BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087J07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 86,187,234 - 86,350,824
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneCenpc1, LOC100039521, AI586015, Ube1l2, Gnrhr, Tmprss11c, Tmprss11d, Tmprss11a, 9930032O22Rik, Tmprss11f, Tmprss11b, Tmprss11e, A730098D12Rik, LOC622056, Ugt2b34, Ugt2b1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087J07.bB6Ng01-087J07.g
ACCDH900666DH900667
length1,1641,168
definitionDH900666|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087J07, 5' end.DH900667|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087J07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,349,639 - 86,350,824)(86,187,234 - 86,188,429)
sequence
gaattctccttgcagactctgttgccttcagtgtgccctaaggtccactg
ctgttcccatcccttatgttctggctcccagagcattcaatatgtgtgag
tgagtgaatatgaatacatacatacatctgtacacacacacacacacaca
cacacatatatatatatatatatatatatgaaaacaggtcctcaatgttt
ccaagttatctccataatttcttctgaatcaaaaccatttacattcatat
tctttccagaagcaagcaagaaagcaatctgattgattccattccaaatg
aacatgcttatgatagagaggccttcaaccttctggatagagtttgcatc
actatggagaatactaggcagggagagcagattcccaagtattcatttgc
atatcttatttataaaattttaggcaaaggaataaggtggactgcatgaa
accagtctcatttagtatggcactgtgtggaagaaagcttgcactggact
gattaatctcagctggtaatctgctctcctagttagtcattaatactact
tgtacctattgataaagtctttctgtcttaccttccaaactattaagttc
tttataagcacataaatattttccagacagtctgtgtttcaacaaaatac
aaaggaggataacagcaagacatgtatgtgtgtgcatgcgccattgttaa
gacaaggactcctttcatagagatgagtctttgttaaagaagtttttttt
tttaaataatattttcattaactctaggagaattttatacaatgcatttg
ataatacataatcctatcctccatcttcttctagactcattccctccata
gctacccaccttgtgttctctctctctctctttttaaagacgtttttata
aataaaagattaattagtcttatttacatgtgcgagtgtatgcttgcatg
agtttatgcatgtcacatgtttagggaccagagctgttggactagagtca
caggtggttatgagcacatgagttgatgctggggactgagcttcagtcct
ctgagacagaatactttttaccaggaggccattcctttgctctcctttaa
ccttcagtcaatatatgttggctaacctcctggctggattagagaatcga
tttcccatcaatga
gaattccaaaagtttcagatcccagaacatgtgagctatgctacataaca
ggtagaaaaggattttgcaatgtaagaaagacagtattccagcaatacaa
aattccactgtagactctgtagtatgcaatataaatgccaccacagtata
aaaatgcaaaaatgtacccatgaaactcagaaagtattcaaaactaaagt
catacctcatgttttaagtagtcatcaaataaaattaaaattgttatgtg
aatataagctagaaattcacctcatagaaccatttctttttcaaatgtaa
agaagatgaaattttaagaaacactactacattctttaaaagattagtga
aaattataagaatgtggtcattttaaattgtgttttagaaccaacatgtg
cacatcaggctcttatggtaaaaaaaataatattactctatttttatgaa
gtggatatagttctgcatttttatctgttacctaatcacatttgcttatt
gtctttcatcgtgcatgaagggacattgaagagcgaaatatagggctggt
gagatggctcagtgggtaagagcacccgactgctcttccaaaggttcgga
gttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaacaagat
ctgactccctcttctggattgtctgaagacagctacagtgtacttacata
taataaataaatgaatctttaaaaaaaaaaaaaagaagagcgaagtataa
ccttacaccatcattgccacatgtcatcccaccccttgttaataattacc
attgtcttcacagaaggctgacattattgaatagtttcagctacaatagt
tagtcttataaaattctagtaagttaaaaaaataattattagccttactg
caaaaaagaggacaatgaaaaaaatacataattgttattccacagtaatg
ttttatggacagtgctggagagaagtaggattggcaggaccagggggact
ctggatagctttataatgagtgagcagagcaatagtactacatcatctgc
tgggggagacatttataagagctttgcatataggacagtggttaagaagg
agattctagtaaccacaagaacagaatctagaatacttgcgtagaagtct
gcagccctccagctctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_86349639_86350824
seq2: B6Ng01-087J07.b_43_1206 (reverse)

seq1  TCATTGATGGGAGAATCGATTTTCTCTAATCCCCAAACCCAGGAGTATAG  50
      |||||||||||| ||||||  |||||||||||    | |||||||  |||
seq2  TCATTGATGGGA-AATCGA--TTCTCTAATCC----AGCCAGGAGGTTAG  43

seq1  CCAACATATATTTGACTTGATAGGTTTAAAAGGAGAAGCAAAGAGATGGC  100
      |||||||||| ||||| ||| |||||  ||||||| |||||||  |||||
seq2  CCAACATATA-TTGAC-TGA-AGGTT--AAAGGAG-AGCAAAGGAATGGC  87

seq1  TCCTTGGTTAAAAGTATTTCCTGTTCTTCCAGAGGACTGAAGCTCAGTCC  150
        | |||| |||||||||  ||| |||  |||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGTAAAAAGTATT--CTG-TCT--CAGAGGACTGAAGCTCAGTCC  132

seq1  CCAGCATCAACCTCATGTGCCTCATAACCACCTGTGACTCTAGTTCCAAC  200
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCAGCATCAA-CTCATGTG-CTCATAACCACCTGTGACTCTAG-TCCAAC  179

seq1  AGCCTCTGGTCCCTAAACATGTGACATGCATAAACTCATGCAAGCATACA  250
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-CTCTGGTCCCTAAACATGTGACATGCATAAACTCATGCAAGCATACA  228

seq1  CTCGCACATGTAAATAAGACTAATTAATCTTTTATTTATAAAAACGTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCACATGTAAATAAGACTAATTAATCTTTTATTTATAAAAACGTCTT  278

seq1  TAAAAAGAGAGAGAGAGAGAACACAAGGTGGGTAGCTATGGAGGGAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGAGAGAGAGAGAGAACACAAGGTGGGTAGCTATGGAGGGAATGA  328

seq1  GTCTAGAAGAAGATGGAGGATAGGATTATGTATTATCAAATGCATTGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGAAGAAGATGGAGGATAGGATTATGTATTATCAAATGCATTGTAT  378

seq1  AAAATTCTCCTAGAGTTAATGAAAATATTATTTAAAAAAAAAAACTTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCTCCTAGAGTTAATGAAAATATTATTTAAAAAAAAAAACTTCTT  428

seq1  TAACAAAGACTCATCTCTATGAAAGGAGTCCTTGTCTTAACAATGGCGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAGACTCATCTCTATGAAAGGAGTCCTTGTCTTAACAATGGCGCA  478

seq1  TGCACACACATACATGTCTTGCTGTTATCCTCCTTTGTATTTTGTTGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACATACATGTCTTGCTGTTATCCTCCTTTGTATTTTGTTGAAA  528

seq1  CACAGACTGTCTGGAAAATATTTATGTGCTTATAAAGAACTTAATAGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACTGTCTGGAAAATATTTATGTGCTTATAAAGAACTTAATAGTTT  578

seq1  GGAAGGTAAGACAGAAAGACTTTATCAATAGGTACAAGTAGTATTAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTAAGACAGAAAGACTTTATCAATAGGTACAAGTAGTATTAATGA  628

seq1  CTAACTAGGAGAGCAGATTACCAGCTGAGATTAATCAGTCCAGTGCAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTAGGAGAGCAGATTACCAGCTGAGATTAATCAGTCCAGTGCAAGC  678

seq1  TTTCTTCCACACAGTGCCATACTAAATGAGACTGGTTTCATGCAGTCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCACACAGTGCCATACTAAATGAGACTGGTTTCATGCAGTCCAC  728

seq1  CTTATTCCTTTGCCTAAAATTTTATAAATAAGATATGCAAATGAATACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCCTTTGCCTAAAATTTTATAAATAAGATATGCAAATGAATACTT  778

seq1  GGGAATCTGCTCTCCCTGCCTAGTATTCTCCATAGTGATGCAAACTCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATCTGCTCTCCCTGCCTAGTATTCTCCATAGTGATGCAAACTCTAT  828

seq1  CCAGAAGGTTGAAGGCCTCTCTATCATAAGCATGTTCATTTGGAATGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGGTTGAAGGCCTCTCTATCATAAGCATGTTCATTTGGAATGGAA  878

seq1  TCAATCAGATTGCTTTCTTGCTTGCTTCTGGAAAGAATATGAATGTAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCAGATTGCTTTCTTGCTTGCTTCTGGAAAGAATATGAATGTAAAT  928

seq1  GGTTTTGATTCAGAAGAAATTATGGAGATAACTTGGAAACATTGAGGACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGATTCAGAAGAAATTATGGAGATAACTTGGAAACATTGAGGACC  978

seq1  TGTTTTCATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1028

seq1  TGTGTACAGATGTATGTATGTATTCATATTCACTCACTCACACATATTGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACAGATGTATGTATGTATTCATATTCACTCACTCACACATATTGA  1078

seq1  ATGCTCTGGGAGCCAGAACATAAGGGATGGGAACAGCAGTGGACCTTAGG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTGGGAGCCAGAACATAAGGGATGGGAACAGCAGTGGACCTTAGG  1128

seq1  GCACACTGAAGGCAACAGAGTCTGCAAGGAGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTGAAGGCAACAGAGTCTGCAAGGAGAATTC  1164

seq1: chr5_86187234_86188429
seq2: B6Ng01-087J07.g_70_1237

seq1  GAATTCCAAAAGTTTCAGATCCCAGAACATGTGAGCTATGCTACATAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAAGTTTCAGATCCCAGAACATGTGAGCTATGCTACATAACA  50

seq1  GGTAGAAAAGGATTTTGCAATGTAAGAAAGACAGTATTCCAGCAATACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAAAAGGATTTTGCAATGTAAGAAAGACAGTATTCCAGCAATACAA  100

seq1  AATTCCACTGTAGACTCTGTAGTATGCAATATAAATGCCACCACAGTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCACTGTAGACTCTGTAGTATGCAATATAAATGCCACCACAGTATA  150

seq1  AAAATGCAAAAATGTACCCATGAAACTCAGAAAGTATTCAAAACTAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCAAAAATGTACCCATGAAACTCAGAAAGTATTCAAAACTAAAGT  200

seq1  CATACCTCATGTTTTAAGTAGTCATCAAATAAAATTAAAATTGTTATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTCATGTTTTAAGTAGTCATCAAATAAAATTAAAATTGTTATGTG  250

seq1  AATATAAGCTAGAAATTCACCTCATAGAACCATTTCTTTTTCAAATGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAGCTAGAAATTCACCTCATAGAACCATTTCTTTTTCAAATGTAA  300

seq1  AGAAGATGAAATTTTAAGAAACACTACTACATTCTTTAAAAGATTAGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATGAAATTTTAAGAAACACTACTACATTCTTTAAAAGATTAGTGA  350

seq1  AAATTATAAGAATGTGGTCATTTTAAATTGTGTTTTAGAACCAACATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATAAGAATGTGGTCATTTTAAATTGTGTTTTAGAACCAACATGTG  400

seq1  CACATCAGGCTCTTATGGTAAAAAAAATAATATTACTCTATTTTTATGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCAGGCTCTTATGGTAAAAAAAATAATATTACTCTATTTTTATGAA  450

seq1  GTGGATATAGTTCTGCATTTTTATCTGTTACCTAATCACATTTGCTTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATATAGTTCTGCATTTTTATCTGTTACCTAATCACATTTGCTTATT  500

seq1  GTCTTTCATCGTGCATGAAGGGACATTGAAGAGCGAAATATAGGGCTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCATCGTGCATGAAGGGACATTGAAGAGCGAAATATAGGGCTGGT  550

seq1  GAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTTCGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTTCGGA  600

seq1  GTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACAAGAT  650

seq1  CTGACTCCCTCTTCTGGATTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCCCTCTTCTGGATTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATA  700

seq1  TAATAAATAAATGAATCTTTAAAAAAAAAAAAAAGAAGAGCGAAGTATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATAAATGAATCTTTAAAAAAAAAAAAAAGAAGAGCGAAGTATAA  750

seq1  CCTTACACCATCATTGCCACATGTCATCCCACCCCTTGTTAATAATTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACACCATCATTGCCACATGTCATCCCACCCCTTGTTAATAATTACC  800

seq1  ATTGTCTTCACAGAAGGCTGACATTATTGAATAGTTTCAGCTACAATAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTTCACAGAAGGCTGACATTATTGAATAGTTTCAGCTACAATAGT  850

seq1  TAGTCTTATAAAATTCTAGTAAGTTAAAAAAATAATTATTAGCCTTACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTATAAAATTCTAGTAAGTTAAAAAAATAATTATTAGCCTTACTG  900

seq1  CAAAAAAAGAGGACAATGAAAAAAATACATAATTGTTATTCCACAGTAAT  950
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AAAAAAGAGGACAATGAAAAAAATACATAATTGTTATTCCACAGTAAT  949

seq1  GTTTTATGGACAGTGCTGGAGAGAAGTAGGAATTGGCAGGGACCAGGGGG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  GTTTTATGGACAGTGCTGGAGAGAAGTAGG-ATTGGCA-GGACCAGGGGG  997

seq1  ACTCTGGATAGCTTTATAATGAAGTGAGCAGAGCAAATAGTACCTACCAT  1050
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||
seq2  ACTCTGGATAGCTTTATAATG-AGTGAGCAGAGC-AATAGTA-CTA-CAT  1043

seq1  CCAATCTTGCCTGGGGAGACCAATTTTAATAAGAAGGCTTTGCATATAGG  1100
      |  ||| |||  ||||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||||
seq2  C--ATC-TGCTGGGGGAGAC--ATTT--ATAAGA--GCTTTGCATATAGG  1084

seq1  ACAGTGGTTAAAGAAGGGAGATCCTTAGTATAACCACAAAGAACAGATAC  1150
      ||||||||| ||||| |||||| | |||  ||||||| |||||||||  |
seq2  ACAGTGGTT-AAGAA-GGAGATTC-TAG--TAACCAC-AAGAACAGAATC  1128

seq1  TAGGAATACTTGCTGTAGAGAAGTCTGCAGCCCTCACAGGCTCTGA  1196
      || |||||||||| ||  ||||||||||||||||| || |||||||
seq2  TA-GAATACTTGC-GT--AGAAGTCTGCAGCCCTC-CA-GCTCTGA  1168