BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304P07
Chromosome4 (Build37)
Map Location 14,721,092 - 14,836,761
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700034K16Rik, Otud6b, LOC100040047, Tmem55a
Upstream geneRunx1t1, LOC625831, LOC433687, LOC100040030, LOC433688, Slc26a7
Downstream geneOTTMUSG00000004551, Efcbp1, Tmem64, LOC100040095, LOC633695, Calb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304P07.bB6Ng01-304P07.g
ACCGA098370GA098371
length1,103756
definitionB6Ng01-304P07.b B6Ng01-304P07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,721,092 - 14,722,201)(14,836,194 - 14,836,761)
sequence
gaattcaaggctcttttccactttctcttctattagactcagtgcatctg
gttttatgtggatgtctttgatccacttggacttgagctttgtataagat
ggtaaatatggatcagtgacatgaaggggtgtttcaaatatacacgggac
ctaaatattaactacaacatgcgcagaccaggatgatatatggaggctta
ctgaattgaaaaagaaagataacctgttggtcatacaggcatatacacag
ttttatttctagaaatccagaggcagcagcagacaaggtatgggaaaggg
aaaaaaaggtgaatgggagacatgaggaggaaaataggtttcagaaacca
accaagtccactttaggatgattgtcagtgacatcctggactgacagcat
ccagtaaaaccagaggacaatcagcttagttaaaggctggacaatggaag
tcctggtggaaaaaaattaggtgcgtttgaaaactatgtgacattactct
gaaataaaatgaagccagtataataaaaagatgcaagaagtgaaggatta
agtttggcatatacacacatacaatacatatatatatatatactgcagaa
ttctctgaggcaaagtaaaggcttgataatggttatgtaaatgctacaaa
gctttaaaaggtaatgaagccaccaaggcaaggccagagtggactgcaca
tattggtgccagcagcgcacacagtggggagcagtgggaggctgtggcta
ctgaaagctctaagtgtgccatcatgctgagttgaaaagataactgtgca
gaaactaagcttactatataggaatttgaaagatagtaactgaaatggac
acgccaaagagtaagttgagagtaactaaacatggaagtgaggatgggaa
ctgaaagtgtcataaaagataattctagtataagcccttaagcaatgagt
tttcttataacaacatgcaacagaaaacaaattcaaagaggaaagcaagc
acttcatggtttcagtgagagctcagaaaaatcatctgtccttaggagag
tgtgagttcccatcttatagctgtactacacattcagtactactaactac
tat

gaattctatcagaccttcaaagaaggcctaataacaacactcttcaaact
atttcacaaaatagaaacagaaggaacactacccaattcattctaggaag
ccacagttatgctgcatattctcccttggagatggaatggtttctgccta
atcaggaacttgtcacaatttccttttatagaggacttcataagagaatt
tttctacttctatcatgtttaatgttccaaatagattttaaaaactggtt
gagtgcatattacttttagcttcagaagatatcatgtatatttaagaggc
attaactattataaattattttgatgacttaaaactatgtcaatactggg
ttgtatattttaaaataaattttattatgattttaacataatataaaaat
aagtaagtaaatatcaaattcatgtcttcagcaaaattgcatgaaacatg
ccattattctacctaaattcttgccagcacttcaacaacacttagtgttg
ttcttatttaccgcgggcaagaatggtttttaattatagttttgagtatg
tataaccctttttttttctaaatgattagacatcttttcaactgctaatt
ggcctactttcttattgaacacttgttcatgtctttaacatcttttgata
gagattttaatcaagaaagtcaatgtaatatatggcaatccttttgtaaa
tttatttttattaattctagttatgtataagtgtgtgtgtgtgtgtatgt
gtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_14721092_14722201
seq2: B6Ng01-304P07.b_45_1147

seq1  GAATTCAAGGCTCTTTTCCACTTTCTCTTCTATTAGACTCAGTGCATCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCTCTTTTCCACTTTCTCTTCTATTAGACTCAGTGCATCTG  50

seq1  GTTTTATGTGGATGTCTTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTATAAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATGTGGATGTCTTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTATAAGAT  100

seq1  GGTAAATATGGATCAGTGACATGAAGGGGTGTTTCAAATATACACGGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATATGGATCAGTGACATGAAGGGGTGTTTCAAATATACACGGGAC  150

seq1  CTAAATATTAACTACAACATGCGCAGACCAGGATGATATATGGAGGCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATATTAACTACAACATGCGCAGACCAGGATGATATATGGAGGCTTA  200

seq1  CTGAATTGAAAAAGAAAGATAACCTGTTGGTCATACAGGCATATACACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTGAAAAAGAAAGATAACCTGTTGGTCATACAGGCATATACACAG  250

seq1  TTTTATTTCTAGAAATCCAGAGGCAGCAGCAGACAAGGTATGGGAAAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTCTAGAAATCCAGAGGCAGCAGCAGACAAGGTATGGGAAAGGG  300

seq1  AAAAAAAGGTGAATGGGAGACATGAGGAGGAAAATAGGTTTCAGAAACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGGTGAATGGGAGACATGAGGAGGAAAATAGGTTTCAGAAACCA  350

seq1  ACCAAGTCCACTTTAGGATGATTGTCAGTGACATCCTGGACTGACAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTCCACTTTAGGATGATTGTCAGTGACATCCTGGACTGACAGCAT  400

seq1  CCAGTAAAACCAGAGGACAATCAGCTTAGTTAAAGGCTGGACAATGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAAACCAGAGGACAATCAGCTTAGTTAAAGGCTGGACAATGGAAG  450

seq1  TCCTGGTGGAAAAAAATTAGGTGCGTTTGAAAACTATGTGACATTACTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTGGAAAAAAATTAGGTGCGTTTGAAAACTATGTGACATTACTCT  500

seq1  GAAATAAAATGAAGCCAGTATAATAAAAAGATGCAAGAAGTGAAGGATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAAATGAAGCCAGTATAATAAAAAGATGCAAGAAGTGAAGGATTA  550

seq1  AGTTTGGCATATACACACATACAATACATATATATATATATACTGCAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGCATATACACACATACAATACATATATATATATATACTGCAGAA  600

seq1  TTCTCTGAGGCAAAGTAAAGGCTTGATAATGGTTATGTAAATGCTACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGAGGCAAAGTAAAGGCTTGATAATGGTTATGTAAATGCTACAAA  650

seq1  GCTTTAAAAGGTAATGAAGCCACCAAGGCAAGGCCAGAGTGGACTGCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAAAAGGTAATGAAGCCACCAAGGCAAGGCCAGAGTGGACTGCACA  700

seq1  TATTGGTGCCAGCAGCGCACACAGTGGGGAGCAGTGGGAGGCTGTGGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTGCCAGCAGCGCACACAGTGGGGAGCAGTGGGAGGCTGTGGCTA  750

seq1  CTGAAAGCTCTAAGTGTGCCATCATGCTGAGTTGAAAAGATAACTGTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGCTCTAAGTGTGCCATCATGCTGAGTTGAAAAGATAACTGTGCA  800

seq1  GAAACTAAGCTTACTATATAGGAATTTGAAAGATAGTAACTGAAATGGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTAAGCTTACTATATAGGAATTTGAAAGATAGTAACTGAAATGGAC  850

seq1  ACGCCAAAGAGTAAGTTGAGAGTAACTAAACATGGAAGTGAGGATGGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCAAAGAGTAAGTTGAGAGTAACTAAACATGGAAGTGAGGATGGGAA  900

seq1  CTGAAAGTGTCATAAAAGATAATTCTAGTATAAGCCTTTAAGCAATGAGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGAAAGTGTCATAAAAGATAATTCTAGTATAAGCCCTTAAGCAATGAGT  950

seq1  TTTCTTATAACAACATGCAAACAG-AAACAAATTCAAAGAGGAAAGCAAA  999
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTCTTATAACAACATGC-AACAGAAAACAAATTCAAAGAGGAAAGC-AA  998

seq1  GCACTTCATGGTTTTCAGTGAGAGCTCAG-AAAATCATCTGTCCTTTAGA  1048
      ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||
seq2  GCACTTCATGG-TTTCAGTGAGAGCTCAGAAAAATCATCTGTCCTTAGGA  1047

seq1  GAAGTGTGAGTTCCCATCTTATAGCTGTAACTACACCATTTCAAGTTACT  1098
      | |||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||   ||||
seq2  G-AGTGTGAGTTCCCATCTTATAGCTGT-ACTACAC--ATTCA--GTACT  1091

seq1  ACTAACTACTAT  1110
      ||||||||||||
seq2  ACTAACTACTAT  1103


seq1: chr4_14836194_14836761
seq2: B6Ng01-304P07.g_259_826 (reverse)

seq1  ACACACACATACACACACACACACACTTATACATAACTAGAATTAATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACATACACACACACACACACTTATACATAACTAGAATTAATAAA  50

seq1  AATAAATTTACAAAAGGATTGCCATATATTACATTGACTTTCTTGATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTTACAAAAGGATTGCCATATATTACATTGACTTTCTTGATTAA  100

seq1  AATCTCTATCAAAAGATGTTAAAGACATGAACAAGTGTTCAATAAGAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTATCAAAAGATGTTAAAGACATGAACAAGTGTTCAATAAGAAAG  150

seq1  TAGGCCAATTAGCAGTTGAAAAGATGTCTAATCATTTAGAAAAAAAAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCAATTAGCAGTTGAAAAGATGTCTAATCATTTAGAAAAAAAAAGG  200

seq1  GTTATACATACTCAAAACTATAATTAAAAACCATTCTTGCCCGCGGTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATACATACTCAAAACTATAATTAAAAACCATTCTTGCCCGCGGTAAA  250

seq1  TAAGAACAACACTAAGTGTTGTTGAAGTGCTGGCAAGAATTTAGGTAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACAACACTAAGTGTTGTTGAAGTGCTGGCAAGAATTTAGGTAGAA  300

seq1  TAATGGCATGTTTCATGCAATTTTGCTGAAGACATGAATTTGATATTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCATGTTTCATGCAATTTTGCTGAAGACATGAATTTGATATTTAC  350

seq1  TTACTTATTTTTATATTATGTTAAAATCATAATAAAATTTATTTTAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTATTTTTATATTATGTTAAAATCATAATAAAATTTATTTTAAAAT  400

seq1  ATACAACCCAGTATTGACATAGTTTTAAGTCATCAAAATAATTTATAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACCCAGTATTGACATAGTTTTAAGTCATCAAAATAATTTATAATA  450

seq1  GTTAATGCCTCTTAAATATACATGATATCTTCTGAAGCTAAAAGTAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATGCCTCTTAAATATACATGATATCTTCTGAAGCTAAAAGTAATAT  500

seq1  GCACTCAACCAGTTTTTAAAATCTATTTGGAACATTAAACATGATAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAACCAGTTTTTAAAATCTATTTGGAACATTAAACATGATAGAAG  550

seq1  TAGAAAAATTCTCTTATG  568
      ||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAATTCTCTTATG  568


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |