BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319C05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 23,515,491 - 23,669,615
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040464
Upstream gene1700025O08Rik, LOC625462, LOC383998
Downstream geneLOC623873, LOC664973, F730047E07Rik, Klhl32
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319C05.bB6Ng01-319C05.g
ACCGA108847GA108848
length1,1671,111
definitionB6Ng01-319C05.b B6Ng01-319C05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,668,455 - 23,669,615)(23,515,491 - 23,516,233)
sequence
gaattctgtatgcttttgcatattatcattctatctatatctgatgctgt
cttgtcatccatgccatctaaaaataccaggaaaagagaccaaaatgcat
acaaaaactgaattttaaatagctgtctattgccatatatatacacatat
atgcatatgcaaacatataaaatatattttaaaatacatcagtagtacat
tagcagtaaacagtttgtcctcattaatgtctttgtgactttttcaaatg
atttaatgtaagttatatagcatagcttcagttgcataatgttaccagca
caaaatattaattgcaaatctttgcttgattatattctcagaaaacattt
cttgaaaacttttctcagcaagtctttgtggcaagaaattgtattttatc
tacttttacagatttaaaagatcatatgccacagacagtataggagctca
gctctctataactctggtttgatcatatataatctaaatagtgtctatgg
agagcagtagaaataatagtctatcatcaattgactctttgactacattt
taactatactattcaatacatagatgaaatacagtaatagtatttttaaa
caccttatcatttagcttgatcttagctattatctaacacacatggttca
cttgcaagaggaagaaatcaattctcagtgaacttaagtgagttagaagt
cacaaagctatcaccattctgcctatatgctcaagtcactggaccatgtc
tgacagacatgagcccaagtctgcatggaagctatgacttagtagcacac
ctaaacccatggtgtgtgggcaggatataacaatgattagcacacggggt
gagctgggtaaattttgagtccatacctagtatttatactcattagtacc
tggaggtaaacaattaattaagtatgtttgtgcttctgtttatttacatg
tagtactgtgataatactcctccaccaaacattgttgtaaatgataaata
cacattagaagcaatttagccacctacatcaaggcattcataatggtggt
cacctatcatcatagtcataaaggtaattctttcttgggggtgactattt
atgcaatttgttatcatagtacagcccatcctttactttagatcctccta
gaaggaattctgttagc

gaattcatgaaattcttaggcaaatggagggaactagaaaatatcatcct
gagtgaagtaactcagtcacaaaagaacacacatggtatgtccttattga
taagtggatattagcctaaaactcaaaatacctaagatacaatccacaga
ccacatgaagctcaagaagaagaaagaccaaagtgtggataccacagtct
atcttagaatggggaacaaaatactcctgggaggaaatttagagacaaag
tgtggagcagagattgagggaaaggcgatccagagactgccccacctggg
gctccatcttatatacagacaccaaacccagacactattgcatatgccaa
gaagtgcttgctgacaggagcctgatatagctgtctcctaagaggttctg
ccagagtctgacaaatccacagaggtggatgcttgcagccaaccgttgga
cgggtccccagtagacaagttagagaaagaaatgaaggagctgaaagtgt
ttgcaacccataggaagaacaacaatatcaaccaacaagacccccagggc
tcccaggaactaaaccattaatcaaagagtatacatggagggtcccaggg
ctccagccacatatgtagcagaatatggccttgttggataacaatgggag
gagaggcccttggttctgggaagactccatcccccagtgtaggagaatgc
cagggcagggaggcaggagtgggtgggcaggtgtttgagcaccctcatag
cagggagagggaggatgggataggggctttgaagagtggaaactaggaaa
ggagataacatttgaaatataaataaataaaatatccaataaacaacaac
acaacaacaacaaaaagtaaacaaaaaaggcttcaaccatacatattttc
atctcaggtaagaaatgctaggtcatatagtagtaactgctttagattct
ttgagagagcaaacggcaaaatgaaaaaaaacagagacactctgataaca
tgagtactgtacttcatttatgtgtgcctataaaattatttgggaaggtt
ttttatatatttacctgctgacatgaaagagatacggtgagtccttactt
ggcaaaatgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_23668455_23669615
seq2: B6Ng01-319C05.b_46_1212 (reverse)

seq1  GCTAACAGAAATCCTTCTAGGAGTATCATAAGATAAGGAT-GGCTGTACT  49
      |||||||||| |||||||||||| |||  |||  |||||| |||||||||
seq2  GCTAACAGAATTCCTTCTAGGAGGATCTAAAGTAAAGGATGGGCTGTACT  50

