BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300N23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 65,998,157 - 66,140,251
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAstn2
Upstream genePappa, Trim32
Downstream geneLOC667499, Tlr4, LOC100039379
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300N23.bB6Ng01-300N23.g
ACCGA095334GA095335
length9991,134
definitionB6Ng01-300N23.b B6Ng01-300N23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,139,252 - 66,140,251)(65,998,157 - 65,999,284)
sequence
gaattcacagagtcacaggagtgtgtaaccgcttctgggatgaacataca
tatagacagacacaacgacaaacacataggtctctagctgccagatgaag
gtgacctaggagatcagggtggagggtggctgggagctgggggcggagaa
gcagcatgaagctcattagtaactgactactctggtggaacagtcctctc
tcggggcccataactctgtctctggaaagaagaatgatgagtgggaagtg
gcagagagtctagcagcacatggctgagcagggtagggagagaaaagctg
agtccctgacttctttccctacccaatacactcacaaaaagagaagagct
gcatcatgaaaaaggaaagggggaagggctgaaagaaatctgaaaactgg
gccacggtgctttatttaagtaagcagccatctggacatggcacctgaac
ggtcaaggttgtttccctgttctgaagaaggagtgctgtgaaagggagca
tcacacatgttgcagttcaatttctccacagttctgggtgtttggcagtg
ttttcagtcctcggtgtctatatcacatctgtacatggacaatactcttg
aacgtttcagagttggcataatgattaaattatttgacttatcgtaaact
cattcctacaggcctactaaattcagatcagcttttcctctgtcaggata
ccttcctaataaggtttctttgggtagacctgatctataccctgccaagt
ctttatatctccctctgccaggacattaacacttgtcatccaattaaaat
tccatgtttattgctctgtattccactatataaaggctgggaagtcacag
gagacaaagagtagcttattacttttaacgttagttctagaataattcct
agaataacctgagttaaaaagtcaatgaatttagtacgaaataattctat
attagaaggtttatgttgtttgtttgtttgtttgttgtttattggaagg

gaattcccaacactaaataaagatgtcaaaatagaagggggagctacagt
tcccctgggaggtcaatatcaacttagtgtcttagatacataacttaggt
aagttagggaaattattcataacctaacatggttctcctgtgtttggtgt
gatgaactgaaggagaggggaaattctttatgacagatgataaagccacc
agttaaaatcagaccagctccttcatgcttcactaggagagcccaagaag
caaaagccgagcaaaacagccacttccttattttccctaaatcaacagac
tgtggctaactacagagtagttacattgttgttcaactgaacaactgaac
tcatttaagtggacttctataaaaaaatggccacttaaaatataaaaaca
aacacagagtagatcaaaaggcagttccctctgggctgtttaaagtacaa
atgaaagaaagtaaggaagaacagtagatcaggctccatgtcatctagag
agagatagaaggatatgagtcactcttggcaaggctgactcacagtcagg
caccatttccaaggccggaagttccatttatttcatagatggattttatt
tatttatttacttacttacttattgtgcgtgcaagtttgcctgagtgaac
gtgtatacatgatgggcatggggtgcctgcaaaggagagcagaaggagac
aaattgcttggccctatagttatggatgctgtgagacatgagatgggtga
tagtaaccgaaactgtgttctctgcaaaagctcaaagtgcttttatatgt
taatctatctctacagccctagaatgttcttttaatactcaacttatgct
gtactatgggcggtcctataacaaatttcttcattattaaataaatatta
cagtatatatcattttacagggtatatgattttagttaggcacttagaac
atatttttctagttttctcaaaaccagaaaaacatacatataagggtctg
tacagactattactttaaggacaaaaattcagggaacaacagtaaggatc
atacaggtattggtgctaatacataatttcacacttaacaagctcaatat
gctcatgtacaatggttatattacatccgtatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_66139252_66140251
seq2: B6Ng01-300N23.b_45_1043 (reverse)

seq1  CCCTCCAATAAACAAACAAACAAACAAACAAACAACATAAACCCTTCTAA  50
      || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCTTCCAATAAAC-AACAAACAAACAAACAAACAACATAAA-CCTTCTAA  48

seq1  TATAGAATTATTTTCGTACT-AATTCATTGACTTTTTAACTCAGGTTATT  99
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAATTA-TTTCGTACTAAATTCATTGACTTTTTAACTCAGGTTATT  97

seq1  CTAGGAATTATTCTAGAACTAACGTTAAAAGTAATAAGCTACTCTTTGTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAATTATTCTAGAACTAACGTTAAAAGTAATAAGCTACTCTTTGTC  147

seq1  TCCTGTGACTTCCCAGCC-TTATATAGTGGAATACAGAGCAATAAACATG  198
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGACTTCCCAGCCTTTATATAGTGGAATACAGAGCAATAAACATG  197

seq1  GAATTTTAATTGGATGACAAGTGTTAATGTCCTGGCAGAGGGAGATATAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTAATTGGATGACAAGTGTTAATGTCCTGGCAGAGGGAGATATAA  247

seq1  AGACTTGGCAGGGTATAGATCAGGTCTACCCAAAGAAACCTTATTAGGAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGGCAGGGTATAGATCAGGTCTACCCAAAGAAACCTTATTAGGAA  297

seq1  GGTATCCTGACAGAGGAAAAGCTGATCTGAATTTAGTAGGCCTGTAGGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCCTGACAGAGGAAAAGCTGATCTGAATTTAGTAGGCCTGTAGGAA  347

seq1  TGAGTTTACGATAAGTCAAATAATTTAATCATTATGCCAACTCTGAAACG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTACGATAAGTCAAATAATTTAATCATTATGCCAACTCTGAAACG  397

seq1  TTCAAGAGTATTGTCCATGTACAGATGTGATATAGACACCGAGGACTGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAGTATTGTCCATGTACAGATGTGATATAGACACCGAGGACTGAA  447

seq1  AACACTGCCAAACACCCAGAACTGTGGAGAAATTGAACTGCAACATGTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGCCAAACACCCAGAACTGTGGAGAAATTGAACTGCAACATGTGT  497

seq1  GATGCTCCCTTTCACAGCACTCCTTCTTCAGAACAGGGAAACAACCTTGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCCCTTTCACAGCACTCCTTCTTCAGAACAGGGAAACAACCTTGA  547

seq1  CCGTTCAGGTGCCATGTCCAGATGGCTGCTTACTTAAATAAAGCACCGTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTCAGGTGCCATGTCCAGATGGCTGCTTACTTAAATAAAGCACCGTG  597

seq1  GCCCAGTTTTCAGATTTCTTTCAGCCCTTCCCCCTTTCCTTTTTCATGAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGTTTTCAGATTTCTTTCAGCCCTTCCCCCTTTCCTTTTTCATGAT  647

seq1  GCAGCTCTTCTCTTTTTGTGAGTGTATTGGGTAGGGAAAGAAGTCAGGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCTTCTCTTTTTGTGAGTGTATTGGGTAGGGAAAGAAGTCAGGGA  697

seq1  CTCAGCTTTTCTCTCCCTACCCTGCTCAGCCATGTGCTGCTAGACTCTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTTTTCTCTCCCTACCCTGCTCAGCCATGTGCTGCTAGACTCTCT  747

seq1  GCCACTTCCCACTCATCATTCTTCTTTCCAGAGACAGAGTTATGGGCCCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTTCCCACTCATCATTCTTCTTTCCAGAGACAGAGTTATGGGCCCC  797

seq1  GAGAGAGGACTGTTCCACCAGAGTAGTCAGTTACTAATGAGCTTCATGCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGGACTGTTCCACCAGAGTAGTCAGTTACTAATGAGCTTCATGCT  847

seq1  GCTTCTCCGCCCCCAGCTCCCAGCCACCCTCCACCCTGATCTCCTAGGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCCGCCCCCAGCTCCCAGCCACCCTCCACCCTGATCTCCTAGGTC  897

seq1  ACCTTCATCTGGCAGCTAGAGACCTATGTGTTTGTCGTTGTGTCTGTCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCATCTGGCAGCTAGAGACCTATGTGTTTGTCGTTGTGTCTGTCTA  947

seq1  TATGTATGTTCATCCCAGAAGCGGTTACACACTCCTGTGACTCTGTGAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTTCATCCCAGAAGCGGTTACACACTCCTGTGACTCTGTGAAT  997

seq1  TC  1000
      ||
seq2  TC  999


seq1: chr4_65998157_65999284
seq2: B6Ng01-300N23.g_66_1199

seq1  GAATTCCCAACACTAAATAAAGATGTCAAAATAGAAGGGGGAGCTACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAACACTAAATAAAGATGTCAAAATAGAAGGGGGAGCTACAGT  50

seq1  TCCCCTGGGAGGTCAATATCAACTTAGTGTCTTAGATACATAACTTAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGGGAGGTCAATATCAACTTAGTGTCTTAGATACATAACTTAGGT  100

seq1  AAGTTAGGGAAATTATTCATAACCTAACATGGTTCTCCTGTGTTTGGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGGGAAATTATTCATAACCTAACATGGTTCTCCTGTGTTTGGTGT  150

