BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306D05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 18,722,594 - 18,761,815
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMmp16
Downstream geneLOC667251, LOC435772, Cngb3, LOC623122, Cpne3, LOC100040306, 2410005O16Rik, Wwp1, Slc7a13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306D05.bB6Ng01-306D05.g
ACCGA099300GA099301
length1,131813
definitionB6Ng01-306D05.b B6Ng01-306D05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,722,594 - 18,723,735)(18,761,006 - 18,761,815)
sequence
gaattcagtggattataaaattcacatttactttcattgatgactagaac
tatgatacatctgtgtgaagatataattttggtattttggtggtccaaaa
ttgtattaactttcagcttagtacaaatttctgctcacaaataatgtgtg
atcagagaaaaattgtagtaatcatttgtctgtttatataataatcacca
tgtcaaatcgaaaatataaactatccctttaatgaatgctatgtatatca
ctgtctatcttgacatctacaaagtacaataatccaaatctttgagaagt
ttaaggtctatgacagaggattggagcacacaacctctcaacattttcca
aaccatagattccatttagaaatgagacagaggaaagcttcccaggattt
ttaagctggtactgaggtggcttgaggtttatgttcttctactgttggaa
tgcaatccttgacaagtctgtctcatctccattgctagacactgtctctg
tctaaagccttgattctaaaggaagagccaggggtctctttagcctggac
tctctggggatgctgaacgattttaacatggcataagtttgtcctagttt
atgctttaaaaaatgattgtactagaattttgcactaaaaagtagaaagt
tgagtaacaagctagtagttttggctataaatataagcaggctgttaaag
tttttgaaatctaaaaccttcacatggcctccggggacactgactaggct
cttttgagattgtccagatgtgacagatgcatgaatcccactgagctgtt
ctttatcctggaggaaatccagaatgttctggccaaaataaggtgaacaa
atgcatttagtcatacattacatactacttgaagtccataagcagtaatg
aatcttttgccttgtttattatattttatattatgtgacaacacccatta
tgaaatgccacagggcagatgtatcatgaaaaataaacaaaattctagag
ccagaagtcatttttatacatatcattagaaaagcttctcaaacagatgt
cctttgctttgtgcctagtcttccatgagctgtcaggtccagagcaaaaa
taaatggaaccgttctataacctaaaggctt

gaattccttagagttttctaggaaagcaaatggaaaaatgacatgaaaac
acctgcaagaatgacaatgagaaaggaggacaggatagactcccaatgca
gcatttttctatggagacatttcaggggatgaatactgaagaaaggaatt
gttactgcacattcatacaggtgttataaaggcatatatgcataatatga
ttggctctcttccaaaggagcataagagttggctaaacattttttgaagc
tcaaacaaggagaaactccattcagcttagttgagcttttatttccttac
taaatgacctttcatatatgtagattttaaatatggcatactaatcataa
tgtggcataatataaaaagtcacaacaatattgaaaactacaagatacaa
aaatgacttgattgaaaatattactctgctgatgtttttcaatgtccctt
tcatacatattgtttaagactattcatttaacatttattgtggttggcat
accccatctatataccaaccagtagcttcatctattgtaggatgttgcat
gaaattcttcatgaaacagttttgaactcaatacatttgtgttttcttaa
gatatgaactaaccagtaatccgagagcttcctcggactaaaccaccaac
caaagaaaacacacggagggactcatggctctagttgcttatgtagcaga
ggatggcctagttggtcattgataggaggagaggcccttggtcctgtgaa
ggttctatgccccagtgtaggggaatgcctgggccaagaagtgggagtgg
ggtggggttgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_18722594_18723735
seq2: B6Ng01-306D05.b_44_1174

seq1  GAATTCAGTGGATTATAAAATTCACATTTACTTTCATTGATGACTAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGGATTATAAAATTCACATTTACTTTCATTGATGACTAGAAC  50

seq1  TATGATACATCTGTGTGAAGATATAATTTTGGTATTTTGGTGGTCCAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATACATCTGTGTGAAGATATAATTTTGGTATTTTGGTGGTCCAAAA  100

seq1  TTGTATTAACTTTCAGCTTAGTACAAATTTCTGCTCACAAATAATGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTAACTTTCAGCTTAGTACAAATTTCTGCTCACAAATAATGTGTG  150

seq1  ATCAGAGAAAAATTGTAGTAATCATTTGTCTGTTTATATAATAATCACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGAAAAATTGTAGTAATCATTTGTCTGTTTATATAATAATCACCA  200

seq1  TGTCAAATCGAAAATATAAACTATCCCTTTAATGAATGCTATGTATATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAATCGAAAATATAAACTATCCCTTTAATGAATGCTATGTATATCA  250

seq1  CTGTCTATCTTGACATCTACAAAGTACAATAATCCAAATCTTTGAGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTATCTTGACATCTACAAAGTACAATAATCCAAATCTTTGAGAAGT  300

seq1  TTAAGGTCTATGACAGAGGATTGGAGCACACAACCTCTCAACATTTTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTCTATGACAGAGGATTGGAGCACACAACCTCTCAACATTTTCCA  350

seq1  AACCATAGATTCCATTTAGAAATGAGACAGAGGAAAGCTTCCCAGGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATAGATTCCATTTAGAAATGAGACAGAGGAAAGCTTCCCAGGATTT  400

seq1  TTAAGCTGGTACTGAGGTGGCTTGAGGTTTATGTTCTTCTACTGTTGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCTGGTACTGAGGTGGCTTGAGGTTTATGTTCTTCTACTGTTGGAA  450

seq1  TGCAATCCTTGACAAGTCTGTCTCATCTCCATTGCTAGACACTGTCTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATCCTTGACAAGTCTGTCTCATCTCCATTGCTAGACACTGTCTCTG  500

seq1  TCTAAAGCCTTGATTCTAAAGGAAGAGCCAGGGGTCTCTTTAGCCTGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGCCTTGATTCTAAAGGAAGAGCCAGGGGTCTCTTTAGCCTGGAC  550

seq1  TCTCTGGGGATGCTGAACGATTTTAACATGGCATAAGTTTGTCCTAGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGGGATGCTGAACGATTTTAACATGGCATAAGTTTGTCCTAGTTT  600

seq1  ATGCTTTAAAAAATGATTGTACTAGAATTTTGCACTAAAAAGTAGAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTAAAAAATGATTGTACTAGAATTTTGCACTAAAAAGTAGAAAGT  650

seq1  TGAGTAACAAGCTAGTAGTTTTGGCTATAAATATAAGCAGGCTGTTAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAACAAGCTAGTAGTTTTGGCTATAAATATAAGCAGGCTGTTAAAG  700

seq1  TTTTTGAAATCTAAAACCTTCACATGGCCTCCGGGGACACTGACTAGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAAATCTAAAACCTTCACATGGCCTCCGGGGACACTGACTAGGCT  750

seq1  CTTTTGAGATTGTCCAGATGTGACAGATGCATGAATCCCACTGAGCTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGATTGTCCAGATGTGACAGATGCATGAATCCCACTGAGCTGTT  800

seq1  CTTTATCCTGGAGGAAATCCAGAATGTTCTGGCCAAAATAAGGTGAACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCCTGGAGGAAATCCAGAATGTTCTGGCCAAAATAAGGTGAACAA  850

seq1  ATGCATTTAGTCATACATTACATACTACTTGAAGTCCATAAGCAGTAATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTTAGTCATACATTACATACTACTTGAAGTCCATAAGCAGTAATG  900

seq1  AATCTTTTGCCTTGTTTATTTATATTTTATATTTATGTGACAACACCCAT  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTTGCCTTGTTTA-TTATATTTTATA-TTATGTGACAACACCCAT  948

seq1  TATGAAATGCCACAGGGCAGATGTATCATGAAAAATAAACAAAATTCTAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TATGAAATGCCACAGGGCAGATGTATCATGAAAAATAAACAAAATTCT-A  997

seq1  GAGCCAGAAGTCATTTTTAATTAACATATCAATTAGGAAAAGCTTCTCCA  1050
      |||||||||||||||||||    ||||||| |||| ||||||||||| ||
seq2  GAGCCAGAAGTCATTTTTA---TACATATC-ATTA-GAAAAGCTTCT-CA  1041

seq1  AACAGATGTCCTTTGCTTTGTGCCTAGTCTTTCAATGAGCTGTCAGTTCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || 
seq2  AACAGATGTCCTTTGCTTTGTGCCTAGTC-TTCCATGAGCTGTCAGGTCC  1090

seq1  AGAGCAAAAATAAAATGAAACGGTTCTATAAACTAAGGGCTT  1142
      ||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||| |||||
seq2  AGAGCAAAAAT-AAATGGAACCGTTCTATAACCTAAAGGCTT  1131


seq1: chr4_18761006_18761815
seq2: B6Ng01-306D05.g_66_878 (reverse)

seq1  CCCCAACCC--ACCCACTCCCACTTCTTGGCCCAGGCATTCCCCTACACT  48
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACCCCACCCCACTCCCACTTCTTGGCCCAGGCATTCCCCTACACT  50

seq1  GGGGCATAGAACCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTCCTCCTATCAATGACC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCATAGAACCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTCCTCCTATCAATGACC  100

seq1  AACTAGGCCATCCTCTGCTACATAAGCAACTAGAGCCATGAGT-CCTCCG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACTAGGCCATCCTCTGCTACATAAGCAACTAGAGCCATGAGTCCCTCCG  150

seq1  TGTGTTTTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCCGAGGAAGCTCTCGGATTACTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCCGAGGAAGCTCTCGGATTACTG  200

seq1  GTTAGTTCATATCTTAAGAAAACACAAATGTATTGAGTTCAAAACTGTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTCATATCTTAAGAAAACACAAATGTATTGAGTTCAAAACTGTTT  250

seq1  CATGAAGAATTTCATGCAACATCCTACAATAGATGAAGCTACTGGTTGGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGAATTTCATGCAACATCCTACAATAGATGAAGCTACTGGTTGGT  300

seq1  ATATAGATGGGGTATGCCAACCACAATAAATGTTAAATGAATAGTCTTAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGATGGGGTATGCCAACCACAATAAATGTTAAATGAATAGTCTTAA  350

seq1  ACAATATGTATGAAAGGGACATTGAAAAACATCAGCAGAGTAATATTTTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATGTATGAAAGGGACATTGAAAAACATCAGCAGAGTAATATTTTC  400

seq1  AATCAAGTCATTTTTGTATCTTGTAGTTTTCAATATTGTTGTGACTTTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGTCATTTTTGTATCTTGTAGTTTTCAATATTGTTGTGACTTTTT  450

seq1  ATATTATGCCACATTATGATTAGTATGCCATATTTAAAATCTACATATAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATGCCACATTATGATTAGTATGCCATATTTAAAATCTACATATAT  500

seq1  GAAAGGTCATTTAGTAAGGAAATAAAAGCTCAACTAAGCTGAATGGAGTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTCATTTAGTAAGGAAATAAAAGCTCAACTAAGCTGAATGGAGTT  550

seq1  TCTCCTTGTTTGAGCTTCAAAAAATGTTTAGCCAACTCTTATGCTCCTTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGTTTGAGCTTCAAAAAATGTTTAGCCAACTCTTATGCTCCTTT  600

seq1  GGAAGAGAGCCAATCATATTATGCATATATGCCTTTATAACACCTGTATG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGAGCCAATCATATTATGCATATATGCCTTTATAACACCTGTATG  650

seq1  AATGTGCAGTAACAATTCCTTTCTTCAGTATTCATCCCCTGAAATGTCTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCAGTAACAATTCCTTTCTTCAGTATTCATCCCCTGAAATGTCTC  700

seq1  CATAGAAAAATGCTGCATTGGGAGTCTATCCTGTCCTCCTTTCTCATTGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAAAATGCTGCATTGGGAGTCTATCCTGTCCTCCTTTCTCATTGT  750

seq1  CATTCTTGCAGGTGTTTTCATGTCATTTTTCCATTTGCTTTCCTAGAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTGCAGGTGTTTTCATGTCATTTTTCCATTTGCTTTCCTAGAAAA  800

seq1  CTCTAAGGAATTC  810
      |||||||||||||
seq2  CTCTAAGGAATTC  813


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |