BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005N23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 84,539,972 - 84,690,964
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpha5, LOC100039489
Upstream geneSrd5a2l2, LOC100039608, LOC231368
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005N23.bB6Ng01-005N23.g
ACCDH842889DH842890
length1,0311,159
definitionDH842889|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005N23, 5' end.DH842890|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005N23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,539,972 - 84,540,991)(84,689,812 - 84,690,964)
sequence
gaattctaaggaaaccttatgcatccttccagtctacctctgcaaacaag
gatccatttccattctcaagactcccatttgaaaagtaaatacactaata
ttaagctttcaaaactacatcttccataaccgttattgttaaataaacat
tatagatatttaaataaaatgcagatccttcatacaaaagaagaaataaa
acttcaggaattatctgataaaacatctgggaatactttggtgaggagag
gtttaaatattattttatggatgtgagagtccgggggtaatagaaagggg
ttgttttagactgtggatgactgtaacataaacactgcatgacacactaa
cacgtaaaattaggctctggaactcataaagcatcattaaaacaatcttc
aacaagacacagccggtgaaagtgcagctggcagaggcgggcactccagc
agttctgcctcattaacacagctttgcatagaagcatgttcagtcaatat
catcttctctacctgctccaaatggatactccaactgtaaatagatgatt
ctcactcctcatgacctatttcttctacattctcaaaatgatatttttct
tgaacagaaaagctgttatgttataacatgctcatttgatgagctttaaa
atgattgtgctagaagtgtatggagtgttttgttttgacagaagccctct
gaagatgtattcccttgttttctcaagaaaaagtatttttttttctgtaa
ataacacaaagttatgaaatgatatataagcctaaatttatagtcattaa
ctagcactaattaaaacttccagaggtgcttgacacatagtatagtatga
ccctctgttaatttcagaattaatttaattgtatttccttacccttccta
ataaacaaggtgatatatcctttggaatagacatactgatcttgaaaata
tggctccagtcattgagactagtatttggactttaaaatatcagtaatct
ctgaacagataaacactccatcctatgtaga
gaattccttgagaatgggtgcagctgtgctcttttttatccttggttgtc
ttctgttggtgctctttatttattttatttctttatgttttagaaaaaaa
aatttaaccatatttagcactagtataatttttatattgcattattctgc
aggaaggtatgcagtaatgttcagtttgcttagttattttgcaatcatgt
atgttcaattacaagtatagtttataataatagtcaccaaaacattaaca
tgacaattaaaactgagttcaacttaattattaaacatttcagtgaatat
tccttttttatatgcaaaacccagccattttgttgtattttagcataact
gaataacttgagagttcagtgtaacaatgactttacacaagtatattttt
atattgcaagtacttaatataatcatgtaatgttgattatgtacccatta
tgatagcaatttatctaaccactaatgacatttgaaaaaccaaaggtaat
aaaaccaacaattgaatgcttggtatatgcctggtattgggttaaatatt
agcattcttcatttcaactacagagtgagaaaactaactttattatgcag
ctttttaaagaaacaaatccaaggttggtgattttcccatgtgactgaca
aggccagctaaaagaagtcttattcttaactttatcatcagtgtataaag
ataatagccagctatcaacaaccctaccagctactctcaataacatataa
ttttgtttggtgataaaaagagaaatagaaaagtgcattgtgaaaagtcc
ctgcaatttttctgaacacaagagatataaaaatttgataagctatactg
ctattattcttacacaattcctaagcccatattttattggtttatccata
ccaagagacttccttgagaaagtgatgaaactgtgtttttagtagcatcg
tttggtgtttatttctatatgtttcatttgagaaagtctgttttgtttaa
atgtgagcacttttaagcagaaatcactgctctttaagaattatagttaa
atagccttacatgattccattggggtgccagtagttacttaaaatagcca
ccatatggtgtgcatgttccagttgggagacaggagaagaacgtgttgta
aacagactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_84539972_84540991
seq2: B6Ng01-005N23.b_48_1078

seq1  GAATTCTAAGGAAACCTTATGCATCCTTCCAGTCTACCTCTGCAAACAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGGAAACCTTATGCATCCTTCCAGTCTACCTCTGCAAACAAG  50

seq1  GATCCATTTCCATTCTCAAGACTCCCATTTGAAAAGTAAATACACTAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCATTTCCATTCTCAAGACTCCCATTTGAAAAGTAAATACACTAATA  100

seq1  TTAAGCTTTCAAAACTACATCTTCCATAACCGTTATTGTTAAATAAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCTTTCAAAACTACATCTTCCATAACCGTTATTGTTAAATAAACAT  150

seq1  TATAGATATTTAAATAAAATGCAGATCCTTCATACAAAAGAAGAAATAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATATTTAAATAAAATGCAGATCCTTCATACAAAAGAAGAAATAAA  200

seq1  ACTTCAGGAATTATCTGATAAAACATCTGGGAATACTTTGGTGAGGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGGAATTATCTGATAAAACATCTGGGAATACTTTGGTGAGGAGAG  250

seq1  GTTTAAATATTATTTTATGGATGTGAGAGTCCGGGGGTAATAGAAAGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAATATTATTTTATGGATGTGAGAGTCCGGGGGTAATAGAAAGGGG  300

seq1  TTGTTTTAGACTGTGGATGACTGTAACATAAACACTGCATGACACACTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTAGACTGTGGATGACTGTAACATAAACACTGCATGACACACTAA  350

seq1  CACGTAAAATTAGGCTCTGGAACTCATAAAGCATCATTAAAACAATCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTAAAATTAGGCTCTGGAACTCATAAAGCATCATTAAAACAATCTTC  400

seq1  AACAAGACACAGCCGGTGAAAGTGCAGCTGGCAGAGGCGGGCACTCCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGACACAGCCGGTGAAAGTGCAGCTGGCAGAGGCGGGCACTCCAGC  450

seq1  AGTTCTGCCTCATTAACACAGCTTTGCATAGAAGCATGTTCAGTCAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGCCTCATTAACACAGCTTTGCATAGAAGCATGTTCAGTCAATAT  500

seq1  CATCTTCTCTACCTGCTCCAAATGGATACTCCAACTGTAAATAGATGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCTCTACCTGCTCCAAATGGATACTCCAACTGTAAATAGATGATT  550

seq1  CTCACTCCTCATGACCTATTTCTTCTACATTCTCAAAATGATATTTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCCTCATGACCTATTTCTTCTACATTCTCAAAATGATATTTTTCT  600

seq1  TGAACAGAAAAGCTGTTATGTTATAACATGCTCATTTGATGAGCTTTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGAAAAGCTGTTATGTTATAACATGCTCATTTGATGAGCTTTAAA  650

seq1  ATGATTGTGCTAGAAGTGTATGGAGTG-TTTGTTTTGACAGAAGCCCTCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTGTGCTAGAAGTGTATGGAGTGTTTTGTTTTGACAGAAGCCCTCT  700

seq1  GAAGATGTATTCCCTTG-TTTCTCAAG-AAAAGTA-TTTTCTTTCTGT-A  745
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||| |
seq2  GAAGATGTATTCCCTTGTTTTCTCAAGAAAAAGTATTTTTTTTTCTGTAA  750

seq1  ATAACAC-AAGTTATGAAATGATATATAAGCCT-AATTTATAGTCATTAA  793
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATAACACAAAGTTATGAAATGATATATAAGCCTAAATTTATAGTCATTAA  800

seq1  CTAGCACTAATTAAAACTTCCAGAGGTGCTTGACACATAAGTATAGTCAT  843
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  CTAGCACTAATTAAAACTTCCAGAGGTGCTTGACACAT-AGTATAGT-AT  848

seq1  GACCCTCTGTAAATTTCAGAATTAA-TTAATTGTA-TTCCTTACCCATCC  891
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||
seq2  GACCCTCTGTTAATTTCAGAATTAATTTAATTGTATTTCCTTACCCTTCC  898

seq1  TAAGAAACAAGGTGATATATCTTTGGGAATAGACATACTGATCTTGAAAA  941
      ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAACAAGGTGATATATCCTTTGGAATAGACATACTGATCTTGAAAA  948

seq1  TATGGTTCCAGTCA-TGAGACTAGTATTTGGACTTTAAAAAATCAG-AAT  989
      ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  TATGGCTCCAGTCATTGAGACTAGTATTTGGACTTTAAAATATCAGTAAT  998

seq1  CCATGAACAGATAAACACT-CAT-CTATGTAGA  1020
      |  |||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  CTCTGAACAGATAAACACTCCATCCTATGTAGA  1031

seq1: chr5_84689812_84690964
seq2: B6Ng01-005N23.g_67_1225 (reverse)

seq1  CAGTCTGTTTTCAACACG-TCTTCTCCTGTTCTCCAACT-GAACATGCAC  48
      |||||||||| ||||||| |||||||||||   |||||| ||||||||||
seq2  CAGTCTGTTTACAACACGTTCTTCTCCTGTCTCCCAACTGGAACATGCAC  50

seq1  A-CATAT-GTGGCCTATTTAAGTAACCTACT-GCA-CCCATTGGAATCAT  94
      | ||||| |||||   ||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||
seq2  ACCATATGGTGGCTATTTTAAGTAA-CTACTGGCACCCCAATGGAATCAT  99

seq1  TGGTAAAGCTATTT-ACTATACT--CTAAAGAGCAGTGATTTCTGCCTTA  141
        |||| ||||||| |||||| |   |||||||||||||||||||| | |
seq2  --GTAAGGCTATTTAACTATAATTCTTAAAGAGCAGTGATTTCTGCTTAA  147

seq1  AAGTGCTCACATTTAAAC-ACACAGACTTTCTCAAATGAAAACATATAGA  190
      |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGTGCTCACATTTAAACAAAACAGACTTTCTCAAATG-AAACATATAGA  196

seq1  AATAAACACCAAACGATGCTACTAAAAACACAGTTTCATCACTTTCTCAA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACACCAAACGATGCTACTAAAAACACAGTTTCATCACTTTCTCAA  246

seq1  GGAAGTCTCTTGGTATGGATAAACCAATAAAATATGGGCTTAGGAATTGT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCTCTTGGTATGGATAAACCAATAAAATATGGGCTTAGGAATTGT  296

seq1  GTAAGAATAATAGCAGTATAGCTTATCAAATTTTTATATCTCTTGTGTTC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAATAATAGCAGTATAGCTTATCAAATTTTTATATCTCTTGTGTTC  346

seq1  AGAAAAATTGCAGGGACTTTTCACAATGCACTTTTCTATTTCTCTTTTTA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATTGCAGGGACTTTTCACAATGCACTTTTCTATTTCTCTTTTTA  396

seq1  TCACCAAACAAAATTATATGTTATTGAGAGTAGCTGGTAGGGTTGTTGAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAACAAAATTATATGTTATTGAGAGTAGCTGGTAGGGTTGTTGAT  446

seq1  AGCTGGCTATTATCTTTATACACTGATGATAAAGTTAAGAATAAGACTTC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCTATTATCTTTATACACTGATGATAAAGTTAAGAATAAGACTTC  496

seq1  TTTTAGCTGGCCTTGTCAGTCACATGGGAAAATCACCAACCTTGGATTTG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCTGGCCTTGTCAGTCACATGGGAAAATCACCAACCTTGGATTTG  546

seq1  TTTCTTTAAAAAGCTGCATAATAAAGTTAGTTTTCTCACTCTGTAGTTGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTAAAAAGCTGCATAATAAAGTTAGTTTTCTCACTCTGTAGTTGA  596

seq1  AATGAAGAATGCTAATATTTAACCCAATACCAGGCATATACCAAGCATTC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGAATGCTAATATTTAACCCAATACCAGGCATATACCAAGCATTC  646

seq1  AATTGTTGGTTTTATTACCTTTGGTTTTTCAAATGTCATTAGTGGTTAGA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTTGGTTTTATTACCTTTGGTTTTTCAAATGTCATTAGTGGTTAGA  696

seq1  TAAATTGCTATCATAATGGGTACATAATCAACATTACATGATTATATTAA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGCTATCATAATGGGTACATAATCAACATTACATGATTATATTAA  746

seq1  GTACTTGCAATATAAAAATATACTTGTGTAAAGTCATTGTTACACTGAAC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTGCAATATAAAAATATACTTGTGTAAAGTCATTGTTACACTGAAC  796

seq1  TCTCAAGTTATTCAGTTATGCTAAAATACAACAAAATGGCTGGGTTTTGC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGTTATTCAGTTATGCTAAAATACAACAAAATGGCTGGGTTTTGC  846

seq1  ATATAAAAAAGGAATATTCACTGAAATGTTTAATAATTAAGTTGAACTCA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAAAAGGAATATTCACTGAAATGTTTAATAATTAAGTTGAACTCA  896

seq1  GTTTTAATTGTCATGTTAATGTTTTGGTGACTATTATTATAAACTATACT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAATTGTCATGTTAATGTTTTGGTGACTATTATTATAAACTATACT  946

seq1  TGTAATTGAACATACATGATTGCAAAATAACTAAGCAAACTGAACATTAC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTGAACATACATGATTGCAAAATAACTAAGCAAACTGAACATTAC  996

seq1  TGCATACCTTCCTGCAGAATAATGCAATATAAAAATTATACTAGTGCTAA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATACCTTCCTGCAGAATAATGCAATATAAAAATTATACTAGTGCTAA  1046

seq1  ATATGGTTAAATTTTTTTTTCTAAAACATAAAGAAATAAAATAAATAAAG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTTAAATTTTTTTTTCTAAAACATAAAGAAATAAAATAAATAAAG  1096

seq1  AGCACCAACAGAAGACAACCAAGGATAAAAAAGAGCACAGCTGCACCCAT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCAACAGAAGACAACCAAGGATAAAAAAGAGCACAGCTGCACCCAT  1146

seq1  TCTCAAGGAATTC  1153
      |||||||||||||
seq2  TCTCAAGGAATTC  1159