BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-067B04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 60,361,561 - 60,519,950
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC546866
Upstream geneLOC666499, EG625870, LOC100041425
Downstream geneCbfa2t2-ps1, LOC100041498, LOC666597
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-067B04.bB6Ng01-067B04.g
ACCDH886072DH886073
length1,116710
definitionDH886072|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067B04, 5' end.DH886073|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,361,561 - 60,362,693)(60,519,241 - 60,519,950)
sequence
gaattccatacaatgtactaacattataattacccacaactcctttccta
accttccatctagaagcactccctactgcacaacttattgtcctattttt
tttcattaatttaataacccatcaactccaatttgttctgttcataaact
cctagatgtgagatctctgctgacacaattatgtcaatattacctatgct
atagtcattggaataaggggatcttaatttgaaaatgctcccaaacatat
tgacatgtgatcaagcctgaggtatattttattaattaaaagttatgtgt
gttatgcatgttccagaagagttggtgctacccttgggtgagcaattgtt
ttacaagaaggtaggctgagaaaaccatgaggagtaacccagtaagcctc
actcctcttcaactttttgatgagtttctggccttagtttcttaccttga
aatcctggactgttctctttcattagtagactataaaatagaagtggatg
tggtcatgaacctggatgtggaagtccaagtggaagaagtagaagggcag
caatcccttcctctgtcagttgcttttggtcacaatattttatcacagca
aaaggaagttaacaaagataagacccacctactggaacttgctcatccta
ttaagagccgcaccgttaagaaaattgactcaccttttcccagaatctat
caactacttaaaacattttgttggtgataagttaataaacctcccactga
agctaaaattttgagtgggtcatccttatgtaaatcttctgcaagaaacc
acatctgagtatagtggtcctgtcaaggtctgaatacaggatcttgctac
agtctttcctaactctgactcttaacttcattcttacctctctactataa
tgctctttggggaactataataagatgcataagattcatttgtggctggg
agtatactctgaactttcttcagctgttgtttctgtgataactagtgcca
ctgcacaagctttctagaaagcaatattcatgaacattaataaaacttcc
agagaaatcctttacttcattcagttatgtaggagactggtagtaaatct
cttactactgacacaa
gaattcagttgaatcatctctccctcactgctcttcaggtaatttttttt
ctccactctgttctcttaagtgttgggtgcaccctacctccgacttattc
tgtcaaattttttcctaactcttcattttatagagtcctcaattagatac
cattttgggggattaagtgttttcagtattctacccatgtgcatggcatg
actgcattctagctggataaaatttttggatgtgatgccttgcagtcatg
ttgctgaattaaaatgtctctaaatttacatgttttagatagtaacttat
gtttacataaaagaaataaagatgattattttgtgcaaattaagtaattg
ctgaccaaataacatattcttaaaaacctgtattagaatcattctttaag
tcaggaatcaggtttctattctttcctttctgtattttattccttaaagt
aatatatgtagtggtacaaacaataaaaagtcatgtttttcttaaaattt
cataaacttagtccaaggctaatatgagacagtacacaacacctcatcca
caaagtatgtatttagaatttaggtgagtatatgtgtcatgtatatatca
acttatagctatatggagttttaagggaggcaggaccaggtgtgggagga
gacagagaagtacagagggtcaggaaattgaactgtggtgtgtagcctgg
gggatggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_60361561_60362693
seq2: B6Ng01-067B04.b_46_1161

seq1  GAATTCCATACAATGTACTAACATTATAATTACCCACAACTCCTTTCCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATACAATGTACTAACATTATAATTACCCACAACTCCTTTCCTA  50

seq1  ACCTTCCATCTAGAAGCACTCCCTACTGCACAACTTATTGTCCTATTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCATCTAGAAGCACTCCCTACTGCACAACTTATTGTCCTATTTTT  100

seq1  TTTCATTAATTTAATAACCCATCAACTCCAATTTGTTCTGTTCATAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTAATTTAATAACCCATCAACTCCAATTTGTTCTGTTCATAAACT  150

seq1  CCTAGATGTGAGATCTCTGCTGACACAATTATGTCAATATTACCTATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGATGTGAGATCTCTGCTGACACAATTATGTCAATATTACCTATGCT  200

seq1  ATAGTCATTGGAATAAGGGGATCTTAATTTGAAAATGCTCCCAAACATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCATTGGAATAAGGGGATCTTAATTTGAAAATGCTCCCAAACATAT  250

seq1  TGACATGTGATCAAGCCTGAGGTATATTTTATTAATTAAAAGTTATGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGTGATCAAGCCTGAGGTATATTTTATTAATTAAAAGTTATGTGT  300

seq1  GTTATGCATGTTCCAGAAGAGTTGGTGCTACCCTTGGGTGAGCAATTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGCATGTTCCAGAAGAGTTGGTGCTACCCTTGGGTGAGCAATTGTT  350

seq1  TTACAAGAAGGTAGGCTGAGAAAACCATGAGGAGTAACCCAGTAAGCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAGAAGGTAGGCTGAGAAAACCATGAGGAGTAACCCAGTAAGCCTC  400

seq1  ACTCCTCTTCAACTTTTTGATGAGTTTCTGGCCTTAGTTTCTTACCTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCTTCAACTTTTTGATGAGTTTCTGGCCTTAGTTTCTTACCTTGA  450

seq1  AATCCTGGACTGTTCTCTTTCATTAGTAGACTATAAAATAGAAGTGGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGGACTGTTCTCTTTCATTAGTAGACTATAAAATAGAAGTGGATG  500

seq1  TGGTCATGAACCTGGATGTGGAAGTCCAAGTGGAAGAAGTAGAAGGGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGAACCTGGATGTGGAAGTCCAAGTGGAAGAAGTAGAAGGGCAG  550

seq1  CAATCCCTTCCTCTGTCAGTTGCTTTTGGTCACAATATTTTATCACAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCTTCCTCTGTCAGTTGCTTTTGGTCACAATATTTTATCACAGCA  600

seq1  AAAGGAAGTTAACAAAGATAAGACCCACCTACTGGAACTTGCTCATCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAGTTAACAAAGATAAGACCCACCTACTGGAACTTGCTCATCCTA  650

seq1  TTAAGAGCCGCACCGTTAAGAAAATTGACTCACCTTTTCCCAGAATCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGCCGCACCGTTAAGAAAATTGACTCACCTTTTCCCAGAATCTAT  700

seq1  CAACTACTTAAAACATTTTGTTGGTGATAAGTTAATAAACCTCCCACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACTTAAAACATTTTGTTGGTGATAAGTTAATAAACCTCCCACTGA  750

seq1  AGCTAAAATTTTGAGTGGGTCATCCTTATGTAAATCTTCTGCAAGAAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAATTTTGAGTGGGTCATCCTTATGTAAATCTTCTGCAAGAAACC  800

seq1  ACATCTGAGTATAGTGGTCCTGTCAAGGTCTGAATACAGGATCTTGCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGAGTATAGTGGTCCTGTCAAGGTCTGAATACAGGATCTTGCTAC  850

seq1  AGTCTTTCCTAACTCTGACTCTTAACTTCATTCTTACCTCTCTACTATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCCTAACTCTGACTCTTAACTTCATTCTTACCTCTCTACTATAA  900

seq1  TGCTCTTTGGGGAACTATAATAAGATGCATAAGATTCATTTGTGGCTGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTTGGGGAACTATAATAAGATGCATAAGATTCATTTGTGGCTGGG  950

seq1  AAGGTATACTCTGAACTTTCTTCAGCTGTATGTTTCTGTGATAACTAGTG  1000
      |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  A--GTATACTCTGAACTTTCTTCAGCTGT-TGTTTCTGTGATAACTAGTG  997

seq1  CCCACTGCACAAGCTTTCTAGAAAAGCCAATATCCATGAACATTAAATAA  1050
       |||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||   |
seq2  -CCACTGCACAAGCTTTCTAGAAA--GCAATATTCATGAACATTAA--TA  1042

seq1  AAACTTCCAGAGATAATCCTTTACTTCATTTCAAGTTATGTTAGGGAGAC  1100
      ||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||   ||||||
seq2  AAACTTCCAGAGA-AATCCTTTACTTCATT--CAGTTATGT--AGGAGAC  1087

seq1  ATGGTAGTAAAATCATCATTACTACTGACACAA  1133
       ||||||| ||||| || |||||||||||||||
seq2  -TGGTAGT-AAATC-TC-TTACTACTGACACAA  1116

seq1: chr5_60519241_60519950
seq2: B6Ng01-067B04.g_67_776 (reverse)

seq1  CCCCCATCCCCCAGGCTACACACCACAGTTCAATTTCCTGACCCTCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATCCCCCAGGCTACACACCACAGTTCAATTTCCTGACCCTCTGTA  50

seq1  CTTCTCTGTCTCCTCCCACACCTGGTCCTGCCTCCCTTAAAACTCCATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTGTCTCCTCCCACACCTGGTCCTGCCTCCCTTAAAACTCCATAT  100

seq1  AGCTATAAGTTGATATATACATGACACATATACTCACCTAAATTCTAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATAAGTTGATATATACATGACACATATACTCACCTAAATTCTAAAT  150

seq1  ACATACTTTGTGGATGAGGTGTTGTGTACTGTCTCATATTAGCCTTGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTTTGTGGATGAGGTGTTGTGTACTGTCTCATATTAGCCTTGGAC  200

seq1  TAAGTTTATGAAATTTTAAGAAAAACATGACTTTTTATTGTTTGTACCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTATGAAATTTTAAGAAAAACATGACTTTTTATTGTTTGTACCAC  250

seq1  TACATATATTACTTTAAGGAATAAAATACAGAAAGGAAAGAATAGAAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATATTACTTTAAGGAATAAAATACAGAAAGGAAAGAATAGAAACC  300

seq1  TGATTCCTGACTTAAAGAATGATTCTAATACAGGTTTTTAAGAATATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCTGACTTAAAGAATGATTCTAATACAGGTTTTTAAGAATATGTT  350

seq1  ATTTGGTCAGCAATTACTTAATTTGCACAAAATAATCATCTTTATTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTCAGCAATTACTTAATTTGCACAAAATAATCATCTTTATTTCTT  400

seq1  TTATGTAAACATAAGTTACTATCTAAAACATGTAAATTTAGAGACATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAAACATAAGTTACTATCTAAAACATGTAAATTTAGAGACATTTT  450

seq1  AATTCAGCAACATGACTGCAAGGCATCACATCCAAAAATTTTATCCAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGCAACATGACTGCAAGGCATCACATCCAAAAATTTTATCCAGCT  500

seq1  AGAATGCAGTCATGCCATGCACATGGGTAGAATACTGAAAACACTTAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCAGTCATGCCATGCACATGGGTAGAATACTGAAAACACTTAATC  550

seq1  CCCCAAAATGGTATCTAATTGAGGACTCTATAAAATGAAGAGTTAGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAATGGTATCTAATTGAGGACTCTATAAAATGAAGAGTTAGGAAA  600

seq1  AAATTTGACAGAATAAGTCGGAGGTAGGGTGCACCCAACACTTAAGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGACAGAATAAGTCGGAGGTAGGGTGCACCCAACACTTAAGAGAA  650

seq1  CAGAGTGGAGAAAAAAAATTACCTGAAGAGCAGTGAGGGAGAGATGATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGGAGAAAAAAAATTACCTGAAGAGCAGTGAGGGAGAGATGATTC  700

seq1  AACTGAATTC  710
      ||||||||||
seq2  AACTGAATTC  710