BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349G16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 48,882,910 - 49,055,148
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040788, Nr4a3, Stx17, Txndc4, Invs, Tex10, 5730528L13Rik, Tmeff1, 2310039E09Rik
Downstream geneE130309F12Rik, LOC666602, Rbpsuh-ps1, C730036D15Rik, LOC100040919, LOC666617, Rbpsuh-ps2, LOC230161, Baat, Mrpl50, Zfp189, Aldob, 2810432L12Rik, LOC100040742, Rnf20, Ppp3r2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349G16.bB6Ng01-349G16.g
ACCGA130417GA130418
length1,1171,091
definitionB6Ng01-349G16.b B6Ng01-349G16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,054,023 - 49,055,148)(48,882,910 - 48,883,990)
sequence
gaattctcttcaatagacacagccattttagcacctccttaatagtaata
gaggcaaagaaaaggaaaagcaaaccatggatccgcacaatgcttaaagg
acccattcctctggccacactgtgcctgtttcctagtcctgaatatttca
gacagtctcacccataggcatactttctaagtgtctccttcccctttttc
tgaattgccagcttagaaagctggtgcccttaaaggctgacacccactgc
tagacagatggagcagagagggccaaggccaaggccaggcttatgctgcc
aactcatttggccaaaggcccagccttactccacttacagccaccaatgc
tgtcattacccagtaaaggctgatctcagtgccctttgcttgtcagcttc
tctacgctcctgaaggtgacagtagtccaggaagtccttgctccttcctg
gcattcatacatctgccaatcacagctttgtgtagttgataaggtgtccc
ttggcaagagacagccagaagtcctgtcccatgcccacagcaggtgtcaa
gagaatgtctggaacagctgtcagcttcccaatgccaggctggtgtgact
ggcttgtggggcacaccttccttccctgcagctctctaaggttttaactt
cacaagcattagttctgaggtagggtaactgtcttggtttatttccaata
ttctatggggtcaatcttctattatgcttatacatatcaagtagggatct
aaaaggtacactgaccatgtcactcactgctttaacttcccaagggaatt
ctcaagctttctcttcaaagtctgttatggtcttggttaaaattgttttg
gccccagacctcaacatttccaacaaacccatcttcttgtctctcccctg
ctgttccaagcatgccaagttcccttcaacactagatgctggttttgttc
ccttcagtatgtctgcctaagtcttatttgtcttcagtgtcagttcagat
gcccttcatccagaaagccttctctgatccccttaagcaggaggagagga
aagggactgctctgtgttcccaggcttcctgactttgctcttagctactg
taatgtattaactatat
gaattctccttagagaagataaatactgaggaacaataaatcatttattt
caaatttctatgagactttactaatctaatgtctatttcaattagatttc
atgtgtaaaggcaagaagacactttctcagacacaaggaatggagaaatg
ctttgaattattaactgtataattcccatatgccaacaataagcaaaata
tgacataaactattaaaatataggcttaagtcaaatgtttccactaaagt
gaatatttaaattaaatgcaaattacaagttttggaagacaaaacacacg
ctcttaaaactttattagcaggaatttggactaaagaaatcatgccaagt
gggatgtgtctgttagagcaggttctgtgtgcttttgcatgcagacgtac
gagcacacgccagtgcttggggtgccccatagcactgtaatggctgttca
caggcagtgaatggttagctgaagtggatattcaggttgtgtgacctgcc
tggtaactgtttggcatctcataccgcctaaatgaatgacttgccaagtg
aaccattatggttaatcccttcacttatatcccattgagcatctttactc
taacatttaagaatttctgagcaggtgcatatcttgcctatacacaccct
gcttctatttccttcacattagactatgccacttctgtgtggcttcccgt
tgtgtttgaagatgaccactcagatgctacatctgctacatattagattt
tataatatcaagatttctttgttcactacaataccctacataatggttca
tagttacctgcatactatgaccattactgcatagtttattcttaaataca
agtctgttgacagcacaggatatattgattgttattataatttccttaca
gcttacacctgctgggtctctgcagtaagtgaatatataatacaattttt
taattatccctttaagtacaccttgggctactaagagtagaaggctctga
aacattgtcctctcattttaaaaggtgataggattggaaatgaattaagt
tggtgtggattatgtcttgcttattaagaaaggagaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_49054023_49055148
seq2: B6Ng01-349G16.b_45_1161 (reverse)

seq1  ATATAGTT-ATACATAACAGTAAGCTAAAGAGCAAAGTCAGGAAAGCCTT  49
      |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |
seq2  ATATAGTTAATACATTACAGT-AGCT-AAGAGCAAAGTCAGG-AAGCC-T  46

seq1  GGGAACACAGAGGCAGGTCCCTTTCCTCTCCTCCCTGCTTTAGGGGATTC  99
      ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||
seq2  GGGAACACAGA-GCA-GTCCCTTTCCTCTCCT-CCTGCTTAAGGGGA-TC  92

seq1  AGAGAAGGCTTTCTGGATGAAGGGCATCTGAACTGACACTGGAAAGACAA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  AGAGAAGGCTTTCTGGATGAAGGGCATCTGAACTGACACTG--AAGACAA  140

seq1  ATAAGACTTAGGCAGACATACTGAAGGGAACAAAACCAGCATCTAGTGTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACTTAGGCAGACATACTGAAGGGAACAAAACCAGCATCTAGTGTT  190

seq1  GAAGGGAACTTGGCATGCTTGGAACAGCAGGGGAGAGACAAGAAGATGGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAACTTGGCATGCTTGGAACAGCAGGGGAGAGACAAGAAGATGGG  240

seq1  TTTGTTGGAAATGTTGAGGTCTGGGGCCAAAACAATTTTAACCAAGACCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGGAAATGTTGAGGTCTGGGGCCAAAACAATTTTAACCAAGACCA  290

seq1  TAACAGACTTTGAAGAGAAAGCTTGAGAATTCCCTTGGGAAGTTAAAGCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGACTTTGAAGAGAAAGCTTGAGAATTCCCTTGGGAAGTTAAAGCA  340

seq1  GTGAGTGACATGGTCAGTGTACCTTTTAGATCCCTACTTGATATGTATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGACATGGTCAGTGTACCTTTTAGATCCCTACTTGATATGTATAA  390

seq1  GCATAATAGAAGATTGACCCCATAGAATATTGGAAATAAACCAAGACAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAATAGAAGATTGACCCCATAGAATATTGGAAATAAACCAAGACAGT  440

seq1  TACCCTACCTCAGAACTAATGCTTGTGAAGTTAAAACCTTAGAGAGCTGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTACCTCAGAACTAATGCTTGTGAAGTTAAAACCTTAGAGAGCTGC  490

seq1  AGGGAAGGAAGGTGTGCCCCACAAGCCAGTCACACCAGCCTGGCATTGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGGAAGGTGTGCCCCACAAGCCAGTCACACCAGCCTGGCATTGGG  540

seq1  AAGCTGACAGCTGTTCCAGACATTCTCTTGACACCTGCTGTGGGCATGGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGACAGCTGTTCCAGACATTCTCTTGACACCTGCTGTGGGCATGGG  590

seq1  ACAGGACTTCTGGCTGTCTCTTGCCAAGGGACACCTTATCAACTACACAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACTTCTGGCTGTCTCTTGCCAAGGGACACCTTATCAACTACACAA  640

seq1  AGCTGTGATTGGCAGATGTATGAATGCCAGGAAGGAGCAAGGACTTCCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGATTGGCAGATGTATGAATGCCAGGAAGGAGCAAGGACTTCCTG  690

seq1  GACTACTGTCACCTTCAGGAGCGTAGAGAAGCTGACAAGCAAAGGGCACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACTGTCACCTTCAGGAGCGTAGAGAAGCTGACAAGCAAAGGGCACT  740

seq1  GAGATCAGCCTTTACTGGGTAATGACAGCATTGGTGGCTGTAAGTGGAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCAGCCTTTACTGGGTAATGACAGCATTGGTGGCTGTAAGTGGAGT  790

seq1  AAGGCTGGGCCTTTGGCCAAATGAGTTGGCAGCATAAGCCTGGCCTTGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGGGCCTTTGGCCAAATGAGTTGGCAGCATAAGCCTGGCCTTGGC  840

seq1  CTTGGCCCTCTCTGCTCCATCTGTCTAGCAGTGGGTGTCAGCCTTTAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCCCTCTCTGCTCCATCTGTCTAGCAGTGGGTGTCAGCCTTTAAGG  890

seq1  GCACCAGCTTTCTAAGCTGGCAATTCAGAAAAAGGGGAAGGAGACACTTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGCTTTCTAAGCTGGCAATTCAGAAAAAGGGGAAGGAGACACTTA  940

seq1  GAAAGTATGCCTATGGGTGAGACTGTCTGAAATATTCAGGACTAGGAAAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTATGCCTATGGGTGAGACTGTCTGAAATATTCAGGACTAGGAAAC  990

seq1  AGGCACAGTGTGGCCAGAGGAATGGGTCCTTTAAGCATTGTGCGGATCCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAGTGTGGCCAGAGGAATGGGTCCTTTAAGCATTGTGCGGATCCA  1040

seq1  TGGTTTGCTTTTCCTTTTCTTTGCCTCTATTACTATTAAGGAGGTGCTAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGCTTTTCCTTTTCTTTGCCTCTATTACTATTAAGGAGGTGCTAA  1090

seq1  AATGGCTGTGTCTATTGAAGAGAATTC  1126
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTGTGTCTATTGAAGAGAATTC  1117

seq1: chr4_48882910_48883990
seq2: B6Ng01-349G16.g_66_1156

seq1  GAATTCTCCTTAGAGAAGATAAATACTGAGGAACAATAAATCATTTATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTTAGAGAAGATAAATACTGAGGAACAATAAATCATTTATTT  50

seq1  CAAATTTCTATGAGACTTTACTAATCTAATGTCTATTTCAATTAGATTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTCTATGAGACTTTACTAATCTAATGTCTATTTCAATTAGATTTC  100

seq1  ATGTGTAAAGGCAAGAAGACACTTTCTCAGACACAAGGAATGGAGAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTAAAGGCAAGAAGACACTTTCTCAGACACAAGGAATGGAGAAATG  150

seq1  CTTTGAATTATTAACTGTATAATTCCCATATGCCAACAATAAGCAAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAATTATTAACTGTATAATTCCCATATGCCAACAATAAGCAAAATA  200

seq1  TGACATAAACTATTAAAATATAGGCTTAAGTCAAATGTTTCCACTAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATAAACTATTAAAATATAGGCTTAAGTCAAATGTTTCCACTAAAGT  250

seq1  GAATATTTAAATTAAATGCAAATTACAAGTTTTGGAAGACAAAACACACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTTAAATTAAATGCAAATTACAAGTTTTGGAAGACAAAACACACG  300

seq1  CTCTTAAAACTTTATTAGCAGGAATTTGGACTAAAGAAATCATGCCAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAAAACTTTATTAGCAGGAATTTGGACTAAAGAAATCATGCCAAGT  350

seq1  GGGATGTGTCTGTTAGAGCAGGTTCTGTGTGCTTTTGCATGCAGACGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTGTCTGTTAGAGCAGGTTCTGTGTGCTTTTGCATGCAGACGTAC  400

seq1  GAGCACACGCCAGTGCTTGGGGTGCCCCATAGCACTGTAATGGCTGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACACGCCAGTGCTTGGGGTGCCCCATAGCACTGTAATGGCTGTTCA  450

seq1  CAGGCAGTGAATGGTTAGCTGAAGTGGATATTCAGGTTGTGTGACCTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGTGAATGGTTAGCTGAAGTGGATATTCAGGTTGTGTGACCTGCC  500

seq1  TGGTAACTGTTTGGCATCTCATACCGCCTAAATGAATGACTTGCCAAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAACTGTTTGGCATCTCATACCGCCTAAATGAATGACTTGCCAAGTG  550

seq1  AACCATTATGGTTAATCCCTTCACTTATATCCCATTGAGCATCTTTACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTATGGTTAATCCCTTCACTTATATCCCATTGAGCATCTTTACTC  600

seq1  TAACATTTAAGAATTTCTGAGCAGGTGCATATCTTGCCTATACACACCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTTAAGAATTTCTGAGCAGGTGCATATCTTGCCTATACACACCCT  650

seq1  GCTTCTATTTCCTTCACATTAGACTATGCCACTTCTGTGTGGCTTCCCGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTATTTCCTTCACATTAGACTATGCCACTTCTGTGTGGCTTCCCGT  700

seq1  TGTGTTTGAAGATGACCACTCAGATGCTACATCTGCTACATATTAGATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGAAGATGACCACTCAGATGCTACATCTGCTACATATTAGATTT  750

seq1  TATAATATCAAGATTTCTTTGTTCACTACAATACCCTACATAATGGTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATATCAAGATTTCTTTGTTCACTACAATACCCTACATAATGGTTCA  800

seq1  TAGTTACCTGCATACTATGACCATTACTGCATAGTTTATTCTTAATTACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAGTTACCTGCATACTATGACCATTACTGCATAGTTTATTCTTAAATACA  850

seq1  AGTCTGTTGACAGCACAGGATATATTGATTGTTATTATAA-TTCCTTACA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTCTGTTGACAGCACAGGATATATTGATTGTTATTATAATTTCCTTACA  900

seq1  GCTTACACCTGCTGGGTCTCTGCAGTAAGTGAATATATAATACAA-TTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCTTACACCTGCTGGGTCTCTGCAGTAAGTGAATATATAATACAATTTTT  950

seq1  TAATTAT-CCTTTAAGTACACCTT-GGCTACTAAGAGTAGAAGGCTCTGA  996
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATCCCTTTAAGTACACCTTGGGCTACTAAGAGTAGAAGGCTCTGA  1000

seq1  AACATTGTCCTCTCATTTTAAAA-GTGATAGGATT-GAAATG-ATTTAGT  1043
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||
seq2  AACATTGTCCTCTCATTTTAAAAGGTGATAGGATTGGAAATGAATTAAGT  1050

seq1  T-GTGTGGATTATGTC-TGCTTAATTAAGAA--GAGAAAAAA  1081
      | |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||
seq2  TGGTGTGGATTATGTCTTGCTT-ATTAAGAAAGGAGAAAAAA  1091