BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300P17
Chromosome4 (Build37)
Map Location 71,786,241 - 71,893,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTle1
Upstream geneLOC100039979, LOC667638, EG667649
Downstream geneAldoa-ps2, EG384113, LOC667713, LOC100039698
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300P17.bB6Ng01-300P17.g
ACCGA095415GA095416
length1,1631,098
definitionB6Ng01-300P17.b B6Ng01-300P17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,786,241 - 71,787,418)(71,892,851 - 71,893,948)
sequence
gaattcctgatttgcaactgtacaggcagacttgaaagcatctaggtgca
aggcaggtgtgagtgcactttcctgtggagaacactgcccgccccatcat
ttactgttggacagtgcagacccaccaaatatgcttctgttttcattttt
ccgacactgccaaatgagttctgagtacttatttaagaatttaatggatt
gacttcctcaatattaccatagctattgtcctatggaactttcttaatca
aaaggctaaaagatgactctccatctaaggcaacccagatagagggacaa
agggtgctttcagtctaagtatgcactaccacaacaaaagcatcacccca
aacacacccacaccaacccttcccccaccaccacttgcttgttagctctc
tatctacccttcttgtttgagaatgacattatttagatatctagttagga
cagcccagttcacagtctgctgaagaacaacattacaggtctggcaatca
taaggctaataagtgcttctaagttcttgatggagtagcttagtgttttg
ggagacaattctttctgttccagtcttactacagctatggcagaaaggaa
aagctaccttcccaccctcttgacaataccaaaccagtttggaagggttt
acatgccatattagcaaatgttgatgtttgatataaagtttacagggaaa
ttttgagtagatagctgggatcaagagtccacattaactactttttctct
actgcataggatacgatcttagaaatcgtgtgttcaaagtgagctccaaa
ccactgcaaacatctccaaaaatcagccgatcaacaccgggatttaacca
gtgtagtggcagtaactgaatcctgctcaatgaacgaatagggcagaagc
ttgaccacctaacataggaaacagaggggcttctactctctgcttatgaa
aatagctcagtgaacctgatgcttgctcaccagacaatccagctgagaga
cggggctcttgtttgccggggtgctgatgtcccacacttacgcagccctt
gccactgtgtacacgtgcttgtggggtgctgatggtcactgcacaaccac
ctcccgtggtttgagggtgtgatctgcagcatgtccggtatcagttccaa
tgagcatcagggg

gaattcaggagatagaagtaaactaatcttttgagctcaagggcagattg
atctacattgtaaattccaggccagccagagctatacagttagaccctgt
ctgataataatagggataaagataataataacaataacccccacacttca
ttacaaaaaacaccctatgcttaactctctgatgtacaatcctatacatt
gttttctcacccattcactcttataagcatgtgaactcaggtttcagtct
gctttctgcccgtgagtctgtgaatttaagtttctaattgtgtttgcatc
ctaagatttgttgccctaactttcaaagtggtattcagcaattggtggtt
attacgctatggagaaatggtagactcaacagttacgactgctggtaggc
ctgtgtgaacagtaactttctcatacgatctttacaaggaacttccagca
actgagatgaagctgataagactggaactatttcaacaataccactgctg
gagctggaattgatgtcatgtgctgacacagttgtctgtggtttagatac
atttatagtgatgaaacaattttattctaaagttaaaaatgaggaaactc
actgactcaacacttccagagctccatggcagtagagataagcaaaagtt
gctgccaagtgttttaagagtgtagagaaaccatggtgttctggagtgca
tgtctaagcacatgcaaagcccaggggttggtattctcagcaccaaaggt
aaaaaagaaatcaaggtccatggagcagaatggctttgaaaaagtaagag
tgctcaaagaattcataccaaagatatttctgccagagatgatgtcctca
ttcctctagctctatgtagcaatatacattttggtagaaaaacattggct
catttgaagttaaatctgggccacgtctaaacaaatatttcttacttgtt
cagcatatactttggagattatacttcttttttttttttaggattcattt
atttcatttaatatgagtacacgtagctgtctcagacacacccagaagaa
gggcacttgatcccgttacagattgtgtgagccacatgttagtgctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_71786241_71787418
seq2: B6Ng01-300P17.b_46_1208

seq1  GAATTCCTGATTTGCAACTGTACAGGCAGACTTGAAAGCATCTAGGTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATTTGCAACTGTACAGGCAGACTTGAAAGCATCTAGGTGCA  50

seq1  AGGCAGGTGTGAGTGCACTTTCCTGTGGAGAACACTGCCCGCCCCATCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTGTGAGTGCACTTTCCTGTGGAGAACACTGCCCGCCCCATCAT  100

seq1  TTACTGTTGGACAGTGCAGACCCACCAAATATGCTTCTGTTTTCATTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTTGGACAGTGCAGACCCACCAAATATGCTTCTGTTTTCATTTTT  150

seq1  CCGACACTGCCAAATGAGTTCTGAGTACTTATTTAAGAATTTAATGGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGACACTGCCAAATGAGTTCTGAGTACTTATTTAAGAATTTAATGGATT  200

seq1  GACTTCCTCAATATTACCATAGCTATTGTCCTATGGAACTTTCTTAATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCTCAATATTACCATAGCTATTGTCCTATGGAACTTTCTTAATCA  250

seq1  AAAGGCTAAAAGATGACTCTCCATCTAAGGCAACCCAGATAGAGGGACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTAAAAGATGACTCTCCATCTAAGGCAACCCAGATAGAGGGACAA  300

seq1  AGGGTGCTTTCAGTCTAAGTATGCACTACCACAACAAAAGCATCACCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCTTTCAGTCTAAGTATGCACTACCACAACAAAAGCATCACCCCA  350

seq1  AACACACCCACACCAACCCTTCCCCCACCACCACTTGCTTGTTAGCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACCCACACCAACCCTTCCCCCACCACCACTTGCTTGTTAGCTCTC  400

seq1  TATCTACCCTTCTTGTTTGAGAATGACATTATTTAGATATCTAGTTAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTACCCTTCTTGTTTGAGAATGACATTATTTAGATATCTAGTTAGGA  450

seq1  CAGCCCAGTTCACAGTCTGCTGAAGAACAACATTACAGGTCTGGCAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAGTTCACAGTCTGCTGAAGAACAACATTACAGGTCTGGCAATCA  500

seq1  TAAGGCTAATAAGTGCTTCTAAGTTCTTGATGGAGTAGCTTAGTGTTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTAATAAGTGCTTCTAAGTTCTTGATGGAGTAGCTTAGTGTTTTG  550

seq1  GGAGACAATTCTTTCTGTTCCAGTCTTACTACAGCTATGGCAGAAAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAATTCTTTCTGTTCCAGTCTTACTACAGCTATGGCAGAAAGGAA  600

seq1  AAGCTACCTTCCCACCCTCTTGACAATACCAAACCAGTTTGGAAGGGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACCTTCCCACCCTCTTGACAATACCAAACCAGTTTGGAAGGGTTT  650

seq1  ACATGCCATATTAGCAAATGTTGATGTTTGATATAAAGTTTACAGGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCATATTAGCAAATGTTGATGTTTGATATAAAGTTTACAGGGAAA  700

seq1  TTTTGAGTAGATAGCTGGGATCAAGAGTCCACATTAACTACTTTTTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGTAGATAGCTGGGATCAAGAGTCCACATTAACTACTTTTTCTCT  750

seq1  ACTGCATAGGATACGATCTTAGAAATCGTGTGTTCAAAGTGAGCTCCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATAGGATACGATCTTAGAAATCGTGTGTTCAAAGTGAGCTCCAAA  800

seq1  CCACTGCAAACATCTCCAAAAATCAGCCGATCAACACCGGGATTTAACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCAAACATCTCCAAAAATCAGCCGATCAACACCGGGATTTAACCA  850

seq1  GTGTAGTGGCAGTAACTGAATCCTGCTCAATGAACGAATAGGGCAGAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTGGCAGTAACTGAATCCTGCTCAATGAACGAATAGGGCAGAAGC  900

seq1  TTGACCACCTAACATAGGAAACAGAGGGGCTTCTACTCTCTGCTTATGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCACCTAACATAGGAAACAGAGGGGCTTCTACTCTCTGCTTATGAA  950

seq1  AATAGCTCAGGTGAACCTGATGCTTGCTCACCAGACAATCCAGCTGAGAG  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTCA-GTGAACCTGATGCTTGCTCACCAGACAATCCAGCTGAGAG  999

seq1  ACGGGGCTCTTG-TTGCCGGGGTGGCTGATGTCCCACACCTTAACGCAGC  1049
      |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  | |||||||
seq2  ACGGGGCTCTTGTTTGCCGGGGT-GCTGATGTCCCACAC--TTACGCAGC  1046

seq1  CCTTGCCACCTGTGTACACGTGCCTTGTGGGGTTGCTGATGGTCACTGCA  1099
      |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCA-CTGTGTACACGTG-CTTGTGGGG-TGCTGATGGTCACTGCA  1093

seq1  CACACCACCTCCCCGTGG-TTGAGGGTGTTGATCTGCCGAGCATGTCGGG  1148
      || ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||| ||
seq2  CA-ACCACCT-CCCGTGGTTTGAGGGTG-TGATCTGC--AGCATGTCCGG  1138

seq1  GAATCCCAGGTCCAATGAGGGCATCAGGGG  1178
         |  ||| ||||||||  ||||||||||
seq2  ---TATCAGTTCCAATGA--GCATCAGGGG  1163


seq1: chr4_71892851_71893948
seq2: B6Ng01-300P17.g_68_1165 (reverse)

