BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062A09
Chromosome5 (Build37)
Map Location 18,877,943 - 19,027,366
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi2
Upstream geneLOC668167, 4921504A21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062A09.bB6Ng01-062A09.g
ACCDH882542DH882543
length1,1841,070
definitionDH882542|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062A09, 5' end.DH882543|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062A09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,877,943 - 18,879,141)(19,026,282 - 19,027,366)
sequence
gaattcccaagctgcactcgttagctccatattcacgcacatataggcat
cactaaatggactttgtgagttatagaaagagagtgggggtgaaacacac
acatttgagagaggaacatgttaaaagaaatagggtgaaattggagaggg
gaatttgaggtagatatggtcctattttattgaatacatgtatgaagttg
aaaagaacaaataaagtttaatggcaattcaaacaatgtggtacaagtaa
ttgtactatgaagcgttctcaaaaatattcacattgtgattaggactaac
ttgagtcaaatatggaaatccttctattccataaaaaaaaacccttgaat
atgcttgtctatgagtaaatatgtaaggaccaatctagaaaaataatttg
gtacacctagccccaaatttctataattttcaaatacctacaaagatatt
taaatatgatatttatgtttttattatatttcaggtgaaatttctgaata
gtagacatataagaaattgacaattttctgagatagcatatggaatactt
gataatcggtataaataaactatgcttacaatgtgaaatcatatagaata
aaattattagagacaaaccccaagatatttaagtggctgtagctagtgta
tgaagcctttcaatgcagtcaccttttcctcatgcacagagtaaaaaggg
aaaggaggatggccttatgcaagagaaattatctttcacattgaaattca
aggacacacaacctgagtgctcttagtctactaacactttctagaatttg
tgaatgctagccttgaaatccaaacagaattctcctggtaatataattga
taattagtaatgaggacctgagagtttcacttacctaaaataaattgaca
taagaaatgtctaattaataatatcccataatatagagctgaggtaagct
tcgagagttcatttaaagtaaaggcatgtacttaagttaggattctattt
taataataaatttttatttcataaatattgagtaccagatggcatgctaa
aattatttaatgtattcatatttgcttttatgttatcatattaggattgt
ataattcacctcataatatctatgagcaaagtagtgagtcctttaggaga
gactgatatctcaagattttatacgtcattccac
gaattcacaaaagcaatgagatggaaacaatgtaaatgttcatcaattag
tgaatacttaaggaaaagatcttccatctactgcaatgcaaaactactga
gccataaaacaaatggaatctttcctttgcagcagcatgggtgcaaggtg
gaagacgtcaccttaagtgagacaagtaagaggccagaagtcacgaatgc
tgtggctctgaccaggtgtggaaggctatgtaagttggtaagaagatgca
gtgtagaaaagtggtgatcagacactgagaaaggagaaaaggtaagtgaa
cacacagattttgtttatgatggatattagctaggtgacggatggtatat
atcagaataatatatttatctgtttttaatgatgcttcattttaaatatc
aaatacccaaaaacatagtttgtaggaacttaattgcaaagacataaata
tttgaagtgatagacttgtcatgatcctgatgtgatcactacatagagca
tgcttgtattgtactgtaacccgtaaatattaatagccatgtgtcaaatc
aaatgtaaaaatcttcaagagtcttataacttatagaagaaatattctgt
gactaaaaacaaaagctagtggtcatagtctcacttaagagtcttccttg
cctttgataagatgctcatgtctgcttccttgttgccatctaggaaaaga
ataactccatattgcaattgagaaatctctgtggaccctgcaaagctata
ggtatggtgggaaggatggaggaatcataatataataatggcagctaaga
gctgagtgcttaccctgtgcaatccatggtacacatacttcacgtagtta
ccattcgatcttgctaaacattgcaagctctttgaatttgtcatcttgcc
atttgtgagaatggcattctctgaatttgatcagatgtatctatttctac
agtaaggaaggtctacattttattttaagagaaaagcttgtctatatctc
atactaggtatctcagttgagatgatttatccttagcagtgcctgccttt
aacttatgtgtctgtttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_18877943_18879141
seq2: B6Ng01-062A09.b_48_1231

seq1  GAATTCCCAAGCTGCACTCGTTAGCTCCATATTCACGCACATATAGGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGCTGCACTCGTTAGCTCCATATTCACGCACATATAGGCAT  50

seq1  CACTAAATGGACTTTGTGAGTTATAGAAAGAGAGTGGGGGTGAAACACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAATGGACTTTGTGAGTTATAGAAAGAGAGTGGGGGTGAAACACAC  100

seq1  ACATTTGAGAGAGGAACATGTTAAAAGAAATAGGGTGAAATTGGAGAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGAGAGAGGAACATGTTAAAAGAAATAGGGTGAAATTGGAGAGGG  150

seq1  GAATTTGAGGTAGATATGGTCCTATTTTATTGAATACATGTATGAAGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGAGGTAGATATGGTCCTATTTTATTGAATACATGTATGAAGTTG  200

seq1  AAAAGAACAAATAAAGTTTAATGGCAATTCAAACAATGTGGTACAAGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAACAAATAAAGTTTAATGGCAATTCAAACAATGTGGTACAAGTAA  250

seq1  TTGTACTATGAAGCGTTCTCAAAAATATTCACATTGTGATTAGGACTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTATGAAGCGTTCTCAAAAATATTCACATTGTGATTAGGACTAAC  300

seq1  TTGAGTCAAATATGGAAATCCTTCTATTCCATAAAAAAAAACCCTTGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCAAATATGGAAATCCTTCTATTCCATAAAAAAAAACCCTTGAAT  350

seq1  ATGCTTGTCTATGAGTAAATATGTAAGGACCAATCTAGAAAAATAATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGTCTATGAGTAAATATGTAAGGACCAATCTAGAAAAATAATTTG  400

seq1  GTACACCTAGCCCCAAATTTCTATAATTTTCAAATACCTACAAAGATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACCTAGCCCCAAATTTCTATAATTTTCAAATACCTACAAAGATATT  450

seq1  TAAATATGATATTTATGTTTTTATTATATTTCAGGTGAAATTTCTGAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGATATTTATGTTTTTATTATATTTCAGGTGAAATTTCTGAATA  500

seq1  GTAGACATATAAGAAATTGACAATTTTCTGAGATAGCATATGGAATACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACATATAAGAAATTGACAATTTTCTGAGATAGCATATGGAATACTT  550

seq1  GATAATCGGTATAAATAAACTATGCTTACAATGTGAAATCATATAGAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATCGGTATAAATAAACTATGCTTACAATGTGAAATCATATAGAATA  600

seq1  AAATTATTAGAGACAAACCCCAAGATATTTAAGTGGCTGTAGCTAGTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTAGAGACAAACCCCAAGATATTTAAGTGGCTGTAGCTAGTGTA  650

seq1  TGAAGCCTTTCAATGCAGTCACCTTTTCCTCATGCACAGAGTAAAAAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCTTTCAATGCAGTCACCTTTTCCTCATGCACAGAGTAAAAAGGG  700

seq1  AAAGGAGGATGGCCTTATGCAAGAGAAATTATCTTTCACATTGAAATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGGATGGCCTTATGCAAGAGAAATTATCTTTCACATTGAAATTCA  750

seq1  AGGACACACAACCTGAGTGCTCTTAGTCTACTAACACTTTCTAGAATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACACAACCTGAGTGCTCTTAGTCTACTAACACTTTCTAGAATTTG  800

seq1  TGAATGCTAGCCTTGAAATCCAAACAGAATTCCCCTGGTAATATAATTGA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGAATGCTAGCCTTGAAATCCAAACAGAATTCTCCTGGTAATATAATTGA  850

seq1  TAATTAGTAATGAGGACCTGAGAGTTTCACTTACCTAAAAATAAATTGAC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAATTAGTAATGAGGACCTGAGAGTTTCACTTACCT-AAAATAAATTGAC  899

seq1  ATAAAGAAATGTCTAATTAATAATATCCAATAATATAGAGCTGAGGTAAG  950
      || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AT-AAGAAATGTCTAATTAATAATATCCCATAATATAGAGCTGAGGTAAG  948

seq1  CTTCGAGAGTTCATTTAAAGTAAAGGCATGTACTTAAGTTAAGATTCTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTCGAGAGTTCATTTAAAGTAAAGGCATGTACTTAAGTTAGGATTCTAT  998

seq1  TTTAATAATAAATTTTTATTTCATAAATATTGAGTACCAGATGGCATGCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAATAAATTTTTATTTCATAAATATTGAGTACCAGATGGCATGCT  1048

seq1  AAAATTATTTAATGTATTCATATTTGCCTATATGTTATCATATATAGTA-  1099
      ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| | 
seq2  AAAATTATTTAATGTATTCATATTTGCTTTTATGTTATCATAT-TAGGAT  1097

seq1  TGTATAATTCAACACTCATAATAATCTTATGAAGCCAATGTAAGTCCAAA  1149
      |||||||||||   |||||||| ||| |||||   ||| || |||    |
seq2  TGTATAATTCA--CCTCATAAT-ATC-TATGA--GCAAAGT-AGT---GA  1137

seq1  TTCATTTATGAGAAAACTGATA-CTCATAGACATTTATACAGTCATTCCA  1198
       || |||| ||| | ||||||| |||| |||  ||||||| |||||||||
seq2  GTCCTTTAGGAG-AGACTGATATCTCA-AGA-TTTTATAC-GTCATTCCA  1183

seq1  C  1199
      |
seq2  C  1184

seq1: chr5_19026282_19027366
seq2: B6Ng01-062A09.g_67_1136 (reverse)

seq1  AAAAAACAGACACAATAAGTTTAAAGTGCAGGCAACTTGCCTAAGAATAA  50
      ||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||   ||||| || |
seq2  AAAAAACAGACAC-ATAAG-TTAAAG-GCAGGC-ACT--GCTAAGGAT-A  43

seq1  AATCATCTC-ACTGAGATAACTAGTATGAGATATAGACAAGCTTTTTCTC  99
      ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AATCATCTCAACTGAGATACCTAGTATGAGATATAGACAAGC-TTTTCTC  92

seq1  TTTAAAATAAAATGTAGACCTTCCTTACTTGTAGAAATAGATACATTCTG  149
       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  -TTAAAATAAAATGTAGACCTTCCTTAC-TGTAGAAATAGATACA-TCTG  139

seq1  ATCAAATTTCAGAGAATGCCATTCTCAACAAAATGGCAAGATTGACAAAT  199
      |||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||
seq2  ATCAAA-TTCAGAGAATGCCATTCTCA--CAAATGGCAAGA-TGACAAAT  185

seq1  TCAAAGAGCTTGCAATGTTTAGCAAGATCGAATGGTAACTTACGTGAAGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCAAAGAGCTTGCAATGTTTAGCAAGATCGAATGGTAAC-TACGTGAAGT  234

seq1  ATGTGTACCATGGATTGCACAGGGTAAGCACTCAGCTCTTAGCTGCCATT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTACCATGGATTGCACAGGGTAAGCACTCAGCTCTTAGCTGCCATT  284

seq1  ATTATATTATGATTCCTCCATCCTTCCCACCATACCTATAGCTTTGCAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATTATGATTCCTCCATCCTTCCCACCATACCTATAGCTTTGCAGG  334

seq1  GTCCACAGAGATTTCTCAATTGCAATATGGAGTTATTCTTTTCCTAGATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACAGAGATTTCTCAATTGCAATATGGAGTTATTCTTTTCCTAGATG  384

seq1  GCAACAAGGAAGCAGACATGAGCATCTTATCAAAGGCAAGGAAGACTCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAGGAAGCAGACATGAGCATCTTATCAAAGGCAAGGAAGACTCTT  434

seq1  AAGTGAGACTATGACCACTAGCTTTTGTTTTTAGTCACAGAATATTTCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGACTATGACCACTAGCTTTTGTTTTTAGTCACAGAATATTTCTT  484

seq1  CTATAAGTTATAAGACTCTTGAAGATTTTTACATTTGATTTGACACATGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAGTTATAAGACTCTTGAAGATTTTTACATTTGATTTGACACATGG  534

seq1  CTATTAATATTTACGGGTTACAGTACAATACAAGCATGCTCTATGTAGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAATATTTACGGGTTACAGTACAATACAAGCATGCTCTATGTAGTG  584

seq1  ATCACATCAGGATCATGACAAGTCTATCACTTCAAATATTTATGTCTTTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATCAGGATCATGACAAGTCTATCACTTCAAATATTTATGTCTTTG  634

seq1  CAATTAAGTTCCTACAAACTATGTTTTTGGGTATTTGATATTTAAAATGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAAGTTCCTACAAACTATGTTTTTGGGTATTTGATATTTAAAATGA  684

seq1  AGCATCATTAAAAACAGATAAATATATTATTCTGATATATACCATCCGTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATTAAAAACAGATAAATATATTATTCTGATATATACCATCCGTC  734

seq1  ACCTAGCTAATATCCATCATAAACAAAATCTGTGTGTTCACTTACCTTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGCTAATATCCATCATAAACAAAATCTGTGTGTTCACTTACCTTTT  784

seq1  CTCCTTTCTCAGTGTCTGATCACCACTTTTCTACACTGCATCTTCTTACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCTCAGTGTCTGATCACCACTTTTCTACACTGCATCTTCTTACC  834

seq1  AACTTACATAGCCTTCCACACCTGGTCAGAGCCACAGCATTCGTGACTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACATAGCCTTCCACACCTGGTCAGAGCCACAGCATTCGTGACTTC  884

seq1  TGGCCTCTTACTTGTCTCACTTAAGGTGACGTCTTCCACCTTGCACCCAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCTTACTTGTCTCACTTAAGGTGACGTCTTCCACCTTGCACCCAT  934

seq1  GCTGCTGCAAAGGAAAGATTCCATTTGTTTTATGGCTCAGTAGTTTTGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCAAAGGAAAGATTCCATTTGTTTTATGGCTCAGTAGTTTTGCA  984

seq1  TTGCAGTAGATGGAAGATCTTTTCCTTAAGTATTCACTAATTGATGAACA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTAGATGGAAGATCTTTTCCTTAAGTATTCACTAATTGATGAACA  1034

seq1  TTTACATTGTTTCCATCTCATTGCTTTTGTGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATTGTTTCCATCTCATTGCTTTTGTGAATTC  1070