BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123G18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 17,035,368 - 17,150,519
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema3c
Upstream geneHgf, EG668131, LOC626390, LOC668142, LOC100041749, LOC100041832, Speer4f, EG630927
Downstream geneCd36, Gnat3, Gnai1, LOC100041818, LOC668167
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123G18.bB6Ng01-123G18.g
ACCDH926590DH926591
length1,1211,054
definitionDH926590|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123G18, 5' end.DH926591|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123G18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,035,368 - 17,036,493)(17,149,451 - 17,150,519)
sequence
gaattcagatgtttaacatgtttacgaaggaagcaaagaggagaataact
ggagataaatcaagtatggggtctttatttagagagtccttgatagaagc
agagaatatatttattctaaaccagactgggcaaaacactgaaggaccta
agacaggaagtgggtttgctgtggtgcctgggggacaagagaggggtgac
acaatcatctctctccatttctgcctaatgtgattaaaccacatgatctt
tggcattctcagagactttgctgaagaggaaaccaattggatgcagtgag
gatgctgtgttaccatgctacctgctctgggagcttgtatgaaaatccat
gaacttcagatgtgtcagcagctggcagttgataataacttaaatttcta
tataacctaggcaacaagtaaattatggacacaagggcaaagttgcttag
gaatccatggagggagcaaaataccgtacacaaatagcttttgtcctcat
ctttattttttccttctggaatttcagctgtcatctttatcgggcatatc
atacagactcccaatagaagaacaaacaaggtacttttaaattataattt
aaagtactttgtataaagcaaaactataggcactttgcaaatctttactg
taaatgtttactaacatacctttactgtaaatgcttaacatgtaaatgct
aggtatcctattttcttagctgtcagttggcatcttagtttcctacatat
accacttagtctagttacagccccctttcagtttcctcatgccctgaagc
tggcaagaagccttctgacttggcattatcagtaccagtacttctctggg
gcatctttcaccagactgcactcctaactctcttcatccgactccttggc
tcttttaggctctttggctgccttggctccatttactacagatcccctgt
cagtgctgtttgctgtgtgtgggcactcccctttctcttcctggccctgc
tggagtctgagctgaagttgttggagtgcagacactgccctcagagtctg
tctaggtcagagcctcgccacagctcctactgtgcctctttatgtcctgt
catgttcattgtggaatacag
cggaattatagacatgaaaggaagaggtctcacatgttgggtgaggtctt
acagttgacttttatgaacatcttcagtacttcagtacttcattcagtac
ttctagccatgggtctctctacacaaaaaacccacatttatacataatga
atttgtatctactttataaattattatttgaagcatatccatttggatta
gtacaaaacaaacaaacaaacaaaacccgcaaacaaaaaaagagagaaaa
tcttggtaccctcaaagaaggtcacctgggggtagatacacacacatgtg
tgcacacacacacactgaacaagatgaccctgtagtactagagaaaaatg
actaagacttcctaattagacagaaggaaatacttgactgtgtttgattc
aacaaatactagctgagccattctctatgataaagctcagtgtattaaat
gcataaaatgaagtaaaggagaaaaaaatggttaaagccaaggatagctg
cctttcatcagggctcaagaagtgtctagcaaacagtgacctgaagacaa
agtcaatgaagtgaaaggcattacccacagaacacacagagcttgcatag
aaaactagaccagctgaggaagggtcaaagtgtggtttggcataattggg
attaatagaggcaatttggattggatgctctgagaggaagcatctcccca
tcactgtgcaaagggaatgctacaagttccttgactctcacaaacagcct
ttaaagatgcaaatcttaaataatggccaaacttgagttgctaggttgtt
cccacatcactagaaatagcatcaaatagcttgagaaggtgcaagataat
catggatgaagtttggaatggcagtctagctagtgaccacatgtatgaga
tttttttcaatgaaatatagagcgtaaagagaggactgtggtgtatgcca
gaatattgcatgttccagaagataaaataaacataggaggatctgggaat
atgacctataataattctaagatttattccacctggaatgggcagtctga
tagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_17035368_17036493
seq2: B6Ng01-123G18.b_44_1164

seq1  GAATTCAGATGTTTAACATGTTTACGAAGGAAGCAAAGAGGAGAATAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGTTTAACATGTTTACGAAGGAAGCAAAGAGGAGAATAACT  50

seq1  GGAGATAAATCAAGTATGGGGTCTTTATTTAGAGAGTCCTTGATAGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATAAATCAAGTATGGGGTCTTTATTTAGAGAGTCCTTGATAGAAGC  100

seq1  AGAGAATATATTTATTCTAAACCAGACTGGGCAAAACACTGAAGGACCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATATATTTATTCTAAACCAGACTGGGCAAAACACTGAAGGACCTA  150

