BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-028D24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 70,990,703 - 71,189,420
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGabrg1
Upstream genenone
Downstream geneGabra2, LOC635092, 4930503B16Rik, Gabra4, Gabrb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028D24.bB6Ng01-028D24.g
ACCDH858780DH858781
length1,145714
definitionDH858780|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028D24, 5' end.DH858781|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028D24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,188,268 - 71,189,420)(70,990,703 - 70,991,416)
sequence
gaattcttcattccatctctatgtacgtttacagaagtatatttagtaca
aatgtgagcccaaaatatacatgccaaaatggaaggtataaggtccatga
ggctataatcctatgcagagaactccaggcaactgagggaagcttggagc
aagaacatgatcattcacaggaaaagcactcaaagtggctgtctagtgcc
aaacgctcatccctgaaaacatacatgcaagcaatattatcctgaattaa
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caataaaccagtggattaactattaataaaatattaaagtaaggcatgga
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gaattctttgtttagctctgtgaccatttttaatggggttatttgatttt
ctggaatccagcttcttgagttctttgtatatattggatattaggattgg
taaagatccttttctaatcttttggtggtctttttgttttattcacagtt
accaccagcaggacatatgcaaattttatgtttattgtaagcatcttctt
aaaataaattttagtaaatttgttcgttgacagtttcgtatatgtatatg
gtaattgttattactgtcatacttttacccgtctgaactgatagtcctta
tacagctacagaacatcttcctaagaagacgatattatatacaaatacat
atatatgcataacatgatataatttatataacatacaaatagattgtatg
ttatatacaattgaatataatataaaaatacacaaatatatttatacatg
tatacaatattatataggtatacttatatatgtgtctacaactacatata
caatgtataccttaacatacatacatatatgtataataacatatataata
tattatgtacatgtatacaatatatgtatataatatatttttgataagca
tatttaatatacaaataaacatatgtaatacacacacacacacacacaca
cacacacacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_71188268_71189420
seq2: B6Ng01-028D24.b_44_1188 (reverse)

seq1  AGGATTTAAAGGATAATTTTTATGAAGCCAATTAACAATATAAGAGGTTC  50
      |||||   ||||||||||||   | || ||| |||||||   ||||| ||
seq2  AGGAT---AAGGATAATTTT--AGGAGGCAAATAACAATTATAGAGG-TC  44

seq1  CTCAGTTGAATTTGTAAGTATATTTATTGCATTTTCTAAGCAATTACAAC  100
      ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTGAA-TTGTAAGTTTATTTA-TGCATTTTCTAAGCAATTACAAC  92

seq1  TGATCTAAAC-ACACAACCCTTCTATAATCATACTTTTCATTTATACTGA  149
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||
seq2  TGATCTAAACAACACAACCCTCCTATAATCATACTTTTCATTATAACTGA  142

seq1  TAAATCAACAAATATTTGGTTTCTTCATTTACTGCATAACACTTACTGCC  199
       ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAACAAAAAATTGGTTTCTTCATTTACTGCATAACACTTACTGCC  192

seq1  TACAGTAAAAACAAATGACTACAGGGTATTTATTTTGCAAGACATGTTTT  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TACAGTAAAAACAAATGACTACAGGGTATTTA-TTTGCAAGACATGTTTT  241

seq1  TCATACTAAAATGTAGAAACTTCTACATATTAATCAGTTACCCTGACTCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTAAAATGTAGAAACTTCTACATATTAATCAGTTACCCTGACTCC  291

seq1  ATAATATCAACATTTCTGAACTAATTATAAGATGAAACTGGATATGTTAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATCAACATTTCTGAACTAATTATAAGATGAAACTGGATATGTTAG  341

seq1  TCAAATATTAACTCTGGTGTTAGTGCACAGGCTACATGGGATTCAGTTAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATTAACTCTGGTGTTAGTGCACAGGCTACATGGGATTCAGTTAC  391

seq1  TGGGACAATTGCTGACCAACATCAAAACGCAAGGCCACTGAAGTTCCCAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACAATTGCTGACCAACATCAAAACGCAAGGCCACTGAAGTTCCCAC  441

seq1  AGTGGAAGGATCATCATCAGTGCAACACAAAATATTTGCTGTTGGTGTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGGATCATCATCAGTGCAACACAAAATATTTGCTGTTGGTGTAT  491

seq1  ATATTCCATGCCTTACTTTAATATTTTATTAATAGTTAATCCACTGGTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCATGCCTTACTTTAATATTTTATTAATAGTTAATCCACTGGTTT  541

seq1  ATTGTATAAGGAAACTAAGTTTGTATAAGAAATGTGCAATATATTTTTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATAAGGAAACTAAGTTTGTATAAGAAATGTGCAATATATTTTTTC  591

seq1  AGAATTGTGTCCTCATAAGACCATAAAAAGGGAAAAGATACCAAGATGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGTGTCCTCATAAGACCATAAAAAGGGAAAAGATACCAAGATGAA  641

seq1  AACATTACTAAAATGAGAAAACAGTCTCCATGTTTGTTTATAGAATATGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTACTAAAATGAGAAAACAGTCTCCATGTTTGTTTATAGAATATGG  691

seq1  ACAATATTCACAGTTTCCTGCTTGTTTTCAGTGGTGAAATGTATTCCATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATTCACAGTTTCCTGCTTGTTTTCAGTGGTGAAATGTATTCCATT  741

seq1  AACAATGATGAGATGCATATTTTCTAGCTATGGGTCCTTTTTAAAATACC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGATGAGATGCATATTTTCTAGCTATGGGTCCTTTTTAAAATACC  791

seq1  ACTTGGTAACATTAGCTGGCTGATGATTAATTAAGGTCTTTTAAATTGTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGTAACATTAGCTGGCTGATGATTAATTAAGGTCTTTTAAATTGTA  841

seq1  GCTCTACACAAGATGAGGAAATATGGATGTGAAAATTGCCGAAAATGATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACACAAGATGAGGAAATATGGATGTGAAAATTGCCGAAAATGATT  891

seq1  CAGATTAATTCAGGATAATATTGCTTGCATGTATGTTTTCAGGGATGAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAATTCAGGATAATATTGCTTGCATGTATGTTTTCAGGGATGAGC  941

seq1  GTTTGGCACTAGACAGCCACTTTGAGTGCTTTTCCTGTGAATGATCATGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGCACTAGACAGCCACTTTGAGTGCTTTTCCTGTGAATGATCATGT  991

seq1  TCTTGCTCCAAGCTTCCCTCAGTTGCCTGGAGTTCTCTGCATAGGATTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTCCAAGCTTCCCTCAGTTGCCTGGAGTTCTCTGCATAGGATTAT  1041

seq1  AGCCTCATGGACCTTATACCTTCCATTTTGGCATGTATATTTTGGGCTCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCATGGACCTTATACCTTCCATTTTGGCATGTATATTTTGGGCTCA  1091

seq1  CATTTGTACTAAATATACTTCTGTAAACGTACATAGAGATGGAATGAAGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTACTAAATATACTTCTGTAAACGTACATAGAGATGGAATGAAGA  1141

seq1  ATTC  1153
      ||||
seq2  ATTC  1145

seq1: chr5_70990703_70991416
seq2: B6Ng01-028D24.g_63_776

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTGACCATTTTTAATGGGGTTATTTGATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTGACCATTTTTAATGGGGTTATTTGATTTT  50

seq1  CTGGAATCCAGCTTCTTGAGTTCTTTGTATATATTGGATATTAGGATTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATCCAGCTTCTTGAGTTCTTTGTATATATTGGATATTAGGATTGG  100

seq1  TAAAGATCCTTTTCTAATCTTTTGGTGGTCTTTTTGTTTTATTCACAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATCCTTTTCTAATCTTTTGGTGGTCTTTTTGTTTTATTCACAGTT  150

seq1  ACCACCAGCAGGACATATGCAAATTTTATGTTTATTGTAAGCATCTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAGCAGGACATATGCAAATTTTATGTTTATTGTAAGCATCTTCTT  200

seq1  AAAATAAATTTTAGTAAATTTGTTCGTTGACAGTTTCGTATATGTATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATTTTAGTAAATTTGTTCGTTGACAGTTTCGTATATGTATATG  250

seq1  GTAATTGTTATTACTGTCATACTTTTACCCGTCTGAACTGATAGTCCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTGTTATTACTGTCATACTTTTACCCGTCTGAACTGATAGTCCTTA  300

seq1  TACAGCTACAGAACATCTTCCTAAGAAGACGATATTATATACAAATACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTACAGAACATCTTCCTAAGAAGACGATATTATATACAAATACAT  350

seq1  ATATATGCATAACATGATATAATTTATATAACATACAAATAGATTGTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGCATAACATGATATAATTTATATAACATACAAATAGATTGTATG  400

seq1  TTATATACAATTGAATATAATATAAAAATACACAAATATATTTATACATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATACAATTGAATATAATATAAAAATACACAAATATATTTATACATG  450

seq1  TATACAATATTATATAGGTATACTTATATATGTGTCTACAACTACATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAATATTATATAGGTATACTTATATATGTGTCTACAACTACATATA  500

seq1  CAATGTATACCTTAACATACATACATATATGTATAATAACATATATAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTATACCTTAACATACATACATATATGTATAATAACATATATAATA  550

seq1  TATTATGTACATGTATACAATATATGTATATAATATATTTTTGATAAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGTACATGTATACAATATATGTATATAATATATTTTTGATAAGCA  600

seq1  TATTTAATATACAAATAAACATATGTAATACACACACACACACACACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAATATACAAATAAACATATGTAATACACACACACACACACACACA  650

seq1  CACACACACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  700

seq1  TATATATATATATA  714
      ||||||||||||||
seq2  TATATATATATATA  714