seq1  GATGAACTGAAGGAGAGGGGAAATTCTTTATGACAGATGATAAAGCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAACTGAAGGAGAGGGGAAATTCTTTATGACAGATGATAAAGCCACC  200

seq1  AGTTAAAATCAGACCAGCTCCTTCATGCTTCACTAGGAGAGCCCAAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAATCAGACCAGCTCCTTCATGCTTCACTAGGAGAGCCCAAGAAG  250

seq1  CAAAAGCCGAGCAAAACAGCCACTTCCTTATTTTCCCTAAATCAACAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCCGAGCAAAACAGCCACTTCCTTATTTTCCCTAAATCAACAGAC  300

seq1  TGTGGCTAACTACAGAGTAGTTACATTGTTGTTCAACTGAACAACTGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTAACTACAGAGTAGTTACATTGTTGTTCAACTGAACAACTGAAC  350

seq1  TCATTTAAGTGGACTTCTATAAAAAAATGGCCACTTAAAATATAAAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAAGTGGACTTCTATAAAAAAATGGCCACTTAAAATATAAAAACA  400

seq1  AACACAGAGTAGATCAAAAGGCAGTTCCCTCTGGGCTGTTTAAAGTACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGAGTAGATCAAAAGGCAGTTCCCTCTGGGCTGTTTAAAGTACAA  450

seq1  ATGAAAGAAAGTAAGGAAGAACAGTAGATCAGGCTCCATGTCATCTAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGAAAGTAAGGAAGAACAGTAGATCAGGCTCCATGTCATCTAGAG  500

seq1  AGAGATAGAAGGATATGAGTCACTCTTGGCAAGGCTGACTCACAGTCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAGAAGGATATGAGTCACTCTTGGCAAGGCTGACTCACAGTCAGG  550

seq1  CACCATTTCCAAGGCCGGAAGTTCCATTTATTTCATAGATGGATTTTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTTCCAAGGCCGGAAGTTCCATTTATTTCATAGATGGATTTTATT  600

seq1  TATTTATTTACTTACTTACTTATTGTGCGTGCAAGTTTGCCTGAGTGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTACTTACTTACTTATTGTGCGTGCAAGTTTGCCTGAGTGAAC  650

seq1  GTGTATACATGATGGGCATGGGGTGCCTGCAAAGGAGAGCAGAAGGAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATACATGATGGGCATGGGGTGCCTGCAAAGGAGAGCAGAAGGAGAC  700

seq1  AAATTGCTTGGCCCTATAGTTATGGATGCTGTGAGACATGAGATGGGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCTTGGCCCTATAGTTATGGATGCTGTGAGACATGAGATGGGTGA  750

seq1  TAGTAACCGAAACTGTGTTCTCTGCAAAAGCTCAAAGTGCTTTTATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAACCGAAACTGTGTTCTCTGCAAAAGCTCAAAGTGCTTTTATATGT  800

seq1  TAATCTATCTCTACAGCCCTAGAATGTTCTTTTAATACTCAACTTATGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTATCTCTACAGCCCTAGAATGTTCTTTTAATACTCAACTTATGCT  850

seq1  GTACTATGGGCGGTCCTATAACAAATTTCTTCATTATTAAATAAATATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTATGGGCGGTCCTATAACAAATTTCTTCATTATTAAATAAATATTA  900

seq1  CAGTATATATCATTTTACAGGGTATATGATTTTAGTTAGGCACTTAGAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATATATCATTTTACAGGGTATATGATTTTAGTTAGGCACTTAGAAC  950

seq1  ATATTTTTCTAGTTTTCTCAAAAACCAGAAAAACATACATATAAGGTTCT  1000
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATATTTTTCTAGTTTTCTC-AAAACCAGAAAAACATACATATAAGGGTCT  999

seq1  GTACAGACTATAACCTTAAGGACAATATTCCAAGGGAACAACAGTAAAGA  1050
      ||||||||||| || |||||||||| | | | ||||||||||||||| ||
seq2  GTACAGACTATTACTTTAAGGACAAAAATTC-AGGGAACAACAGTAAGGA  1048

seq1  TCATACAAGGTAT--GTGCT-ATACATA--TTCACACCT-ACAAGCTC-A  1093
      |||||| ||||||  ||||| |||||||  ||||||| | |||||||| |
seq2  TCATAC-AGGTATTGGTGCTAATACATAATTTCACACTTAACAAGCTCAA  1097

seq1  TATGCTCATGTAC-ATGGTTATA-TACATCCGTATAT  1128
      ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  TATGCTCATGTACAATGGTTATATTACATCCGTATAT  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |