BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009H06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 149,266,581 - 149,267,774
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream genePan3, Flt1, LOC100039825, Pomp, Slc46a3, C130038G02Rik, LOC100041819, Slc7a1
Downstream geneLOC100041842, Ubl3, 2210417A02Rik, LOC100041869, Katnal1, 8430423G03Rik, 1810059H22Rik, LOC667386, LOC100039964, Hmgb1, EG667410, LOC100040006, Uspl1, 2310047D07Rik, Alox5ap, 6330406I15Rik, 4930588N13Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009H06.b
ACCDH845388
length1,173
definitionDH845388|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009H06, 5' end.
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattccatgcaaggaatgaccccctgcagctgctacccactctggagca
gagcatggtctccctttgtcctctgacagtccctgctccccagatggttg
ctcttcaggcttccagtggagcacatgcagaatgtcccacctgtctccag
gtatgggaaaccaagtctcaggcaccacagcagaaggggagccattatgc
ctggggccagatggaatatctacaagctacttatacataaaagtatctat
tatgtgcccgaggtaattgttgtcttctatggttcctgcctccttttgct
aacctaggcctagtcctggaagcgtctagcctctgtacaatcgtatctag
gcctggaaggtttcagcctctgagacctgctgctaaataagctctttctt
gttgtttctgagctctggctggctggttcaactaagctattctggctcaa
actcctctcccagctgacgtattcaatctggcttttctcttggtctctga
attgctctgcttggccttgaactaactttagcaatctgttctaatctttg
ggctccttctcattctcttgctccttctgtctttatctgtgtttagcttg
ttctcttcaatctgtctctgtaaaactctcccagtaacactgcctcctcc
cccctctcagtgctgctccactctccttctcaactctactgacttcctgc
tctgtactctcttactcctgtcctgtctgtctctccttttaagtagcttc
cctttccaactcttctcctgagagttgggcatatcctattctgtcagatc
tttctctgattcatcactttgtctgccactcaggcatctctttcaaacat
gggtgcttcctttctacaaactaattttagcttcagtgtttgagattaaa
ggtgtgtgctaagagttgagccacaccctaagtagaagcaagttcaaata
tcctgtcacaccttatgggcagcacaaagacctctggtcaagcccgaagc
aggaaggatctgggtcagtactgacccaggtcactccagagttgttgtgc
aagattcttgtgagaatagcagatcgctgactgtaagataaacccaagat
cagcctctaactcactagctctatgcactgatcaacattcagaaattatt
acaacttaccataggctgcatgt
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_149266581_149267774
seq2: B6Ng01-009H06.b_50_1222

seq1  GAATTCCATGCAAGGAATGACCCCCTGCAGCTGCTACCCACTCTGGAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCAAGGAATGACCCCCTGCAGCTGCTACCCACTCTGGAGCA  50

seq1  GAGCATGGTCTCCCTTTGTCCTCTGACAGTCCCTGCTCCCCAGATGGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGGTCTCCCTTTGTCCTCTGACAGTCCCTGCTCCCCAGATGGTTG  100

seq1  CTCTTCAGGCTTCCAGTGGAGCACATGCAGAATGTCCCACCTGTCTCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAGGCTTCCAGTGGAGCACATGCAGAATGTCCCACCTGTCTCCAG  150

seq1  GTATGGGAAACCAAGTCTCAGGCACCACAGCAGAAGGGGAGCCATTATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGGAAACCAAGTCTCAGGCACCACAGCAGAAGGGGAGCCATTATGC  200

seq1  CTGGGGCCAGATGGAATATCTACAAGCTACTTATACATAAAAGTATCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCCAGATGGAATATCTACAAGCTACTTATACATAAAAGTATCTAT  250

seq1  TATGTGCCCGAGGTAATTGTTGTCTTCTATGGTTCCTGCCTCCTTTTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCCCGAGGTAATTGTTGTCTTCTATGGTTCCTGCCTCCTTTTGCT  300

seq1  AACCTAGGCCTAGTCCTGGAAGCGTCTAGCCTCTGTACAATCGTATCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAGGCCTAGTCCTGGAAGCGTCTAGCCTCTGTACAATCGTATCTAG  350

seq1  GCCTGGAAGGTTTCAGCCTCTGAGACCTGCTGCTAAATAAGCTCTTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAAGGTTTCAGCCTCTGAGACCTGCTGCTAAATAAGCTCTTTCTT  400

seq1  GTTGTTTCTGAGCTCTGGCTGGCTGGTTCAACTAAGCTATTCTGGCTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTCTGAGCTCTGGCTGGCTGGTTCAACTAAGCTATTCTGGCTCAA  450

seq1  ACTCCTCTCCCAGCTGACGTATTCAATCTGGCTTTTCTCTCGGTCTCTGA  500
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTCCTCTCCCAGCTGACGTATTCAATCTGGCTTTTCTCTTGGTCTCTGA  500

seq1  ATTGCTCTGCTTGGCCTTGAACTAACTTTAGCAATCTGTTCTAATCTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCTGCTTGGCCTTGAACTAACTTTAGCAATCTGTTCTAATCTTTG  550

seq1  GGCTCCTTCTCATTCTCTTGCTCCTTCTGTCTTTATCTGTGTTTAGCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTTCTCATTCTCTTGCTCCTTCTGTCTTTATCTGTGTTTAGCTTG  600

seq1  TTCTCTTCAATCTGTCTCTGTAAAACTCTCCCAGTAACACTGCCTCCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCAATCTGTCTCTGTAAAACTCTCCCAGTAACACTGCCTCCTCC  650

seq1  CCCCTCTCAGTGCTGCTCCACTCTCCTTCTCAACTCTACTGACTTCCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTCAGTGCTGCTCCACTCTCCTTCTCAACTCTACTGACTTCCTGC  700

seq1  TCTGTACTCTCTTACTCCTGTCCTGTCTGTCTCTCC-TTTAAGTAGCTTC  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGTACTCTCTTACTCCTGTCCTGTCTGTCTCTCCTTTTAAGTAGCTTC  750

seq1  CCTTTCCAACTCTTCTCCTGAGAGTTGGGCATATCCTATTCTGTCAGATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCAACTCTTCTCCTGAGAGTTGGGCATATCCTATTCTGTCAGATC  800

seq1  TTTCTCTGATTCATCACTTTGTCTGCCACTCAGGCATCTCTTTCAAACAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGATTCATCACTTTGTCTGCCACTCAGGCATCTCTTTCAAACAT  850

seq1  GGGTGCTTCC-TTCTACAAACTAATTTTAGCTTCAGTGTTTGAGATTAAA  898
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTTCCTTTCTACAAACTAATTTTAGCTTCAGTGTTTGAGATTAAA  900

seq1  GGTGTGTGCTAAGAGTTGAGCCACACCCTAAGTAGAAGCAGGTTCAAATA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTGTGTGCTAAGAGTTGAGCCACACCCTAAGTAGAAGCAAGTTCAAATA  950

seq1  TCCTGTCACACC-TATGGGCAGCACAAAGACCTCTGGTCAAGCCCGAAGG  997
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCCTGTCACACCTTATGGGCAGCACAAAGACCTCTGGTCAAGCCCGAA-G  999

seq1  CAGGAAGGATCTGGTCCAGTACTGACCCAGGTCACTCCAGGAGTTGTTGG  1047
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  CAGGAAGGATCTGGGTCAGTACTGACCCAGGTCACTCCA-GAGTTGTT-G  1047

seq1  TGCAAGGATCTCTGAAGGAGAAATATGCAGAATCGCTGACTGTAGGATAA  1097
      ||||||  ||| ||   ||| |||| |||| ||||||||||||| |||||
seq2  TGCAAGATTCT-TG--TGAG-AATA-GCAG-ATCGCTGACTGTAAGATAA  1091

seq1  ACCCAAGGATCAAGCCTCCTAACTCCAACTAGCTCCTATGCACCCTGATC  1147
      |||||| |||| ||||| |||||||  ||||||| |||||||  ||||||
seq2  ACCCAA-GATC-AGCCT-CTAACTC--ACTAGCT-CTATGCA--CTGATC  1133

seq1  AACATTTCAAGAAATATATTACACACTTTACACATACAGCTGCATGT  1194
      ||||||   |||||| ||||||| || |||| ||||  |||||||||
seq2  AACATT--CAGAAAT-TATTACA-AC-TTAC-CATA-GGCTGCATGT  1173