BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117C01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 81,624,109 - 81,781,526
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLphn3
Upstream geneLOC100039506, LOC100039384
Downstream geneEG433912
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117C01.bB6Ng01-117C01.g
ACCDH921946DH921947
length1,132861
definitionDH921946|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117C01, 5' end.DH921947|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117C01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,624,109 - 81,625,251)(81,780,671 - 81,781,526)
sequence
gaattctttcaatctcttcagttccttctgctacctatgctacctcgagc
cacgactgaagcaggaaatatgtgatgaatggttacagtttgtcttttta
attttgctctgtcagaactgtaaaatatgagccatatttatcatctgtta
ctgattttataaattggcaattcattactttccatcaatatctatttttg
ttgtctcttatacgtgattaattataatgcttgttcaaagcatggattat
ttttatccttatctaacacaaatcaaggttttagaaccaaagtatttcca
tctctttctcatgtcctctgataaattgcagtgatttctagggtattgct
tttatgctattttgaaccatgtacaactctaatgtgatgaagatatcaac
agatgcattaattgaaccaagacatcttaaacaattagatttttgagtgc
tttctttcaatgaaatcatatactcaaaatactcacaatagctgtttttg
aatgttcattttaaaataaatttattgaatagaaattaagtttatctgta
atatcccatagtagatagatgtctgttgatatggcccttgtctctgctcc
tctgtttattttgtttatcttccctttgcttcccccttttcattcctatg
ctctcctgtctatttgtccttttagttgtgatgcttagtggctttaggaa
gctgatcttcgtcctgtgttcactacatgaaatcaagtgtttctcaagag
tgattctcacagtgatgaaaatattccccactgtaggctaaagactatct
ctgcttatggaggaaaacaaagaacagacaaatcaactaacaaaaccaga
aagaccccggggtttgcagacacatacaaggatatacatagtgactgact
ctactttactgcctcagttaactgtgaggctaatgtgaatggtttcctgt
ttacaatgtcttagttttgactaagaacatgttaacatttgtttgcccag
tcagcatttggaggctggctagtgctcgtcccactagggagaggcgatac
actcaagagttcaagtgttctttgctgtagaggacttcgtgaccaggagc
ataagccacgtgcactagcacatttgagggga
gaattctttggaatgcttttgtctgtagtcaaaccatactgttgtatttg
ataaatagcagagctctgaaatacatattggttaatatttccctttaaga
ggcaaaatggaagttactatatttccttacaatgcaacttattcccttta
ttttactgtaagattgcacatgcatttctttcattgtaagattatatagt
atggataatagttggtttttatcaactggaatataatgaatttggttcta
agaggctccactacactttcttaatttagatataaagtgataaatgaggc
ttcctatataataaaaatatgtatagttgagaaatagatattctcactag
ggagtggtaatatatgcctttaatcccagcactcaggaggcagaactggc
agatctcagtgggtcaagaacaggctggtctacaaagctagaactttcag
gaagccaggactccacaaagcaacttttctcagagcatcaaggataaata
agtaaataaataaataaattgattgagtagcaaggagactgacttgcagg
taaactaacttggtgactgggttacttgtgattgagacaggcatcatatt
tagagcacggggtcccacataccctattcacagcaacatagaaatttctg
tccattctgtttttaggtaaaaggtgagtagggggagaagaaataaaaac
taagattacaaaatactattccacaatgaaaattgttacattatggagta
tgacccagttagacttattaaactaagtcactgtttaaaaatacagacag
agttcatttcccaaggtgtcatttacaaagaaagggggggtggtgccttt
aagaggggctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_81624109_81625251
seq2: B6Ng01-117C01.b_41_1172

seq1  GAATTCTTTCAATCTCTTCAGTTCCTTCTGCTACCTATGCTACCTCGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAATCTCTTCAGTTCCTTCTGCTACCTATGCTACCTCGAGC  50

seq1  CACGACTGAAGCAGGAAATATGTGATGAATGGTTACAGTTTGTCTTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGACTGAAGCAGGAAATATGTGATGAATGGTTACAGTTTGTCTTTTTA  100

seq1  ATTTTGCTCTGTCAGAACTGTAAAATATGAGCCATATTTATCATCTGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCTCTGTCAGAACTGTAAAATATGAGCCATATTTATCATCTGTTA  150

seq1  CTGATTTTATAAATTGGCAATTCATTACTTTCCATCAATATCTATTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTTATAAATTGGCAATTCATTACTTTCCATCAATATCTATTTTTG  200

seq1  TTGTCTCTTATACGTGATTAATTATAATGCTTGTTCAAAGCATGGATTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTTATACGTGATTAATTATAATGCTTGTTCAAAGCATGGATTAT  250

seq1  TTTTATCCTTATCTAACACAAATCAAGGTTTTAGAACCAAAGTATTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCCTTATCTAACACAAATCAAGGTTTTAGAACCAAAGTATTTCCA  300

seq1  TCTCTTTCTCATGTCCTCTGATAAATTGCAGTGATTTCTAGGGTATTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCTCATGTCCTCTGATAAATTGCAGTGATTTCTAGGGTATTGCT  350

seq1  TTTATGCTATTTTGAACCATGTACAACTCTAATGTGATGAAGATATCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCTATTTTGAACCATGTACAACTCTAATGTGATGAAGATATCAAC  400

seq1  AGATGCATTAATTGAACCAAGACATCTTAAACAATTAGATTTTTGAGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCATTAATTGAACCAAGACATCTTAAACAATTAGATTTTTGAGTGC  450

seq1  TTTCTTTCAATGAAATCATATACTCAAAATACTCACAATAGCTGTTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCAATGAAATCATATACTCAAAATACTCACAATAGCTGTTTTTG  500

seq1  AATGTTCATTTTAAAATAAATTTATTGAATAGAAATTAAGTTTATCTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCATTTTAAAATAAATTTATTGAATAGAAATTAAGTTTATCTGTA  550

seq1  ATATCCCATAGTAGATAGATGTCTGTTGATATGGCCCTTGTCTCTGCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCCATAGTAGATAGATGTCTGTTGATATGGCCCTTGTCTCTGCTCC  600

seq1  TCTGTTTATTTTGTTTATCTTCCCTTTGCTTCCCCCTTTTCATTCCTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTATTTTGTTTATCTTCCCTTTGCTTCCCCCTTTTCATTCCTATG  650

seq1  CTCTCCTGTCTATTTGTCCTTTTAGTTGTGATGCTTAGTGGCTTTAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTGTCTATTTGTCCTTTTAGTTGTGATGCTTAGTGGCTTTAGGAA  700

seq1  GCTGATCTTCGTCCTGTGTTCACTACATGAAATCAAGTGTTTCTCAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATCTTCGTCCTGTGTTCACTACATGAAATCAAGTGTTTCTCAAGAG  750

seq1  TGATTCTCACAGTGATGAAAATATTCCCCACTGTAGGCTAAAGACTATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTCACAGTGATGAAAATATTCCCCACTGTAGGCTAAAGACTATCT  800

seq1  CTGCTTATGGAGGAAAACAAAGAACAGACAAATCAACTAACAAAACCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTATGGAGGAAAACAAAGAACAGACAAATCAACTAACAAAACCAGA  850

seq1  AAGACCCCGGGGTTTGCAGACACATACAAGGATATACATAGTGACTGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCCGGGGTTTGCAGACACATACAAGGATATACATAGTGACTGACT  900

seq1  CTACTTTACTGCCTCAGTTAACTGTGAGGCTAATGTGAATGGTTTCCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTACTGCCTCAGTTAACTGTGAGGCTAATGTGAATGGTTTCCTGT  950

seq1  TTACAATGTCTTAGTTTTGACTTAAGAACATGTTAACATTTTGTTTGCCC  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTACAATGTCTTAGTTTTGAC-TAAGAACATGTTAACA-TTTGTTTGCCC  998

seq1  AGTCAGCATTTTGGAGGCTGGCTTAGTTGCTCGTCCCACTAGGGAGAGGC  1050
      |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCA-TTTGGAGGCTGGC-TAG-TGCTCGTCCCACTAGGGAGAGGC  1045

seq1  GATACACTCAAAGAGTATCAAGTGTTCTTTGCTGTAGAGGACTTCGTTGA  1100
      ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GATACACTC-AAGAGT-TCAAGTGTTCTTTGCTGTAGAGGACTTCG-TGA  1092

seq1  CACAGGAGCATAAGCAACGTTGCACTAGCAACATTTGAGGGGA  1143
      | ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  C-CAGGAGCATAAGCCACG-TGCACTAGC-ACATTTGAGGGGA  1132

seq1: chr5_81780671_81781526
seq2: B6Ng01-117C01.g_68_928 (reverse)

seq1  AGGCCCCTCTTAAA-GCAC--CCCCCCCCTTCTTTGTAAATGACACCTTG  47
      | |||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCTCTTAAAGGCACCACCCCCCCTTTCTTTGTAAATGACACCTTG  50

seq1  GGAAATGAACTCTGTCTGTATTTTTAAACAGTGACTTAGTTTAATAAGTC  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAACTCTGTCTGTATTTTTAAACAGTGACTTAGTTTAATAAGTC  100

seq1  TAACTGGGTCATACTCCATAATGTAACAA-TTTCATTGTGGAATAGTATT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGGGTCATACTCCATAATGTAACAATTTTCATTGTGGAATAGTATT  150

seq1  TTGTAATCTTAG-TTTTATTTCTTCTCCCCCTACTCACCTTTTACCTAAA  195
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATCTTAGTTTTTATTTCTTCTCCCCCTACTCACCTTTTACCTAAA  200

seq1  AACAGAATGGACAGAAATTTCTATGTTGCTGTGAATAGGGTATGTGGGAC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATGGACAGAAATTTCTATGTTGCTGTGAATAGGGTATGTGGGAC  250

seq1  CCCGTGCTCTAAATATGATGCCTGTCTCAATCACAAGTAACCCAGTCACC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGCTCTAAATATGATGCCTGTCTCAATCACAAGTAACCCAGTCACC  300

seq1  AAGTTAGTTTACCTGCAAGTCAGTCTCCTTGCTACTCAATCAATTTATTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGTTTACCTGCAAGTCAGTCTCCTTGCTACTCAATCAATTTATTT  350

seq1  ATTTATTTACTTATTTATCCTTGATGCTCTGAGAAAAGTTGCTTTGTGGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTACTTATTTATCCTTGATGCTCTGAGAAAAGTTGCTTTGTGGA  400

seq1  GTCCTGGCTTCCTGAAAGTTCTAGCTTTGTAGACCAGCCTGTTCTTGACC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGGCTTCCTGAAAGTTCTAGCTTTGTAGACCAGCCTGTTCTTGACC  450

seq1  CACTGAGATCTGCCAGTTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCATAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGATCTGCCAGTTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCATAT  500

seq1  ATTACCACTCCCTAGTGAGAATATCTATTTCTCAACTATACATATTTTTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCACTCCCTAGTGAGAATATCTATTTCTCAACTATACATATTTTTA  550

seq1  TTATATAGGAAGCCTCATTTATCACTTTATATCTAAATTAAGAAAGTGTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAGGAAGCCTCATTTATCACTTTATATCTAAATTAAGAAAGTGTA  600

seq1  GTGGAGCCTCTTAGAACCAAATTCATTATATTCCAGTTGATAAAAACCAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCCTCTTAGAACCAAATTCATTATATTCCAGTTGATAAAAACCAA  650

seq1  CTATTATCCATACTATATAATCTTACAATGAAAGAAATGCATGTGCAATC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATCCATACTATATAATCTTACAATGAAAGAAATGCATGTGCAATC  700

seq1  TTACAGTAAAATAAAGGGAATAAGTTGCATTGTAAGGAAATATAGTAACT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTAAAATAAAGGGAATAAGTTGCATTGTAAGGAAATATAGTAACT  750

seq1  TCCATTTTGCCTCTTAAAGGGAAATATTAACCAATATGTATTTCAGAGCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTTGCCTCTTAAAGGGAAATATTAACCAATATGTATTTCAGAGCT  800

seq1  CTGCTATTTATCAAATACAACAGTATGGTTTGACTACAGACAAAAGCATT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATTTATCAAATACAACAGTATGGTTTGACTACAGACAAAAGCATT  850

seq1  CCAAAGAATTC  856
      |||||||||||
seq2  CCAAAGAATTC  861