BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001E24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 63,573,426 - 63,675,663
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCentd1
Downstream gene3110047P20Rik, LOC100042133, 0610040J01Rik, AA536743, LOC100041636, LOC100041646, Pgm1, Tbc1d1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001E24.bB6Ng01-001E24.g
ACCDH839673DH839674
length1,1521,134
definitionDH839673|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001E24, 5' end.DH839674|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001E24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,573,426 - 63,574,597)(63,674,529 - 63,675,663)
sequence
gaattcatttgtctcttttaattagttaatggattttgaacatttgtcat
taggtttctacactttaattaatttaagtaatttatattatgaaatttct
gaacataaaatattcctaataagcgtttcatcatttattcctaaaggatt
tcaagtaaattagctcaagcaatttatctttgctttaggaagaagcttag
tatggggctagaggccaagtgaaatagtaaagtaagagagccaagcaaga
ctacgtgtaagaggagtgggacaatctggtggcctctgacagctgccact
caaaggaatggaaataacatgaactttagatggtattaaatgcacttctg
tctttgtgggggttgttttgttttgttttatgttgtcactactgttatgg
aaaccttgtccttaaaaagaaattttgtaacaatttcttatagtatgttt
tggagagtaatttaagctatttgaaaaccagaagtcatttgaaaactact
ttgttgacttatcattgtgaaagtgaacacaatgtttattcctcattcag
tgacaggtggccaagtttacctctaacaacggaattaagaacggggaact
atctccacttatttcataattcttacctgttaaaggtcagatttgatatt
ttaaacatagcacacagaagcatagggagttcctatatgtccttcattct
ggttcctctagcattaatgtttcaaaggatgacattgacttaggaacgga
tgtcatgaagctgagctagtagcatccttaccgttggctagccgttctcc
ctaagtctttggcaaaatgcatagtttgttagtgcatacttgagaatgtt
aggtagcactcctgggtaagctagaaatcctattcatctttcatgagtct
ttttcttttcctggtcccatgtgctttcagttgcatgccacgtaatctgc
caaactaccctgctgtttccagtatctctgtgactcaaaatgaaaacata
tagagatatgtagcttgtagatcatccctatgtttatcagaacgtttctc
aaaattacactgtgtcatttgtaactggaaagcactccctgatgtgatgt
tggtatttagttgaatatatatgaaggtctgtgccttatatctcttactg
gc
gaattcatgcaaaatgaattcaaataacacatttcattatgaaagaatcc
agtcttcttttagttcttgggaatatttgacactaaatttcctttatgct
taagctactttgaattgcatttctgtaactggatattgaaagtagcccaa
ggaacatagctttctaaaattttatggtctaataagagaataaagctata
gtgcccaagttgagctatacaagtctttcaaactacaattaaatacaaca
gtagtgttttagtgatcaattagttgtggttcaagtgttgctttattttg
atttgtagctgtcaatttattaaagaaatacttcaattttagttgtggta
tttacgctatgtgtatttcttgcaggaagtgaagctatagatcaatattt
agctatattttttacagctattttaattagccttactgaacccctggaaa
caatcctgtaacccatcaagatgcatcataaaatgatatctaacagtgtg
gtggccatacacatgaactatttggccctagccattctaactttcttagt
catattgcatcccaaatttcttctcatttatttccagatcatctttagat
gcattagaatacagatttctagtaacgtacagagggtatttatatctgtc
tttatactcttttcagtgtggatagataataattcctgatgacaaggata
tctctccttctattgtattaggatctattctttggaaatgcctgtttgga
atatactcataaacagcaagtgacactcctcaaaattcattttaagaaca
tggataatagttaagatcaaataataaagttttgatgaatacttataata
gaaaaaacttattgacacaatgacaaattacaattttgttctttctcaga
gctgagctttcttttgtataattgtcacatcatcccacatagcaggtaat
tgttgaaaacagttatacccatagtaaatgagatatggagtgtgtgtaat
caaataaagaccgactttttcttttaatatacttgttgaaaaatagggag
accaatgaatgcatcagaaagaacgaaagtgcaccccacctgcagttgtt
caaaagtatcttttctagtgatggatatctgagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_63573426_63574597
seq2: B6Ng01-001E24.b_47_1198

seq1  GAATTCATTTGTCTCTTTTAATTAGTTAATGGATTTTGAACATTTGTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTGTCTCTTTTAATTAGTTAATGGATTTTGAACATTTGTCAT  50

seq1  TAGGTTTCTACACTTTAATTAATTTAAGTAATTTATATTATGAAATTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTCTACACTTTAATTAATTTAAGTAATTTATATTATGAAATTTCT  100

seq1  GAACATAAAATATTCCTAATAAGCGTTTCATCATTTATTCCTAAAGGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATAAAATATTCCTAATAAGCGTTTCATCATTTATTCCTAAAGGATT  150

seq1  TCAAGTAAATTAGCTCAAGCAATTTATCTTTGCTTTAGGAAGAAGCTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAAATTAGCTCAAGCAATTTATCTTTGCTTTAGGAAGAAGCTTAG  200

seq1  TATGGGGCTAGAGGCCAAGTGAAATAGTAAAGTAAGAGAGCCAAGCAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGGCTAGAGGCCAAGTGAAATAGTAAAGTAAGAGAGCCAAGCAAGA  250

seq1  CTACGTGTAAGAGGAGTGGGACAATCTGGTGGCCTCTGACAGCTGCCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGTGTAAGAGGAGTGGGACAATCTGGTGGCCTCTGACAGCTGCCACT  300

seq1  CAAAGGAATGGAAATAACATGAACTTTAGATGGTATTAAATGCACTTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGAATGGAAATAACATGAACTTTAGATGGTATTAAATGCACTTCTG  350

seq1  TCTTTGTGGGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTATGTTGTCACTACTGTTATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGGGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTATGTTGTCACTACTGTTATGG  400

seq1  AAACCTTGTCCTTAAAAAGAAATTTTGTAACAATTTCTTATAGTATGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTGTCCTTAAAAAGAAATTTTGTAACAATTTCTTATAGTATGTTT  450

seq1  TGGAGAGTAATTTAAGCTATTTGAAAACCAGAAGTCATTTGAAAACTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGTAATTTAAGCTATTTGAAAACCAGAAGTCATTTGAAAACTACT  500

seq1  TTGTTGACTTATCATTGTGAAAGTGAACACAATGTTTATTCCTCATTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGACTTATCATTGTGAAAGTGAACACAATGTTTATTCCTCATTCAG  550

seq1  TGACAGGTGGCCAAGTTTACCTCTAACAACGGAATTAAGAACGGGGAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGTGGCCAAGTTTACCTCTAACAACGGAATTAAGAACGGGGAACT  600

seq1  ATCTCCACTTATTTCATAATTCTTACCTGTTAAAGGTCAGATTTGATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCACTTATTTCATAATTCTTACCTGTTAAAGGTCAGATTTGATATT  650

seq1  TTAAACATAGCACACAGAAGCATAGGGAGTTCCTATATGTCCTTCATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACATAGCACACAGAAGCATAGGGAGTTCCTATATGTCCTTCATTCT  700

seq1  GGTTCCTCTAGCATTAATGTTTCAAAGGATGACATTGACTTAGGAACGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCTCTAGCATTAATGTTTCAAAGGATGACATTGACTTAGGAACGGA  750

seq1  TGTCATGAAGCTGAGCTAGTAGCATCCTTACCGTTGGCTAGCCGTTCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGAAGCTGAGCTAGTAGCATCCTTACCGTTGGCTAGCCGTTCTCC  800

seq1  CTAAGTCTTTGGCAAAATGCATAGTTTGTTAGTGCATACTTGAGAATGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTCTTTGGCAAAATGCATAGTTTGTTAGTGCATACTTGAGAATGTT  850

seq1  AGGTAGCACTCCTGGGTAAGCTAGAAATCCTATTCATCTTTCATGAGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGCACTCCTGGGTAAGCTAGAAATCCTATTCATCTTTCATGAGTCT  900

seq1  TTTTCTTTTCCTGGTCCCATGTGCTTTCAGTTGCATGCCACGTTAATCTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTTCTTTTCCTGGTCCCATGTGCTTTCAGTTGCATGCCACG-TAATCTG  949

seq1  CCAAAACTACCCTGCTGTTTTCCAGTATCTCTGTTGAACTCAAAATTGAA  1000
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||   |
seq2  CC-AAACTACCCTGCTG-TTTCCAGTATCTCTGT--GACTCAAAAT--GA  993

seq1  AAACATATAGAGATATGTAGCTTGTAGATCATCCCTTAATGTTTATCCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||
seq2  AAACATATAGAGATATGTAGCTTGTAGATCATCCCT--ATGTTTAT-CAG  1040

seq1  AACGTTTCTCAAAATTACACTGGGGTCATGTGTAACTGGAAAGCACTCCA  1100
      ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  AACGTTTCTCAAAATTACACT-GTGTCATTTGTAACTGGAAAGCACTCC-  1088

seq1  CTGATGTGATGTTTGGTATTTAAGTTTGATATATTATGAAAAGGGTCCTG  1150
      ||||||||||| ||||||||| ||||  ||||| ||||||   ||| |||
seq2  CTGATGTGATG-TTGGTATTT-AGTTGAATATA-TATGAA---GGT-CTG  1131

seq1  GTGCTTATATCTCTTATCTGGC  1172
         ||||||||||||| |||||
seq2  TGCCTTATATCTCTTA-CTGGC  1152

seq1: chr5_63674529_63675663
seq2: B6Ng01-001E24.g_68_1201 (reverse)

seq1  ACTCAG-TATCCATCACTTAGATAGATACTTTT--ACAAATGCAGGT-GG  46
      |||||| |||||||||||   | ||||||||||  |||| ||||||| ||
seq2  ACTCAGATATCCATCACTAGAAAAGATACTTTTGAACAACTGCAGGTGGG  50

seq1  GTGCACTTCTGTTCTTTCTGATGCATTTCATTGGTCTCCCTATTTTTCAA  96
      ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTTTCGTTCTTTCTGATGCA-TTCATTGGTCTCCCTATTTTTCAA  99

seq1  CAAGTATAATTAAAAG-AAAAGT-GGTCTTTTATTTTGATTACACACACT  144
      ||||||| |||||||| |||||| |||||||   ||||||||||||||||
seq2  CAAGTAT-ATTAAAAGAAAAAGTCGGTCTTT--ATTTGATTACACACACT  146

seq1  CCATATCTCATTTACTATTGGTATAACTTGTTTTCAACAATTACCCTGCT  194
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  CCATATCTCATTTACTATGGGTATAAC-TGTTTTCAACAATTA-CCTGCT  194

seq1  ATGTGGGATGATGTGACAATTATACAAAAAGAAAGCTCAGCTCTTGAGAA  244
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGTGGGATGATGTGACAATTATAC-AAAAGAAAGCTCAGCTC-TGAGAA  242

seq1  AGAACAAAATTGTAATTTGTCATTGTGTCAATAAGTTTTTTCTATTATAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAAATTGTAATTTGTCATTGTGTCAATAAGTTTTTTCTATTATAA  292

seq1  GTATTCATC-AAACTTTATTATTTGATCTTAACTATTATCCATGTTCTTA  343
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCATCAAAACTTTATTATTTGATCTTAACTATTATCCATGTTCTTA  342

seq1  AAATGAATTTTGAGGAGTGTCACTTGCTGTTTATGAGTATATTCCAAACA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATTTTGAGGAGTGTCACTTGCTGTTTATGAGTATATTCCAAACA  392

seq1  GGCATTTCCAAAGAATAGATCCTAATACAATAGAAGGAGAGATATCCTTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTCCAAAGAATAGATCCTAATACAATAGAAGGAGAGATATCCTTG  442

seq1  TCATCAGGAATTATTATCTATCCACACTGAAAAGAGTATAAAGACAGATA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGGAATTATTATCTATCCACACTGAAAAGAGTATAAAGACAGATA  492

seq1  TAAATACCCTCTGTACGTTACTAGAAATCTGTATTCTAATGCATCTAAAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACCCTCTGTACGTTACTAGAAATCTGTATTCTAATGCATCTAAAG  542

seq1  ATGATCTGGAAATAAATGAGAAGAAATTTGGGATGCAATATGACTAAGAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTGGAAATAAATGAGAAGAAATTTGGGATGCAATATGACTAAGAA  592

seq1  AGTTAGAATGGCTAGGGCCAAATAGTTCATGTGTATGGCCACCACACTGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAATGGCTAGGGCCAAATAGTTCATGTGTATGGCCACCACACTGT  642

seq1  TAGATATCATTTTATGATGCATCTTGATGGGTTACAGGATTGTTTCCAGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATCATTTTATGATGCATCTTGATGGGTTACAGGATTGTTTCCAGG  692

seq1  GGTTCAGTAAGGCTAATTAAAATAGCTGTAAAAAATATAGCTAAATATTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGTAAGGCTAATTAAAATAGCTGTAAAAAATATAGCTAAATATTG  742

seq1  ATCTATAGCTTCACTTCCTGCAAGAAATACACATAGCGTAAATACCACAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAGCTTCACTTCCTGCAAGAAATACACATAGCGTAAATACCACAA  792

seq1  CTAAAATTGAAGTATTTCTTTAATAAATTGACAGCTACAAATCAAAATAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATTGAAGTATTTCTTTAATAAATTGACAGCTACAAATCAAAATAA  842

seq1  AGCAACACTTGAACCACAACTAATTGATCACTAAAACACTACTGTTGTAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACACTTGAACCACAACTAATTGATCACTAAAACACTACTGTTGTAT  892

seq1  TTAATTGTAGTTTGAAAGACTTGTATAGCTCAACTTGGGCACTATAGCTT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGTAGTTTGAAAGACTTGTATAGCTCAACTTGGGCACTATAGCTT  942

seq1  TATTCTCTTATTAGACCATAAAATTTTAGAAAGCTATGTTCCTTGGGCTA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCTTATTAGACCATAAAATTTTAGAAAGCTATGTTCCTTGGGCTA  992

seq1  CTTTCAATATCCAGTTACAGAAATGCAATTCAAAGTAGCTTAAGCATAAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAATATCCAGTTACAGAAATGCAATTCAAAGTAGCTTAAGCATAAA  1042

seq1  GGAAATTTAGTGTCAAATATTCCCAAGAACTAAAAGAAGACTGGATTCTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTTAGTGTCAAATATTCCCAAGAACTAAAAGAAGACTGGATTCTT  1092

seq1  TCATAATGAAATGTGTTATTTGAATTCATTTTGCATGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATGAAATGTGTTATTTGAATTCATTTTGCATGAATTC  1134