BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008C11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 45,088,724 - 45,253,272
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLdb2, LOC100041481
Upstream gene5730509K17Rik, Fbxl5, Bst1, Cd38, EG665989, EG665994, LOC100040677, EG384179, Fgfbp1, Prom1, LOC100041413, Tapt1, LOC100040717, LOC545747
Downstream geneLOC100040737, Qdpr, EG624224, Lap3, LOC100040762, Med28, 9630031F12Rik, 9630001P10Rik, 1600023N17Rik, Lcorl, LOC100041576
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008C11.bB6Ng01-008C11.g
ACCDH844508DH844509
length725997
definitionDH844508|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008C11, 5' end.DH844509|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,088,724 - 45,089,447)(45,252,284 - 45,253,272)
sequence
gaattcacattcttgaagaagagatgggctaatctttatctgtactcaga
ctcttaagtaaaaggagcgaaaacaaaatactgaatttatctatgtactg
atggtgctccggagacccagagcagatgcatattattatactcccatagt
acagatgaaaaaactggggttcaaagagatttttgtgatttgctttgaag
aacatagaaactaaccttcaatacaaagccacccctttacagtcaatttc
tagtttctatgattagtgtcaaccaccagaaaaaatatcccccaaacagc
aaacagaattcttacaaaaccttttcaagatgatcaccccatgtcctttt
ggctaagctcacctgaggctttcccacgaagtctttcctagctgttatta
ggaactgaaatctgatgatattaatgtgggcagtgtggcaaaactatgaa
gagttgtacgatagctaatctcaattgtcaatggtctctctctgttaact
accaggcaggtctgtgagggtgtctccatgaaggattagcctgtaggaaa
gaccccactccccagagttggcggcatcttccagtggtgactgcacataa
aagagttgtgaggaacaagcaatgctgccagccgcctgcctgagctgctt
gttaatgagtcgctcctgttgtgctgccatcagaacccaactgctgctgt
ttctaaaggcagactgaagaccagt
gaattccattctaactgaagaatgtcttaaccagatttggtgagtaggag
agaatggggcacccttttctcagccctttccacactgagatcttagcttc
aaaggctgagtcctaagactgggatcaggtgggtggaacccacttgtgaa
tgagtactctctgacaggaacctcagtaataacgatgtcattttgcactg
tgctacttgtattgctatgacaaaatacccgaggcaggctagcattggct
cttgtaaagtcttatgataaataggaattacaagaggggaaagaaattaa
agtttggccagaaaaatggatgcttgaagcttaagcttagcctaccagaa
ccagttttcaaaagaattcagtctgtttccttcagaagccagctacctca
gtgagctagtgacctcccactctatgtctttgctcctgaagatcctagct
ctggggaatagcacactgacgacagacagccacaacagtgattcatttta
ctactaaagttaaagtaatatccatctcacggagtgaagcttatggtctt
tcccaagagatttaactgtgactcttcaaaacacaattgaaatgtggatg
aatatttaattaatttcaggtggcaccctgtgccagtgggatctatattc
acaggttctaaatatgcagatccaatcaactgtacattggaataactgaa
aaagtgtgcatctacactgaatgtagctatatatttttcttgtcattcct
tcataaacagcacaatgtaagctctgctctaggtggcagttacattatat
tatgaatcagaagatgagggtgatttcaagcacatgagagatgcctttgg
gctctatgcacaaaccatggttttctatacaagggacctggcatcttcag
actttgaaatctagggagcattttaaagccagtacctgagatgcatatac
aaataaaatatgcttatttttctatatctcttttttttgaagtttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_45088724_45089447
seq2: B6Ng01-008C11.b_36_760

seq1  GAATTCACATTCTTGAAGAAGAGATGGGCTAATCTTTATCTGTACTCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATTCTTGAAGAAGAGATGGGCTAATCTTTATCTGTACTCAGA  50

seq1  CTCTTAAGTAAAAGGAGCGAAAACAAAATACTGAATTTATCTATGTACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAAGTAAAAGGAGCGAAAACAAAATACTGAATTTATCTATGTACTG  100

seq1  ATGGTGCTCCGGAGACCCAGAGCAGATGCATATTATTATACTCCCATAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGCTCCGGAGACCCAGAGCAGATGCATATTATTATACTCCCATAGT  150

seq1  ACAGATGAAAAAACTGGGGTTCAAAGAGATTTTTGTGATTTGCTTTGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGAAAAAACTGGGGTTCAAAGAGATTTTTGTGATTTGCTTTGAAG  200

seq1  AACATAGAAACTAACCTTCAATACAAAGCCACCCCTTTACAGTCAATTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGAAACTAACCTTCAATACAAAGCCACCCCTTTACAGTCAATTTC  250

seq1  TAGTTTCTATGATTAGTGTCAACCACCAGAAAAAATATCCCCCAAACAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCTATGATTAGTGTCAACCACCAGAAAAAATATCCCCCAAACAGC  300

seq1  AAACAGAATTCTTACAAAACCTTTTCAAGATGATCACCCCATGTCCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAATTCTTACAAAACCTTTTCAAGATGATCACCCCATGTCCTTTT  350

seq1  GGCTAAGCTCACCTGAGGCTTTCCCACGAAGTCTTTCCTAGCTGTTATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGCTCACCTGAGGCTTTCCCACGAAGTCTTTCCTAGCTGTTATTA  400

seq1  GGAACTGAAATCTGATGATATTAATGTGGGCAGTGTGGCAAAACTATGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGAAATCTGATGATATTAATGTGGGCAGTGTGGCAAAACTATGAA  450

seq1  GAGTTGTACGATAGCTAATCTCAATTGTCAATGGTCTCTCTCTGTTAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTACGATAGCTAATCTCAATTGTCAATGGTCTCTCTCTGTTAACT  500

seq1  ACCAGGCAGGTCTGTGAGGGTGTCTCCATGAAGGATTAGCCTGTAGGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCAGGTCTGTGAGGGTGTCTCCATGAAGGATTAGCCTGTAGGAAA  550

seq1  GACCCCACTCCCCAGAGTTGGCGGCATCTTCCAGTGGTGACTGCACAT-A  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GACCCCACTCCCCAGAGTTGGCGGCATCTTCCAGTGGTGACTGCACATAA  600

seq1  AAGAGTTGTGAGGAACAAGCAATGCTGCCAGCCGCCTGCCTGAGCTGCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTGTGAGGAACAAGCAATGCTGCCAGCCGCCTGCCTGAGCTGCTT  650

seq1  GTTAATGAGTCGCTCCTGTTGTGCTGCCATCAGAACCCAACTGCTGCTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATGAGTCGCTCCTGTTGTGCTGCCATCAGAACCCAACTGCTGCTGT  700

seq1  TTTCTAAGGCAGACTGAAGACCAGT  724
      ||   ||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAGGCAGACTGAAGACCAGT  725

seq1: chr5_45252284_45253272
seq2: B6Ng01-008C11.g_70_1057 (reverse)

seq1  AAAAAAAAGAGATATAGAAAAATAAGCATAATTTATTTGTATATGCATCC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  AAAAAAAAGAGATATAGAAAAATAAGCATATTTTATTTGTATATGCAT-C  49

seq1  TCAGGTACTGGCTTTAAAATGCTCCCTAGATATCAAAGTCTGAAGATGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  TCAGGTACTGGCTTTAAAATGCTCCCTAGATTTCAAAGTCTGAAGATG-C  98

seq1  CAGGTCCCTTGTATAGAAAACCATGGTTTGTGCATAGAGCCCAAAGGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCCCTTGTATAGAAAACCATGGTTTGTGCATAGAGCCCAAAGGCAT  148

seq1  CTCTCATGTGCTTGAAATCACCCTCATCTTCTGATTCATAATATAATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATGTGCTTGAAATCACCCTCATCTTCTGATTCATAATATAATGTA  198

seq1  ACTGCCACCTAG-GCAGGGCTTACATTGTGCTGTTTATGAAGGAATGACA  249
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCACCTAGAGCAGAGCTTACATTGTGCTGTTTATGAAGGAATGACA  248

seq1  AGAAAAATATATAGCTACATTCAGTGTAGATGCACACTTTTTCAGTTATT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATATATAGCTACATTCAGTGTAGATGCACACTTTTTCAGTTATT  298

seq1  CCAATGTACAGTTGATTGGATCTGCATATTTAGAACCTGTGAATATAGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTACAGTTGATTGGATCTGCATATTTAGAACCTGTGAATATAGAT  348

seq1  CCCACTGGCACAGGGTGCCACCTGAAATTAATTAAATATTCATCCACATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGGCACAGGGTGCCACCTGAAATTAATTAAATATTCATCCACATT  398

seq1  TCAATTGTGTTTTGAAGAGTCACAGTTAAATCTCTTGGGAAAGACCATAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTGTGTTTTGAAGAGTCACAGTTAAATCTCTTGGGAAAGACCATAA  448

seq1  GCTTCACTCCGTGAGATGGATATTACTTTAACTTTAGTAGTAAAATGAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACTCCGTGAGATGGATATTACTTTAACTTTAGTAGTAAAATGAAT  498

seq1  CACTGTTGTGGCTGTCTGTCGTCAGTGTGCTATTCCCCAGAGCTAGGATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTGTGGCTGTCTGTCGTCAGTGTGCTATTCCCCAGAGCTAGGATC  548

seq1  TTCAGGAGCAAAGACATAGAGTGGGAGGTCACTAGCTCACTGAGGTAGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAGCAAAGACATAGAGTGGGAGGTCACTAGCTCACTGAGGTAGCT  598

seq1  GGCTTCTGAAGGAAACAGACTGAATTCTTTTGAAAACTGGTTCTGGTAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTGAAGGAAACAGACTGAATTCTTTTGAAAACTGGTTCTGGTAGG  648

seq1  CTAAGCTTAAGCTTCAAGCATCCATTTTTCTGGCCAAACTTTAATTTCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTTAAGCTTCAAGCATCCATTTTTCTGGCCAAACTTTAATTTCTT  698

seq1  TCCCCTCTTGTAATTCCTATTTATCATAAGACTTTACAAGAGCCAATGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTTGTAATTCCTATTTATCATAAGACTTTACAAGAGCCAATGCT  748

seq1  AGCCTGCCTCGGGTATTTTGTCATAGCAATACAAGTAGCACAGTGCAAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCCTCGGGTATTTTGTCATAGCAATACAAGTAGCACAGTGCAAAA  798

seq1  TGACATCGTTATTACTGAGGTTCCTGTCAGAGAGTACTCATTCACAAGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCGTTATTACTGAGGTTCCTGTCAGAGAGTACTCATTCACAAGTG  848

seq1  GGTTCCACCCACCTGATCCCAGTCTTAGGACTCAGCCTTTGAAGCTAAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCACCCACCTGATCCCAGTCTTAGGACTCAGCCTTTGAAGCTAAGA  898

seq1  TCTCAGTGTGGAAAGGGCTGAGAAAAGGGTGCCCCATTCTCTCCTACTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGTGGAAAGGGCTGAGAAAAGGGTGCCCCATTCTCTCCTACTCA  948

seq1  CCAAATCTGGTTAAGACATTCTTCAGTTAGAATGGAATTC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCTGGTTAAGACATTCTTCAGTTAGAATGGAATTC  988