seq1  TCAGCAACTACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACGGGATCCAGTGCCC  50
      ||||||   |||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAGCACTAACAT-GTGGCTCAC-ACAATCTGTAACGGGATCAAGTGCCC  48

seq1  -TCTTCT-GGTGTGTCTGAAGACAGCTACGTGTACTCATA-TAAATGAAA  97
       |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTCTTCTGGGTGTGTCTG-AGACAGCTACGTGTACTCATATTAAATGAAA  97

seq1  TAAATGAATCTTAAAAAAAAAAAAGAAGTATAATCTCCAAAGTATATGCT  147
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAATCCTAAAAAAAAAAAAGAAGTATAATCTCCAAAGTATATGCT  147

seq1  GAACAAGTAAGAAATATTTGTTTAGACGTGG-CCAGATTTAACTTTCAAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  GAACAAGTAAGAAATATTTGTTTAGACGTGGCCCAGATTTAAC-TTCAAA  196

seq1  TGAGCCAATGTTTTTCTACCAAAATGTATATTGCTACATAGAGCTAGAGG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAATGTTTTTCTACCAAAATGTATATTGCTACATAGAGCTAGAGG  246

seq1  AATGAGGACATCATCTCTGGCAGAAATATCTTTGGTATGAATTCTTTGAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGACATCATCTCTGGCAGAAATATCTTTGGTATGAATTCTTTGAG  296

seq1  CACTCTTACTTTTTCAAAGCCATTCTGCTCCATGGACCTTGATTTCTTTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTACTTTTTCAAAGCCATTCTGCTCCATGGACCTTGATTTCTTTT  346

seq1  TTACCTTTGGTGCTGAGAATACCAACCCCTGGGCTTTGCATGTGCTTAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTGGTGCTGAGAATACCAACCCCTGGGCTTTGCATGTGCTTAGA  396

seq1  CATGCACTCCAGAACACCATGGTTTCTCTACACTCTTAAAACACTTGGCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACTCCAGAACACCATGGTTTCTCTACACTCTTAAAACACTTGGCA  446

seq1  GCAACTTTTGCTTATCTCTACTGCCATGGAGCTCTGGAAGTGTTGAGTCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTTTGCTTATCTCTACTGCCATGGAGCTCTGGAAGTGTTGAGTCA  496

seq1  GTGAGTTTCCTCATTTTTAACTTTAGAATAAAATTGTTTCATCACTATAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTCCTCATTTTTAACTTTAGAATAAAATTGTTTCATCACTATAA  546

seq1  ATGTATCTAAACCACAGACAACTGTGTCAGCACATGACATCAATTCCAGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCTAAACCACAGACAACTGTGTCAGCACATGACATCAATTCCAGC  596

seq1  TCCAGCAGTGGTATTGTTGAAATAGTTCCAGTCTTATCAGCTTCATCTCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCAGTGGTATTGTTGAAATAGTTCCAGTCTTATCAGCTTCATCTCA  646

seq1  GTTGCTGGAAGTTCCTTGTAAAGATCGTATGAGAAAGTTACTGTTCACAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGGAAGTTCCTTGTAAAGATCGTATGAGAAAGTTACTGTTCACAC  696

seq1  AGGCCTACCAGCAGTCGTAACTGTTGAGTCTACCATTTCTCCATAGCGTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTACCAGCAGTCGTAACTGTTGAGTCTACCATTTCTCCATAGCGTA  746

seq1  ATAACCACCAATTGCTGAATACCACTTTGAAAGTTAGGGCAACAAATCTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCACCAATTGCTGAATACCACTTTGAAAGTTAGGGCAACAAATCTT  796

seq1  AGGATGCAAACACAATTAGAAACTTAAATTCACAGACTCACGGGCAGAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCAAACACAATTAGAAACTTAAATTCACAGACTCACGGGCAGAAA  846

seq1  GCAGACTGAAACCTGAGTTCACATGCTTATAAGAGTGAATGGGTGAGAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTGAAACCTGAGTTCACATGCTTATAAGAGTGAATGGGTGAGAAA  896

seq1  ACAATGTATAGGATTGTACATCAGAGAGTTAAGCATAGGGTGTTTTTTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTATAGGATTGTACATCAGAGAGTTAAGCATAGGGTGTTTTTTGT  946

seq1  AATGAAGTGTGGGGGTTATTGTTATTATTATCTTTATCCCTATTATTATC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGTGTGGGGGTTATTGTTATTATTATCTTTATCCCTATTATTATC  996

seq1  AGACAGGGTCTAACTGTATAGCTCTGGCTGGCCTGGAATTTACAATGTAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGGTCTAACTGTATAGCTCTGGCTGGCCTGGAATTTACAATGTAG  1046

seq1  ATCAATCTGCCCTTGAGCTCAAAAGATTAGTTTACTTCTATCTCCTGAAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCTGCCCTTGAGCTCAAAAGATTAGTTTACTTCTATCTCCTGAAT  1096

seq1  TC  1098
      ||
seq2  TC  1098


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |