BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308C15
Chromosome4 (Build37)
Map Location 85,721,064 - 85,836,234
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD530005L17Rik, LOC100040303, Sh3gl2, A930009N24, LOC668052
Downstream geneAdamtsl1, 4930500O09Rik, Rraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp, EG624685, Dennd4c, Rps6, Asah3l, Slc24a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308C15.bB6Ng01-308C15.g
ACCGA100737GA100738
length1,154867
definitionB6Ng01-308C15.b B6Ng01-308C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,835,090 - 85,836,234)(85,721,064 - 85,721,929)
sequence
gaattcattctctgcagatggccaggcacctttctttaacaggctgtctt
gtctcttctctgcttccaaaattagggtgtctggagaatgtgaaacaaaa
ttatacaaagacctgacctctggccttgcttctgtctctcagactgtgaa
gtacccaagagggaaagtgttggatttggcagcacttcacatggcattaa
ctgcaattctttgtgaattgtggtgacatcatggtatactttgacatcac
tgctcagactcccttctactgctgggcatacagcacatagtttttgttca
aacacaggagccctttgttgagaagaaaggatagcagctggtcttctgct
ctggtagaatgtgcctgttcaataagctaccacagagcagccattctgct
gtcagggctggccctcacttgcatacgtagctctggataattttgttgac
attttgatcgaaagagttcaaaattccagatatgggtcataattcaacaa
aattttttcatgcaataaaactctcatttaaaagtcagtaattatctgaa
attagacaagtatgctggtttatgtgtcaaggctagagaggaccaaaaag
aggtaaggagatgcaatggtaagctaagagtcctgctgtccggtctcata
tccttggagaagaggtttcctgctcttgctgtcaattctgtgcttggtca
cctccctagatattactttttatccgtttcaagcttcttggacaaagtta
tatgtattgttcttcaacaactttcaaactcatccccagttgacagactt
agatgatttcaactacagatcattcatttctctattgccatttctatcca
tgcttattgaatctctattaagtaaatccaaagaaatttggtcaaataca
gagtttatctcaaaattgcatcagtagaataactccaaacctttgtccac
atgcctcgaaagcatgcataagacagcaactttgttttagatcaacttga
gaagtcaagggttgctaatgtcagtttccaaagaaaataagcttatactt
ataaggaatttaaatggaaatggttaaggcttatttctttatgaacagag
tagcctttttacctctggaccctaagaaacagtgcctaatttgtgaatct
cagt

gaattcacaaaagagcagggaaggaatttccttggagggggagtttccag
tgtgcctcttttggggagtggggatatatgtggaagcccctagaagtaac
tctccactgtttttcttggtattgtgcctacatactattgtccactggag
attgctttccttttctcagtataggaggaaacaacagcagtagcagcaac
agccagaaagaacaaactttgcttttagaactcctggtcaattagctatt
gtttcatacctgagatgaaatagctccaagacgtacagatatccaatgag
caaaaaagatgatgtgtatgatcacaaacacaggaatgttagattttaag
aataaattggtgatcctacactgtaccttggctctctatctctttgtgag
agcaatgaaattactgccttctgtcttatacttgagcagtgagtgaattc
aatacttgagctattattgttatgataatacaaatttttatagtgcacaa
agaaaaccaggctggcaagatgggtctagtaaaaacttcaaatctcctag
actctctctctctctctctctctctctctatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatgtatgtatatagagagagagagaga
gatagagagagtgacacagtggctgacagagatatagataaatatataag
tgtataatacatatgtttatatatttatttatacctggtttataatctca
atcagaaaatacataattttataaatattctatagatacctcagtggagc
gtttgaaatgcctctattaacaaaatttgtgttatttaaagtaccgaaag
ctgaacaggggtaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_85835090_85836234
seq2: B6Ng01-308C15.b_44_1197 (reverse)

seq1  ACTGAGATTCACAA--TAGGCACTGTTTCTTAGGGGTCAGAG--TAAAAG  46
      ||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |||||   |||||
seq2  ACTGAGATTCACAAATTAGGCACTGTTTCTTAGGGTCCAGAGGTAAAAAG  50

seq1  CCTACTCTGTTCAATAAGAA--TAGCCTT-ACCA-TTCCATTAAAATTCT  92
       ||||||||||||  |||||   |||||| |||| ||||||| |||||| 
seq2  GCTACTCTGTTCATAAAGAAATAAGCCTTAACCATTTCCATTTAAATTCC  100

seq1  TTATAAGTAT-AGCTTA-TTTCTTTGGGAAAACTGACATTAGCAA-CCTT  139
      |||||||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||
seq2  TTATAAGTATAAGCTTATTTTCTTTGG--AAACTGACATTAGCAACCCTT  148

seq1  GACTTCTCAAGTTGATCTAAAACAAAGTTGCTGTCTTATGCATGCTTTCG  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTCAAGTTGATCTAAAACAAAGTTGCTGTCTTATGCATGCTTTCG  198

seq1  AGGCATGTGGACAAAGGTTTGGAGTTATTCTACTGATGCAATTTTGAGAT  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGTGGACAAAGGTTTGGAGTTATTCTACTGATGCAATTTTGAGAT  248

seq1  AAACTCTGTATTTGACCAAATTTCTTTGGATTTACTTAATAGAGATTCAA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTGTATTTGACCAAATTTCTTTGGATTTACTTAATAGAGATTCAA  298

seq1  TAAGCATGGATAGAAATGGCAATAGAGAAATGAATGATCTGTAGTTGAAA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATGGATAGAAATGGCAATAGAGAAATGAATGATCTGTAGTTGAAA  348

seq1  TCATCTAAGTCTGTCAACTGGGGATGAGTTTGAAAGTTGTTGAAGAACAA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTAAGTCTGTCAACTGGGGATGAGTTTGAAAGTTGTTGAAGAACAA  398

seq1  TACATATAACTTTGTCCAAGAAGCTTGAAACGGATAAAAAGTAATATCTA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATAACTTTGTCCAAGAAGCTTGAAACGGATAAAAAGTAATATCTA  448

seq1  GGGAGGTGACCAAGCACAGAATTGACAGCAAGAGCAGGAAACCTCTTCTC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTGACCAAGCACAGAATTGACAGCAAGAGCAGGAAACCTCTTCTC  498

seq1  CAAGGATATGAGACCGGACAGCAGGACTCTTAGCTTACCATTGCATCTCC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATATGAGACCGGACAGCAGGACTCTTAGCTTACCATTGCATCTCC  548

seq1  TTACCTCTTTTTGGTCCTCTCTAGCCTTGACACATAAACCAGCATACTTG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCTTTTTGGTCCTCTCTAGCCTTGACACATAAACCAGCATACTTG  598

seq1  TCTAATTTCAGATAATTACTGACTTTTAAATGAGAGTTTTATTGCATGAA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTTCAGATAATTACTGACTTTTAAATGAGAGTTTTATTGCATGAA  648

seq1  AAAATTTTGTTGAATTATGACCCATATCTGGAATTTTGAACTCTTTCGAT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTGTTGAATTATGACCCATATCTGGAATTTTGAACTCTTTCGAT  698

seq1  CAAAATGTCAACAAAATTATCCAGAGCTACGTATGCAAGTGAGGGCCAGC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTCAACAAAATTATCCAGAGCTACGTATGCAAGTGAGGGCCAGC  748

seq1  CCTGACAGCAGAATGGCTGCTCTGTGGTAGCTTATTGAACAGGCACATTC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACAGCAGAATGGCTGCTCTGTGGTAGCTTATTGAACAGGCACATTC  798

seq1  TACCAGAGCAGAAGACCAGCTGCTATCCTTTCTTCTCAACAAAGGGCTCC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGAGCAGAAGACCAGCTGCTATCCTTTCTTCTCAACAAAGGGCTCC  848

seq1  TGTGTTTGAACAAAAACTATGTGCTGTATGCCCAGCAGTAGAAGGGAGTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGAACAAAAACTATGTGCTGTATGCCCAGCAGTAGAAGGGAGTC  898

seq1  TGAGCAGTGATGTCAAAGTATACCATGATGTCACCACAATTCACAAAGAA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGTGATGTCAAAGTATACCATGATGTCACCACAATTCACAAAGAA  948

seq1  TTGCAGTTAATGCCATGTGAAGTGCTGCCAAATCCAACACTTTCCCTCTT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTTAATGCCATGTGAAGTGCTGCCAAATCCAACACTTTCCCTCTT  998

seq1  GGGTACTTCACAGTCTGAGAGACAGAAGCAAGGCCAGAGGTCAGGTCTTT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTTCACAGTCTGAGAGACAGAAGCAAGGCCAGAGGTCAGGTCTTT  1048

seq1  GTATAATTTTGTTTCACATTCTCCAGACACCCTAATTTTGGAAGCAGAGA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATTTTGTTTCACATTCTCCAGACACCCTAATTTTGGAAGCAGAGA  1098

seq1  AGAGACAAGACAGCCTGTTAAAGAAAGGTGCCTGGCCATCTGCAGAGAAT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAAGACAGCCTGTTAAAGAAAGGTGCCTGGCCATCTGCAGAGAAT  1148

seq1  GAATTC  1145
      ||||||
seq2  GAATTC  1154


seq1: chr4_85721064_85721929
seq2: B6Ng01-308C15.g_66_932

seq1  GAATTCACAAAAGAGCAGGGAAGGAATTTCCTTGGAGGGGGAGTTTCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAAAAGAGCAGGGAAGGAATTTCCTTGGAGGGGGAGTTTCCAG  50

seq1  TGTGCCTCTTTTGGGGAGTGGGGATATATGTGGAAGCCCCTAGAAGTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTCTTTTGGGGAGTGGGGATATATGTGGAAGCCCCTAGAAGTAAC  100

seq1  TCTCCACTGTTTTTCTTGGTATTGTGCCTACATACTATTGTCCACTGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACTGTTTTTCTTGGTATTGTGCCTACATACTATTGTCCACTGGAG  150

seq1  ATTGCTTTCCTTTTCTCAGTATAGGAGGAAACAACAGCAGTAGCAGCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTTCCTTTTCTCAGTATAGGAGGAAACAACAGCAGTAGCAGCAAC  200

seq1  AGCCAGAAAGAACAAACTTTGCTTTTAGAACTCCTGGTCAATTAGCTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAAAGAACAAACTTTGCTTTTAGAACTCCTGGTCAATTAGCTATT  250

seq1  GTTTCATACCTGAGATGAAATAGCTCCAAGACGTACAGATATCCAATGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATACCTGAGATGAAATAGCTCCAAGACGTACAGATATCCAATGAG  300

seq1  CAAAAAAGATGATGTGTATGATCACAAACACAGGAATGTTAGATTTTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAGATGATGTGTATGATCACAAACACAGGAATGTTAGATTTTAAG  350

seq1  AATAAATTGGTGATCCTACACTGTACCTTGGCTCTCTATCTCTTTGTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTGGTGATCCTACACTGTACCTTGGCTCTCTATCTCTTTGTGAG  400

seq1  AGCAATGAAATTACTGCCTTCTGTCTTATACTTGAGCAGTGAGTGAATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGAAATTACTGCCTTCTGTCTTATACTTGAGCAGTGAGTGAATTC  450

seq1  AATACTTGAGCTATTATTGTTATGATAATACAAATTTTTATAGTGCACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTGAGCTATTATTGTTATGATAATACAAATTTTTATAGTGCACAA  500

seq1  AGAAAACCAGGCTGGCAAGATGGGTCTAGTAAAAACTTCAAATCTCCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCAGGCTGGCAAGATGGGTCTAGTAAAAACTTCAAATCTCCTAG  550

seq1  ACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATA  600
      |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A--CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATA  598

seq1  TATATATATATATATATATATATATATGTATGTATATAGATACATCTATA  650
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |   | |
seq2  TATATATATATATATATATATATATATGTATGTATATAGAGAGAGAGAGA  648

seq1  TCTAT-GATATATTTATCTCTATAGCTAGCTATGATCTAGAT-AATATAT  698
         || || | | | | | |  | |||  |   ||| ||||| |||||||
seq2  GAGATAGAGAGAGTGA-CACAGTGGCTGACAGAGATATAGATAAATATAT  697

seq1  GAGTATATAATACATATGTTTATATATTTATTCATACCTGGCTTATAATC  748
       ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  AAGTGTATAATACATATGTTTATATATTTATTTATACCTGGTTTATAATC  747

seq1  TCTATCAGAAAATACATAATTTTATAAATATTCTATTGATACCACAGTGG  798
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  TCAATCAGAAAATACATAATTTTATAAATATTCTATAGATACCTCAGTGG  797

seq1  AGCGTTTGAAATGCCTCTATTAACTAAATTTGTGTT-TTTAAAGTAACAG  847
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |  
seq2  AGCGTTTGAAATGCCTCTATTAACAAAATTTGTGTTATTTAAAGTACCGA  847

seq1  AAGCTG-AGAGGGGTGAAAT  866
      |||||| | |||||| ||||
seq2  AAGCTGAACAGGGGTAAAAT  867


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |