BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074O18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 84,273,189 - 84,417,295
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC231368
Upstream geneLOC100039434, Srd5a2l2, LOC100039608
Downstream geneEpha5, LOC100039489
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074O18.bB6Ng01-074O18.g
ACCDH891636DH891637
length1,1591,142
definitionDH891636|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074O18, 5' end.DH891637|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074O18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,273,189 - 84,274,370)(84,416,148 - 84,417,295)
sequence
gaattccagtgagataccttcttccttctcaggattttacatgttagtga
ttttcctcttcacgattatgtcacggattggtgaccaaggctttaaactg
agggcctttacaagacattaatgtataccatagcagttaataatcataca
gatagttgcccaatacatctcatgctgccacagatcatggccttctcctc
cctgggcccctgaagagatggtgaacttacttcaaaagtttcagcccaac
ttgaagtagttcagggtcctgtcaagtggtcaactgctttagcactgatg
caaatgaagcttttgtgatgtggcccttctccaagtgagacctagaaact
agagaacacttttgtactttaaacagtcattgctgaaatagaaataaaaa
taatacagtaggtgttctcattatgaaaagaaaagcaagcaagacactga
agcatagctggatgcaggttgcctgtctgttagaataagggtccgttctg
aacacctacgtgtttctctgaagcactggtatacactatgcatgttcttg
tctttttgttgttcttgatatgtcatcttcctttcctgctaagaaatgcc
ttgtgctggtatttgaatagcttattcaattttgctcccagtaagtaaaa
gatgagactttcttttgtgtttgtatagagctctctcagcaggcagttgt
tcaaactttctacttgttcaaactaaacaaccttaaattctttggactgt
ttttaaattacaagtaataaacaactcctttagacaaaagataacacaga
atctcctttcagatgagcctgtatttacattgatatgaagttcagatgtt
tgcaaaaatatttgattgtttttgaactctttaatatttttgtctaagaa
aatctaaaagcattacactcttcaaaacacttttaaaatgtttctgtatg
acgttgacctgaaaaaatgttttaccttgttataatcttgacttaaatca
gtggtctcaagttcctatgtgtgctcattaatcagtactcgtattgtggt
accacaacaataaattattttgttgctgcctcgacataattttgctactg
tttataaaacataatgtagattgtccgattgaccttcagggttgcaacca
agtgataac
gaattcacttgttggagaagagaactaactcccacaagttatcatcagag
ctccatatatacactgtgggatatgtactaactctcttatacacaaacac
aatcatataagcaaaaataaataagtatatgtaataaactatataatgtt
tattaaaattttaatgtttgtattaaaattttagtaatgtgtgtatgtat
gtagtctattgataaaaattatacaatgcttatgtatttctttttactta
aaattaaacttttcttctattaattcaaattactaagcaaaaactacatt
ttcttaagtgtttgtttaaaccatgtgagttttactcttttatttaccaa
acatgcttatttttataatcactttaagtgtctttgattaatatttgctg
taatacacaaacttagataaattcactaaagttttaaactacatttgcat
atttaatgcatttggttttcctattaagtactccaataaatcttctcaag
catttaaataatacttgtgaatctaataaattaaacttataaatatgttt
actcttaagttgagctgagtgttctggtaaagtttatgactcgagtaaga
ttttaatggtgattatgcataatatattcaagtaaaatatgatggttaag
gttgtttctaacttatgtcaacttttctcaaacattataaatgttactac
tactaatatgaacaaaatatttttgaaaactaaaggatttatttaaccat
aagtaaatcagagcctccaattagaaatattttttcttaaagagacatta
taatttacagttatattcatacaacttacattcttttacaacatttaagt
ctttaacattgatgtatatttaatgtttatcttactagtgaaagatctca
taagatagctcttaatgtaaaggtgcacttaatgtactttattagtataa
ttattcctatgtaaacatcacattttttatggttgataaatagtacattt
tcaaggaaaacttcttgtggttctgtcatgtgggagaataaccatgcttt
cttttatactgtgtatctaacctagaacttctgatgtactagccatcaac
atgaatgaaataaaagcaatgcctatgtagttagggtctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_84273189_84274370
seq2: B6Ng01-074O18.b_48_1206

seq1  GAATTCCAGTGAGATACCTTCTTCCTTCTCAGGATTTTACATGTTAGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGAGATACCTTCTTCCTTCTCAGGATTTTACATGTTAGTGA  50

seq1  TTTTCCTCTTCACGATTATGTCACGGATTGGTGACCAAGGCTTTAAACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTCTTCACGATTATGTCACGGATTGGTGACCAAGGCTTTAAACTG  100

seq1  AGGGCCTTTACAAGACATTAATGTATACCATAGCAGTTAATAATCATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTTTACAAGACATTAATGTATACCATAGCAGTTAATAATCATACA  150

seq1  GATAGTTGCCCAATACATCTCATGCTGCCACAGATCATGGCCTTCTCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTGCCCAATACATCTCATGCTGCCACAGATCATGGCCTTCTCCTC  200

seq1  CCTGGGCCCCTGAAGAGATGGTGAACTTACTTCAAAAGTTTCAGCCCAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCCCCTGAAGAGATGGTGAACTTACTTCAAAAGTTTCAGCCCAAC  250

seq1  TTGAAGTAGTTCAGGGTCCTGTCAAGTGGTCAACTGCTTTAGCACTGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTAGTTCAGGGTCCTGTCAAGTGGTCAACTGCTTTAGCACTGATG  300

seq1  CAAATGAAGCTTTTGTGATGTGGCCCTTCTCCAAGTGAGACCTAGAAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAAGCTTTTGTGATGTGGCCCTTCTCCAAGTGAGACCTAGAAACT  350

seq1  AGAGAACACTTTTGTACTTTAAACAGTCATTGCTGAAATAGAAATAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACACTTTTGTACTTTAAACAGTCATTGCTGAAATAGAAATAAAAA  400

seq1  TAATACAGTAGGTGTTCTCATTATGAAAAGAAAAGCAAGCAAGACACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAGTAGGTGTTCTCATTATGAAAAGAAAAGCAAGCAAGACACTGA  450

seq1  AGCATAGCTGGATGCAGGTTGCCTGTCTGTTAGAATAAGGGTCCGTTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGCTGGATGCAGGTTGCCTGTCTGTTAGAATAAGGGTCCGTTCTG  500

seq1  AACACCTACGTGTTTCTCTGAAGCACTGGTATACACTATGCATGTTCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTACGTGTTTCTCTGAAGCACTGGTATACACTATGCATGTTCTTG  550

seq1  TCTTTTTGTTGTTCTTGATATGTCATCTTCCTTTCCTGCTAAGAAATGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTGTTGTTCTTGATATGTCATCTTCCTTTCCTGCTAAGAAATGCC  600

seq1  TTGTGCTGGTATTTGAATAGCTTATTCAATTTTGCTCCCAGTAAGTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTGGTATTTGAATAGCTTATTCAATTTTGCTCCCAGTAAGTAAAA  650

seq1  GATGAGACTTTCTTTTGTGTTTGTATAGAGCTCTCTCAGCAGGCAGTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGACTTTCTTTTGTGTTTGTATAGAGCTCTCTCAGCAGGCAGTTGT  700

seq1  TCAAACTTTCTACTTGTTCAAACTAAACAACCTTAAATTCTTTGGACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTTTCTACTTGTTCAAACTAAACAACCTTAAATTCTTTGGACTGT  750

seq1  TTTTAAATTACAAGTAATAAACAACTCCTTTAGACAAAAGATAACACAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATTACAAGTAATAAACAACTCCTTTAGACAAAAGATAACACAGA  800

seq1  ATCTCC-TTCAGATGAGCCTGTATTTACATTGATATGAAGTTCAGATGTT  849
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTTCAGATGAGCCTGTATTTACATTGATATGAAGTTCAGATGTT  850

seq1  TGCAAAAATATTTGATTGTTTTTGAACTCTTTAATATTTTTGTCTAAGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAATATTTGATTGTTTTTGAACTCTTTAATATTTTTGTCTAAGAA  900

seq1  AATCTAAAAGCATTACACTCTTCAAAACACTTTTAAAATGTTTCTGTATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAAAAGCATTACACTCTTCAAAACACTTTTAAAATGTTTCTGTATG  950

seq1  ACGTTGACCTGAAAAAAATGTTTTACCTGTTTATAATCTTGACTTAAATC  999
      ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGACCTG-AAAAAATGTTTTACCTTGTTATAATCTTGACTTAAATC  999

seq1  AGTGGTTCTCAAGTTTCCTAATGTTGTGCCTCATTAATTCAGTACCTCGT  1049
      ||||| ||||||| ||||| ||| |||| |||||||| |||||| |||||
seq2  AGTGG-TCTCAAG-TTCCT-ATG-TGTG-CTCATTAA-TCAGTA-CTCGT  1042

seq1  ATTGTGGTAACCACCAACAATAAAATTATTTTGTTGCTGCTTCAGAACCA  1099
      |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||  ||
seq2  ATTGTGGT-ACCA-CAACAAT-AAATTATTTTGTTGCTGCCTC-GA--CA  1086

seq1  TAATTTTGCTACTG-TTATAAAACATAATGTAGATATGTCTGATAGGGGA  1148
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||    ||
seq2  TAATTTTGCTACTGTTTATAAAACATAATGTAGAT-TGTCCGAT---TGA  1132

seq1  CCCTCAAAGGGGTTGCAACCCACAGGTTGATAAC  1182
      || |||   ||||||||||| |     |||||||
seq2  CCTTCA---GGGTTGCAACCAA----GTGATAAC  1159

seq1: chr5_84416148_84417295
seq2: B6Ng01-074O18.g_68_1209 (reverse)

seq1  CAGAGA-CCTAACTACATTTGCATTTTCCTATTTATTCATTCATGTTTTG  49
      |||||| |||||||||||  |||  || || ||  ||||||||||  |||
seq2  CAGAGACCCTAACTACATAGGCA--TTGCTTTTATTTCATTCATG--TTG  46

seq1  ATAGCTAGTACATTCAGAAGTTCTAGAGATAAAGATACAAACAAGTATAA  99
      || ||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||    |||||||
seq2  ATGGCTAGTACA-TCAGAAGTTCTAG-GTT--AGATACA---CAGTATAA  89

seq1  AAGAAAGCAT-GTTATTCT-CCACATGACAGAACCACAAG-AGTATTCCT  146
      |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  AAGAAAGCATGGTTATTCTCCCACATGACAGAACCACAAGAAGTTTTCCT  139

seq1  TGAAAATGTACTATTTATCAACCAT-AAAAATGTGATGTTTACATAGGAA  195
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGTACTATTTATCAACCATAAAAAATGTGATGTTTACATAGGAA  189

seq1  TAATTATACTAATAAAGTACATTAAGTGCACCTTTACATTAAGAGCTATC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATACTAATAAAGTACATTAAGTGCACCTTTACATTAAGAGCTATC  239

seq1  TTATGAGATCTTTCACTAGTAAGATAAACATTAAATATACATCAATGTTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGATCTTTCACTAGTAAGATAAACATTAAATATACATCAATGTTA  289

seq1  AAGACTTAAATGTTGTAAAAGAATGTAAGTTGTATGAATATAACTGTAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTAAATGTTGTAAAAGAATGTAAGTTGTATGAATATAACTGTAAA  339

seq1  TTATAATGTCTCTTTAAGAAAAAATATTTCTAATTGGAGGCTCTGATTTA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATGTCTCTTTAAGAAAAAATATTTCTAATTGGAGGCTCTGATTTA  389

seq1  CTTATGGTTAAATAAATCCTTTAGTTTTCAAAAATATTTTGTTCATATTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGGTTAAATAAATCCTTTAGTTTTCAAAAATATTTTGTTCATATTA  439

seq1  GTAGTAGTAACATTTATAATGTTTGAGAAAAGTTGACATAAGTTAGAAAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAGTAACATTTATAATGTTTGAGAAAAGTTGACATAAGTTAGAAAC  489

seq1  AACCTTAACCATCATATTTTACTTGAATATATTATGCATAATCACCATTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTAACCATCATATTTTACTTGAATATATTATGCATAATCACCATTA  539

seq1  AAATCTTACTCGAGTCATAAACTTTACCAGAACACTCAGCTCAACTTAAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTACTCGAGTCATAAACTTTACCAGAACACTCAGCTCAACTTAAG  589

seq1  AGTAAACATATTTATAAGTTTAATTTATTAGATTCACAAGTATTATTTAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACATATTTATAAGTTTAATTTATTAGATTCACAAGTATTATTTAA  639

seq1  ATGCTTGAGAAGATTTATTGGAGTACTTAATAGGAAAACCAAATGCATTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGAGAAGATTTATTGGAGTACTTAATAGGAAAACCAAATGCATTA  689

seq1  AATATGCAAATGTAGTTTAAAACTTTAGTGAATTTATCTAAGTTTGTGTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCAAATGTAGTTTAAAACTTTAGTGAATTTATCTAAGTTTGTGTA  739

seq1  TTACAGCAAATATTAATCAAAGACACTTAAAGTGATTATAAAAATAAGCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCAAATATTAATCAAAGACACTTAAAGTGATTATAAAAATAAGCA  789

seq1  TGTTTGGTAAATAAAAGAGTAAAACTCACATGGTTTAAACAAACACTTAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTAAATAAAAGAGTAAAACTCACATGGTTTAAACAAACACTTAA  839

seq1  GAAAATGTAGTTTTTGCTTAGTAATTTGAATTAATAGAAGAAAAGTTTAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGTAGTTTTTGCTTAGTAATTTGAATTAATAGAAGAAAAGTTTAA  889

seq1  TTTTAAGTAAAAAGAAATACATAAGCATTGTATAATTTTTATCAATAGAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGTAAAAAGAAATACATAAGCATTGTATAATTTTTATCAATAGAC  939

seq1  TACATACATACACACATTACTAAAATTTTAATACAAACATTAAAATTTTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATACACACATTACTAAAATTTTAATACAAACATTAAAATTTTA  989

seq1  ATAAACATTATATAGTTTATTACATATACTTATTTATTTTTGCTTATATG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACATTATATAGTTTATTACATATACTTATTTATTTTTGCTTATATG  1039

seq1  ATTGTGTTTGTGTATAAGAGAGTTAGTACATATCCCACAGTGTATATATG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTTTGTGTATAAGAGAGTTAGTACATATCCCACAGTGTATATATG  1089

seq1  GAGCTCTGATGATAACTTGTGGGAGTTAGTTCTCTTCTCCAACAAGTGAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTGATGATAACTTGTGGGAGTTAGTTCTCTTCTCCAACAAGTGAA  1139

seq1  TTC  1148
      |||
seq2  TTC  1142