seq1  AGACAGGAAGTGGGTTTGCTGTGGTGCCTGGGGGACAAGAGAGGGGTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGAAGTGGGTTTGCTGTGGTGCCTGGGGGACAAGAGAGGGGTGAC  200

seq1  ACAATCATCTCTCTCCATTTCTGCCTAATGTGATTAAACCACATGATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCATCTCTCTCCATTTCTGCCTAATGTGATTAAACCACATGATCTT  250

seq1  TGGCATTCTCAGAGACTTTGCTGAAGAGGAAACCAATTGGATGCAGTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTCTCAGAGACTTTGCTGAAGAGGAAACCAATTGGATGCAGTGAG  300

seq1  GATGCTGTGTTACCATGCTACCTGCTCTGGGAGCTTGTATGAAAATCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGTGTTACCATGCTACCTGCTCTGGGAGCTTGTATGAAAATCCAT  350

seq1  GAACTTCAGATGTGTCAGCAGCTGGCAGTTGATAATAACTTAAATTTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCAGATGTGTCAGCAGCTGGCAGTTGATAATAACTTAAATTTCTA  400

seq1  TATAACCTAGGCAACAAGTAAATTATGGACACAAGGGCAAAGTTGCTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACCTAGGCAACAAGTAAATTATGGACACAAGGGCAAAGTTGCTTAG  450

seq1  GAATCCATGGAGGGAGCAAAATACCGTACACAAATAGCTTTTGTCCTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCATGGAGGGAGCAAAATACCGTACACAAATAGCTTTTGTCCTCAT  500

seq1  CTTTATTTTTTCCTTCTGGAATTTCAGCTGTCATCTTTATCGGGCATATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTTTTTCCTTCTGGAATTTCAGCTGTCATCTTTATCGGGCATATC  550

seq1  ATACAGACTCCCAATAGAAGAACAAACAAGGTACTTTTAAATTATAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGACTCCCAATAGAAGAACAAACAAGGTACTTTTAAATTATAATTT  600

seq1  AAAGTACTTTGTATAAAGCAAAACTATAGGCACTTTGCAAATCTTTACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACTTTGTATAAAGCAAAACTATAGGCACTTTGCAAATCTTTACTG  650

seq1  TAAATGTTTACTAACATACCTTTACTGTAAATGCTTAACATGTAAATGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTTACTAACATACCTTTACTGTAAATGCTTAACATGTAAATGCT  700

seq1  AGGTATCCTATTTTCTTAGCTGTCAGTTGGCATCTTAGTTTCCTACATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATCCTATTTTCTTAGCTGTCAGTTGGCATCTTAGTTTCCTACATAT  750

seq1  ACCACTTAGTCTAGTTACAGCCCCCTTTCAGTTTCCTCATGCCCTGAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTTAGTCTAGTTACAGCCCCCTTTCAGTTTCCTCATGCCCTGAAGC  800

seq1  TGGCAAGAAGCCTTCTGACTTGGCATTATCAGTACCAGTACTTCTCTGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGAAGCCTTCTGACTTGGCATTATCAGTACCAGTACTTCTCTGGG  850

seq1  GCATCTTTCACCAGACTGCACTCCTAACTCTCTTCATCCGACTCCTTGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTTTCACCAGACTGCACTCCTAACTCTCTTCATCCGACTCCTTGGC  900

seq1  TCTTTTAGGCTCTTTGGCTGCCTTGGCTCCATTTACTACAAGATCCCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTTTTAGGCTCTTTGGCTGCCTTGGCTCCATTTACTAC-AGATCCCCTG  949

seq1  TCAGTGCTGTTTGCTGTGTGTGGGCACTCCCCTTTCTCTTCCTGGCCCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCTGTTTGCTGTGTGTGGGCACTCCCCTTTCTCTTCCTGGCCCTG  999

seq1  CTGGAGGTCTGGAGCTGAAG-TGTTGGAGTGCAGGACACTGCCCTCAGGG  1049
      ||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |
seq2  CTGGA-GTCT-GAGCTGAAGTTGTTGGAGTGCA-GACACTGCCCTCA--G  1044

seq1  AGTCTGTCTAGGTCAGAGGCCTCG-CACAGCTCTTACTGTGCCTCTTTAT  1098
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTCTAGGTCAGA-GCCTCGCCACAGCTCCTACTGTGCCTCTTTAT  1093

seq1  GTCCTGTCATGTTCATTGTGGATTACAG  1126
      |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTCCTGTCATGTTCATTGTGGAATACAG  1121

seq1: chr5_17149451_17150519
seq2: B6Ng01-123G18.g_68_1119 (reverse)

seq1  CCTATCAGTACTGCCCATTTCCAGGT-GAATAAATCTTTAAGAAAATTAT  49
      |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||    | ||||| 
seq2  CCTATCAG-ACTGCCCA-TTCCAGGTGGAATAAATCTT----AGAATTA-  43