seq1  ATGATAACAAA-TGCAT-AATAGTCAACCCCAAGAAAGAAATTAC--TTA  95
      ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||  |||
seq2  ATGATAACAAATTGCATAAATAGTCACCCCCAAGAAAG-AATTACCTTTA  99

seq1  TGACTTATGATGATAGTGGAC--ACATTATGAATG-CTTGATGTAGGTGG  142
      |||| |||||||||||  |||   ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGAC-TATGATGATAGGTGACCACCATTATGAATGCCTTGATGTAGGTGG  148

seq1  CTAAAATGCTTCTAATGTGTATTTATCATTTACAACAATGTTTGGTGGAG  192
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTGCTTCTAATGTGTATTTATCATTTACAACAATGTTTGGTGGAG  198

seq1  GAGTATTATCACAGTACTACATGTAAATAAACAGAAGCACAAACATACTT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATTATCACAGTACTACATGTAAATAAACAGAAGCACAAACATACTT  248

seq1  AATTAATTGTTTACCTCCAGGTACTAATGAGTATAAATACTAGGTATGGA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATTGTTTACCTCCAGGTACTAATGAGTATAAATACTAGGTATGGA  298

seq1  CTCAAAATTTACCCAGCTCACCCCGTGTGCTAATCATTGTTATATCCTGC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAATTTACCCAGCTCACCCCGTGTGCTAATCATTGTTATATCCTGC  348

seq1  CCACACACCATGGGTTTAGGTGTGCTACTAAGTCATAGCTTCCATGCAGA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACACCATGGGTTTAGGTGTGCTACTAAGTCATAGCTTCCATGCAGA  398

seq1  CTTGGGCTCATGTCTGTCAGACATGGTCCAGTGACTTGAGCATATAGGCA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCTCATGTCTGTCAGACATGGTCCAGTGACTTGAGCATATAGGCA  448

seq1  GAATGGTGATAGCTTTGTGACTTCTAACTCACTTAAGTTCACTGAGAATT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGTGATAGCTTTGTGACTTCTAACTCACTTAAGTTCACTGAGAATT  498

seq1  GATTTCTTCCTCTTGCAAGTGAACCATGTGTGTTAGATAATAGCTAAGAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTTCCTCTTGCAAGTGAACCATGTGTGTTAGATAATAGCTAAGAT  548

seq1  CAAGCTAAATGATAAGGTGTTTAAAAATACTATTACTGTATTTCATCTAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTAAATGATAAGGTGTTTAAAAATACTATTACTGTATTTCATCTAT  598

seq1  GTATTGAATAGTATAGTTAAAATGTAGTCAAAGAGTCAATTGATGATAGA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGAATAGTATAGTTAAAATGTAGTCAAAGAGTCAATTGATGATAGA  648

seq1  CTATTATTTCTACTGCTCTCCATAGACACTATTTAGATTATATATGATCA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATTTCTACTGCTCTCCATAGACACTATTTAGATTATATATGATCA  698

seq1  AACCAGAGTTATAGAGAGCTGAGCTCCTATACTGTCTGTGGCATATGATC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAGTTATAGAGAGCTGAGCTCCTATACTGTCTGTGGCATATGATC  748

seq1  TTTTAAATCTGTAAAAGTAGATAAAATACAATTTCTTGCCACAAAGACTT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATCTGTAAAAGTAGATAAAATACAATTTCTTGCCACAAAGACTT  798

seq1  GCTGAGAAAAGTTTTCAAGAAATGTTTTCTGAGAATATAATCAAGCAAAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAAAAGTTTTCAAGAAATGTTTTCTGAGAATATAATCAAGCAAAG  848

seq1  ATTTGCAATTAATATTTTGTGCTGGTAACATTATGCAACTGAAGCTATGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCAATTAATATTTTGTGCTGGTAACATTATGCAACTGAAGCTATGC  898

seq1  TATATAACTTACATTAAATCATTTGAAAAAGTCACAAAGACATTAATGAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAACTTACATTAAATCATTTGAAAAAGTCACAAAGACATTAATGAG  948

seq1  GACAAACTGTTTACTGCTAATGTACTACTGATGTATTTTAAAATATATTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACTGTTTACTGCTAATGTACTACTGATGTATTTTAAAATATATTT  998

