BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316C15
Chromosome4 (Build37)
Map Location 28,622,337 - 28,785,919
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpha7
Upstream geneLOC100040691, Tpm3-rs2, LOC100040842, LOC100040735, LOC230044, LOC665141, LOC100040773
Downstream geneLOC100040907, LOC100040811
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316C15.bB6Ng01-316C15.g
ACCGA106627GA106628
length1,1261,118
definitionB6Ng01-316C15.b B6Ng01-316C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,622,337 - 28,623,470)(28,784,805 - 28,785,919)
sequence
gaattctggctataatgtgaaaaaagttttctgttctcaaaacatcatgt
gtccttgcttgtctattagagagtacacggattgctttctatgcatagat
ctacaactcaggtggtactgaatttttgtaattgtagcatcaaacattgt
tttcctcatatgaatacgcgattggcatgaaataatttcattaacagatc
atctttgtcccattggattgtattcttacctacaactgaattgctggttc
taattcatttccccaaatgttttttttttttattacaattctcactatag
ttagtgtaacaatacagatcagttctaatgtctctggtacaaaataatgc
ttgtagtcaacactaacactgaaaatctgttgaaccaataggcctgatgc
tattttctctatgtatacctatgcaaaaaaggaatgctgagaaaccttgg
aaaagatctctatgtctataaccttggttcttattgtttctcatgtatat
gtgtttatttataaactgttaaaatatatgaaataaatatatatttagtt
tcttaaatattaattgtaccgtcaacgaaattttatgatagactttgtat
ttcaatatgtgattgcctaagtttcccaattctagattgcttccagccat
agtcctttgttttcaaattttattttctaatcaattttattgttgtagat
acttttgaagattctggtttagtttacattacttctttagaacaagctat
agaaagccaacacaattgcaataattgacttccaatcaaagagcacaggg
tagccctcactcttttgatacatttgacttcagtcttgcttgtttggcct
ctagcactcttctgcttgagaacgtttgaatacactgaggcagagtctct
gcttctcatacccaaatcttgagtttcataatccaagccacacctctcaa
gtctctgtttgtctgtcttgcccacaatcagttcttttatgtgcagatta
ttagttgtttcctttttttatcaagcaaaaacaaagaatgcttctgaaga
atactcagaacctagctatttcccaatagggtcccatagctggcatcagt
tgcttagtccttgctatggaggtaac

gaattcactgtgccataactagttcttcatatgtgtgtcacctacttcac
tgtgaatcctgatggtgggattctgccatatgtatccatgcatctttgga
gcacacactggatagcctatactcagtaaccaatctgtgctctcaccccc
actctaaatgcccagcactttcaaagactattttactgacttctttaacc
acatgtttctaaaagtccgatcaatgggactggcaggtgacgttctgact
ggtggccagggagacttcagctacctcaggcagtgtgtcagccactgatt
cttcttgtaacgaaactccctgatacactgtccaggccaacgccagcaca
gcagccgctgagcatgcgctttgcacgattgctagctaacatgactccat
aagcacatttaacagaacagcataaataaatgagcgaatgacaaggaaaa
tactttatgaatgtaattggaacatcttccttaaacatggaggaggggaa
tcaagaaaggggaacaattcagttgtaaatcataaatgagaaaaaaaatg
ttactggctcagggctctatttaaaagccaagtagtaaaagagtaacaat
ttgcctgggctctgggtttttaaaaaagactattttcccacaaatataat
ccatctaaacatcaggggggaaagtagttttagattagcattgtcacaca
gtaagtatatagaaattttattcttgtataaaacttggaacaagacaggc
cactattaaaataaattcgtataattaaggtttctattagaaactacaaa
atatcactaaagccctttgttatagaaacccttttgatttatttctttct
ggaactctttaaaacaattattgtagagtgaacaaaggctaatttaaata
caatgggacattacatcttttgttacaatttattacaggcacaagcacac
atatacatcaattgctctcttatatactcacatttttaccattatatctc
tggagtaaagattaatttgatcttggcctaatattatacatataacaaaa
catggggtgggcctaaaggctatttaacatgtcacatgcttaggccttat
ttggcaagccttacactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_28622337_28623470
seq2: B6Ng01-316C15.b_41_1166

seq1  GAATTCTGGCTATAATGTGAAAAAAGTTTTCTGTTCTCAAAACATCATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGCTATAATGTGAAAAAAGTTTTCTGTTCTCAAAACATCATGT  50

seq1  GTCCTTGCTTGTCTATTAGAGAGTACACGGATTGCTTTCTATGCATAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGCTTGTCTATTAGAGAGTACACGGATTGCTTTCTATGCATAGAT  100

seq1  CTACAACTCAGGTGGTACTGAATTTTTGTAATTGTAGCATCAAACATTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAACTCAGGTGGTACTGAATTTTTGTAATTGTAGCATCAAACATTGT  150

seq1  TTTCCTCATATGAATACGCGATTGGCATGAAATAATTTCATTAACAGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCATATGAATACGCGATTGGCATGAAATAATTTCATTAACAGATC  200

seq1  ATCTTTGTCCCATTGGATTGTATTCTTACCTACAACTGAATTGCTGGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGTCCCATTGGATTGTATTCTTACCTACAACTGAATTGCTGGTTC  250

seq1  TAATTCATTTCCCCAAATGTTTTTTTTTTTTATTACAATTCTCACTATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCATTTCCCCAAATGTTTTTTTTTTTTATTACAATTCTCACTATAG  300

seq1  TTAGTGTAACAATACAGATCAGTTCTAATGTCTCTGGTACAAAATAATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTAACAATACAGATCAGTTCTAATGTCTCTGGTACAAAATAATGC  350

seq1  TTGTAGTCAACACTAACACTGAAAATCTGTTGAACCAATAGGCCTGATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTCAACACTAACACTGAAAATCTGTTGAACCAATAGGCCTGATGC  400

seq1  TATTTTCTCTATGTATACCTATGCAAAAAAGGAATGCTGAGAAACCTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTCTATGTATACCTATGCAAAAAAGGAATGCTGAGAAACCTTGG  450

seq1  AAAAGATCTCTATGTCTATAACCTTGGTTCTTATTGTTTCTCATGTATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATCTCTATGTCTATAACCTTGGTTCTTATTGTTTCTCATGTATAT  500

seq1  GTGTTTATTTATAAACTGTTAAAATATATGAAATAAATATATATTTAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTATTTATAAACTGTTAAAATATATGAAATAAATATATATTTAGTT  550

seq1  TCTTAAATATTAATTGTACCGTCAACGAAATTTTATGATAGACTTTGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAATATTAATTGTACCGTCAACGAAATTTTATGATAGACTTTGTAT  600

seq1  TTCAATATGTGATTGCCTAAGTTTCCCAATTCTAGATTGCTTCCAGCCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATATGTGATTGCCTAAGTTTCCCAATTCTAGATTGCTTCCAGCCAT  650

seq1  AGTCCTTTGTTTTCAAATTTTATTTTCTAATCAATTTTATTGTTGTAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTTGTTTTCAAATTTTATTTTCTAATCAATTTTATTGTTGTAGAT  700

seq1  ACTTTTGAAGATTCTGGTTTAGTTTACATTACTTCTTTAGAACAAGCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGAAGATTCTGGTTTAGTTTACATTACTTCTTTAGAACAAGCTAT  750

seq1  AGAAAGCCAACACAATTGCAATAATTGACTTCCAATCAAAGAGCACAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCCAACACAATTGCAATAATTGACTTCCAATCAAAGAGCACAGGG  800

seq1  TAGCCCTCACTCTTTTGATACATTTGACTTCAGTCTTGCTTGTTTGGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTCACTCTTTTGATACATTTGACTTCAGTCTTGCTTGTTTGGCCT  850

seq1  CTAGCACTCTTCTGCTTGAGAACGTTTGAATACACTGAGGCAGAGTCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACTCTTCTGCTTGAGAACGTTTGAATACACTGAGGCAGAGTCTCT  900

seq1  GCTTCTCATACCCAAATCTTGAGTTTCATAAATCCAAGCCACACCTCTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  GCTTCTCATACCCAAATCTTGAGTTTCAT-AATCCAAGCCACACCTCTC-  948

seq1  AAGTCTCTGTTTGTCTGTCTTGCCCACAATCAGTTCTTTTATGTGCAGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCTGTTTGTCTGTCTTGCCCACAATCAGTTCTTTTATGTGCAGAT  998

seq1  TATTAGTTGTTTTCCTTTTTTTTATCAAGCAAAACAAAGGAATGCTTCTG  1050
      ||||||||||||  | ||||||||||||||||||  || |||||||||||
seq2  TATTAGTTGTTT--CCTTTTTTTATCAAGCAAAAACAAAGAATGCTTCTG  1046

seq1  -AGATAACTCAGACCCTTAGCTA-TTCTCAATAGTGTCCCATAGCTGGCA  1098
       |||  ||||||| || |||||| ||| |||||| |||||||||||||||
seq2  AAGAATACTCAGAACC-TAGCTATTTCCCAATAGGGTCCCATAGCTGGCA  1095

seq1  TCAGGTTTGCTTTAGTCCTGTGCTTATGGAGGTAAC  1134
      ||||  |||| |||||||| ||| ||||||||||||
seq2  TCAG--TTGC-TTAGTCCT-TGC-TATGGAGGTAAC  1126


seq1: chr4_28784805_28785919
seq2: B6Ng01-316C15.g_68_1185 (reverse)

seq1  AAGTGTAAGCCT--GCAAATAAGACCT-AGCATGTGGACATG-TAAATAG  46
      ||||||||| ||   |||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||
seq2  AAGTGTAAGGCTTGCCAAATAAGGCCTAAGCATGT-GACATGTTAAATAG  49

seq1  -CTTTA-GCCCA-CCCATGTTTTGTTATATGTATATTA-TAGGCCAAAGA  92
       ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||
seq2  CCTTTAGGCCCACCCCATGTTTTGTTATATGTATAATATTAGGCC-AAGA  98

seq1  TCAAATTAATCCTTTTACTCCAGAGATATAATGGTAAAAATGTGAGTATA  142
      |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTAATC--TTTACTCCAGAGATATAATGGTAAAAATGTGAGTATA  146

seq1  TAAGAGAGCAAATTGATGTATATGTGTGCTTGTGCCTGTAATAAATTGTA  192
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGAGC-AATTGATGTATATGTGTGCTTGTGCCTGTAATAAATTGTA  195

seq1  ACAAAAGATGTAATGTCCCATTGTATTTAAATTAGCCTTTGTTCACTCTA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGATGTAATGTCCCATTGTATTTAAATTAGCCTTTGTTCACTCTA  245

seq1  CAATAATTGTTTTAAAGAGTTCCAGAAAGAAATAAATCAAAAGGGTTTCT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATTGTTTTAAAGAGTTCCAGAAAGAAATAAATCAAAAGGGTTTCT  295

seq1  ATAACAAAGGGCTTTAGTGATATTTTGTAGTTTCTAATAGAAACCTTAAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAAGGGCTTTAGTGATATTTTGTAGTTTCTAATAGAAACCTTAAT  345

seq1  TATACGAATTTATTTTAATAGTGGCCTGTCTTGTTCCAAGTTTTATACAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACGAATTTATTTTAATAGTGGCCTGTCTTGTTCCAAGTTTTATACAA  395

seq1  GAATAAAATTTCTATATACTTACTGTGTGACAATGCTAATCTAAAACTAC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAATTTCTATATACTTACTGTGTGACAATGCTAATCTAAAACTAC  445

seq1  TTTCCCCCCTGATGTTTAGATGGATTATATTTGTGGGAAAATAGTCTTTT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCCCTGATGTTTAGATGGATTATATTTGTGGGAAAATAGTCTTTT  495

seq1  TTAAAAACCCAGAGCCCAGGCAAATTGTTACTCTTTTACTACTTGGCTTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAACCCAGAGCCCAGGCAAATTGTTACTCTTTTACTACTTGGCTTT  545

seq1  TAAATAGAGCCCTGAGCCAGTAACATTTTTTTTCTCATTTATGATTTACA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGAGCCCTGAGCCAGTAACATTTTTTTTCTCATTTATGATTTACA  595

seq1  ACTGAATTGTTCCCCTTTCTTGATTCCCCTCCTCCATGTTTAAGGAAGAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATTGTTCCCCTTTCTTGATTCCCCTCCTCCATGTTTAAGGAAGAT  645

seq1  GTTCCAATTACATTCATAAAGTATTTTCCTTGTCATTCGCTCATTTATTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAATTACATTCATAAAGTATTTTCCTTGTCATTCGCTCATTTATTT  695

seq1  ATGCTGTTCTGTTAAATGTGCTTATGGAGTCATGTTAGCTAGCAATCGTG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTCTGTTAAATGTGCTTATGGAGTCATGTTAGCTAGCAATCGTG  745

seq1  CAAAGCGCATGCTCAGCGGCTGCTGTGCTGGCGTTGGCCTGGACAGTGTA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCGCATGCTCAGCGGCTGCTGTGCTGGCGTTGGCCTGGACAGTGTA  795

seq1  TCAGGGAGTTTCGTTACAAGAAGAATCAGTGGCTGACACACTGCCTGAGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGAGTTTCGTTACAAGAAGAATCAGTGGCTGACACACTGCCTGAGG  845

seq1  TAGCTGAAGTCTCCCTGGCCACCAGTCAGAACGTCACCTGCCAGTCCCAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGAAGTCTCCCTGGCCACCAGTCAGAACGTCACCTGCCAGTCCCAT  895

seq1  TGATCGGACTTTTAGAAACATGTGGTTAAAGAAGTCAGTAAAATAGTCTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCGGACTTTTAGAAACATGTGGTTAAAGAAGTCAGTAAAATAGTCTT  945

seq1  TGAAAGTGCTGGGCATTTAGAGTGGGGGTGAGAGCACAGATTGGTTACTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTGCTGGGCATTTAGAGTGGGGGTGAGAGCACAGATTGGTTACTG  995

seq1  AGTATAGGCTATCCAGTGTGTGCTCCAAAGATGCATGGATACATATGGCA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGGCTATCCAGTGTGTGCTCCAAAGATGCATGGATACATATGGCA  1045

seq1  GAATCCCACCATCAGGATTCACAGTGAAGTAGGTGACACACATATGAAGA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCACCATCAGGATTCACAGTGAAGTAGGTGACACACATATGAAGA  1095

seq1  ACTAGTTATGGCACAGTGAATTC  1115
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTTATGGCACAGTGAATTC  1118


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |