BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344G23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 86,316,337 - 86,453,029
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG624685, Dennd4c
Upstream geneA930009N24, LOC668052, Adamtsl1, 4930500O09Rik, Rraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp
Downstream geneRps6, Asah3l, Slc24a2, Mllt3
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344G23.bB6Ng01-344G23.g
ACCGA126921GA126922
length1,1391,104
definitionB6Ng01-344G23.b B6Ng01-344G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,451,884 - 86,453,029)(86,316,337 - 86,317,441)
sequence
gaattcataactcttttcataaaatctgtatgtttaaggataattatatt
taaaataccagtatatttaataatcaactttttctttaagacattgcatc
agtatttaaaaggaaaaaatacagtctttttaatttagaaattatggttt
aacaacttctttacacttctgaatattattcagtttcttcgaatatcatc
aattaattgtctatatgtgtgtttctttgtaaatactcttccttaattta
ttaaaatactaagctaaagcagttgtttctcaagaagaaccagacattct
aatcaacagcaggtgacgagcatgggcatactaacacacactcccagcat
agctcagcctcaacacgtaaactgctgctcaacagttgagtgtgcatttt
ttaaatgttagaaaggctgaggtttttttcctattgctggctttttctcc
ttggaaactgtctactgatttgacaaattatccctgtagaaagcctgcct
tcccttgattgtgatttatatgtcaataccgaaagcctcaactacacaag
ttaagacaaagtaaaaattaattacacagcatgaaattgaactagcattt
aagacactcagttgcagtataaccccagtgtcattcagccctgttgagag
tagtctctacaaaggtccttgacttttccttagagagttattgtttgtgt
gtgtatatctatgtatgcaaagatacaaaaaactatgaacaaatccacaa
gaaaaaaggcaaataaattacagtaactgtacacaaggtggtcactaaaa
ttataagccatgaaaatgttcagtggcatgaaagaatgctcagaccatta
aaggtaaacacaggttacaaagaaatgtttaagatgaacttgtctacaca
ctatacacacataccttaaagttattaataaatttaaaattagtactaaa
attgtgtgtatatttcttatttcattaagcttataactatgtaccatgat
gattatagtaagaaaacatatttactgtaattttctgaaaagattctcat
ctaatccttacttgctagttcctagttcttaaacagctgatccttttact
ttacattttctctatctcactaactgaagaattgcacag

gaattccaacacgttaatgacctgtagggacttctggtttactgctctat
ggatgtaaacaattcatccatgggatgtggcggctctggtctgtaatccc
cagccagcactagggaaattgcggcaggaggattgttgtgagttctaggc
cagaaaaaataccgttctcaaagagagacaacttatcaaaagcttctaat
taaaaggttgatctgaatttccacaagcaaagcttgagcctctcttctgt
gttttctttagtaaaacaattccaaattgctccttagtgatatcagccaa
caactaaggaagatggccaactttatcgtgacttatgcaatatttttaag
tggtctgaatcattttttaatccttgtcgagagggcagggacgtgaactg
ggttatttgatcttgaaagttgtacagccatctggagtcataagggttca
gggaatttctttcctggaaaaagatacaggtgcaggccttctagttcctt
gcaagggaaactagaaggaacagttgaagataggaaggaagctcttgtgc
cctagctacatagatcccctgtcaccagaatatgtaataagagcaacagc
aacagtgctgggccctactaaccggggcttgtggaaggtgcctttggagc
tatggaatttgaactctgggcagcactcacctccacgtcaatcatttccc
caaagttgcatacacacaagcgctgcttactttttcaaaggtccaaagag
ccaaactggcttcattaatatgtgtgcctgaatcaatccattgcaggcac
tggaagacaccaccgtataattataaaaggaaaaagaaaaagaagaaatg
tctggaagtccaaagatgctctggatgtttttattaaagattgtgtttta
catgcgtatgcatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatg
ccacatctgtgcagatgtcatctgagacttttagaaaggacattggattg
ctaggagctgaagttagctgaatgtgagtcaaagcactcagaaaactgaa
caggagattacagtttgaagaacttaggttgagctacatatgtgaatact
aaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_86451884_86453029
seq2: B6Ng01-344G23.b_45_1183 (reverse)

seq1  CTGTGAAATTCTTCAGTTAGTGAGATAGAGAAAATGTGAAAGTAGAGGAA  50
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | |
seq2  CTGTGCAATTCTTCAGTTAGTGAGATAGAGAAAATGT-AAAGTAAAAGGA  49

seq1  TCAGCCTGTTTAAAGACTAGGAACTTAGCAAGTAGGATTTAGATGAGAAT  100
      |||| ||||||||  ||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||
seq2  TCAG-CTGTTTAAGAACTAGGAAC-TAGCAAGTAAGGATTAGATGAGAAT  97

seq1  CTTTTCAG-AAATTACAGTAAATATGTTTTCCTTACTATAATCATCATGG  149
      |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGAAAATTACAGTAAATATGTTTT-CTTACTATAATCATCATGG  146

seq1  TACATAGTTTAATAAGCTTTAATGAAATAAGAAATATTACACACAATTTT  199
      |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TACATAGTT--ATAAGC-TTAATGAAATAAGAAATA-TACACACAATTTT  192

seq1  AGTACTAATTTTAAATTTATTAATAACTTT-AGGTATGTGTGTATAGTGT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTACTAATTTTAAATTTATTAATAACTTTAAGGTATGTGTGTATAGTGT  242

seq1  GTAGACAAGTTCATCTTAAACATTTTCTTTGTAACCTGTGTTTACCTTTA  298
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACAAGTTCATCTTAAACA-TTTCTTTGTAACCTGTGTTTACCTTTA  291

seq1  ATGGTCTGAGCATTCTTTCATGCCACTGAACATTTTCATGGCTTATAATT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTGAGCATTCTTTCATGCCACTGAACATTTTCATGGCTTATAATT  341

seq1  TTAGTGACCACCTTGTGTACAGTTACTGTAATTTATTTGCCTTTTTTCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGACCACCTTGTGTACAGTTACTGTAATTTATTTGCCTTTTTTCTT  391

seq1  GTGGATTTGTTCATAGTTTTTTGTATCTTTGCATACATAGATATACACAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATTTGTTCATAGTTTTTTGTATCTTTGCATACATAGATATACACAC  441

seq1  ACAAACAATAACTCTCTAAGGAAAAGTCAAGGACCTTTGTAGAGACTACT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAATAACTCTCTAAGGAAAAGTCAAGGACCTTTGTAGAGACTACT  491

seq1  CTCAACAGGGCTGAATGACACTGGGGTTATACTGCAACTGAGTGTCTTAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGGGCTGAATGACACTGGGGTTATACTGCAACTGAGTGTCTTAA  541

seq1  ATGCTAGTTCAATTTCATGCTGTGTAATTAATTTTTACTTTGTCTTAACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGTTCAATTTCATGCTGTGTAATTAATTTTTACTTTGTCTTAACT  591

seq1  TGTGTAGTTGAGGCTTTCGGTATTGACATATAAATCACAATCAAGGGAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGTTGAGGCTTTCGGTATTGACATATAAATCACAATCAAGGGAAG  641

seq1  GCAGGCTTTCTACAGGGATAATTTGTCAAATCAGTAGACAGTTTCCAAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTTTCTACAGGGATAATTTGTCAAATCAGTAGACAGTTTCCAAGG  691

seq1  AGAAAAAGCCAGCAATAGGAAAAAAACCTCAGCCTTTCTAACATTTAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGCCAGCAATAGGAAAAAAACCTCAGCCTTTCTAACATTTAAAA  741

seq1  AATGCACACTCAACTGTTGAGCAGCAGTTTACGTGTTGAGGCTGAGCTAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACACTCAACTGTTGAGCAGCAGTTTACGTGTTGAGGCTGAGCTAT  791

seq1  GCTGGGAGTGTGTGTTAGTATGCCCATGCTCGTCACCTGCTGTTGATTAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGAGTGTGTGTTAGTATGCCCATGCTCGTCACCTGCTGTTGATTAG  841

seq1  AATGTCTGGTTCTTCTTGAGAAACAACTGCTTTAGCTTAGTATTTTAATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTGGTTCTTCTTGAGAAACAACTGCTTTAGCTTAGTATTTTAATA  891

seq1  AATTAAGGAAGAGTATTTACAAAGAAACACACATATAGACAATTAATTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGGAAGAGTATTTACAAAGAAACACACATATAGACAATTAATTGA  941

seq1  TGATATTCGAAGAAACTGAATAATATTCAGAAGTGTAAAGAAGTTGTTAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTCGAAGAAACTGAATAATATTCAGAAGTGTAAAGAAGTTGTTAA  991

seq1  ACCATAATTTCTAAATTAAAAAGACTGTATTTTTTCCTTTTAAATACTGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAATTTCTAAATTAAAAAGACTGTATTTTTTCCTTTTAAATACTGA  1041

seq1  TGCAATGTCTTAAAGAAAAAGTTGATTATTAAATATACTGGTATTTTAAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGTCTTAAAGAAAAAGTTGATTATTAAATATACTGGTATTTTAAA  1091

seq1  TATAATTATCCTTAAACATACAGATTTTATGAAAAGAGTTATGAATTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTATCCTTAAACATACAGATTTTATGAAAAGAGTTATGAATTC  1139


seq1: chr4_86316337_86317441
seq2: B6Ng01-344G23.g_65_1168

seq1  GAATTCCAACACGTTAATGACCTGTAGGGACTTCTGGTTTACTGCTCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACACGTTAATGACCTGTAGGGACTTCTGGTTTACTGCTCTAT  50