seq1  TATATGTTTGCATATGCATATATGTGTATATATATGGCAATAGACAGCTA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTTTGCATATGCATATATGTGTATATATATGGCAATAGACAGCTA  1048

seq1  TTTAAAATTCAGTTTTTGTATGCATTTTGGTCTCTTTTCCTGGTATTTTT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATTCAGTTTTTGTATGCATTTTGGTCTCTTTTCCTGGTATTTTT  1098

seq1  AGATGGCATGGATGACAAGACAGCATCAGATATAGATAGAATGATAATAT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCATGGATGACAAGACAGCATCAGATATAGATAGAATGATAATAT  1148

seq1  GCAAAAGCATACAGAATTC  1161
      |||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGCATACAGAATTC  1167


seq1: chr4_23515491_23516233
seq2: B6Ng01-319C05.g_436_1178

seq1  AGCCTGATATAGCTGTCTCCTAAGAGGTTCTGCCAGAGTCTGACAAATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGATATAGCTGTCTCCTAAGAGGTTCTGCCAGAGTCTGACAAATCC  50

seq1  ACAGAGGTGGATGCTTGCAGCCAACCGTTGGACGGGTCCCCAGTAGACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGTGGATGCTTGCAGCCAACCGTTGGACGGGTCCCCAGTAGACAA  100

seq1  GTTAGAGAAAGAAATGAAGGAGCTGAAAGTGTTTGCAACCCATAGGAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAGAAAGAAATGAAGGAGCTGAAAGTGTTTGCAACCCATAGGAAGA  150

seq1  ACAACAATATCAACCAACAAGACCCCCAGGGCTCCCAGGAACTAAACCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAATATCAACCAACAAGACCCCCAGGGCTCCCAGGAACTAAACCAT  200

seq1  TAATCAAAGAGTATACATGGAGGGTCCCAGGGCTCCAGCCACATATGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAAAGAGTATACATGGAGGGTCCCAGGGCTCCAGCCACATATGTAG  250

seq1  CAGAATATGGCCTTGTTGGATAACAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATGGCCTTGTTGGATAACAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGTTCTG  300

seq1  GGAAGACTCCATCCCCCAGTGTAGGAGAATGCCAGGGCAGGGAGGCAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACTCCATCCCCCAGTGTAGGAGAATGCCAGGGCAGGGAGGCAGGA  350

seq1  GTGGGTGGGCAGGTGTTTGAGCACCCTCATAGCAGGGAGAGGGAGGATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGGGCAGGTGTTTGAGCACCCTCATAGCAGGGAGAGGGAGGATGG  400

seq1  GATAGGGGCTTTGAAGAGTGGAAACTAGGAAAGGAGATAACATTTGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGGGCTTTGAAGAGTGGAAACTAGGAAAGGAGATAACATTTGAAAT  450

seq1  ATAAATAAATAAAATATCCAATAAACAACAACAACAACAACAACAAAAAG  500
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATAAAATATCCAATAAACAACAAC-ACAACAACAACAAAAAG  499

seq1  TAAACAAAAAAGGCTTCAACCATACATATTTTCATCTCAGGGTAAGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAACAAAAAAGGCTTCAACCATACATATTTTCATCTCA-GGTAAGAAAT  548

seq1  GCTAGGTCATATAGTAGTAACTGCTTTAGAT--CTTGAGAGAGCAAAACG  598
      |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||
seq2  GCTAGGTCATATAGTAGTAACTGCTTTAGATTCTTTGAGAGAGC-AAACG  597

seq1  GCAAAATGAAAAAAACAGGAGAACACTCTGATAACATGAAGTTACTTGTA  648
      |||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||   ||| ||||
seq2  GCAAAATGAAAAAAAACAGAG-ACACTCTGATAACATGA--GTAC-TGTA  643

seq1  CTCAATTTATGTGTG-CTATAAAATTATTTGGGAAG--TTTTTATATATT  695
      ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  CTTCATTTATGTGTGCCTATAAAATTATTTGGGAAGGTTTTTTATATATT  693

seq1  TACCTTGCTGAACATG--AGAGAAAGGGTGAGT-CTTAATTGG-AAAATG  741
      |||| ||||| |||||  ||||| | ||||||| |||| |||| ||||||
seq2  TACC-TGCTG-ACATGAAAGAGATACGGTGAGTCCTTACTTGGCAAAATG  741

seq1  TC  743
      ||
seq2  TC  743


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |