BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138G24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 32,595,600 - 32,707,862
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlb1, EG665350
Upstream geneFndc4, Gckr, Zfp512, 4930548H24Rik, Xab1, Supt7l, Slc4a1ap, Mrpl33, Rbks, LOC100040000, Bre, Fosl2, LOC672217
Downstream geneLOC545743, Ppp1cb, LOC634553, LOC675983, Yes1, LOC100039775, Pisd, C330019G07Rik, LOC100040141, Depdc5, Ywhah, LOC100040169, Slc5a1, Spon2, Ctbp1, Maea
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138G24.bB6Ng01-138G24.g
ACCDH937699DH937700
length1,085527
definitionDH937699|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138G24, 5' end.DH937700|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138G24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,595,600 - 32,596,689)(32,707,330 - 32,707,862)
sequence
gaattcacctgtcctgacaagaacccctcgaactcaatccccacaacagg
tacatggctgtcatgttcagtgtgagcttcaattcaacttgaggtctgaa
cttcaagtcacagcaactttaaaatgccaaggattcccaaggtgtgagct
caagatggacgagatggcctaggacagcatttatggctctgcaagaagcc
acaggtcatgtttatgcttgattattctttaactaaaataatagcatcat
tatcagaaagcatttattgagcattgaccccacgtttagaccatgttgta
caatgagcctaagggttgttgagtgcagtgcttttgtcttaaaaccttca
gaggtgaatttgttcttttttttttaattaacttttaaacaggaagcaaa
attagccagcccatacttcttacccaaggaatgttcagagtgtgttcaag
ggctgcacagagcattataaagtactattcccattgtctcaactgtgtat
cattcctttccttttcctccctccttccacctttcctttcttcttcttaa
gacatagtttccttatgtagctctggctatattggaactcactctgtaac
caggctggccttgaactctcaaagaacccctgcctctcaagtgctaagga
tcaaaggtgtgcaccaccactgactttagtgttttctaaaatgttgctgg
gctctgaatatgagactcacagaatgttctagacagtcattacaatcttc
ctaaaaagaaaactatgagcactgtagctttctttgctgtgaagcagctt
gggaaatgatgtctgtacatatgcaaagtcatatgaaggtcgtagtggga
cccagatgactcaggatgttagctatctatgacatccatgttataggccc
tcatgcttggcactggaggatagttagatatgctcattttcagttcactt
gctggcaattgtgaatctctcctataagccatttgggagtctctgtccta
gctgacctattttaacctctgacctggattatctgaaaaaaaaatgaggt
tgggagaagtcacactacctcttagagtcttacat
tgatgaggaatcagacccacagcaaggttattcacttggggccccataga
caccaactgggcagtcacattctctaaaagaggaacaaagagtctcttta
ggtctgaagaggtctggcttcaggccattcctgtgtctttcatggttaca
cagtgtggggcctggtggggattaaggacagagactattttcttctgact
cctctctgccttaacccccacccccaccccaaacatctgtggtgatgaaa
acatctcatctacagtgcactatctcattcaagcctagactcaacatcct
taccgctccggcttcctggcttatactgcactggtgtccccatctctttc
ccatccttcttagagactgatcctggacagccatctgcatctctttcagc
aacctacactttgcctccataagccctgggcccagagggacccggcagag
cttgtgggatgactgcatgtagaaggcaggaggcttaatgcaggtgactt
ttaggtggttttctttgtgtgagtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_32595600_32596689
seq2: B6Ng01-138G24.b_46_1130

seq1  GAATTCACCTGTCCTGACAAGAACCCCTCGAACTCAATCCCCACAACAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTGTCCTGACAAGAACCCCTCGAACTCAATCCCCACAACAGG  50

seq1  TACATGGCTGTCATGTTCAGTGTGAGCTTCAATTCAACTTGAGGTCTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGCTGTCATGTTCAGTGTGAGCTTCAATTCAACTTGAGGTCTGAA  100

seq1  CTTCAAGTCACAGCAACTTTAAAATGCCAAGGATTCCCAAGGTGTGAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGTCACAGCAACTTTAAAATGCCAAGGATTCCCAAGGTGTGAGCT  150

seq1  CAAGATGGACGAGATGGCCTAGGACAGCATTTATGGCTCTGCAAGAAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGGACGAGATGGCCTAGGACAGCATTTATGGCTCTGCAAGAAGCC  200

seq1  ACAGGTCATGTTTATGCTTGATTATTCTTTAACTAAAATAATAGCATCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCATGTTTATGCTTGATTATTCTTTAACTAAAATAATAGCATCAT  250

seq1  TATCAGAAAGCATTTATTGAGCATTGACCCCACGTTTAGACCATGTTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGAAAGCATTTATTGAGCATTGACCCCACGTTTAGACCATGTTGTA  300

seq1  CAATGAGCCTAAGGGTTGTTGAGTGCAGTGCTTTTGTCTTAAAACCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAGCCTAAGGGTTGTTGAGTGCAGTGCTTTTGTCTTAAAACCTTCA  350

seq1  GAGGTGAATTTGTTCTTTTTTTTTTAATTAACTTTTAAACAGGAAGCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAATTTGTTCTTTTTTTTTTAATTAACTTTTAAACAGGAAGCAAA  400

seq1  ATTAGCCAGCCCATACTTCTTACCCAAGGAATGTTCAGAGTGTGTTCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCAGCCCATACTTCTTACCCAAGGAATGTTCAGAGTGTGTTCAAG  450

seq1  GGCTGCACAGAGCATTATAAAGTACTATTCCCATTGTCTCAACTGTGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCACAGAGCATTATAAAGTACTATTCCCATTGTCTCAACTGTGTAT  500

seq1  CATTCCTTTCCTTTTCCTCCCTCCTTCCACCTTTCCTTTCTTCTTCTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTTTCCTTTTCCTCCCTCCTTCCACCTTTCCTTTCTTCTTCTTAA  550

seq1  GACATAGTTTCCTTATGTAGCTCTGGCTATATTGGAACTCACTCTGTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGTTTCCTTATGTAGCTCTGGCTATATTGGAACTCACTCTGTAAC  600

seq1  CAGGCTGGCCTTGAACTCTCAAAGAACCCCTGCCTCTCAAGTGCTAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGGCCTTGAACTCTCAAAGAACCCCTGCCTCTCAAGTGCTAAGGA  650

seq1  TCAAAGGTGTGCACCACCACTGACTTTAGTGTTTTCTAAAATGTTGCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGTGTGCACCACCACTGACTTTAGTGTTTTCTAAAATGTTGCTGG  700

seq1  GCTCTGAATATGAGACTCACAGAATGTTCTAGACAGTCATTACAATCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGAATATGAGACTCACAGAATGTTCTAGACAGTCATTACAATCTTC  750

seq1  CTAAAAAGAAAACTATGAGCACTGTAGCTTTCTTTGCTGTGAAGCAGCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAAGAAAACTATGAGCACTGTAGCTTTCTTTGCTGTGAAGCAGCTT  800

seq1  GGGAAATGATGTCTGTACATATGCAAAGTCATATGAAGGTCGTAGTGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATGATGTCTGTACATATGCAAAGTCATATGAAGGTCGTAGTGGGA  850

seq1  CCCAGATGACTCAGGATGTTAGCTATCTATGACATCCATGTTATAGGCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATGACTCAGGATGTTAGCTATCTATGACATCCATGTTATAGGCCC  900

seq1  TCATGCTTGGCACTGGAGGATAGTTAGATATGCTCATTTTTCAGTTCACT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCATGCTTGGCACTGGAGGATAGTTAGATATGCTCA-TTTTCAGTTCACT  949

seq1  TGCTGGCAAATTGTTGAATCTCTCCTATAAGCCATTTGGGAGTCTCTGTC  1000
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGC-AATTG-TGAATCTCTCCTATAAGCCATTTGGGAGTCTCTGTC  997

seq1  CTAGCTGACCTATTTTAACCTCTGACCTGGATTA-CTGAAAAGAGAAAAT  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||
seq2  CTAGCTGACCTATTTTAACCTCTGACCTGGATTATCTGAAA--AAAAAAT  1045

seq1  GAGGTTTGGAGAAGTCACACTACCTATAAGGAGTCTTACAT  1090
      |||||| |||||||||||||||||| | | |||||||||||
seq2  GAGGTTGGGAGAAGTCACACTACCTCTTA-GAGTCTTACAT  1085

seq1: chr5_32707330_32707862
seq2: B6Ng01-138G24.g_66_598 (reverse)

seq1  CACACACACACAAAGAAAGCCACCTAAAAGTCACCTGCATTAAGCCTCCT  50
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCACACAAAGAAAACCACCTAAAAGTCACCTGCATTAAGCCTCCT  50

seq1  GCCTTCTACATGCAGTCATCCCACAAGCTCTGCCGGGTCCCTCTGGGCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTACATGCAGTCATCCCACAAGCTCTGCCGGGTCCCTCTGGGCCC  100

seq1  AGGGCTTATGGAGGCAAAGTGTAGGTTGCTGAAAGAGATGCAGATGGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTATGGAGGCAAAGTGTAGGTTGCTGAAAGAGATGCAGATGGCTG  150

seq1  TCCAGGATCAGTCTCTAAGAAGGATGGGAAAGAGATGGGGACACCAGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGATCAGTCTCTAAGAAGGATGGGAAAGAGATGGGGACACCAGTGC  200

seq1  AGTATAAGCCAGGAAGCCGGAGCGGTAAGGATGTTGAGTCTAGGCTTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAGCCAGGAAGCCGGAGCGGTAAGGATGTTGAGTCTAGGCTTGAA  250

seq1  TGAGATAGTGCACTGTAGATGAGATGTTTTCATCACCACAGATGTTTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATAGTGCACTGTAGATGAGATGTTTTCATCACCACAGATGTTTGGG  300

seq1  GTGGGGGTGGGGGTTAAGGCAGAGAGGAGTCAGAAGAAAATAGTCTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGTGGGGGTTAAGGCAGAGAGGAGTCAGAAGAAAATAGTCTCTGT  350

seq1  CCTTAATCCCCACCAGGCCCCACACTGTGTAACCATGAAAGACACAGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATCCCCACCAGGCCCCACACTGTGTAACCATGAAAGACACAGGAA  400

seq1  TGGCCTGAAGCCAGACCTCTTCAGACCTAAAGAGACTCTTTGTTCCTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGAAGCCAGACCTCTTCAGACCTAAAGAGACTCTTTGTTCCTCTT  450

seq1  TTAGAGAATGTGACTGCCCAGTTGGTGTCTATGGGGCCCCAAGTGAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGAATGTGACTGCCCAGTTGGTGTCTATGGGGCCCCAAGTGAATAA  500

seq1  CCTTGCTGTGGGTCTGATTCCTCATCAGAATTC  533
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTGTGGGTCTGATTCCTCATCAGAATTC  533