BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314N18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 142,831,668 - 142,941,636
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433776, Pdpn, Lrrc38
Upstream geneEG665983, LOC546484, 6330411D24Rik, Prdm2, LOC666018, EG626575
Downstream geneLOC621961, Pramel1, 4732496O08Rik, Oog4, LOC666015, LOC626700, OTTMUSG00000010207, LOC100040854, LOC100040861, BC080695, LOC666049, LOC279185, LOC277668, LOC100040924, OTTMUSG00000010333, LOC277666, OTTMUSG00000010009, OTTMUSG00000010328, OTTMUSG00000010433, LOC195555, LOC194224, LOC626889, LOC329984, LOC626922, LOC626943, LOC100041127, LOC436146, Pramel4, LOC100041077, LOC100041144, Oog3, Oog2, C87977, Pramel5, LOC666150, LOC626995
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314N18.bB6Ng01-314N18.g
ACCGA105661GA105662
length1,1271,113
definitionB6Ng01-314N18.b B6Ng01-314N18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,940,515 - 142,941,636)(142,831,668 - 142,832,784)
sequence
gaattccatacacagaggaacagtgttgctcagctctcgatggcaggaat
aacgaaaagttattagctatgccaccttttataatgtgtgctatactgga
ctgcaaccaatttcaccaaagctttaagggctttttctgagaggtcaatt
taggccagtgctcacagtctcacgagtagacatgtgggctccacggaagg
taaggacttcacctgccttcagtcctagcacgcaccccatgagtgttagc
gttctcagttttgcctttacttccttggtactgcgttcccagtgcccttg
tgttcccatcagccaattgggtatgtgtatgggtcatcaggaggggcaac
aggaaaacaggggaggtgcccacccggaaggtttcaatcccacatttcca
cactaggctggctgcctttgtcctcaccggcaatttttctcaccaagggt
ggaccaaaaagtcaaagagagatgggaacagagggacccggttggaatct
gtggcagctagatcccgttcagaactggccagctcctctcacctctgggg
tctggaaatggtatagtgtcccacacaacgaggggtttcctactaggagg
gaccagtacattgctcacacccacctgtcctgggacctaaaagctcccag
agaggatgtggaccatgatgatggagaaaaggtgggtaataagtgaagaa
agagaaacttgagagagttccgggtgtgttcttttaacactcgttgccaa
cacatctcagactttcagacagctggtcttatggagttacaccacagggg
tcctcgttcaggggactttctggtgagccccaaaacgaggcctcacacat
cctgaccgtgctggattcctccagcgttccctaccagacccagccttggc
ttccagccaccctctggctcacctttgggcaatttgggatgtgttctcct
gaatccaggagaagaggtgagcgaagtcacagtcacacagccaggggttt
cccgtccaggcgccacagtgcgcagtgccggcagcgcatcaagccgccac
ggtgaggctgcgcagttggtgtcggttgagtcagccacctgccaagaacc
ttccaggcttcctcgaaggcagcctca
gaattcatttatttagacttttggacatctgcgtgtttccctctgaaaat
gttaagagccgtgtcccgcccaccccacagcctgtcagtccagcctgcag
agagattccttgtaattccgaaataaatagaattggtagcaagtgagtgc
tgagtgatgtcagggtggccccagcagtctctagaagagcactgtgggac
agtctcaaggtgtcttctgatgggtgggcactgtgcagcgtgtggcagtg
tgaggctgcctacagtttgtccaggaagttgtccagcgctgggatgtcct
ctttcaggcccttgcgcttgcgggtctcagctaccgcttggctggggcgg
ctgctgttgtcaaaaggatccccaagcaggatctgccagtggtcaaacac
gcactgggggaaggcctggccgccagtgttggatcacagatcagcggtga
agccaaaagactcattgacaggcaggtatgccttgaccacaaacatgtgg
gtaccagccacctgggactcctcaaacacatggccacgcttcctgttcag
gacaccgtagatgccacccaccacttgctcaggacactggatctcctcca
gatagataggctccatgaggcagggctgtgcggtcagcacactggcatag
aggcagcggcgtgctgtggggatgatctggccacctccctggtgaatggc
atcagcatgcagggtcacaacatgaacatcaaaccgcacaccacgcatgt
tctcctcacagagagcgccctccttagtagcccactggtagccagccacc
acactgtccttgatctcattcaggtactgcacgcccttggtgatgtcggt
gagaatgttgggggccagtgccatcagggccaaagcaccagatcttgcgg
gctttcagcaacgtcccactcatacttttcgaccagggtagtgagcacat
gccttgagctcctggcggggcagacactcaccttatcgatgtcctctgcc
aggccatcaggaaggcgtggccttcatgtacagcgcttgtgcttattggg
ggactggacagacacagcacgttgtattctactgactgattcccgtatga
cacaaccagggtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_142940515_142941636
seq2: B6Ng01-314N18.b_46_1172 (reverse)

seq1  TGAGGCTGCCTTCGAG--AGCCTGGA--GTCCTT-GCAGGT-GCTGGAAC  44
      ||||||||||||||||  ||||||||  || ||| |||||| ||||  ||
seq2  TGAGGCTGCCTTCGAGGAAGCCTGGAAGGTTCTTGGCAGGTGGCTG--AC  48

seq1  TCAA-CGACAACAACCTGCGCAGCCTCAACGTGGCGGCTTTGGATGCGCT  93
      |||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||
seq2  TCAACCGACACCAA-CTGCGCAGCCTCACCGTGGCGGCTT--GATGCGCT  95

seq1  GCCGGCACTGCGCACTGT-GCGCCTGGACGGG-AACCCCTGGCTGTGTGA  141
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCCGGCACTGCGCACTGTGGCGCCTGGACGGGAAACCCCTGGCTGTGTGA  145

seq1  CTGTGACTTCGCTCACCTCTTCTCCTGGATTCAGGAGAACACAT-CCAAA  190
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTGTGACTTCGCTCACCTCTTCTCCTGGATTCAGGAGAACACATCCCAAA  195

seq1  TTGCCCAAAGGTGAGCCAGAGGGTGGCTGGAAGCCAAGGCTGGGTCTGGT  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCAAAGGTGAGCCAGAGGGTGGCTGGAAGCCAAGGCTGGGTCTGGT  245

seq1  AGGGAACGCTGGAGGAATCCAGCACGGTCAGGATGTGTGAGGCCTCGTTT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACGCTGGAGGAATCCAGCACGGTCAGGATGTGTGAGGCCTCGTTT  295

seq1  TGGGGCTCACCAGAAAGTCCCCTGAACGAGGACCCCTGTGGTGTAACTCC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTCACCAGAAAGTCCCCTGAACGAGGACCCCTGTGGTGTAACTCC  345

seq1  ATAAGACCAGCTGTCTGAAAGTCTGAGATGTGTTGGCAACGAGTGTTAAA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACCAGCTGTCTGAAAGTCTGAGATGTGTTGGCAACGAGTGTTAAA  395

seq1  AGAACACACCCGGAACTCTCTCAAGTTTCTCTTTCTTCACTTATTACCCA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACACCCGGAACTCTCTCAAGTTTCTCTTTCTTCACTTATTACCCA  445

seq1  CCTTTTCTCCATCATCATGGTCCACATCCTCTCTGGGAGCTTTTAGGTCC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTCCATCATCATGGTCCACATCCTCTCTGGGAGCTTTTAGGTCC  495

seq1  CAGGACAGGTGGGTGTGAGCAATGTACTGGTCCCTCCTAGTAGGAAACCC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACAGGTGGGTGTGAGCAATGTACTGGTCCCTCCTAGTAGGAAACCC  545

seq1  CTCGTTGTGTGGGACACTATACCATTTCCAGACCCCAGAGGTGAGAGGAG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTTGTGTGGGACACTATACCATTTCCAGACCCCAGAGGTGAGAGGAG  595

seq1  CTGGCCAGTTCTGAACGGGATCTAGCTGCCACAGATTCCAACCGGGTCCC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAGTTCTGAACGGGATCTAGCTGCCACAGATTCCAACCGGGTCCC  645

seq1  TCTGTTCCCATCTCTCTTTGACTTTTTGGTCCACCCTTGGTGAGAAAAAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCCCATCTCTCTTTGACTTTTTGGTCCACCCTTGGTGAGAAAAAT  695

seq1  TGCCGGTGAGGACAAAGGCAGCCAGCCTAGTGTGGAAATGTGGGATTGAA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGGTGAGGACAAAGGCAGCCAGCCTAGTGTGGAAATGTGGGATTGAA  745

seq1  ACCTTCCGGGTGGGCACCTCCCCTGTTTTCCTGTTGCCCCTCCTGATGAC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCGGGTGGGCACCTCCCCTGTTTTCCTGTTGCCCCTCCTGATGAC  795

seq1  CCATACACATACCCAATTGGCTGATGGGAACACAAGGGCACTGGGAACGC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACACATACCCAATTGGCTGATGGGAACACAAGGGCACTGGGAACGC  845

seq1  AGTACCAAGGAAGTAAAGGCAAAACTGAGAACGCTAACACTCATGGGGTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCAAGGAAGTAAAGGCAAAACTGAGAACGCTAACACTCATGGGGTG  895

seq1  CGTGCTAGGACTGAAGGCAGGTGAAGTCCTTACCTTCCGTGGAGCCCACA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCTAGGACTGAAGGCAGGTGAAGTCCTTACCTTCCGTGGAGCCCACA  945

seq1  TGTCTACTCGTGAGACTGTGAGCACTGGCCTAAATTGACCTCTCAGAAAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACTCGTGAGACTGTGAGCACTGGCCTAAATTGACCTCTCAGAAAA  995

seq1  AGCCCTTAAAGCTTTGGTGAAATTGGTTGCAGTCCAGTATAGCACACATT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTAAAGCTTTGGTGAAATTGGTTGCAGTCCAGTATAGCACACATT  1045

seq1  ATAAAAGGTGGCATAGCTAATAACTTTTCGTTATTCCTGCCATCGAGAGC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGGTGGCATAGCTAATAACTTTTCGTTATTCCTGCCATCGAGAGC  1095

seq1  TGAGCAACACTGTTCCTCTGTGTATGGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAACACTGTTCCTCTGTGTATGGAATTC  1127

seq1: chr4_142831668_142832784
seq2: B6Ng01-314N18.g_64_1176

seq1  GAATTCATTTATTTAGACTTTTGGACATCTGCGTGTTTCCCTCTGAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTATTTAGACTTTTGGACATCTGCGTGTTTCCCTCTGAAAAT  50

seq1  GTTAAGAGCCGTGTCCCGCCCACCCCACAGCCTGTCAGTCCAGCCTGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAGCCGTGTCCCGCCCACCCCACAGCCTGTCAGTCCAGCCTGCAG  100

seq1  AGAGATTCCTTGTAATTCCGAAATAAATAGAATTGGTAGCAAGTGAGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTCCTTGTAATTCCGAAATAAATAGAATTGGTAGCAAGTGAGTGC  150

seq1  TGAGTGATGTCAGGGTGGCCCCAGCAGTCTCTAGAAGAGCACTGTGGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGATGTCAGGGTGGCCCCAGCAGTCTCTAGAAGAGCACTGTGGGAC  200

seq1  AGTCTCAAGGTGTCTTCTGATGGGTGGGCACTGTGCAGCGTGTGGCAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAAGGTGTCTTCTGATGGGTGGGCACTGTGCAGCGTGTGGCAGTG  250

seq1  TGAGGCTGCCTACAGTTTGTCCAGGAAGTTGTCCAGCGCTGGGATGTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTGCCTACAGTTTGTCCAGGAAGTTGTCCAGCGCTGGGATGTCCT  300

seq1  CTTTCAGGCCCTTGCGCTTGCGGGTCTCAGCTACCGCTTGGCTGGGGCGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGGCCCTTGCGCTTGCGGGTCTCAGCTACCGCTTGGCTGGGGCGG  350

seq1  CTGCTGTTGTCAAAAGGATCCCCAAGCAGGATCTGCCAGTGGTCAAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTTGTCAAAAGGATCCCCAAGCAGGATCTGCCAGTGGTCAAACAC  400

seq1  GCACTGGGGGAAGGCCTGGCCGCCAGTGTTGGATCACAGATCAGCGGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGGGAAGGCCTGGCCGCCAGTGTTGGATCACAGATCAGCGGTGA  450

seq1  AGCCAAAAGACTCATTGACAGGCAGGTATGCCTTGACCACAAACATGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAAGACTCATTGACAGGCAGGTATGCCTTGACCACAAACATGTGG  500

seq1  GTACCAGCCACCTGGGACTCCTCAAACACATGGCCACGCTTCCTGTTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGCCACCTGGGACTCCTCAAACACATGGCCACGCTTCCTGTTCAG  550

seq1  GACACCGTAGATGCCACCCACCACTTGCTCAGGACACTGGATCTCCTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCGTAGATGCCACCCACCACTTGCTCAGGACACTGGATCTCCTCCA  600

seq1  GATAGATAGGCTCCATGAGGCAGGGCTGTGCGGTCAGCACACTGGCATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGGCTCCATGAGGCAGGGCTGTGCGGTCAGCACACTGGCATAG  650

seq1  AGGCAGCGGCGTGCTGTGGGGATGATCTGGCCACCTCCCTGGTGAATGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCGGCGTGCTGTGGGGATGATCTGGCCACCTCCCTGGTGAATGGC  700

seq1  ATCAGCATGCAGGGTCACAACATGAACATCAAACCGCACACCACGCATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCATGCAGGGTCACAACATGAACATCAAACCGCACACCACGCATGT  750

seq1  TCTCCTCACAGAGAGCGCCCTCCTTAGTAGCCCACTGGTAGCCAGCCACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCACAGAGAGCGCCCTCCTTAGTAGCCCACTGGTAGCCAGCCACC  800

seq1  ACACTGTCCTTGATCTCATTCAGGTACTGCACGCCCTTGGTGATGTCGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTCCTTGATCTCATTCAGGTACTGCACGCCCTTGGTGATGTCGGT  850

seq1  GAGAATGTT-GGGGCCAGTGCCATCAGGGCCAAAGCACCAGATCTTGCGG  899
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGTTGGGGGCCAGTGCCATCAGGGCCAAAGCACCAGATCTTGCGG  900

seq1  GC-TTCAGCAACGTCCCACTCATACTTTTCGACCA-GGTAGTGAGCACAT  947
      || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCTTTCAGCAACGTCCCACTCATACTTTTCGACCAGGGTAGTGAGCACAT  950

seq1  GCCTTGAGCTCCTGGC-GGGCAGACACCTCACCCTTATCGATGTCCTCTG  996
      |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGAGCTCCTGGCGGGGCAGACA-CTCA-CCTTATCGATGTCCTCTG  998

seq1  CCAGGCCATCAGGGAAGGGCGTGGCCTTCATGTACAGCCGCTTGTGCTTA  1046
      |||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCAGGCCATCAGG--AAGGCGTGGCCTTCATGTACAG-CGCTTGTGCTTA  1045

seq1  TTGGGGGACTTGGACAGACACAGCACGTTGGATTCCTCACTGACTGTCTC  1096
      ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||   ||||||||  ||
seq2  TTGGGGGAC-TGGACAGACACAGCACGTTGTATTC--TACTGACTGATTC  1092

seq1  CCGGTATGACACAA-CAGGGTC  1117
      || ||||||||||| |||||||
seq2  CC-GTATGACACAACCAGGGTC  1113