BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018G03
Chromosome5 (Build37)11 (Build37)
Map Location 114,217,228 - 114,218,15956,505,424 - 56,505,640
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneSart3, LOC100041786
Upstream geneMyo18b, Adrbk2, Crybb2, LOC100042920, Crybb3, 2900026A02Rik, Gm854, Rutbc2, Aym1, C530024P05Rik, Cmklr1, LOC381707, D5Ertd40e
Downstream geneIscu, Tmem119, Selplg, Coro1c, Ssh1, Dao1, Svop, Usp30, Alkbh2, Ung, Acacb, Foxn4, Myo1h, Kctd10, Ube3b, Mmab, Mvk, BC057022, Trpv4, Gltp, Tchp, Git2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018G03.bB6Ng01-018G03.g
ACCDH851802DH851803
length928677
definitionDH851802|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018G03, 5' end.DH851803|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018G03, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,217,228 - 114,218,159)(56,505,424 - 56,505,640)
sequence
gaattcatggatgacaccagccgctctatcatccgaaatgtcaaaggccc
cgttcaagagggtgacgtgctcaccctattggagtcagaaagagaagctc
gaaggttgtgttaatcttgcagctggtggggttctggatatccactactt
agcccacagaatgatctgcaactgttaaataaagcatttatattaaaaaa
aaaaaaaaagtgagctgggcttgggctcccttcccaacaggtgcgtggca
gcttgcaatcacctgactccagtcccaggggatccatgcctcttctggcc
tccaactacatgtgcagtgagcatggggtttaagaacacagaaatagcat
aaaaatatgttctcgttttaatcccaggtgtgggatccagggctgcttca
gactgtccacagcagctgactatgattggtctcatgctctaggaggggcg
tgacttttgccagccgtgactgtgactatgtgacatttgaaagtctgtgg
acttttcagagtataaatgctaaggcccaatagccagaggctggttggtg
tttggatgcggctgattgcagtttgtcaaatagtcaccgtgtgcagagaa
gattagacatcctgatggcgaagatcaaacttgccccaaggaactcgatg
cccctagtcagcagagaacaccccttttcctctctatctatccttttgcc
tttccacctagtactgacaggttgaatagatgtaagaaaaaggaacccac
aaagtagtaaagacaagctatgttcgtgcttgtgagcccagcatctggag
gctagggatggtagtgctaggacgacaacatgtacttcccatgaacactg
catgtgatcttcccgctgtcaatatgacacaacctagaatcacgtggtaa
agtctcagtgtggggtttctaaccaaac
gaattccaccccagcactgacttggtaaaatgaagctagtgattgaagaa
gtcccctcctgcaggctcaggtcccttatgcacatgacaatgttcatggt
ggggaccagtgctccctcagcacatgaggcatgccaggtcttgtccaagt
ttctctttgaaaaggaatctatctatgtatctatgtatgtacctatgtat
ctatgtgtctatctatgtatctatctatcaatcaatgtatctacctatgt
ctatatctatgtatctatatgtgtatctacctatgtttctatgtatctat
gtatttatctatgtatctacctatgtatttatatatttatatatttatgt
atgtatgtatttatctatgtatctatctatatatctacctatgtatttat
atacttatgtatctaatctatgtatgtatctatgtatctacctatgtatc
tatgtatatatctatctatgtatctacctatgtatttatgtatttatgta
tgtatctatctatgaatctatgtgtatatctatgtatctacccatgtatt
tatatacttacctatctatgtatgtatgtatctacctgcatatctattta
tgtatgtatgtatgtatatatgtatatatctatctatgtataaacctaca
tatctacatatttatctatgtatctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_114217228_114218159
seq2: B6Ng01-018G03.b_44_971

seq1  GAATTCATGGATGACACCAGCCGCTCTATCATCCGAAATGTCAAAGGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGATGACACCAGCCGCTCTATCATCCGAAATGTCAAAGGCCC  50

seq1  CGTTCAAGAGGGTGACGTGCTCACCCTATTGGAGTCAGAAAGAGAAGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCAAGAGGGTGACGTGCTCACCCTATTGGAGTCAGAAAGAGAAGCTC  100

seq1  GAAGGTTGTGTTAATCTTGCAGCTGGTGGGGTTCTGGATATCCACTACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTGTGTTAATCTTGCAGCTGGTGGGGTTCTGGATATCCACTACTT  150

seq1  AGCCCACAGAATGATCTGCAACTGTTAAATAAAGCATTTATATTAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACAGAATGATCTGCAACTGTTAAATAAAGCATTTATATTAAAAAA  200

seq1  AAAAAAAAAGTGAGCTGGGCTTGGGCTCCCTTCCCAACAGGTGCGTGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGTGAGCTGGGCTTGGGCTCCCTTCCCAACAGGTGCGTGGCA  250

seq1  GCTTGCAATCACCTGACTCCAGTCCCAGGGGATCCATGCCTCTTCTGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAATCACCTGACTCCAGTCCCAGGGGATCCATGCCTCTTCTGGCC  300

seq1  TCCAACTACATGTGCAGTGAGCATGGGGTTTAAGAACACAGAAATAGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTACATGTGCAGTGAGCATGGGGTTTAAGAACACAGAAATAGCAT  350

seq1  AAAAATATGTTCTCGTTTTAATCCCAGGTGTGGGATCCAGGGCTGCTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATGTTCTCGTTTTAATCCCAGGTGTGGGATCCAGGGCTGCTTCA  400

seq1  GACTGTCCACAGCAGCTGACTATGATTGGTCTCATGCTCTAGGAGGGGCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCCACAGCAGCTGACTATGATTGGTCTCATGCTCTAGGAGGGGCG  450

seq1  TGACTTTTGCCAGCCGTGACTGTGACTATGTGACATTTGAAAGTCTGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTTGCCAGCCGTGACTGTGACTATGTGACATTTGAAAGTCTGTGG  500

seq1  ACTTTTCAGAGTATAAATGCTAAGGCCCAATAGCCAGAGGCTGGTTGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCAGAGTATAAATGCTAAGGCCCAATAGCCAGAGGCTGGTTGGTG  550

seq1  TTTGGATGCGGCTGATTGCAGTTTGTCAAATAGTCACCGTGTGCAGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATGCGGCTGATTGCAGTTTGTCAAATAGTCACCGTGTGCAGAGAA  600

seq1  GATTAGACATCCTGATGGCGAAGATCAAACTTGCCCCAAGGAACTCGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGACATCCTGATGGCGAAGATCAAACTTGCCCCAAGGAACTCGATG  650

seq1  CCCCTAGTCAGCAGAGAACACCCC-TTTCCTCTCTATCTATCCTTTTGCC  699
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAGTCAGCAGAGAACACCCCTTTTCCTCTCTATCTATCCTTTTGCC  700

seq1  TTTCCACCTAGTACTGACAGGTTGAATAGATGTAAGAAAAAGGAACCCAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACCTAGTACTGACAGGTTGAATAGATGTAAGAAAAAGGAACCCAC  750

seq1  AAAGTAGTAAAGACAAGCTATGTCCGTGCTTGTGAGCCCAGCATCTGGAG  799
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGTAAAGACAAGCTATGTTCGTGCTTGTGAGCCCAGCATCTGGAG  800

seq1  GCTAGGGATGGTTAGTGCTAGGGACGACAACATGTACTTCCCATGAACAC  849
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGGATGG-TAGTGCTA-GGACGACAACATGTACTTCCCATGAACAC  848

seq1  TGCATGTGATCGTTCCCGCTGTCAATATGACACAACCTAGAATCACGTGG  899
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGCATGTGATC-TTCCCGCTGTCAATATGACACAACCTAGAATCACGT-G  896

seq1  GTAGAGTCTCAGTGTGGGGTTTCTAGACCAGAC  932
      ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  GTAAAGTCTCAGTGTGGGGTTTCTA-ACCAAAC  928

seq1: chr11_56505424_56505640
seq2: B6Ng01-018G03.g_357_746 (reverse)

seq1  ATAGATAGATAGATAATT-------TTTG-----TTGAAAACAGGTAGAT  38
      ||||||| |||||||| |       | ||     ||  | | || |||||
seq2  ATAGATACATAGATAAATATGTAGATATGTAGGTTTATACATAGATAGAT  50

seq1  ATGTAGAT---------------GATAAAGATAGATAT------------  61
      || || ||                | | | ||||||||            
seq2  ATATACATATATACATACATACATACATAAATAGATATGCAGGTAGATAC  100

seq1  -TATCTATCTTGATA-ATAAGT-TAT-AATAAATG---AGAGA-AAAGAT  103
       ||  ||  | ||||  ||||| ||| |||| |||   ||| | | ||||
seq2  ATACATACATAGATAGGTAAGTATATAAATACATGGGTAGATACATAGAT  150

seq1  ACACACACA-----CTATATATATACATACAT--ATACAT-AATTGACAG  145
      | ||||| |      || ||| ||||||||||  |||||| |||  | ||
seq2  ATACACATAGATTCATAGATAGATACATACATAAATACATAAATACATAG  200

seq1  GTA-----AAAGAGAGTGATAT---------CA---GTAGATA-------  171
      |||     | ||| ||  ||||         ||   |||||||       
seq2  GTAGATACATAGATAGATATATACATAGATACATAGGTAGATACATAGAT  250

seq1  -------------AGTTATAGAAGTATAT---GTCAGGGGTA-ATA-ATA  203
                   || || | ||||||||     ||  |||| ||| |||
seq2  ACATACATAGATTAGATACATAAGTATATAAATACATAGGTAGATATATA  300

seq1  CATAGATACATAGA------------------------------------  217
       |||||||||||||                                    
seq2  GATAGATACATAGATAAATACATACATACATAAATATATAAATATATAAA  350

seq1  ----------------------------------------  217
                                              
seq2  TACATAGGTAGATACATAGATAAATACATAGATACATAGA  390