BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002K03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 115,842,293 - 116,022,878
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMsi1, Pla2g1b, Sirt4, LOC638021, Pxn, Arbp, Gcn1l1
Upstream geneUbe3b, Mmab, Mvk, BC057022, Trpv4, Gltp, Tchp, Git2, 4930515G01Rik, Ankrd13a, 1500011B03Rik, 2610524H06Rik, LOC664895, 4930519G04Rik, Oasl2, Oasl1, 2210016L21Rik, Tcf1, Sppl3, Acads, AA407659, 2410014A08Rik, Cabp1, Pop5, Rnf10, Coq5, Dynll1, Sfrs9, 2010003O18Rik, Triap1, Cox6a1
Downstream geneLOC100042199, Rab35, Ccdc64, LOC665032, Cit, Prkab1, LOC545798, Ccdc60, 4930562A09Rik, Hspb8, 1500001A10Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002K03.bB6Ng01-002K03.g
ACCDH840598DH840599
length4591,114
definitionDH840598|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002K03, 5' end.DH840599|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002K03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,022,414 - 116,022,878)(115,842,293 - 115,843,417)
sequence
aaacttactccataaacgggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagggatgt
agtacttggcagttagcctgcagggaaatctaaccagcacggctcagtac
aagcatatacttggcatctctgcacagcagccttaacagactggggcctt
gagagagtcgcctccgagtaggcataaaattatacactacagcactcaca
cacaggacagctgagaaactcacgcagcaactgacaccacttacagcttt
aacaaacttgcctgttacccaggcaacaacaggtttgaagcagcaggtgg
gaatgtgagagaagattggaaggaaaagccagatgtggtggtttacatct
gtaagctcagccctggggaggctgaggacagaggacagacatgcactaca
aggtagctgggtccatccagggagaccctgtcttgggagggagggttgga
gggagggat
gaattctttctcgacctaactgtgggaaacaaaagtaatagttaggactg
agtcgccgccgacgcacgctgtcatttgaaagatgcgtgcctggctttta
tatttagatcgatctgtttctctgtatatatgtggagagactctgtgctg
gctcaggtatattcatcagagctcttggttgactgagagagagaaaaaaa
taactcaaatacaacaacaacagtcaatagtgtagccccgtgtggtggcc
catacctttagtcccagcactctgaaggcagaggaaaacggctctctgtg
agttcgaggccagcctggtctacagagtaagttccagtgcagccagggta
acatagtgagaccttgtctcaaaaataaataagtgaagtaataattctcc
tgtcagatgtggtgccccaggattgtgactctggctcctaggataaagaa
gcagaagaattagctgttcaaagccaccctcggctacaatgcaagtctga
ggccagccttggctacacgagacccacacctggatccaggagcccaaaga
catgagtgcccttactagatctgcccctgcttttcccagtgggaaaactg
caactccccaggagctaaatctcaggctctccctctcattggctctaatt
gatcacatgcactgtctacaaccaactttgtgtatagcttgggccatccc
acctagatacagaggttgtggagggattggggtttcttaaaggaaacatg
gcagggctgcttctggaaggtcattcccattaatcctcctgagaaaaagc
cttcaatgataatgatgatgaccatgatggcctcattgtttgagcatcca
ctatgtgttaggcatgccaaatgagcacccactatgtgctaggcacccac
tatgtgctagcactcactatgtgctaggcacccactattatgctaggcac
ccactatatgctaggcatgtcaatacttatatgcatcatctctgtatctt
cacagctcttttttattactcgtctttatcttgactgaaagtcaaggaat
gtcccaagtcattgtagatagtaagtgtaagagttaggtagtatttcagt
ctaattctgagctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_116022414_116022878
seq2: B6Ng01-002K03.b_49_513 (reverse)

seq1  ATCCCTCCCTCCAACCCTCCCTCCCAAGACAGGGTCTCCCTGGATGGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCCCTCCAACCCTCCCTCCCAAGACAGGGTCTCCCTGGATGGACC  50

seq1  CAGCTACCTTGTAGTGCATGTCTGTCCTCTGTCCTCAGCCTCCCCAGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACCTTGTAGTGCATGTCTGTCCTCTGTCCTCAGCCTCCCCAGGGC  100

seq1  TGAGCTTACAGATGTAAACCACCACATCTGGCTTTTCCTTCCAATCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTACAGATGTAAACCACCACATCTGGCTTTTCCTTCCAATCTTCT  150

seq1  CTCACATTCCCACCTGCTGCTTCAAACCTGTTGTTGCCTGGGTAACAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATTCCCACCTGCTGCTTCAAACCTGTTGTTGCCTGGGTAACAGGC  200

seq1  AAGTTTGTTAAAGCTGTAAGTGGTGTCAGTTGCTGCGTGAGTTTCTCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGTTAAAGCTGTAAGTGGTGTCAGTTGCTGCGTGAGTTTCTCAGC  250

seq1  TGTCCTGTGTGTGAGTGCTGTAGTGTATAATTTTATGCCTACTCGGAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGTGTGTGAGTGCTGTAGTGTATAATTTTATGCCTACTCGGAGGC  300

seq1  GACTCTCTCAAGGCCCCAGTCTGTTAAGGCTGCTGTGCAGAGATGCCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCTCAAGGCCCCAGTCTGTTAAGGCTGCTGTGCAGAGATGCCAAG  350

seq1  TATATGCTTGTACTGAGCCGTGCTGGTTAGATTTCCCTGCAGGCTAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCTTGTACTGAGCCGTGCTGGTTAGATTTCCCTGCAGGCTAACTG  400

seq1  CCAAGTACTACATCCCTCACACACACACACACACACACACCCGTTTATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTACTACATCCCTCACACACACACACACACACACACCCGTTTATGG  450

seq1  AGTAAGTTTGAATTC  465
      |||||||||||||||
seq2  AGTAAGTTTGAATTC  465

seq1: chr5_115842293_115843417
seq2: B6Ng01-002K03.g_67_1180

seq1  GAATTCTTTCTCGACCTAACTGTGGGAAACAAAAGTAATAGTTAGGACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTCGACCTAACTGTGGGAAACAAAAGTAATAGTTAGGACTG  50

seq1  AGTCGCCGCCGACGCACGCTGTCATTTGAAAGATGCGTGCCTGGCTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGCCGCCGACGCACGCTGTCATTTGAAAGATGCGTGCCTGGCTTTTA  100

seq1  TATTTAGATCGATCTGTTTCTCTGTATATATGTGGAGAGACTCTGTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGATCGATCTGTTTCTCTGTATATATGTGGAGAGACTCTGTGCTG  150

seq1  GCTCAGGTATATTCATCAGAGCTCTTGGTTGACTGAGAGAGAGAAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGTATATTCATCAGAGCTCTTGGTTGACTGAGAGAGAGAAAAAAA  200

seq1  TAACTCAAATACAACAACAACAGTCAATAGTGTAGCCCCGTGTGGTGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAAATACAACAACAACAGTCAATAGTGTAGCCCCGTGTGGTGGCC  250

seq1  CATACCTTTAGTCCCAGCACTCTGAAGGCAGAGGAAAACGGCTCTCTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTTTAGTCCCAGCACTCTGAAGGCAGAGGAAAACGGCTCTCTGTG  300

seq1  AGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTAAGTTCCAGTGCAGCCAGGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTAAGTTCCAGTGCAGCCAGGGTA  350

seq1  ACATAGTGAGACCTTGTCTCAAAAATAAATAAGTGAAGTAATAATTCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTGAGACCTTGTCTCAAAAATAAATAAGTGAAGTAATAATTCTCC  400

seq1  TGTCAGATGTGGTGCCCCAGGATTGTGACTCTGGCTCCTAGGATAAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGATGTGGTGCCCCAGGATTGTGACTCTGGCTCCTAGGATAAAGAA  450

seq1  GCAGAAGAATTAGCTGTTCAAAGCCACCCTCGGCTACAATGCAAGTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGAATTAGCTGTTCAAAGCCACCCTCGGCTACAATGCAAGTCTGA  500

seq1  GGCCAGCCTTGGCTACACGAGACCCACACCTGGATCCAGGAGCCCAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCCTTGGCTACACGAGACCCACACCTGGATCCAGGAGCCCAAAGA  550

seq1  CATGAGTGCCCTTACTAGATCTGCCCCTGCTTTTCCCAGTGGGAAAACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTGCCCTTACTAGATCTGCCCCTGCTTTTCCCAGTGGGAAAACTG  600

seq1  CAACTCCCCAGGAGCTAAATCTCAGGCTCTCCCTCTCATTGGCTCTAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCCCAGGAGCTAAATCTCAGGCTCTCCCTCTCATTGGCTCTAATT  650

seq1  GATCACATGCACTGTCTACAACCAACTTTGTGTATAGCTTGGGCCATCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACATGCACTGTCTACAACCAACTTTGTGTATAGCTTGGGCCATCCC  700

seq1  ACCTAGATACAGAGGTTGTGGAGGGATTGGGGTTTCTTAAAGGAAACATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGATACAGAGGTTGTGGAGGGATTGGGGTTTCTTAAAGGAAACATG  750

seq1  GCAGGGCTGCTTCTGGAAGGTCATTCCCATTAATCCTCCTGAGAAAAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGCTGCTTCTGGAAGGTCATTCCCATTAATCCTCCTGAGAAAAAGC  800

seq1  CTTCAATGATAATGATGATGACCATGATGGCCTCATTGTTTGAGCATCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATGATAATGATGATGACCATGATGGCCTCATTGTTTGAGCATCCA  850

seq1  CTATGTGTTAGGCATGCCAAATGAGCACCCACTATGTGCTAGGCACCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGTTAGGCATGCCAAATGAGCACCCACTATGTGCTAGGCACCCAC  900

seq1  TATGTGCTAGGCACTCACTATGTGCTAGGCACCCACTA-TATGCTAGGCA  949
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TATGTGCTA-GCACTCACTATGTGCTAGGCACCCACTATTATGCTAGGCA  949

seq1  CCCACTATATGCTAGGCATGTCAAATACTTTATATGCATCATCTTCTGTA  999
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CCCACTATATGCTAGGCATGTC-AATAC-TTATATGCATCATC-TCTGTA  996

seq1  TCTTCACAGCTCTTTTTTATTACTCGTCTTTATCTTGACTGAGAGTTCAA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
seq2  TCTTCACAGCTCTTTTTTATTACTCGTCTTTATCTTGACTGAAAG-TCAA  1045

seq1  GGAATTGGCCCAAGTTCATGTAGATAGTAAGGTGT-AGAGTTAGGTAGTT  1098
      |||| || |||||||   |||||||||||| |||| |||||||||||| |
seq2  GGAA-TGTCCCAAGTCATTGTAGATAGTAA-GTGTAAGAGTTAGGTAG-T  1092

seq1  ATTTTCCAAATTCTAAATTCTGAGCTT  1125
      ||||     | ||| ||||||||||||
seq2  ATTT----CAGTCT-AATTCTGAGCTT  1114