seq1  TTATAGGTCAATATTTCCCAGATCCTTCCTATGTGTATTTTATC-TCTGG  98
      ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||
seq2  TTATAGGTC-ATA-TTCCCAGATCC-TCCTATGTTTATTTTATCTTCTGG  90

seq1  AAACATGCAATAATTCTGGCATACA-CACAGTCTCTTCTTTACGCTCTTA  147
       |||||||||| ||||||||||||| |||||||   ||||||||||||  
seq2  -AACATGCAAT-ATTCTGGCATACACCACAGTCCTCTCTTTACGCTCT--  136

seq1  ATATTTCATTGAAAAAAAATCTCATACAATGTGGTCACTAGCTAAGACTG  197
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  ATATTTCATTG-AAAAAAATCTCATAC-ATGTGGTCACTAGCT-AGACTG  183

seq1  CCATTCCAAAACTTCATCCATGATTATCTTGCACCTTCTCAAGCTATTTG  247
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCC-AAACTTCATCCATGATTATCTTGCACCTTCTCAAGCTATTTG  232

seq1  ATGCTATTTCTAGTGATGTGGGAACAACCTAGCAACTCAAGTTTGGCCAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATTTCTAGTGATGTGGGAACAACCTAGCAACTCAAGTTTGGCCAT  282

seq1  TATTTAAGATTTGCATCTTTAAAGGCTGTTTGTGAGAGTCAAGGAACTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAGATTTGCATCTTTAAAGGCTGTTTGTGAGAGTCAAGGAACTTG  332

seq1  TAGCATTCCCTTTGCACAGTGATGGGGAGATGCTTCCTCTCAGAGCATCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTCCCTTTGCACAGTGATGGGGAGATGCTTCCTCTCAGAGCATCC  382

seq1  AATCCAAATTGCCTCTATTAATCCCAATTATGCCAAACCACACTTTGACC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAATTGCCTCTATTAATCCCAATTATGCCAAACCACACTTTGACC  432

seq1  CTTCCTCAGCTGGTCTAGTTTTCTATGCAAGCTCTGTGTGTTCTGTGGGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCAGCTGGTCTAGTTTTCTATGCAAGCTCTGTGTGTTCTGTGGGT  482

seq1  AATGCCTTTCACTTCATTGACTTTGTCTTCAGGTCACTGTTTGCTAGACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTTTCACTTCATTGACTTTGTCTTCAGGTCACTGTTTGCTAGACA  532

seq1  CTTCTTGAGCCCTGATGAAAGGCAGCTATCCTTGGCTTTAACCATTTTTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGAGCCCTGATGAAAGGCAGCTATCCTTGGCTTTAACCATTTTTT  582

seq1  TCTCCTTTACTTCATTTTATGCATTTAATACACTGAGCTTTATCATAGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTACTTCATTTTATGCATTTAATACACTGAGCTTTATCATAGAG  632

seq1  AATGGCTCAGCTAGTATTTGTTGAATAAAAAACAGTCAAGTATTTCCTTC  697
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTCAGCTAGTATTTGTTGAATCAAACACAGTCAAGTATTTCCTTC  682

seq1  TGTCTAATTAGGAAGTCTTAGTCATTTTTCTCTAGTACTACAGGGTCATC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAATTAGGAAGTCTTAGTCATTTTTCTCTAGTACTACAGGGTCATC  732

seq1  TTGTTCAGTGTGTGTGTGTGCACACATGTGTGTGTATCTACCCCCAGGTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAGTGTGTGTGTGTGCACACATGTGTGTGTATCTACCCCCAGGTG  782

seq1  ACCTTCTTTGAGGGTACCAAGATTTTCTCTCTTTTTTTGTTTGCGGGTTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTTTGAGGGTACCAAGATTTTCTCTCTTTTTTTGTTTGCGGGTTT  832

seq1  TGTTTGTTTGTTTGTTTTGTACTAATCCAAATGGATATGCTTCAAATAAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGTTTGTTTTGTACTAATCCAAATGGATATGCTTCAAATAAT  882

seq1  AATTTATAAAGTAGATACAAATTCATTATGTATAAATGTGGGTTTTTTGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATAAAGTAGATACAAATTCATTATGTATAAATGTGGGTTTTTTGT  932

seq1  GTAGAGAGACCCATGGCTAGAAGTACTGAATGAAGTACTGAAGTACTGAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAGACCCATGGCTAGAAGTACTGAATGAAGTACTGAAGTACTGAA  982

seq1  GATGTTCATAAAAGTCAACTGTGAAGACCTCACCCAACATGTGAGACCTC  1047
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCATAAAAGTCAACTGT-AAGACCTCACCCAACATGTGAGACCTC  1031

seq1  TTCCTTTCATGTCTATGAATTC  1069
      |||||||||||||||| |||||
seq2  TTCCTTTCATGTCTAT-AATTC  1052