BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129B16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 143,717,656 - 143,906,601
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFscn1, 2810055G22Rik, LOC667809, Olfr718-ps1
Upstream geneLOC666727, Foxk1, C330006K01Rik, D930005D10Rik, Papolb, Mmd2, Wipi2, Slc29a4, Tnrc18, LOC100038954, LOC100041004, LOC100038972, LOC100038984, LOC100042525, LOC100038888, Zfp469, LOC666788, Fbxl18, D430018E03Rik, LOC100042558, Actb
Downstream geneLOC640324, LOC100042605, Rbak, 4933411G11Rik, Spdyb, Zfp12, Zfp316, Gm792, E130309D02Rik, Zdhhc4, Grid2ip, Kdelr2, LOC231869, LOC670671, Daglb, Rac1, 2810453I06Rik, Pscd3, Usp42, Eif2ak1, 4921520G13Rik, Jtv1, Pms2, 4930526H21Rik, AU022870, Ocm, Lmtk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129B16.bB6Ng01-129B16.g
ACCDH930780DH930781
length5491,014
definitionDH930780|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129B16, 5' end.DH930781|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129B16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,717,656 - 143,718,210)(143,905,582 - 143,906,601)
sequence
cagtccataacggcacctcctttcctttctcaggagcttaccagagaggt
ctcaccccaagccttcaccccatctagagcaaatgcttatatcccccatg
tttgctcagagcagagcatggagggaccttcctgtcaccagaggcagagg
cattctgtatacgtgcatacacgcctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtatttggtacagatctaagcatagaaaattgaaaagcattgaggt
tggtgattgaaaggctcactgatgggcaagtcgggttcgagtgcgctaac
tgtatgactctatggatccgaatatcatgctgttttggaaaggaatgagg
gagctactgtttctaaggaagagaagaatgggcaccaagacatagggagg
gaaggtgggacagtaagcacttacagtcgaagcccaagacctggaaccca
aggggaaaaacaggtgtggccaggcttggtggcacgcgcctttagtctct
gagttcaagtccagccaggattacatagcaaaactttccctcaagaaaa
gaattcactatatagacaaagttggccacacacacactcacagaaacctt
cctgctctgtctcccgtgtgctgggtttaaaggtgtatcccaccatgccc
aatgtttatttttaacttttattatatttatttggttgctctgtgtgtgt
gcgcgcgcacatgcacacactcacatgtgtgtatgcatgtgtatgtgcac
acgcgtgtgcatgagcaaatgaacaatgcttgtgtggcagtcagagaaca
agttcagagagtcagttctatcctgcaaatgggtcccagggattggactc
aggttggccgacttggtggcctttatcctctgagccaccttaccagccct
atttgtttgtttaatctaatggtgcttccaagctgtagggacccttctgc
tgggtgcatcacacaggtcatcagtacaatcactgccaccaccctgtagg
ctgaggatgccgccggtgtctgagaagatggggctctcactatgatctct
gatgcccggtaagtatgatctcaactgaatcttaggtgacccccagagtc
tcatcagacccctcaggtgaggtatctggtacctaagggagaaacgtgag
tttgggtaacatgacacatcaaagggctaaggactggctcagttggtaga
gcgcttgccttgtgtgcacaggagctaagcatggcagcacatgcctgtca
tgccagcaatcagggaggaggaggtacaaggagttcagggttatcctcag
ttatgtgctgagctctaggccagcctgggctacatgagaccctgtttcaa
caacacaacttaccacatcaagaccaaaactctgactctagttctagagc
tcagatactaaggctaccccagaacatttcagagttcacttgttacctga
ggctacccagagcagaatgcagtattgcataaacacacatgtactgacag
ctatcacatgggaccactgggaagagactttggttgcccttacattattt
atccatgtggcgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_143717656_143718210
seq2: B6Ng01-129B16.b_48_602

seq1  GAATTCCAGTCCATAACGGCACCTCCTTTCCTTTCTCAGGAGCTTACCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCCATAACGGCACCTCCTTTCCTTTCTCAGGAGCTTACCAG  50

seq1  AGAGGTCTCACCCCAAGCCTTCACCCCATCTAGAGCAAATGCTTATATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCTCACCCCAAGCCTTCACCCCATCTAGAGCAAATGCTTATATCC  100

seq1  CCCATGTTTGCTCAGAGCAGAGCATGGAGGGACCTTCCTGTCACCAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTTTGCTCAGAGCAGAGCATGGAGGGACCTTCCTGTCACCAGAGG  150

seq1  CAGAGGCATTCTGTATACGTGCATACACGCCTCTGTGTGTGTGTGTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCATTCTGTATACGTGCATACACGCCTCTGTGTGTGTGTGTGTGT  200

seq1  GTGTGTGTGTGTATTTGGTACAGATCTAAGCATAGAAAATTGAAAAGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTATTTGGTACAGATCTAAGCATAGAAAATTGAAAAGCAT  250

seq1  TGAGGTTGGTGATTGAAAGGCTCACTGATGGGCAAGTCGGGTTCGAGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTGGTGATTGAAAGGCTCACTGATGGGCAAGTCGGGTTCGAGTGC  300

seq1  GCTAACTGTATGACTCTATGGATCCGAATATCATGCTGTTTTGGAAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTGTATGACTCTATGGATCCGAATATCATGCTGTTTTGGAAAGGA  350

seq1  ATGAGGGAGCTACTGTTTCTAAGGAAGAGAAGAATGGGCACCAAGACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGGAGCTACTGTTTCTAAGGAAGAGAAGAATGGGCACCAAGACATA  400

seq1  GGGAGGGAAGGTGGGACAGTAAGCACTTACAGCCGAAGCCCAAGACCTGG  450
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGAAGGTGGGACAGTAAGCACTTACAGTCGAAGCCCAAGACCTGG  450

seq1  AACCCAAGGGGAAAAACAGGTGTGGCCAGGCTTGGTGGCACGCGCCTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAAGGGGAAAAACAGGTGTGGCCAGGCTTGGTGGCACGCGCCTTTA  500

seq1  GTCTCTGAGTTCAAGTCCAGCCAGGATTACATAGCAAAACTTTCCCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGAGTTCAAGTCCAGCCAGGATTACATAGCAAAACTTTCCCTCAA  550

seq1  GAAAA  555
      |||||
seq2  GAAAA  555

seq1: chr5_143905582_143906601
seq2: B6Ng01-129B16.g_67_1080 (reverse)

seq1  CACGCACACATGAATAAATAAATGTAAAGAGCAAACAAAGTCTCTTCCCA  50
      ||||| |||||| |||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||
seq2  CACGC-CACATGGATAAAT-AATGT-AAGGGCAACCAAAGTCTCTTCCCA  47

seq1  GTGGTCCCAATGTGTGTAGCTGTCTGTACATGTGTGTTTATGC-ATACTG  99
      |||||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTGGTCCC-ATGTG-ATAGCTGTCAGTACATGTGTGTTTATGCAATACTG  95

seq1  CATTCTGCTCTGGGGTAGCCTCAGGTAAC-AGTGAGCTCTGGAATGTTCT  148
      ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
seq2  CATTCTGCTCT-GGGTAGCCTCAGGTAACAAGTGAACTCTGAAATGTTCT  144

seq1  GGGGTAGCCTTAGTTATCTGAGCTCTAGAACTAGAGTCAGAGTTTTGGTC  198
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGCCTTAG-TATCTGAGCTCTAGAACTAGAGTCAGAGTTTTGGTC  193

seq1  TTTGATGTGGTATGTTGTTGTTGTTGAAACAGGGTCTCATGTAGCCCAGG  248
       ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTGATGTGGTAAGTTG-TGTTGTTGAAACAGGGTCTCATGTAGCCCAGG  241

seq1  CTGGCCTAGAGCTCAGCACATAACTGAGGATAACCCTGAACTCCTTGTAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTAGAGCTCAGCACATAACTGAGGATAACCCTGAACTCCTTGTAC  291

seq1  CTCCTCCTCCCTGATTGCTGGCATGACAGGCATGTGCTGCCATGCTTAGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCTCCCTGATTGCTGGCATGACAGGCATGTGCTGCCATGCTTAGC  341

seq1  TCCTGTGCACACAAGGCAAGCGCTCTACCAACTGAGCCAGTCCTTAGCCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGCACACAAGGCAAGCGCTCTACCAACTGAGCCAGTCCTTAGCCC  391

seq1  TTTGATGTGTCATGTTACCC-AACTCACGTTTCTCCCTTAGGTACCAGAT  447
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGTGTCATGTTACCCAAACTCACGTTTCTCCCTTAGGTACCAGAT  441

seq1  ACCTCACCTGAGGGGTCTGATGAGACTCTGGGGGTCACCTAAGATTCAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACCTGAGGGGTCTGATGAGACTCTGGGGGTCACCTAAGATTCAGT  491

seq1  TGAGATCATACTTACCGGGCATCAGAGATCATAGTGAGAGCCCCATCTTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCATACTTACCGGGCATCAGAGATCATAGTGAGAGCCCCATCTTC  541

seq1  TCAGACACCGGCGGCATCCTCAGCCTACAGGGTGGTGGCAGTGATTGTAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACACCGGCGGCATCCTCAGCCTACAGGGTGGTGGCAGTGATTGTAC  591

seq1  TGATGACCTGTGTGATGCACCCAGCAGAAGGGTCCCTACAGCTTGGAAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACCTGTGTGATGCACCCAGCAGAAGGGTCCCTACAGCTTGGAAGC  641

seq1  ACCATTAGATTAAACAAACAAATAGGGCTGGTAAGGTGGCTCAGAGGATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTAGATTAAACAAACAAATAGGGCTGGTAAGGTGGCTCAGAGGATA  691

seq1  AAGGCCACCAAGTCGGCCAACCTGAGTCCAATCCCTGGGACCCATTTGCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCACCAAGTCGGCCAACCTGAGTCCAATCCCTGGGACCCATTTGCA  741

seq1  GGATAGAACTGACTCTCTGAACTTGTTCTCTGACTGCCACACAAGCATTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGAACTGACTCTCTGAACTTGTTCTCTGACTGCCACACAAGCATTG  791

seq1  TTCATTTGCTCATGCACACGCGTGTGCACATACACATGCATACACACATG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGCTCATGCACACGCGTGTGCACATACACATGCATACACACATG  841

seq1  TGAGTGTGTGCATGTGCGCGCGCACACACACAGAGCAACCAAATAAATAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTGTGCATGTGCGCGCGCACACACACAGAGCAACCAAATAAATAT  891

seq1  AATAAAAGTTAAAAATAAACATTGGGCATGGTGGGATACACCTTTAAACC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGTTAAAAATAAACATTGGGCATGGTGGGATACACCTTTAAACC  941

seq1  CAGCACACGGGAGACAGAGCAGGAAGGTTTCTGTGAGTGTGTGTGTGGCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACACGGGAGACAGAGCAGGAAGGTTTCTGTGAGTGTGTGTGTGGCC  991

seq1  AACTTTGTCTATATAGTGAATTC  1020
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGTCTATATAGTGAATTC  1014