BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111N18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 31,815,466 - 31,937,015
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSupt7l, Slc4a1ap, Mrpl33, Rbks
Upstream gene1700041E20Rik, Kcnk3, 4930471M23Rik, Cenpa, Dpysl5, Mapre3, 1110039B18Rik, 9430057O19Rik, 2310016E02Rik, Emilin1, Khk, Cgref1, Abhd1, Preb, Tcf23, Slc5a6, 0610007C21Rik, Cad, Slc30a3, Dnajc5g, Trim54, Ucn, Mpv17, Gtf3c2, Eif2b4, Snx17, Zfp513, Ppm1g, ENSMUSG00000055424, Nrbp1, Krtcap3, Ift172, Fndc4, Gckr, Zfp512, 4930548H24Rik, Xab1
Downstream geneLOC100040000, Bre, Fosl2, LOC672217, Plb1, EG665350, LOC545743, Ppp1cb, LOC634553, LOC675983, Yes1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111N18.bB6Ng01-111N18.g
ACCDH918084DH918085
length1,1651,063
definitionDH918084|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111N18, 5' end.DH918085|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,935,829 - 31,937,015)(31,815,466 - 31,816,524)
sequence
gaattccaaaaacactttcaaaatatttatgggcaaaggccaaagccttt
tccaggtgctgagcctcaaccaaagacatccaagctgcctcctcaccagt
ctgagctagctggaaaccagaagccggcctgtctcgggattgtaatgaga
ctcatttgaatcacatctgtaaacatacccagtaggcagacaagaaagca
ggagtcttcttcactttgcagccaggactggggctgtgagtgagtgagca
ctgtgtctgggacaggcagaggggcctgtgtagatcatttccctgcccca
actcactttcttgtccagccaatggcctgctgggctgggcgtgtttcggg
ttctgcctttcagccttactaagttgatctggcattaaggcaaaccattt
cctgattagtggctcaccccaatctgagggactccacccttgttcagaca
tgctgggcttgatggcttcccagggatgttctgttctagtcctgagggtg
ggtagtgccatgtggaaaccaaagctttcatgcccagttcggtccacacc
tgaagcattccatctcagacctgtgcactggagtcttgacttttcagaag
gaagctgagcatttatcttaacagcacctcttaagcagcagaaagtcaga
gatccctcaagctgtccaaggctacaggaaggaagactgaccatgttaat
gctgaagagcataggtggctttcccttgagattaatggccacacagcttc
accatagcaagtctcacagcagactctggcacgtttctagtttaatctgg
aaacatcacaggcttttggtaaaatctctgaggaagaagaaacaaccttt
tctgcagcgtttttttaggaatgaagttttgtaactagttcccactggat
caaagcagcctccactttcataggaactaccccaaaactatgcctaacta
tgaagtaataaatcatcggtattatagataaactatgagattattctact
ctaactggtgtaatatattcagcagtctgtagagacgaagtagatgagac
cagagggcagttactgatgagtttcttaaggggtgaaccgcctaaattag
aactagtgtattgtgctgcaatgtctcacctgatgagtagccagcttatc
cttaagcgggtgaac
gaattcagtgtactaactgcatcttggccactttatgaaaatgaagatgt
gatctgccttattgggtttctatttccgtgtcgagagaaaccatgaccac
ctcagcaactcttaaaacagacatggtgctggagtagctgagaattctac
atctttgtagcagggaaagaactgagacactagacctggcttgagcatat
gagacctcaaagcctggccttctccaacaaaaccatgactactctagcaa
ggccacacctccattccagatgagccttggtccagtttcaaactaccaca
agattaaaacaggatagatttaagagtgttaaagattaatttgaggggct
ggagagatggcttagtggttaagagcacagactgctcttccagaggtcct
gagttccaattcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaatgg
atctgctgtgtctgaagacagctacagtgtactcatatatataaaataaa
taggccttaaaaaagattaatatcaaaaatcctattttaaaattaagctg
taacttctttaggaggtaggactataggttagtctagagtacatgatgtg
actgtctttgaaaactgttaagttgtgatggcaagatggtttggtgggtt
aaaggctcttgctatgaaaacctgacgtcatgccttccacccctggcgcc
catgtaaaggttgaacgagagaactgactgcacacagcagttgtctctgg
gcctcgctatacaggccacacacaccatgcacgagcacacacacatataa
caaaccctcaaacactctgaggagagctcccacaaaccttggtttgtcat
gggaggaagggagcatggccatcctttgtcatctcgtgtggccattctga
gatagttgctgtggctcagcctgtgctgaagataggtgctgttgcttagc
cttggcagctgattgcagtgggcatcagtttaaccagtactggccaggga
gcagaggacgtgatggggagggctgacggatttgtatggccttactttcc
acccttctacaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_31935829_31937015
seq2: B6Ng01-111N18.b_46_1211 (reverse)

seq1  GTTCACACGCTTAAGGAGTACAGCTGGCTACTCTTCAGTGTAGACATGGC  50
      |||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||   |||||| ||
seq2  GTTCACCCGCTTAAGGA-TA-AGCTGGCTACTCATCAGGTGAGACATTGC  48

seq1  CAAGCAACCAATAACATAG-TCTAATTTTAGACGTTTTCACCCCCCTTAA  99
        ||||  |||||   ||| ||||| ||||| ||  ||||||||   | |
seq2  --AGCA--CAATACACTAGTTCTAA-TTTAGGCG-GTTCACCCC---TTA  89

seq1  AGAAACCTCATCCAGTCACTGCCCTCTGGTCTCATCTACTTTCTGTCTCT  149
      ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  AGAAA-CTCAT-CAGTAACTGCCCTCTGGTCTCATCTACTT--CGTCTCT  135

seq1  ACAGACTTGCTGAATATA-TACACAGTTTAGAGTAGAATAATCTCATAGT  198
      |||||| ||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAC-TGCTGAATATATTACACCAGTTAGAGTAGAATAATCTCATAGT  184

seq1  TTAATTCTATAATTAACCGATGATTTATTACTTCATAGTTAGGCATAGTT  248
      |||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTA--TCTATAAT--ACCGATGATTTATTACTTCATAGTTAGGCATAGTT  230

seq1  TTGGTGTAGTTCCTATGAAAGT-GAGGCTGCTTTTGATCCAGTGGGAACT  297
      |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTAGTTCCTATGAAAGTGGAGGCTGC-TTTGATCCAGTGGGAACT  279

seq1  AGTTACAAAAACTTCATTCCTAAAAAAACGCTGCAGAAAAGGTTGTTTTC  347
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGTTAC-AAAACTTCATTCCTAAAAAAACGCTGCAGAAAAGGTTG-TTTC  327

seq1  TTCTTCCTCAGAGATTTTTACCAAAAGCCTGTGATGTTTCCAGATTAAAC  397
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTCAGAGA-TTTTACCAAAAGCCTGTGATGTTTCCAGATTAAAC  376

seq1  TAGAAACGTGCCAGAGTCTGCTGTGAGACTTGCTATGGTGAAGCTGTGTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACGTGCCAGAGTCTGCTGTGAGACTTGCTATGGTGAAGCTGTGTG  426

seq1  GCCATTAATCTCAAGGGAAAGCCACCTATGCTCTTCAGCATTAACATGGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTAATCTCAAGGGAAAGCCACCTATGCTCTTCAGCATTAACATGGT  476

seq1  CAGTCTTCCTTCCTGTAGCCTTGGACAGCTTGAGGGATCTCTGACTTTCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTCCTTCCTGTAGCCTTGGACAGCTTGAGGGATCTCTGACTTTCT  526

seq1  GCTGCTTAAGAGGTGCTGTTAAGATAAATGCTCAGCTTCCTTCTGAAAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTAAGAGGTGCTGTTAAGATAAATGCTCAGCTTCCTTCTGAAAAG  576

seq1  TCAAGACTCCAGTGCACAGGTCTGAGATGGAATGCTTCAGGTGTGGACCG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGACTCCAGTGCACAGGTCTGAGATGGAATGCTTCAGGTGTGGACCG  626

seq1  AACTGGGCATGAAAGCTTTGGTTTCCACATGGCACTACCCACCCTCAGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGCATGAAAGCTTTGGTTTCCACATGGCACTACCCACCCTCAGGA  676

seq1  CTAGAACAGAACATCCCTGGGAAGCCATCAAGCCCAGCATGTCTGAACAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACAGAACATCCCTGGGAAGCCATCAAGCCCAGCATGTCTGAACAA  726

seq1  GGGTGGAGTCCCTCAGATTGGGGTGAGCCACTAATCAGGAAATGGTTTGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGAGTCCCTCAGATTGGGGTGAGCCACTAATCAGGAAATGGTTTGC  776

seq1  CTTAATGCCAGATCAACTTAGTAAGGCTGAAAGGCAGAACCCGAAACACG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGCCAGATCAACTTAGTAAGGCTGAAAGGCAGAACCCGAAACACG  826

seq1  CCCAGCCCAGCAGGCCATTGGCTGGACAAGAAAGTGAGTTGGGGCAGGGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCCAGCAGGCCATTGGCTGGACAAGAAAGTGAGTTGGGGCAGGGA  876

seq1  AATGATCTACACAGGCCCCTCTGCCTGTCCCAGACACAGTGCTCACTCAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCTACACAGGCCCCTCTGCCTGTCCCAGACACAGTGCTCACTCAC  926

seq1  TCACAGCCCCAGTCCTGGCTGCAAAGTGAAGAAGACTCCTGCTTTCTTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCCCCAGTCCTGGCTGCAAAGTGAAGAAGACTCCTGCTTTCTTGT  976

seq1  CTGCCTACTGGGTATGTTTACAGATGTGATTCAAATGAGTCTCATTACAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTACTGGGTATGTTTACAGATGTGATTCAAATGAGTCTCATTACAA  1026

seq1  TCCCGAGACAGGCCGGCTTCTGGTTTCCAGCTAGCTCAGACTGGTGAGGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGAGACAGGCCGGCTTCTGGTTTCCAGCTAGCTCAGACTGGTGAGGA  1076

seq1  GGCAGCTTGGATGTCTTTGGTTGAGGCTCAGCACCTGGAAAAGGCTTTGG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTTGGATGTCTTTGGTTGAGGCTCAGCACCTGGAAAAGGCTTTGG  1126

seq1  CCTTTGCCCATAAATATTTTGAAAGTGTTTTTGGAATTCC  1187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCCCATAAATATTTTGAAAGTGTTTTTGGAATTCC  1166

seq1: chr5_31815466_31816524
seq2: B6Ng01-111N18.g_71_1133

seq1  GAATTCAGTGTACTAACTGCATCTTGGCCACTTTATGAAAATGAAGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTACTAACTGCATCTTGGCCACTTTATGAAAATGAAGATGT  50

seq1  GATCTGCCTTATTGGGTTTCTATTTCCGTGTCGAGAGAAACCATGACCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGCCTTATTGGGTTTCTATTTCCGTGTCGAGAGAAACCATGACCAC  100

seq1  CTCAGCAACTCTTAAAACAGACATGGTGCTGGAGTAGCTGAGAATTCTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAACTCTTAAAACAGACATGGTGCTGGAGTAGCTGAGAATTCTAC  150

seq1  ATCTTTGTAGCAGGGAAAGAACTGAGACACTAGACCTGGCTTGAGCATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGTAGCAGGGAAAGAACTGAGACACTAGACCTGGCTTGAGCATAT  200

seq1  GAGACCTCAAAGCCTGGCCTTCTCCAACAAAACCATGACTACTCTAGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTCAAAGCCTGGCCTTCTCCAACAAAACCATGACTACTCTAGCAA  250

seq1  GGCCACACCTCCATTCCAGATGAGCCTTGGTCCAGTTTCAAACTACCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACACCTCCATTCCAGATGAGCCTTGGTCCAGTTTCAAACTACCACA  300

seq1  AGATTAAAACAGGATAGATTTAAGAGTGTTAAAGATTAATTTGAGGGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAAACAGGATAGATTTAAGAGTGTTAAAGATTAATTTGAGGGGCT  350

seq1  GGAGAGATGGCTTAGTGGTTAAGAGCACAGACTGCTCTTCCAGAGGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGATGGCTTAGTGGTTAAGAGCACAGACTGCTCTTCCAGAGGTCCT  400

seq1  GAGTTCCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGG  450

seq1  ATCTGCTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATATATAAAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATATATAAAATAAA  500

seq1  TAGGCCTTAAAAAAGATTAATATCAAAAATCCTATTTTAAAATTAAGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCTTAAAAAAGATTAATATCAAAAATCCTATTTTAAAATTAAGCTG  550

seq1  TAACTTCTTTAGGAGGTAGGACTATAGGTTAGTCTAGAGTACATGATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCTTTAGGAGGTAGGACTATAGGTTAGTCTAGAGTACATGATGTG  600

seq1  ACTGTCTTTGAAAACTGTTAAGTTGTGATGGCAAGATGGTTTGGTGGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTTTGAAAACTGTTAAGTTGTGATGGCAAGATGGTTTGGTGGGTT  650

seq1  AAAGGCTCTTGCTATGAAAACCTGACGTCATGCCTTCCACCCCTGGCGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTCTTGCTATGAAAACCTGACGTCATGCCTTCCACCCCTGGCGCC  700

seq1  CATGTAAAGGTTGAACGAGAGAACTGACTGCACACAGCAGTTGTCTCT-G  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CATGTAAAGGTTGAACGAGAGAACTGACTGCACACAGCAGTTGTCTCTGG  750

seq1  GCCTCGCTATACAGGCCACACACACCATGCACGAGCACACACACATATAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCGCTATACAGGCCACACACACCATGCACGAGCACACACACATATAA  800

seq1  CAAA-CCTCAAACACTCTGAGGAGAGCTCACCACAAACCTTGGTTTGTCA  848
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCTCAAACACTCTGAGGAGAGCTC-CCACAAACCTTGGTTTGTCA  849

seq1  T-GGAGGAAGGGAGCATGGCCATCCTTTGTCATCTCGTGT-GCCA-TCTG  895
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  TGGGAGGAAGGGAGCATGGCCATCCTTTGTCATCTCGTGTGGCCATTCTG  899

seq1  AGATAGTTGCTGT-GCTCAGCCTGTGCTG-AGATAGGTGCTG-TGCTTAG  942
      ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  AGATAGTTGCTGTGGCTCAGCCTGTGCTGAAGATAGGTGCTGTTGCTTAG  949

seq1  CCTTGGCAGCTGATTGCAGTGGGCATCAG-TTAACCAGTAACTGGCCAGA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| 
seq2  CCTTGGCAGCTGATTGCAGTGGGCATCAGTTTAACCAGT-ACTGGCCAGG  998

seq1  GAGCAGAGGACGTGATGGTGAAGGGCTGACAGATCTGTATGGCCCTTACT  1041
      |||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||| |||||||
seq2  GAGCAGAGGACGTGATGG-GGAGGGCTGACGGATTTGTATGG-CCTTACT  1046

seq1  TTCCACCCCTCCTACAAC  1059
      ||||| |||| |||||||
seq2  TTCCA-CCCTTCTACAAC  1063