BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017K12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 57,804,617 - 57,942,012
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC625721
Upstream geneLOC100041335, LOC100041349, LOC666455
Downstream geneEG666465, Pcdh7, LOC100041385
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017K12.bB6Ng01-017K12.g
ACCDH851278DH851279
length604502
definitionDH851278|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017K12, 5' end.DH851279|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017K12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,941,409 - 57,942,012)(57,804,617 - 57,805,124)
sequence
gaattcaagaacattctccatgacatggtaaggttgaggccagcctgggc
tctggatgaacttgtccctgaaaaacaaacagatgaacaaacaaaccaga
accaaaatccccaaaccaaccccctcttcacaaatcctctaacaaggaaa
attaaatcaagaatacatctcataaactataattgataaaatcattaata
agactaatacgatatttcataccaaaaaggtacttgaattaaagatgtgt
aataaaacaaaatcaaaaacatccaagtaaggagtaatcacagcatagat
taaggggagtatgtgaaaattcacagagaatgtcaattcttaatatcaat
tacatcagttattatatgaattccatcattacacagcaaggaccatgtta
gtggattgtaagccactacatcttcttcggaagagatgcattaaagctgg
cggtggtggagctcaccattaatccctttcctctataagtagaggcagga
ggatctaaaattttgatgacagcctggtttgtctacttagagagctccaa
gtcactaaaaccccatctcaagtagagagaggggaggggagtttggagag
aaga
attggaagctgatgctcactaatttttgaatagtcagtcaacaatcttat
tcatttaatttgctgttcagttatcaaaggattctgttaatggaggacaa
aatagatttccaatgtaaactgagattgaacagtctcaaaagcatagagc
tgtcacatatgaggctatgccagtgcctggcaaatacagaagtggatgct
cacagtctctataagatggaacacatggcacccaatggagaagttagaga
aagcacccaaggagctgaaggggtctgcaaccctataggtggaacaacaa
tatgaactaaccagtactcccagagctcgtatctctagctgtatatgtag
cagaagatggcctagtcagctgactaggtgatctctgggaagagaggccc
cttgttattgcaaactttatatgccccagtacaggggaatgccagggtca
agaagcgggagtgggtgggtaggggagcacggcttggggagggtagaggg
aa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_57941409_57942012
seq2: B6Ng01-017K12.b_46_649 (reverse)

seq1  TCTTCTCTCCAAACTCCCCTCCCCTCTCTCTACTTGAGATGGGGTTTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTCCAAACTCCCCTCCCCTCTCTCTACTTGAGATGGGGTTTTAG  50

seq1  TGACTTGGAGCTCTCTAAGTAGACAAACCAGGCTGTCATCAAAATTTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGGAGCTCTCTAAGTAGACAAACCAGGCTGTCATCAAAATTTTAG  100

seq1  ATCCTCCTGCCTCTACTTATAGAGGAAAGGGATTAATGGTGAGCTCCACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCTGCCTCTACTTATAGAGGAAAGGGATTAATGGTGAGCTCCACC  150

seq1  ACCGCCAGCTTTAATGCATCTCTTCCGAAGAAGATGTAGTGGCTTACAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCCAGCTTTAATGCATCTCTTCCGAAGAAGATGTAGTGGCTTACAAT  200

seq1  CCACTAACATGGTCCTTGCTGTGTAATGATGGAATTCATATAATAACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAACATGGTCCTTGCTGTGTAATGATGGAATTCATATAATAACTGA  250

seq1  TGTAATTGATATTAAGAATTGACATTCTCTGTGAATTTTCACATACTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTGATATTAAGAATTGACATTCTCTGTGAATTTTCACATACTCCC  300

seq1  CTTAATCTATGCTGTGATTACTCCTTACTTGGATGTTTTTGATTTTGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATCTATGCTGTGATTACTCCTTACTTGGATGTTTTTGATTTTGTTT  350

seq1  TATTACACATCTTTAATTCAAGTACCTTTTTGGTATGAAATATCGTATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACACATCTTTAATTCAAGTACCTTTTTGGTATGAAATATCGTATTA  400

seq1  GTCTTATTAATGATTTTATCAATTATAGTTTATGAGATGTATTCTTGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATTAATGATTTTATCAATTATAGTTTATGAGATGTATTCTTGATT  450

seq1  TAATTTTCCTTGTTAGAGGATTTGTGAAGAGGGGGTTGGTTTGGGGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTCCTTGTTAGAGGATTTGTGAAGAGGGGGTTGGTTTGGGGATTT  500

seq1  TGGTTCTGGTTTGTTTGTTCATCTGTTTGTTTTTCAGGGACAAGTTCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTGGTTTGTTTGTTCATCTGTTTGTTTTTCAGGGACAAGTTCATC  550

seq1  CAGAGCCCAGGCTGGCCTCAACCTTACCATGTCATGGAGAATGTTCTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCCAGGCTGGCCTCAACCTTACCATGTCATGGAGAATGTTCTTGA  600

seq1  ATTC  604
      ||||
seq2  ATTC  604

seq1: chr5_57804617_57805124
seq2: B6Ng01-017K12.g_69_576

seq1  GAATTCATTGGAAGCTGATGCTCACTAATTTTTGAATAGTCAGTCAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGGAAGCTGATGCTCACTAATTTTTGAATAGTCAGTCAACAA  50

seq1  TCTTATTCATTTAATTTGCTGTTCAGTTATCAAAGGATTCTGTTAATGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTCATTTAATTTGCTGTTCAGTTATCAAAGGATTCTGTTAATGGA  100

seq1  GGACAAAATAGATTTCCAATGTAAACTGAGATTGAACAGTCTCAAAAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAAATAGATTTCCAATGTAAACTGAGATTGAACAGTCTCAAAAGCA  150

seq1  TAGAGCTGTCACATATGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATACAGAAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTGTCACATATGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATACAGAAGTG  200

seq1  GATGCTCACAGTCTCTATAAGATGGAACACATGGCACCCAATGGAGAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCACAGTCTCTATAAGATGGAACACATGGCACCCAATGGAGAAGT  250

seq1  TAGAGAAAGCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAAGCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTGGAA  300

seq1  CAACAATATGAACTAACCAGTACTCCCAGAGCTCGTATCTCTAGCTGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATATGAACTAACCAGTACTCCCAGAGCTCGTATCTCTAGCTGTAT  350

seq1  ATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTCAGCTGACTAGGTGATCTCTGGGAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTCAGCTGACTAGGTGATCTCTGGGAAGAG  400

seq1  AGGCCCCTTGTTATTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCCTTGTTATTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCA  450

seq1  GGGTCAAGAAGCGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGCACGGCTTGGGGAGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAAGAAGCGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGCACGGCTTGGGGAGGGT  500

seq1  AGAGGGAA  508
      ||||||||
seq2  AGAGGGAA  508