Query= MSMg01no181_h03.b1 MSMg01no181_h03.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no181_h03.b1 PHD_FILE: MSMg01no181_h03.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 19:54:54 2005
(549 letters)
>mm_chr4_76792986_76793934
Length = 949
Score = 532 bits (275), Expect = e-155
Identities = 348/374 (93%), Gaps = 10/374 (2%)
Strand = Plus / Minus
Query: 172 aaaa-cacctctttttaaaaaatagttaatagacaaatacaacagcatctatctaggtga 230
|||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct: 633 aaaaccacctcttttttagaaatagttaatagacaaatgcaacagc--ctatctaggtga 576
Query: 231 taatacttattcataaaatgaagagatattcatgatatattcataaatatttcaata-tt 289
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct: 575 taatacttattcataaaatgaggagatattcatgacatattcataaatatttcaatattt 516
Query: 290 aaatgaacacacagtatatataataggaatctttgttacttgttcttcacataggtatga 349
|||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct: 515 aaatgatcagacagcatatataatagcaatctttgttactttttcttcacacgggtatga 456
Query: 350 atatgggagcctacaaagatgtagacaccaataatttg-taattggatcaatgagataat 408
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct: 455 atatgggagcctacaaagatgtagacaccaataa-ttgataattggatcaatgagataat 397
Query: 409 tacacatttctttttctgccacttctttattaatttagtcactttcgtcctgatcac-gc 467
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct: 396 tagacatttctttttctgccacttctttattaatttagtcactttcgtcctgatcacag- 338
Query: 468 cccccctcctcccagcttgtcacttactcgacccctcccccattcctccctgtccttcat 527
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct: 337 cccccctcctcccagcttgtcacttacttgacccctccc--attcctccctgtcctttat 280
Query: 528 ctctganaagggtg 541
|||||| |||||||
Sbjct: 279 ctctgaaaagggtg 266
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 10
Number of extensions: 2
Number of successful extensions: 2
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 1
Number of HSP's successfully gapped: 1
Length of query: 549
Length of database: 949
Length adjustment: 10
Effective length of query: 539
Effective length of database: 939
Effective search space: 506121
Effective search space used: 506121
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
| Query= MSMg01no181_h03.g1 MSMg01no181_h03.g1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no181_h03.g1 PHD_FILE: MSMg01no181_h03.g1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 19:54:54 2005
(285 letters)
>mm_chr4_76720693_76721377
Length = 685
Score = 476 bits (246), Expect = e-139
Identities = 279/298 (93%), Gaps = 15/298 (5%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 catcactggtcaggactcagaggacaactgattactgcattcctgacccc---actgtta 57
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct: 190 catcactggtcaggactcagaggacaactgattactgcattcctga--ccaaaactgtta 247
Query: 58 taggcacaacacaagtcctgtaattaaggctcatggaacatttcagaagaggggctatat 117
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 248 taggcgcaacacaagtcctgtaattaaggctcatgaaacatttcagaagaggggctatat 307
Query: 118 ----------atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 308 acatacatacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 367
Query: 168 atatatccagagcatcaggacatgtgcggcaagattgagtcttctctgtgtgataaggaa 227
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 368 atatctccagagcatcaggacatgtgcggcaagattgagtcttctctgtgtgataaggaa 427
Query: 228 actacacatgtgcagacaagaattacgtgaggcagcatgggtcttagtacagatgaca 285
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 428 actacacatgtgcagacaagaaatacgtgaggcagcatgggtcttagtacagatgaca 485
Score = 107 bits (55), Expect = 1e-27
Identities = 55/55 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 120 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatc 174
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 613 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatc 667
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 120 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 371 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 318
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 118 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 371 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 318
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 116 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 371 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 318
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 114 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 371 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 318
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 120 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 666 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 613
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 114 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 613 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 666
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 118 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 666 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 613
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 116 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 613 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 666
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 116 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 666 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 613
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 118 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 613 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 666
Score = 105 bits (54), Expect = 4e-27
Identities = 54/54 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 114 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 666 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 613
Score = 103 bits (53), Expect = 2e-26
Identities = 53/53 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 113 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 165
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 370 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 318
Score = 103 bits (53), Expect = 2e-26
Identities = 53/53 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 113 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 165
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 665 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 613
Score = 103 bits (53), Expect = 2e-26
Identities = 53/53 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 113 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 165
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 614 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 666
Score = 95.5 bits (49), Expect = 3e-24
Identities = 58/61 (95%)
Strand = Plus / Minus
Query: 113 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||
Sbjct: 364 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatgtata 305
Query: 173 t 173
|
Sbjct: 304 t 304
Score = 93.5 bits (48), Expect = 1e-23
Identities = 57/60 (95%)
Strand = Plus / Minus
Query: 113 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||
Sbjct: 362 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatgtatata 303
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 225
Number of extensions: 121
Number of successful extensions: 121
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 59
Number of HSP's successfully gapped: 40
Length of query: 285
Length of database: 685
Length adjustment: 9
Effective length of query: 276
Effective length of database: 676
Effective search space: 186576
Effective search space used: 186576
X1: 7 (13.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 7 (14.4 bits)
S2: 7 (14.3 bits)
|
