BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121I08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 81,968,664 - 82,110,673
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLphn3
Upstream geneLOC100039506, LOC100039384
Downstream geneEG433912
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121I08.bB6Ng01-121I08.g
ACCDH925182DH925183
length1,1021,046
definitionDH925182|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121I08, 5' end.DH925183|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121I08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,968,664 - 81,969,782)(82,109,611 - 82,110,673)
sequence
gaattctacaactttcctggaaaggaatgatacttaattagacttaattt
ttttcttaattttataggtttttttatgaattgccataatcagaaagact
tataatacatgtctatagaatcttcacatttttaaggcacaattataggc
cataagccataatgctatggaccttgatacaatgcttagacattgctaat
gtgaccaaatattcaagcaagacatccatgacagaccaaactaaaaatct
cacacaagtctagtttggcaagccaatggttttatcagaatgacctaagg
gaacccaactaaaagatccccaaacatctgcatcactgcagagttgagca
tcatcgtggatgatgaccttgcgatcctgaatcatggtgttctgcaccca
gcttatcttttgccttctagatgcatcagtatcctctctatatactgaag
ctatatccagttttggcaatgggattgtgccgtaggtgaaatcctataga
ggatctgataatttccattcttctaggaagtgttcacagcctcatggcta
tccccatagatctatactttattattctacttatttcatggtcataacta
gcgagttacaatttgcctctatgccacaatattgattatatgatcatgtt
atacctggggaaagaaaactctgatgtagtaggaaagttctgaaagtgat
ccatgtgtgtgtatagtcttgtcagtatagtaagacaaaggcacttgtat
tagtcagttattcattgtgacagatgcttgagagacactgtttcaaggga
taatgatttagttttgtatttcagagcttcatacccatgttcagggagtc
cattgtttgaggtctgaggagccacctaacagtaggaaaatataaagatg
aggctgttcacctatgttctcctggaggagtaggaaagaagggccagaca
aagttttgcccacagacagtgacttgctttcccatcttgatgccatgtct
tcactgtacagagcctgacaaacagaaccattatgatgacagcctagcat
gtgagttatgagtaatttcatatgcgaccatagcagttctagaaatgatt
tt
gaattctgggatggagccaggcacagagattcacccagaaagatgtgagg
agatggactcattggtacctgagcacaggtaaccagccacatggcagaat
gtaggtcaaaataaatgggttattttagttatggtctagtcagagaagag
cctagctatatgacctggtatgtgtaaatatattttcagactgagcctta
tttctggaagcatagggcttggaggaagagccagtcataacttgtacaat
gggtactatcgtgtttattattataagataaagaacctgtttatttagac
aaaagtggaggggtgattgttgaggtttggtctgttgttatgtattttaa
ggctaaattctgcacctggacgcctagttatgtaccagtgagttatcatg
tttaccagcttttgttgtgcaaacactgttccgtaattcaaacttattgg
ttaaataaaaacagtacagccaattacaggttttgagttaccaggttggg
ggttgtagagagaagaaagaagaaggataagagagaggggagcaagccac
catgagaagagatgaaccctgagcagctggacaggagaaagagcacatat
ttgggtgcaccaatggggagtagctaggccatcagtagaaatacagatta
ggggttaccccccaactcattgtcaaagccaaataaaacacccatagtct
gagtctcattcgtttgtaaaatagatacagataagcttaaactggttcag
ttacataatgtaaaatttatcagttgaatataaaataaggcagacgttta
gaatcattactggaacaggtgatgttatgctccaatctggattagatata
gattcaaatcaacatgtaaaggtcacattcaggttttatacaatttgatc
agtgataacactgtgacatgccctgagtgaagctgtgaagtcaggttagg
actgagagaaaacagaacctttgtgctttggttctcagatcaagcagcta
tgattagagctagacttcgcagcaatacgcagtagtcattgattct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_81968664_81969782
seq2: B6Ng01-121I08.b_42_1143

seq1  GAATTCTACAACTTTCCTGGAAAGGAATGATACTTAATTAGACTTAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACAACTTTCCTGGAAAGGAATGATACTTAATTAGACTTAATTT  50

seq1  TTTTCTTAATTTTATAGGTTTTTTTATGAATTGCCATAATCAGAAAGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTAATTTTATAGGTTTTTTTATGAATTGCCATAATCAGAAAGACT  100

seq1  TATAATACATGTCTATAGAATCTTCACATTTTTAAGGCACAATTATAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATACATGTCTATAGAATCTTCACATTTTTAAGGCACAATTATAGGC  150

seq1  CATAAGCCATAATGCTATGGACCTTGATACAATGCTTAGACATTGCTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGCCATAATGCTATGGACCTTGATACAATGCTTAGACATTGCTAAT  200

seq1  GTGACCAAATATTCAAGCAAGACATCCATGACAGACCAAACTAAAAATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCAAATATTCAAGCAAGACATCCATGACAGACCAAACTAAAAATCT  250

seq1  CACACAAGTCTAGTTTGGCAAGCCAATGGTTTTATCAGAATGACCTAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAGTCTAGTTTGGCAAGCCAATGGTTTTATCAGAATGACCTAAGG  300

seq1  GAACCCAACTAAAAGATCCCCAAACATCTGCATCACTGCAGAGTTGAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCAACTAAAAGATCCCCAAACATCTGCATCACTGCAGAGTTGAGCA  350

seq1  TCATCGTGGATGATGACCTTGCGATCCTGAATCATGGTGTTCTGCACCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCGTGGATGATGACCTTGCGATCCTGAATCATGGTGTTCTGCACCCA  400

seq1  GCTTATCTTTTGCCTTCTAGATGCATCAGTATCCTCTCTATATACTGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATCTTTTGCCTTCTAGATGCATCAGTATCCTCTCTATATACTGAAG  450

seq1  CTATATCCAGTTTTGGCAATGGGATTGTGCCGTAGGTGAAATCCTATAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATCCAGTTTTGGCAATGGGATTGTGCCGTAGGTGAAATCCTATAGA  500

seq1  GGATCTGATAATTTCCATTCTTCTAGGAAGTGTTCACAGCCTCATGGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGATAATTTCCATTCTTCTAGGAAGTGTTCACAGCCTCATGGCTA  550

seq1  TCCCCATAGATCTATACTTTATTATTCTACTTATTTCATGGTCATAACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATAGATCTATACTTTATTATTCTACTTATTTCATGGTCATAACTA  600

seq1  GCGAGTTACAATTTGCCTCTATGCCACAATATTGATTATATGATCATGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGTTACAATTTGCCTCTATGCCACAATATTGATTATATGATCATGTT  650

seq1  ATACCTGGGGAAAGAAAACTCTGATGTAGTAGGAAAGTTCTGAAAGTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGGGGAAAGAAAACTCTGATGTAGTAGGAAAGTTCTGAAAGTGAT  700

seq1  CCATGTGTGTGTATAGTCTTGTCAGTATAGTAAGACAAAGGCACTTGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGTGTGTATAGTCTTGTCAGTATAGTAAGACAAAGGCACTTGTAT  750

seq1  TAGTCAGTTATTCATTGTGACAGATGCTTGAGAGACACTGTTTCAAGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGTTATTCATTGTGACAGATGCTTGAGAGACACTGTTTCAAGGGA  800

seq1  TAATGATTTAGTTTTGTATTTCAGAGCTTCATACCCATGTTCAGGGAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATTTAGTTTTGTATTTCAGAGCTTCATACCCATGTTCAGGGAGTC  850

seq1  CATTGTTTGAGGTCTGAGGAGCCACCTAACAGTAGGAAAAATATAAAGAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATTGTTTGAGGTCTGAGGAGCCACCTAACAGTAGG-AAAATATAAAGAT  899

seq1  GAGGCTGTTCACCTATGTTCTCCTGGAGGAGTAGGAAAGAAGGGGCCAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||
seq2  GAGGCTGTTCACCTATGTTCTCCTGGAGGAGTAGGAAAGAAGGG--CCAG  947

seq1  ACAAAGTTTTTGCCCACAAGGACAGTGACTTGCTTTCCCCATCTTGATGC  1000
      |||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACAAAG-TTTTGCCCACA--GACAGTGACTTGCTTT-CCCATCTTGATGC  993

seq1  CATGTCCTTCACTGTACAGAGCCTGACAAAACAGAACCA-TATGATGGAA  1049
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |
seq2  CATGT-CTTCACTGTACAGAGCCTGAC-AAACAGAACCATTATGATG--A  1039

seq1  CAAGCCTTAAGCATGTGAGTTTATGGAGTAAATTTCATATGCGAACCATA  1099
      | |||||  |||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||
seq2  C-AGCCT--AGCATGTGAG-TTAT-GAGT-AATTTCATATGCG-ACCATA  1082

seq1  GCAGTTCTAGAAATGATTTT  1119
      ||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTCTAGAAATGATTTT  1102

seq1: chr5_82109611_82110673
seq2: B6Ng01-121I08.g_67_1112 (reverse)

seq1  AGAATCAATGACTTACTGCGCTATTTGCTGCTGATGTCTAGCTCTATTCT  50
      |||||||||||| ||||||| || ||||||| || ||||||||||| || 
seq2  AGAATCAATGAC-TACTGCG-TA-TTGCTGC-GAAGTCTAGCTCTAATCA  46

seq1  GTGCTGGCCTTTGATCTTGGAGCAACCAAAGCACAAAGGTTCCTGTTTTC  100
        ||||    |||||||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGCTG---CTTGATCT--GAG-AACCAAAGCACAAAGGTT-CTGTTTTC  89

seq1  CTTCTCAGTCCTAACCTGACTTCACAGCCTTCACTCAGGGCATGTCACAG  150
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  --TCTCAGTCCTAACCTGACTTCACAG-CTTCACTCAGGGCATGTCACAG  136

seq1  TTGTTATCACCTGATCAAATTGTATAAAACCTGAATGTGACCTTTACATG  200
       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TGTTATCA-CTGATCAAATTGTATAAAACCTGAATGTGACCTTTACATG  184

seq1  TTGATTTGAATCTATATCTAAATCCAGATTGGAGCATAACATCACCTGTT  250
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTGAATCTATATCT-AATCCAGATTGGAGCATAACATCACCTGTT  233

seq1  CCAGTAATGATTCTAAACGTCTGCCTTATTTTATATTCAACTGATAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAATGATTCTAAACGTCTGCCTTATTTTATATTCAACTGATAAATT  283

seq1  TTACATTATGTAACTGAACCAGTTTAAGCTTATCTGTATCTATTTTACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTATGTAACTGAACCAGTTTAAGCTTATCTGTATCTATTTTACAA  333

seq1  ACGAATGAGACTCAGACTATGGGTGTTTTATTTGGCTTTGACAATGAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAATGAGACTCAGACTATGGGTGTTTTATTTGGCTTTGACAATGAGTT  383

seq1  GGGGGGTAACCCCTAATCTGTATTTCTACTGATGGCCTAGCTACTCCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGTAACCCCTAATCTGTATTTCTACTGATGGCCTAGCTACTCCCCA  433

seq1  TTGGTGCACCCAAATATGTGCTCTTTCTCCTGTCCAGCTGCTCAGGGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCACCCAAATATGTGCTCTTTCTCCTGTCCAGCTGCTCAGGGTTC  483

seq1  ATCTCTTCTCATGGTGGCTTGCTCCCCTCTCTCTTATCCTTCTTCTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTCTCATGGTGGCTTGCTCCCCTCTCTCTTATCCTTCTTCTTTCT  533

seq1  TCTCTCTACAACCCCCAACCTGGTAACTCAAAACCTGTAATTGGCTGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTACAACCCCCAACCTGGTAACTCAAAACCTGTAATTGGCTGTAC  583

seq1  TGTTTTTATTTAACCAATAAGTTTGAATTACGGAACAGTGTTTGCACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTATTTAACCAATAAGTTTGAATTACGGAACAGTGTTTGCACAAC  633

seq1  AAAAGCTGGTAAACATGATAACTCACTGGTACATAACTAGGCGTCCAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTGGTAAACATGATAACTCACTGGTACATAACTAGGCGTCCAGGT  683

seq1  GCAGAATTTAGCCTTAAAATACATAACAACAGACCAAACCTCAACAATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATTTAGCCTTAAAATACATAACAACAGACCAAACCTCAACAATCA  733

seq1  CCCCTCCACTTTTGTCTAAATAAACAGGTTCTTTATCTTATAATAATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCACTTTTGTCTAAATAAACAGGTTCTTTATCTTATAATAATAAA  783

seq1  CACGATAGTACCCATTGTACAAGTTATGACTGGCTCTTCCTCCAAGCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGATAGTACCCATTGTACAAGTTATGACTGGCTCTTCCTCCAAGCCCT  833

seq1  ATGCTTCCAGAAATAAGGCTCAGTCTGAAAATATATTTACACATACCAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCCAGAAATAAGGCTCAGTCTGAAAATATATTTACACATACCAGG  883

seq1  TCATATAGCTAGGCTCTTCTCTGACTAGACCATAACTAAAATAACCCATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAGCTAGGCTCTTCTCTGACTAGACCATAACTAAAATAACCCATT  933

seq1  TATTTTGACCTACATTCTGCCATGTGGCTGGTTACCTGTGCTCAGGTACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGACCTACATTCTGCCATGTGGCTGGTTACCTGTGCTCAGGTACC  983

seq1  AATGAGTCCATCTCCTCACATCTTTCTGGGTGAATCTCTGTGCCTGGCTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTCCATCTCCTCACATCTTTCTGGGTGAATCTCTGTGCCTGGCTC  1033

seq1  CATCCCAGAATTC  1063
      |||||||||||||
seq2  CATCCCAGAATTC  1046