seq1  GGATGTAAACAATTCATCCATGGGATGTGGCGGCTCTGGTCTGTAATCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTAAACAATTCATCCATGGGATGTGGCGGCTCTGGTCTGTAATCCC  100

seq1  CAGCCAGCACTAGGGAAATTGCGGCAGGAGGATTGTTGTGAGTTCTAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGCACTAGGGAAATTGCGGCAGGAGGATTGTTGTGAGTTCTAGGC  150

seq1  CAGAAAAAATACCGTTCTCAAAGAGAGACAACTTATCAAAAGCTTCTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAAATACCGTTCTCAAAGAGAGACAACTTATCAAAAGCTTCTAAT  200

seq1  TAAAAGGTTGATCTGAATTTCCACAAGCAAAGCTTGAGCCTCTCTTCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGTTGATCTGAATTTCCACAAGCAAAGCTTGAGCCTCTCTTCTGT  250

seq1  GTTTTCTTTAGTAAAACAATTCCAAATTGCTCCTTAGTGATATCAGCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTTTAGTAAAACAATTCCAAATTGCTCCTTAGTGATATCAGCCAA  300

seq1  CAACTAAGGAAGATGGCCAACTTTATCGTGACTTATGCAATATTTTTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAAGGAAGATGGCCAACTTTATCGTGACTTATGCAATATTTTTAAG  350

seq1  TGGTCTGAATCATTTTTTAATCCTTGTCGAGAGGGCAGGGACGTGAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGAATCATTTTTTAATCCTTGTCGAGAGGGCAGGGACGTGAACTG  400

seq1  GGTTATTTGATCTTGAAAGTTGTACAGCCATCTGGAGTCATAAGGGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTTGATCTTGAAAGTTGTACAGCCATCTGGAGTCATAAGGGTTCA  450

seq1  GGGAATTTCTTTCCTGGAAAAAGATACAGGTGCAGGCCTTCTAGTTCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTTCTTTCCTGGAAAAAGATACAGGTGCAGGCCTTCTAGTTCCTT  500

seq1  GCAAGGGAAACTAGAAGGAACAGTTGAAGATAGGAAGGAAGCTCTTGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGAAACTAGAAGGAACAGTTGAAGATAGGAAGGAAGCTCTTGTGC  550

seq1  CCTAGCTACATAGATCCCCTGTCACCAGAATATGTAATAAGAGCAACAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTACATAGATCCCCTGTCACCAGAATATGTAATAAGAGCAACAGC  600

seq1  AACAGTGCTGGGCCCTACTAACCGGGGCTTGTGGAAGGTGCCTTTGGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGCTGGGCCCTACTAACCGGGGCTTGTGGAAGGTGCCTTTGGAGC  650

seq1  TATGGAATTTGAACTCTGGGCAGCACTCACCTCCACGTCAATCATTTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAATTTGAACTCTGGGCAGCACTCACCTCCACGTCAATCATTTCCC  700

seq1  CAAAGTTGCATACACACAAGCGCTGCTTACTTTTTCAAAGGTCCAAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTGCATACACACAAGCGCTGCTTACTTTTTCAAAGGTCCAAAGAG  750

seq1  CCAAACTGGCTTCATTAATATGTGTGCCTGAATCAATCCATTGCAGGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTGGCTTCATTAATATGTGTGCCTGAATCAATCCATTGCAGGCAC  800

seq1  TGGAAGACACCACCGTATAATTAT-AAAGGAAAAAGAAAAAGAAGAAATG  849
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGACACCACCGTATAATTATAAAAGGAAAAAGAAAAAGAAGAAATG  850

seq1  TCTGGAAGTCCAAAGATGCTCTGGATGTTTTTATTAAAGATTGTGTTTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGTCCAAAGATGCTCTGGATGTTTTTATTAAAGATTGTGTTTTA  900

seq1  CATGCGTATGCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCGTATGCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG  950

seq1  CCACATCTGTGCAGATGTCATCTGAGACCTTTTAGAAAAGGACATTGGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  CCACATCTGTGCAGATGTCATCTGAGA-CTTTTAG-AAAGGACATTGGAT  998

seq1  TGCTAGGAGCTGAAGTTTAGCTGATTGTGAGCCAAAGCACTCAGGAGACT  1049
      ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| | |||
seq2  TGCTAGGAGCTGAAG-TTAGCTGAATGTGAGTCAAAGCACTCAGAAAACT  1047

seq1  GAGACAGGAGGATTACAGGTTTGAGA--CTAGGTTGAGCTACATA-GTGA  1096
      || |||||| |||||||| ||  |||   |||||||||||||||| ||||
seq2  GA-ACAGGA-GATTACAGTTTGAAGAACTTAGGTTGAGCTACATATGTGA  1095

seq1  ATACCAAAC  1105
      |||| ||||
seq2  ATACTAAAC  1104


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |