BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047E10
Chromosome5 (Build37)Y (Build37)
Map Location 45,690,554 - 45,691,709573,371 - 573,550
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040717, LOC545747, Ldb2, LOC100041481
Downstream geneLOC100040737, Qdpr, EG624224, Lap3, LOC100040762, Med28, 9630031F12Rik, 9630001P10Rik, 1600023N17Rik, Lcorl, LOC100041576
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047E10.bB6Ng01-047E10.g
ACCDH872186DH872187
length1,133369
definitionDH872186|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047E10, 5' end.DH872187|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047E10, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,690,554 - 45,691,709)(573,371 - 573,550)
sequence
gaattccacaggtgagagtgatacagttaacttggcacacatccttcccg
acttctacatgcagacaagcacatggcacatgtattgcaaaacaatacaa
cacaaccaattcgaaacctgtggggaggggtgtctttgttttgttttgct
ttgctttgctttattcgtaactatgttaatacatgaaaacaagtaaacgt
catcacaaccacatcatcaattctctattggtggatatgtaggttgctta
cactgtgtttaatgttctagcaacactttatgagcatcattgaacattgc
tcaggttaaatgcaaagggtctggttagaccactctctctagagaatcct
ttcatggcttcccttgatttgaaggataaattccagacatactggcttac
ctccctcctgtcttgtgccccttcactttcttacacagtgcccatgtgag
ttctgctgtggttagtcttgggtgcattccctccacttcattaacccttt
ctttttttcttctggtttcaaatttaagcataagcataattttcgagaag
ttccttaagtttgactttgcccccactacactaagacacagaaaatttaa
tcttaatgtgttaaggaataatttaaggtataatcatgactttatacaaa
tatattaataaaatgataatgtgacaaaattttaatataactcattaaat
aatgatggaaccagtaatattattagaattggttgaaatgggaatttgag
caatcacatacatatctaagcagaaaagtgatgccagaatgaatttatga
atatatgcaaaatggacctgtcatagggcaaaaatcagttacatcccatc
tcacctaatttgcctttctatatcaataatcgtcttcaagagcattagtt
ttctgtaagtaacaggtctgtaaagagctgatggacatgaaaggcagaat
gattagcagagtgtttaaatgaaatctccatcatactttttgtctattgt
actgtcaatcattccaaagtactctggatctttgtgcatgtgtacatgca
caatgcatgcaatacgaacccaggtacatcatgtcacctaccttttgatc
tggatatatgaaagatctacataacagaaaact
tccttcgcctcggacgtgtcactccctgattggctgcagcccatcggccg
agttgacgtcacggggaaggcagagcacaagtagtcataagatacccttg
gcacatgcgcagattatttgtttaccacttagaacacaggatgtcagcgc
catcttgtaacggcgaatgtgggcgcggctcccaacaataggtggaacaa
taatatgaactaaccagtgccccctggagctcgtgtctctagctgcatat
gtatcagaagatggcctagttggccatcattgggaagagaggccccttgg
tcttgcaaactttatatgccccagtacaggggaacgccagggccaagaag
tgggagtgagtgggtaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_45690554_45691709
seq2: B6Ng01-047E10.b_48_1180

seq1  GAATTCCACAGGTGAGAGTGATACAGTTAACTTGGCACACATCCTTCCCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGGTGAGAGTGATACAGTTAACTTGGCACACATCCTTCCCG  50

seq1  ACTTCTACATGCAGACAAGCACATGGCACATGTATTGCAAAACAATACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTACATGCAGACAAGCACATGGCACATGTATTGCAAAACAATACAA  100

seq1  CACAACCAATTCGAAACCTGTGGGGAGGGGTGTCTTTGTTTTGTTTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCAATTCGAAACCTGTGGGGAGGGGTGTCTTTGTTTTGTTTTGCT  150

seq1  TTGCTTTGCTTTATTCGTAACTATGTTAATACATGAAAACAAGTAAACGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTGCTTTATTCGTAACTATGTTAATACATGAAAACAAGTAAACGT  200

seq1  CATCACAACCACATCATCAATTCTCTATTGGTGGATATGTAGGTTGCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACAACCACATCATCAATTCTCTATTGGTGGATATGTAGGTTGCTTA  250

seq1  CACTGTGTTTAATGTTCTAGCAACACTTTATGAGCATCATTGAACATTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGTTTAATGTTCTAGCAACACTTTATGAGCATCATTGAACATTGC  300

seq1  TCAGGTTAAATGCAAAGGGTCTGGTTAGACCACTCTCTCTAGAGAATCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTAAATGCAAAGGGTCTGGTTAGACCACTCTCTCTAGAGAATCCT  350

seq1  TTCATGGCTTCCCTTGATTTGAAGGATAAATTCCAGACATACTGGCTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGCTTCCCTTGATTTGAAGGATAAATTCCAGACATACTGGCTTAC  400

seq1  CTCCCTCCTGTCTTGTGCCCCTTCACTTTCTTACACAGTGCCCATGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCCTGTCTTGTGCCCCTTCACTTTCTTACACAGTGCCCATGTGAG  450

seq1  TTCTGCTGTGGTTAGTCTTGGGTGCATTCCCTCCACTTCATTAACCCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGTGGTTAGTCTTGGGTGCATTCCCTCCACTTCATTAACCCTTT  500

seq1  CTTTTTTTCTTCTGGTTTCAAATTTAAGCATAAGCATAATTTTCGAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTTCTTCTGGTTTCAAATTTAAGCATAAGCATAATTTTCGAGAAG  550

seq1  TTCCTTAAGTTTGACTTTGCCCCCACTACACTAAGACACAGAAAATTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAAGTTTGACTTTGCCCCCACTACACTAAGACACAGAAAATTTAA  600

seq1  TCTTAATGTGTTAAGGAATAATTTAAGGTATAATCATGACTTTATACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATGTGTTAAGGAATAATTTAAGGTATAATCATGACTTTATACAAA  650

seq1  TATATTAATAAAATGATAATGTGACAAAATTTTAATATAACTCATTAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAATAAAATGATAATGTGACAAAATTTTAATATAACTCATTAAAT  700

seq1  AATGATGGAACCAGTAATATTATTAGAATTGGTTGAAATGGGAATTTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGGAACCAGTAATATTATTAGAATTGGTTGAAATGGGAATTTGAG  750

seq1  CAATCACATACATATCTAAGCAGAAAAGTGATGCCAGAATGAATTTATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACATACATATCTAAGCAGAAAAGTGATGCCAGAATGAATTTATGA  800

seq1  ATATATGCAAAATGGACCTGTCATAGGGCAAAAATCAGTTACATCCCATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGCAAAATGGACCTGTCATAGGGCAAAAATCAGTTACATCCCATC  850

seq1  TCACCTAATTTGCCTTTCTATAATCAATAATCGTCTTCAAGAGCATTAGT  900
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTAATTTGCCTTTCTAT-ATCAATAATCGTCTTCAAGAGCATTAGT  899

seq1  TTTCTGTAAGTAACAGGTCTGTAAAAGAGCTGATGGACATGAAAGGCAGA  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTCTGTAAGTAACAGGTCTGT-AAAGAGCTGATGGACATGAAAGGCAG-  947

seq1  AATGATTAGGCAAGGAGTGTTTAAATGAAATTCTCCATCATACTTTTTGT  1000
      |||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATGATTA-GCA--GAGTGTTTAAATGAAA-TCTCCATCATACTTTTTGT  993

seq1  CTATTGTTACCTGTCCAATCATTCCCAAAAGTTACTCCTTGGAATCTTTG  1050
      |||||||   |||| ||||||||||  |||| |||||  ||| |||||||
seq2  CTATTGT--ACTGT-CAATCATTCC--AAAG-TACTC--TGG-ATCTTTG  1034

seq1  TGCATGTGTACATGCAC-ATGCATGCACATACAGACACCCAGGTACATAC  1099
      ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||| |
seq2  TGCATGTGTACATGCACAATGCATGCA-ATAC-GA-ACCCAGGTACAT-C  1080

seq1  ATGCACACCTACTTTTGTAATCTGGAATATATGAGAGCTCTAACATAACA  1149
      |||  ||||||| ||| | |||||| |||||||| || ||| ||||||||
seq2  ATG-TCACCTACCTTT-TGATCTGG-ATATATGAAAGATCT-ACATAACA  1126

seq1  GAAAACT  1156
      |||||||
seq2  GAAAACT  1133

seq1: chrY_573371_573550
seq2: B6Ng01-047E10.g_261_442

seq1  ATAGATGGAACAACAATATGAA-TAACCAGTATCCAC-AGAGCTCATGTC  48
      |||| |||||||| |||||||| ||||||||  || |  |||||| ||||
seq2  ATAGGTGGAACAATAATATGAACTAACCAGTGCCCCCTGGAGCTCGTGTC  50

seq1  TCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCATTGGGAAG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCATTGGGAAG  100

seq1  AGAGGCCCCTTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACAC  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGAGGCCCCTTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGC  150

seq1  CAGGGCCAAGAAGTGGGAGAAGGTGGGTAGGG  180
      |||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  CAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGAGTGGGTAGGG  182