  598

seq1  AGTGTCTCTGACAGTCTACAAACTATATATCTATTACAGGAATAAGTAAA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTCTGACAGTCTACAAACTATATATCTATTACAGGAATAAGTAAA  648

seq1  GATTCCTTCATGAATAAAATAAACATCGCTCCTGTCCTTGGGGAATTTTC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTTCATGAATAAAATAAACATCGCTCCTGTCCTTGGGGAATTTTC  698

seq1  TTTCTGTTGGTAAAGCTATTGGCCACATTTGAATTGCAGTATAGAAAACC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTGGTAAAGCTATTGGCCACATTTGAATTGCAGTATAGAAAACC  748

seq1  AAGTCTTGGAAAAACTCACCAGCCTTTGCACTAACAATGTGATGTGCATG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTGGAAAAACTCACCAGCCTTTGCACTAACAATGTGATGTGCATG  798

seq1  TGGAATTTCCATTATGTCCAGCAGAGCAAGATGAATTCAGGGAGTGTTGC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTTCCATTATGTCCAGCAGAGCAAGATGAATTCAGGGAGTGTTGC  848

seq1  AGACAGAGGGAGTATCCAGGACAAAGGCTATGGACAGGAGAGTTGCACAA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGGGAGTATCCAGGACAAAGGCTATGGACAGGAGAGTTGCACAA  898

seq1  GAATTTATGGAAAGAACTACCAAGTTATTAGACAATTAGTGCATTGTCAA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTATGGAAAGAACTACCAAGTTATTAGACAATTAGTGCATTGTCAA  948

seq1  TATATGAATAATTGTGGAGAAAGGATTAGAGAAAACTGGAGGTTTCATGA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAATAATTGTGGAGAAAGGATTAGAGAAAACTGGAGGTTTCATGA  998

seq1  GGAGACAGAATGTAAGCTATGTCTCGAAGAATTC  1023
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAGAATGTAAGCTATGTCTCGAAGAATTC  1032


seq1: chr4_64900593_64901672
seq2: B6Ng01-296P20.g_74_1163

seq1  GAATTCTTCATAATTGTAAACACTGCTAGAACCTACCTTTCGTCTTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATAATTGTAAACACTGCTAGAACCTACCTTTCGTCTTTGCC  50

seq1  AGCCATCAGTGATTCTGATCTATATAAATGAATACTTACCTATTTTGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCAGTGATTCTGATCTATATAAATGAATACTTACCTATTTTGCTT  100

seq1  AGGCGAATGAGATATGCCACTTTAGAACACCCTGGAGGAAGGTTCTGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGAATGAGATATGCCACTTTAGAACACCCTGGAGGAAGGTTCTGGTG  150

seq1  AAGGTAGAATGTGGGACCTGGACCTTCTAAAATAAATGCTTGGGTGTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGAATGTGGGACCTGGACCTTCTAAAATAAATGCTTGGGTGTCTA  200

seq1  TCCACCCCATCCGGTGTTGTTTTAAAACTATTCAGCCATGGGCAACAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCCATCCGGTGTTGTTTTAAAACTATTCAGCCATGGGCAACAACT  250

seq1  AGAAAGATGTTTTCAGGAAAGCATCAGCAAGCTGCAGTCCTCAGACCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATGTTTTCAGGAAAGCATCAGCAAGCTGCAGTCCTCAGACCAGA  300

seq1  ATGTTATATTTGTACGTTTGGAGGGAACCACAGCCATGTGTGCTCCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATATTTGTACGTTTGGAGGGAACCACAGCCATGTGTGCTCCTGTG  350

seq1  TCTGACAGCTTTTCTGACACATCTGAGTCTAGTGGGTAAAGCAAGATCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAGCTTTTCTGACACATCTGAGTCTAGTGGGTAAAGCAAGATCCT  400

seq1  ATGTCCCAGAGAAACGAAAATACTATCTGTCCCTTTAACCATAAAGATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCAGAGAAACGAAAATACTATCTGTCCCTTTAACCATAAAGATTT  450

seq1  TCACTTGCTAATCTGAACATGAGAGGGTATTTGATTCTTTTGTAGTGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGCTAATCTGAACATGAGAGGGTATTTGATTCTTTTGTAGTGTCT  500

seq1  GGTGCAGAGAGTAAATGGAAATTAGGATGTTATTCTCCACTTATTGCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAGAGAGTAAATGGAAATTAGGATGTTATTCTCCACTTATTGCAAA  550

seq1  ATGAACTAAAATTTAAATATAGAGTGGTAAAGCTGAAAGACTCTTCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTAAAATTTAAATATAGAGTGGTAAAGCTGAAAGACTCTTCTAGA  600

seq1  AATAGCACTGAGTGGTGAGTCTAGAATCATCTTCCCTTGCTGCTTTGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCACTGAGTGGTGAGTCTAGAATCATCTTCCCTTGCTGCTTTGGGC  650

seq1  CTCATTTTTCCTTCTACTCAGACTAGAATGAATTTTCTGGATTATACGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTTTCCTTCTACTCAGACTAGAATGAATTTTCTGGATTATACGTT  700

seq1  TTTAAAATG-TTCTCTGTAATGTTTGTGAAGAGAAGGTTGTTTGTTGTTG  749
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATGTTTCTCTGTAATGTTTGTGAAGAGAAGGTTGTTTGTTGTTG  750

seq1  AGAAGCCGAGACTTGCTTCCTCCTAAGTCCAGTATACAAACATATTCTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCGAGACTTGCTTCCTCCTAAGTCCAGTATACAAACATATTCTTT  800

seq1  ACTAGGTTCAAAGTGATCCGTTGGTGGTAGCGTTTGAGGATCATCTTTTG  849
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGTTC-AAGTGATCCGTTGGTGGTAGCGTTTGAGGATCATCTTTTG  849

seq1  TATGCCAAGCATATTTCTAAACTATTAGTCCCTGGACAACTTTTTTTATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCAAGCATATTTCTAAACTATTAGTCCCTGGACAACTTTTTTTATG  899

seq1  GATCACTTTTTTGC-CAATAGAAGAAAGGAATGTTTGTAGCAGACGATAA  948
      |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACTTTTTTGCTCATTAGAAGAAAGGAATGTTTGTAGCAGACGATAA  949

seq1  A--CAAAACAGAGTTATGCTGTCTTTAAACC-AAGAGCTTGGCC-CG--T  992
      |   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||   
seq2  AACAAAAACAGAGTTATGCTGTCTTTAAACCAAAGAGCTTGGCCTCGGTG  999

seq1  GTGATG--GTGTGGATTTAA-CCCCAGTACTCAAGAGGCAGAGC-CTGGT  1038
      ||||||  ||||| |||||| |||||||||   ||| ||||||| || ||
seq2  GTGATGGTGTGTGAATTTAACCCCCAGTACCTCAGA-GCAGAGCTCTTGT  1048

seq1  GATTTTTA-TGAGTTCAAGGGCAGCCTAGTCTACAAAGCAATT  1080
      |||||||| |||  |  ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTATTGAACTTCAGGGCAG-CTAGTCTACAAAGCAATT  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |