BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074J21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 46,298,480 - 46,455,087
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040737, Qdpr, EG624224, Lap3, LOC100040762, Med28, 9630031F12Rik, 9630001P10Rik, 1600023N17Rik, Lcorl, LOC100041576
Downstream geneEG666103
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074J21.bB6Ng01-074J21.g
ACCDH891410DH891411
length6641,120
definitionDH891410|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074J21, 5' end.DH891411|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,298,480 - 46,299,143)(46,453,970 - 46,455,087)
sequence
gaattcacaacacttcaggtctctccagtcacaaatttcaaatttgtcaa
taactctgcctattcttcaacacagggatggcttatgtaagcaacttctg
ttcacactagccatgggaaagagtaactttcatgatgacatacaaaatgg
aggaaagaaatagggagctaacacttgacaggaatcaaagcagagcgcat
atcaaggttaatattaggagtaaagaactagaactgaaagagatggtaga
tatcacatatgagtttctcttccttaaaaataacataggtttctatctac
ataaaaatgtacccgtttcataaagacttgaacatagagaataataaaac
catttcattgaattttgcccttctgagtctctgctagattctctccaagt
cctaaagggaattgctgacaaaggttctacttaaaaacatttcccatata
tgcatggcatgtactcactgataagtaaatattaaccataaagtacaaaa
tacccatgatacaccccacagacccaaagaagttaaacaaaaagcaaggt
ccaaccaaagatgcttgaaggggaaacaaattagtcctaggacacagaca
gaggaagggaagtggctgggagaggagaagaagaagggaaagggggtagg
gtcaggtgtgggga
gaattccttgatgaaggaactctgctgcttgctaccaaattgcaactatg
gctccagagggcactccaccacttacaactttcaaacagctttagtccta
gaagatgcaaccaggccagagtggggagcatttctcatggtaacctagca
gaagacttatgattgatgtaaaatgtcatttacataaagaactgccatgg
ttgatgcaaatacctctgcccccaccattgtctaacaatatgatcaggtg
attctactcaatagggaggtcagccaaaagacatgcctctgtgctacctt
ctggggctgcaccatcagaccaaataaagaattctcttagagcaatcatt
ccttgcctacttttaaagtttatgtaagccttgctatatggtctgcactt
gcctggaacttatcacgtaggccaggcttttaaggaaatctcaagctgtt
ctttcttaggtcttgtttttcagttccaggaattggactcagggccttgt
acacactaggtatcactaaactatatttccagctccttgtctgcttttga
tctttatcattagtagtagcgctggctgagctggtaggagcaacagagtt
acaacagtagtgatgaagatgaagacaggaaagaataatagaaagaaaga
aaagggtgaaagaaaggaggatggtgagggtcaatggaggataaatagag
agccaaggttgaatagagacagaaggctataaagaggtagagaagagaaa
gtataaatcatgatcagaggagaggagagttcaggagagttgacagacct
tacatagtcaaaggtcttgcgcatcctaacctaagaactatcattctggc
tgctgctagctgggctgtgaagctgtgattgctgtcccaaaatctgtaac
acttgtcactataagaatgaaaatctagtgtcttagggctagaggagagc
tagaatagcaacaccagaaggtgctgcttatctatgacccctatgtctca
ctactaaggaagctgaaatattactaggtttcaggtggttgaactgctgg
agcataaagcccaaggggaatagcctttaaactagtgcttacagtcagtg
ttattcttggttttgaactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_46298480_46299143
seq2: B6Ng01-074J21.b_43_706

seq1  GAATTCACAACACTTCAGGTCTCTCCAGTCACAAATTTCAAATTTGTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAACACTTCAGGTCTCTCCAGTCACAAATTTCAAATTTGTCAA  50

seq1  TAACTCTGCCTATTCTTCAACACAGGGATGGCTTATGTAAGCAACTTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCTGCCTATTCTTCAACACAGGGATGGCTTATGTAAGCAACTTCTG  100

seq1  TTCACACTAGCCATGGGAAAGAGTAACTTTCATGATGACATACAAAATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACTAGCCATGGGAAAGAGTAACTTTCATGATGACATACAAAATGG  150

seq1  AGGAAAGAAATAGGGAGCTAACACTTGACAGGAATCAAAGCAGAGCGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAAATAGGGAGCTAACACTTGACAGGAATCAAAGCAGAGCGCAT  200

seq1  ATCAAGGTTAATATTAGGAGTAAAGAACTAGAACTGAAAGAGATGGTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGGTTAATATTAGGAGTAAAGAACTAGAACTGAAAGAGATGGTAGA  250

seq1  TATCACATATGAGTTTCTCTTCCTTAAAAATAACATAGGTTTCTATCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACATATGAGTTTCTCTTCCTTAAAAATAACATAGGTTTCTATCTAC  300

seq1  ATAAAAATGTACCCGTTTCATAAAGACTTGAACATAGAGAATAATAAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATGTACCCGTTTCATAAAGACTTGAACATAGAGAATAATAAAAC  350

seq1  CATTTCATTGAATTTTGCCCTTCTGAGTCTCTGCTAGATTCTCTCCAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATTGAATTTTGCCCTTCTGAGTCTCTGCTAGATTCTCTCCAAGT  400

seq1  CCTAAAGGGAATTGCTGACAAAGGTTCTACTTAAAAACATTTCCCATATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGGGAATTGCTGACAAAGGTTCTACTTAAAAACATTTCCCATATA  450

seq1  TGCATGGCATGTACTCACTGATAAGTAAATATTAACCATAAAGTACAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGGCATGTACTCACTGATAAGTAAATATTAACCATAAAGTACAAAA  500

seq1  TACCCATGATACACCCCACAGACCCAAAGAAGTTAAACAAAAAGCAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCATGATACACCCCACAGACCCAAAGAAGTTAAACAAAAAGCAAGGT  550

seq1  CCAACCAAAGATGCTTGAAGGGGAAACAAATTAGTCCTAGGACACAGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCAAAGATGCTTGAAGGGGAAACAAATTAGTCCTAGGACACAGACA  600

seq1  GAGGAAGGGAAGTGGCTGGGAGAGGAGAAGAAGAAGGGAAAGGGGGTAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGGAAGTGGCTGGGAGAGGAGAAGAAGAAGGGAAAGGGGGTAGG  650

seq1  GTCAGGTGTGGGGA  664
      ||||||||||||||
seq2  GTCAGGTGTGGGGA  664

seq1: chr5_46453970_46455087
seq2: B6Ng01-074J21.g_69_1188 (reverse)

seq1  CAGTTCAAAAACCAGA--TACACTTGACTGTAGGCACTTAGTTTAAAGGC  48
      |||||||||| | |||   |||| |||||||| |||| ||||||||||||
seq2  CAGTTCAAAACCAAGAATAACAC-TGACTGTAAGCAC-TAGTTTAAAGGC  48

seq1  TA-TCACTTTGGGCTTTATGCTCCAGCAGTTCAA-CACTTGAAACTTAGT  96
      || || | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||
seq2  TATTCCCCTTGGGCTTTATGCTCCAGCAGTTCAACCACCTGAAACCTAGT  98

seq1  GATATTTCAGCTTCCTTTAGTAGTGAGACATAGGGGTCATAGAT-AGCAG  145
       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATATTTCAGCTTCC-TTAGTAGTGAGACATAGGGGTCATAGATAAGCAG  147

seq1  CACCTTCTGGTGTTGCTATTCTAGCTCTCCTCTAGCCCTAAGACACTAGA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCTGGTGTTGCTATTCTAGCTCTCCTCTAGCCCTAAGACACTAGA  197

seq1  TTTTCATTCTTATAGTGACAAGTGTTACAGATTTTGGGACAGCAATCACA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATTCTTATAGTGACAAGTGTTACAGATTTTGGGACAGCAATCACA  247

seq1  GCTTCACAGCCCAGCTAGCAGCAGCCAGAATGATAGTTCTTAGGTTAGGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACAGCCCAGCTAGCAGCAGCCAGAATGATAGTTCTTAGGTTAGGA  297

seq1  TGCGCAAGACCTTTGACTATGTAAGGTCTGTCAACTCTCCTGAACTCTCC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCAAGACCTTTGACTATGTAAGGTCTGTCAACTCTCCTGAACTCTCC  347

seq1  TCTCCTCTGATCATGATTTATACTTTCTCTTCTCTACCTCTTTATAGCCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTGATCATGATTTATACTTTCTCTTCTCTACCTCTTTATAGCCT  397

seq1  TCTGTCTCTATTCAACCTTGGCTCTCTATTTATCCTCCATTGACCCTCAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTATTCAACCTTGGCTCTCTATTTATCCTCCATTGACCCTCAC  447

seq1  CATCCTCCTTTCTTTCACCCTTTTCTTTCTTTCTATTATTCTTTCCTGTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCCTTTCTTTCACCCTTTTCTTTCTTTCTATTATTCTTTCCTGTC  497

seq1  TTCATCTTCATCACTACTGTTGTAACTCTGTTGCTCCTACCAGCTCAGCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTTCATCACTACTGTTGTAACTCTGTTGCTCCTACCAGCTCAGCC  547

seq1  AGCGCTACTACTAATGATAAAGATCAAAAGCAGACAAGGAGCTGGAAATA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCTACTACTAATGATAAAGATCAAAAGCAGACAAGGAGCTGGAAATA  597

seq1  TAGTTTAGTGATACCTAGTGTGTACAAGGCCCTGAGTCCAATTCCTGGAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTAGTGATACCTAGTGTGTACAAGGCCCTGAGTCCAATTCCTGGAA  647

seq1  CTGAAAAACAAGACCTAAGAAAGAACAGCTTGAGATTTCCTTAAAAGCCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAACAAGACCTAAGAAAGAACAGCTTGAGATTTCCTTAAAAGCCT  697

seq1  GGCCTACGTGATAAGTTCCAGGCAAGTGCAGACCATATAGCAAGGCTTAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTACGTGATAAGTTCCAGGCAAGTGCAGACCATATAGCAAGGCTTAC  747

seq1  ATAAACTTTAAAAGTAGGCAAGGAATGATTGCTCTAAGAGAATTCTTTAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTTTAAAAGTAGGCAAGGAATGATTGCTCTAAGAGAATTCTTTAT  797

seq1  TTGGTCTGATGGTGCAGCCCCAGAAGGTAGCACAGAGGCATGTCTTTTGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTGATGGTGCAGCCCCAGAAGGTAGCACAGAGGCATGTCTTTTGG  847

seq1  CTGACCTCCCTATTGAGTAGAATCACCTGATCATATTGTTAGACAATGGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTCCCTATTGAGTAGAATCACCTGATCATATTGTTAGACAATGGT  897

seq1  GGGGGCAGAGGTATTTGCATCAACCATGGCAGTTCTTTATGTAAATGACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCAGAGGTATTTGCATCAACCATGGCAGTTCTTTATGTAAATGACA  947

seq1  TTTTACATCAATCATAAGTCTTCTGCTAGGTTACCATGAGAAATGCTCCC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATCAATCATAAGTCTTCTGCTAGGTTACCATGAGAAATGCTCCC  997

seq1  CACTCTGGCCTGGTTGCATCTTCTAGGACTAAAGCTGTTTGAAAGTTGTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGGCCTGGTTGCATCTTCTAGGACTAAAGCTGTTTGAAAGTTGTA  1047

seq1  AGTGGTGGAGTGCCCTCTGGAGCCATAGTTGCAATTTGGTAGCAAGCAGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGGAGTGCCCTCTGGAGCCATAGTTGCAATTTGGTAGCAAGCAGC  1097

seq1  AGAGTTCCTTCATCAAGGAATTC  1118
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCCTTCATCAAGGAATTC  1120