BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317G14
Chromosome4 (Build37)
Map Location 154,144,026 - 154,288,604
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik
Upstream geneBC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73, Wdr8, 1200015A19Rik, Megf6, Arhgef16, Prdm16, LOC100043342, LOC100042178, Actrt2
Downstream geneTnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd, 2010015L04Rik, Tmem52, Gnb1, Nadk, A530082C11Rik, Cdc2l1, Mmp23, Mib2, B930041F14Rik, Ssu72, EG381582, Atad3a, Vwa1, A230069A22Rik, E230028L10Rik, Mrpl20, Ccnl2, Aurkaip1, Mxra8, Dvl1, Tas1r3, BC002216, Cpsf3l, Pusl1, Centb5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317G14.bB6Ng01-317G14.g
ACCGA107563GA107564
length5431,035
definitionB6Ng01-317G14.b B6Ng01-317G14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,144,026 - 154,144,574)(154,287,580 - 154,288,604)
sequence
cctgttctccccctgctaggtttaaaatgaacctcaggctaccaccccag
ggccaaaatgtattgcttgctctccaaggccaactcgggacttgccaggg
tgactccaaggccaggggttcctgctgagatacaagtgatccagtgggac
agtgaagatccctgtcccctgaggtagaaaagcagcaatccagccaggtg
tattcagggaccttgagtgagccttttcacctcttcaagttgaccagaaa
gtaaggccagctctaggtagagtgagtagactcttctcagatcttctcaa
acacagcaccttgtaagaagacacttgagtagggggttggtgcagagaag
agactgtcagggccctgagccaacaagcagagtgaaaggtcacaagtgtg
tgtatgtgtgtgtgtgcatgtgtgtgtatgtgcgtgtgtgtatgtgcata
tgtatgtgtgtgtgcatgtgtatgtatgtgcatgtgtgtgcatatgtatg
catgtgtgtgcattgtgtgtatgtgtgcgtgtgtatgtatgtg
gaattctgaggtaattccagtcccctggggtctactatttcaatagtctg
agagtcaatgagaggaacaaatgagtctttagaatgtcgtcttctctgtc
acaccacctagaggtgtcctctgaggcccttataccccagaccaatggtc
cctagagccccagagctaagattggaccctatagtccagaatctgtaaaa
tcacctacatcaaccaacccacaccatgtcttcagcttgtgaccccagag
ttcatgacggtcaaccacgattggtccctgtacctcagaatctggaaaac
tatcatctgtacaaacctagcctatgcctgctcattgaccttgtctggcc
tttcccatggaaactacatgaaggctctcacctgcagggaccttggtcct
tctgcttactgataatttctggggcttccccgggtggccttggtggcatg
gaggaagggttataacaagcctgcatctaggtggtggtggtttcccctga
tctgcagcctttgcagcctgcaccatggtaatacctgcactgtgagacag
gtcacagggcaagactatgctgtcttagccacagtggatggctagagaga
tagaacaaccttagggccatagggctgggtcttcagcctagcttctcttc
ttcatgtattgtgtgagctttgtgtagaaaacatgagccctagatagggc
actgaagacaaaccaaaaagaagatactacctaggtctagcttaggtaac
tggatgggaagtcgctcctctcagctgccaggatccctaaccctggatct
cagggctgtgtgtgaagctacttggggtcgggctgaagccttcccataac
aggttttccgcctccaggcagcccctgtgggtcctacctgctgtggggcc
ttctgaagagacctgtcttggaaattgttttgggagtgtggtgttggtcc
acacaacttgttaggaatggggtaaagaaccggctgcctggttgtctgag
gtcaacttggtagtcaagaggtaatgaaagcgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_154144026_154144574
seq2: B6Ng01-317G14.b_46_594

seq1  GAATTCCCTGTTCTCCCCCTGCTAGGTTTAAAATGAACCTCAGGCTACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGTTCTCCCCCTGCTAGGTTTAAAATGAACCTCAGGCTACCA  50

seq1  CCCCAGGGCCAAAATGTATTGCTTGCTCTCCAAGGCCAACTCGGGACTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGGCCAAAATGTATTGCTTGCTCTCCAAGGCCAACTCGGGACTTG  100

seq1  CCAGGGTGACTCCAAGGCCAGGGGTTCCTGCTGAGATACAAGTGATCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTGACTCCAAGGCCAGGGGTTCCTGCTGAGATACAAGTGATCCAG  150

seq1  TGGGACAGTGAAGATCCCTGTCCCCTGAGGTAGAAAAGCAGCAATCCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACAGTGAAGATCCCTGTCCCCTGAGGTAGAAAAGCAGCAATCCAGC  200

seq1  CAGGTGTATTCAGGGACCTTGAGTGAGCCTTTTCACCTCTTCAAGTTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTATTCAGGGACCTTGAGTGAGCCTTTTCACCTCTTCAAGTTGAC  250

seq1  CAGAAAGTAAGGCCAGCTCTAGGTAGAGTGAGTAGACTCTTCTCAGATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGTAAGGCCAGCTCTAGGTAGAGTGAGTAGACTCTTCTCAGATCT  300

seq1  TCTCAAACACAGCACCTTGTAAGAAGACACTTGAGTAGGGGGTTGGTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACACAGCACCTTGTAAGAAGACACTTGAGTAGGGGGTTGGTGCA  350

seq1  GAGAAGAGACTGTCAGGGCCCTGAGCCAACAAGCAGAGTGAAAGGTCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAGACTGTCAGGGCCCTGAGCCAACAAGCAGAGTGAAAGGTCACA  400

seq1  AGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTATGTGCGTGTGTGTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTATGTGCGTGTGTGTATG  450

seq1  TGCATATGTATGTGTGTGTGCATGTGTATGTATGTGCATGTGTGTGCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGTATGTGTGTGTGCATGTGTATGTATGTGCATGTGTGTGCATA  500

seq1  TGTATGCATGTGTGTGCATTGTGTGTATGTGTGCGTGTGTATGTATGTG  549
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCATGTGTGTGCATTGTGTGTATGTGTGCGTGTGTATGTATGTG  549

seq1: chr4_154287580_154288604
seq2: B6Ng01-317G14.g_69_1103 (reverse)

seq1  CCCCGCTTTCCTTCCCTCTTGCCT-CCCTGTTGACCTCTGGC-ACCAGGC  48
      |||||||||| || ||||||| || ||  ||||||||| | | |||||||
seq2  CCCCGCTTTCATTACCTCTTGACTACCAAGTTGACCTCAGACAACCAGGC  50

seq1  -GCCGGTTCCTTGCCCCATTCCTACCAGCTTCTGTGGGCC-ACACCACAC  96
       |||||||| || ||||||||||| ||  || ||||| || |||||||||
seq2  AGCCGGTTCTTTACCCCATTCCTAACAAGTTGTGTGGACCAACACCACAC  100

seq1  TCCCAAAAC-ATTTCCAAGACAGGTCTCTTCAG-AGGCCCCACAGCAGGT  144
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCCCAAAACAATTTCCAAGACAGGTCTCTTCAGAAGGCCCCACAGCAGGT  150

seq1  GGGACCCACAGGGGCTGCCTGGA-GCGG-AAACCTGTTATGGGGAGGCTT  192
       |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||
seq2  AGGACCCACAGGGGCTGCCTGGAGGCGGAAAACCTGTTATGGGAAGGCTT  200

seq1  CAGCCCGGCCCCAAGT-GCTTCACACACAGCCCTGAGATCCAGGGTTAGG  241
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCGACCCCAAGTAGCTTCACACACAGCCCTGAGATCCAGGGTTAGG  250

seq1  GATCCTGGCAGCTGAGAGGAGCGACTT-CCATCCAGTTACCTAAGCTAGA  290
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTGGCAGCTGAGAGGAGCGACTTCCCATCCAGTTACCTAAGCTAGA  300

seq1  CCTAGGTAGTATCTTCTTTTTGGTTTGTCTTCAGTGCCCTATCTAGGGCT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTAGTATCTTCTTTTTGGTTTGTCTTCAGTGCCCTATCTAGGGCT  350

seq1  CATGTTTTCTACACAAAGCTCACACAATACATGAAGAAGAGAAGCTAGGC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTCTACACAAAGCTCACACAATACATGAAGAAGAGAAGCTAGGC  400

seq1  TGAAGACCCAGCCCTATGGCCCTAAGGTTGTTCTATCTCTCTAGCCATCC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACCCAGCCCTATGGCCCTAAGGTTGTTCTATCTCTCTAGCCATCC  450

seq1  ACTGTGGCTAAGACAGCATAGTCTTGCCCTGTGACCTGTCTCACAGTGCA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGCTAAGACAGCATAGTCTTGCCCTGTGACCTGTCTCACAGTGCA  500

seq1  GGTATTACCATGGTGCAGGCTGCAAAGGCTGCAGATCAGGGGAAACCACC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTACCATGGTGCAGGCTGCAAAGGCTGCAGATCAGGGGAAACCACC  550

seq1  ACCACCTAGATGCAGGCTTGTTATAACCCTTCCTCCATGCCACCAAGGCC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTAGATGCAGGCTTGTTATAACCCTTCCTCCATGCCACCAAGGCC  600

seq1  ACCCGGGGAAGCCCCAGAAATTATCAGTAAGCAGAAGGACCAAGGTCCCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGGGAAGCCCCAGAAATTATCAGTAAGCAGAAGGACCAAGGTCCCT  650

seq1  GCAGGTGAGAGCCTTCATGTAGTTTCCATGGGAAAGGCCAGACAAGGTCA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGAGAGCCTTCATGTAGTTTCCATGGGAAAGGCCAGACAAGGTCA  700

seq1  ATGAGCAGGCATAGGCTAGGTTTGTACAGATGATAGTTTTCCAGATTCTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCAGGCATAGGCTAGGTTTGTACAGATGATAGTTTTCCAGATTCTG  750

seq1  AGGTACAGGGACCAATCGTGGTTGACCGTCATGAACTCTGGGGTCACAAG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACAGGGACCAATCGTGGTTGACCGTCATGAACTCTGGGGTCACAAG  800

seq1  CTGAAGACATGGTGTGGGTTGGTTGATGTAGGTGATTTTACAGATTCTGG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGACATGGTGTGGGTTGGTTGATGTAGGTGATTTTACAGATTCTGG  850

seq1  ACTATAGGGTCCAATCTTAGCTCTGGGGCTCTAGGGACCATTGGTCTGGG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAGGGTCCAATCTTAGCTCTGGGGCTCTAGGGACCATTGGTCTGGG  900

seq1  GTATAAGGGCCTCAGAGGACACCTCTAGGTGGTGTGACAGAGAAGACGAC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAGGGCCTCAGAGGACACCTCTAGGTGGTGTGACAGAGAAGACGAC  950

seq1  ATTCTAAAGACTCATTTGTTCCTCTCATTGACTCTCAGACTATTGAAATA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAAAGACTCATTTGTTCCTCTCATTGACTCTCAGACTATTGAAATA  1000

seq1  GTAGACCCCAGGGGACTGGAATTACCTCAGAATTC  1025
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACCCCAGGGGACTGGAATTACCTCAGAATTC  1035