BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-160E14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 57,416,728 - 57,516,073
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041335
Downstream geneLOC100041349, LOC666455, LOC625721, EG666465, Pcdh7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-160E14.bB6Ng01-160E14.g
ACCDH953703DH953704
length1,1991,118
definitionDH953703|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160E14, 5' end.DH953704|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160E14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,514,868 - 57,516,073)(57,416,728 - 57,417,852)
sequence
gaattccactatagatctctatagacagatgaagatacaacattaatgcc
attttaaatacatattctgaatacttatgtatttaaatatataacacata
taattttaaaaatatattttatataacatataacagatatataaatatat
ttatatatacatagatatatatttatatgtcacatataaatatatatatt
tgtatgtagttctacacatactattaacgaagaatactgtaaagcagtga
gccatgatacaccaatttttgttttattaattattaagtaagtgtgtttt
atgcattgatgaaaacagttgaaaatgtgttcaagtatgaattcaaaact
gttaaaaaactaattttgctttcaagcaaattctgcaggttgtccatata
aaatcatctaataatagaacatctgtaaataagtattataggaataaata
ataacgttaatgttaataataataaaatatctacaaagaaagattttcaa
ttatcatattttattcaaagatgacatggtggacataagaaaaaataaaa
tatcaaacacgctattgactatcttacaagataaaacaaagaaaaggtca
tgactgctttttaagtgaagggcctaatttaacattacaaactgtatttt
tctttcagactccattttatgattatgttgccctctgaatgaacccagct
actggaaaaaccccaacttgttccaggaaccatgtcaccctagtaacaat
cacaattcgaagcaaatagtgactccaccactagcaactatcactttatt
tatttatttatttatttatttatttatttatttatttgatattttcttta
tttacatttcaaatgctatcctgaaagttccctataccctccacccactc
tgcttccttacccacccactcccacttcttggccctggtattcacctgta
ctggggcatataaagtttgcaagactaggggcctaggcactggcatagcc
tcacagaagacagctgtatcaggtcctttcagcaatcttgctaggaattt
gcaaagagtcttgggtttgtggcctgaatatgggatggatccctggcctg
gagtgggtaactcctcggataggtcaatcatttgtctagctccaacactt
gtgctcggtaactcctcctcgggaatttgtcctattccaagaggaatga
gaattccataaccctttctcctatctgaacataatttgagaaggacagtc
ttgtaaagatcctatggaaataactgcagttattgggaaatcatggttac
aataatggtgtcatgtccagaagatagtaagctttctgtttatttgtggg
ctcattattattccacatctttcttaatgtcttctgaatgttagaaggaa
aaatataagtgacttcttttgggctaaccattcaactgtcactgttacca
gtattctgaaaagtcatgggattgtgcatttactatgctcactgcaaaga
aaaaaaatgtctaatcattattaagggtcacatttgtctttaggtataga
catagatattttaaaataaaattgaattccatacctgcctcaatattgag
tcaataacatgtgattagagaagttttaggacctaggagagagtttatta
atagtattctgatattgggacatggtaataagtcaatttttaatgacatt
ttgtaagactcatagatgaaatctagtacatctctcaaacctcattaaag
atgtttctttttgcagtacactttaattaactcagagacccactaatggt
caaggtacagggaataagacaatgaggaatgcttggctataaacaggatg
tctgtatcagttcccatcctctctagggtcacaaatcatagtctaagagg
agactgagaaactgtaagaacaagatgcaatgggtaaatgtaagaaagca
agacaatgttatcctagcacagcattacatgtgctcatatgaatatcaag
catttgagacagtatgcatcagacctgcagtctagtagatagacagagag
acgtcccccccccccacctagatttggcacttggatagttagttgttcct
gatgcacatgaagggtacatatctaagagtatggtgaaagcaccactgta
gttgaaggttaggtatgacatatgggtggaactgggagagtgaagaagct
gaacattataattattatttgaaactttgctatctacttccaatcagctg
atcccacaccaacaaaccaggactaataaaccccctaatttataaattta
tataccattcatattcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_57514868_57516073
seq2: B6Ng01-160E14.b_47_1245 (reverse)

seq1  TCATTCCTCCTTAGAATAGGGAACAAAATACCGAGGGAAGGAGTTACAGA  50
      |||||||| ||| |||||||  ||||| | ||||||  ||||||||| ||
seq2  TCATTCCT-CTTGGAATAGG--ACAAATTCCCGAGG--AGGAGTTACCGA  45

seq1  -CACAGAGT-TTGGAGCTAAGACAAAAGGATGGACC-ATCC-AGAGATTA  96
       |||| ||| |||||||| |||| ||| ||| |||| |||| ||   |||
seq2  GCACA-AGTGTTGGAGCT-AGAC-AAATGATTGACCTATCCGAGGAGTTA  92

seq1  CCCCACCCAGCCCAGGGATCCATCCCATAATCA-GCCACCAAACCCAGAC  145
      |||   |||| |||||||||||||||||| ||| ||||| || || ||||
seq2  CCCACTCCAGGCCAGGGATCCATCCCATATTCAGGCCACAAACCCAAGAC  142

seq1  TCTTTTGCATATT-CTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCTGATACAGCT  194
      || |||||| ||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TC-TTTGCAAATTCCTAGCAAGA--TTGCTGAAAGGA-CCTGATACAGCT  188

seq1  GTCTCTTGTGAGGCTATGCCAGTGCCTAGGCCCCTAGTTCTTGCAAACTT  244
      ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTCTTCTGTGAGGCTATGCCAGTGCCTAGGCCCCTAG-TCTTGCAAACTT  237

seq1  TATATGCCCCAGTACAGGTGAATACCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGGGTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCCCCAGTACAGGTGAATACCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGGGTG  287

seq1  GGTAAGGAAGCAGAGTGGGTGGAGGGTATAGGGAACTTTCAGGATAGCAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGGAAGCAGAGTGGGTGGAGGGTATAGGGAACTTTCAGGATAGCAT  337

seq1  TTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCAAATAAATAAATAAATAAATAAATA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCAAATAAATAAATAAATAAATAAATA  387

seq1  AATAAATAAATAAATAAAGTGATAGTTGCTAGTGGTGGAGTCACTATTTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAATAAATAAAGTGATAGTTGCTAGTGGTGGAGTCACTATTTG  437

seq1  CTTCGAATTGTGATTGTTACTAGGGTGACATGGTTCCTGGAACAAGTTGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGAATTGTGATTGTTACTAGGGTGACATGGTTCCTGGAACAAGTTGG  487

seq1  GGTTTTTCCAGTAGCTGGGTTCATTCAGAGGGCAACATAATCATAAAATG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTCCAGTAGCTGGGTTCATTCAGAGGGCAACATAATCATAAAATG  537

seq1  GAGTCTGAAAGAAAAATACAGTTTGTAATGTTAAATTAGGCCCTTCACTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGAAAGAAAAATACAGTTTGTAATGTTAAATTAGGCCCTTCACTT  587

seq1  AAAAAGCAGTCATGACCTTTTCTTTGTTTTATCTTGTAAGATAGTCAATA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCAGTCATGACCTTTTCTTTGTTTTATCTTGTAAGATAGTCAATA  637

seq1  GCGTGTTTGATATTTTATTTTTTCTTATGTCCACCATGTCATCTTTGAAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTTTGATATTTTATTTTTTCTTATGTCCACCATGTCATCTTTGAAT  687

seq1  AAAATATGATAATTGAAAATCTTTCTTTGTAGATATTTTATTATTATTAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGATAATTGAAAATCTTTCTTTGTAGATATTTTATTATTATTAA  737

seq1  CATTAACGTTATTATTTATTCCTATAATACTTATTTACAGATGTTCTATT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAACGTTATTATTTATTCCTATAATACTTATTTACAGATGTTCTATT  787

seq1  ATTAGATGATTTTATATGGACAACCTGCAGAATTTGCTTGAAAGCAAAAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATGATTTTATATGGACAACCTGCAGAATTTGCTTGAAAGCAAAAT  837

seq1  TAGTTTTTTAACAGTTTTGAATTCATACTTGAACACATTTTCAACTGTTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTTTAACAGTTTTGAATTCATACTTGAACACATTTTCAACTGTTT  887

seq1  TCATCAATGCATAAAACACACTTACTTAATAATTAATAAAACAAAAATTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAATGCATAAAACACACTTACTTAATAATTAATAAAACAAAAATTG  937

seq1  GTGTATCATGGCTCACTGCTTTACAGTATTCTTCGTTAATAGTATGTGTA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATCATGGCTCACTGCTTTACAGTATTCTTCGTTAATAGTATGTGTA  987

seq1  GAACTACATACAAATATATATATTTATATGTGACATATAAATATATATCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTACATACAAATATATATATTTATATGTGACATATAAATATATATCT  1037

seq1  ATGTATATATAAATATATTTATATATCTGTTATATGTTATATAAAATATA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATATAAATATATTTATATATCTGTTATATGTTATATAAAATATA  1087

seq1  TTTTTAAAATTATATGTGTTATATATTTAAATACATAAGTATTCAGAATA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAATTATATGTGTTATATATTTAAATACATAAGTATTCAGAATA  1137

seq1  TGTATTTAAAATGGCATTAATGTTGTATCTTCATCTGTCTATAGAGATCT  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTAAAATGGCATTAATGTTGTATCTTCATCTGTCTATAGAGATCT  1187

seq1  ATAGTGGAATTC  1206
      ||||||||||||
seq2  ATAGTGGAATTC  1199

seq1: chr5_57416728_57417852
seq2: B6Ng01-160E14.g_67_1184

seq1  GAATTCCATAACCCTTTCTCCTATCTGAACATAATTTGAGAAGGACAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAACCCTTTCTCCTATCTGAACATAATTTGAGAAGGACAGTC  50

seq1  TTGTAAAGATCCTATGGAAATAACTGCAGTTATTGGGAAATCATGGTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAGATCCTATGGAAATAACTGCAGTTATTGGGAAATCATGGTTAC  100

seq1  AATAATGGTGTCATGTCCAGAAGATAGTAAGCTTTCTGTTTATTTGTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGGTGTCATGTCCAGAAGATAGTAAGCTTTCTGTTTATTTGTGGG  150

seq1  CTCATTATTATTCCACATCTTTCTTAATGTCTTCTGAATGTTAGAAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTATTATTCCACATCTTTCTTAATGTCTTCTGAATGTTAGAAGGAA  200

seq1  AAATATAAGTGACTTCTTTTGGGCTAACCATTCAACTGTCACTGTTACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAAGTGACTTCTTTTGGGCTAACCATTCAACTGTCACTGTTACCA  250

seq1  GTATTCTGAAAAGTCATGGGATTGTGCATTTACTATGCTCACTGCAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTGAAAAGTCATGGGATTGTGCATTTACTATGCTCACTGCAAAGA  300

seq1  AAAAAAATGTCTAATCATTATTAAGGGTCACATTTGTCTTTAGGTATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATGTCTAATCATTATTAAGGGTCACATTTGTCTTTAGGTATAGA  350

seq1  CATAGATATTTTAAAATAAAATTGAATTCCATACCTGCCTCAATATTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATATTTTAAAATAAAATTGAATTCCATACCTGCCTCAATATTGAG  400

seq1  TCAATAACATGTGATTAGAGAAGTTTTAGGACCTAGGAGAGAGTTTATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAACATGTGATTAGAGAAGTTTTAGGACCTAGGAGAGAGTTTATTA  450

seq1  ATAGTATTCTGATATTGGGACATGGTAATAAGTCAATTTTTAATGACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATTCTGATATTGGGACATGGTAATAAGTCAATTTTTAATGACATT  500

seq1  TTGTAAGACTCATAGATGAAATCTAGTACATCTCTCAAACCTCATTAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGACTCATAGATGAAATCTAGTACATCTCTCAAACCTCATTAAAG  550

seq1  ATGTTTCTTTTTGCAGTACACTTTAATTAACTCAGAGACCCACTAATGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTTTTTGCAGTACACTTTAATTAACTCAGAGACCCACTAATGGT  600

seq1  CAAGGTACAGGGAATAAGACAATGAGGAATGCTTGGCTATAAACAGGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTACAGGGAATAAGACAATGAGGAATGCTTGGCTATAAACAGGATG  650

seq1  TCTGTATCAGTTCCCATCCTCTCTAGGGTCACAAATCATAGTCTAAGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATCAGTTCCCATCCTCTCTAGGGTCACAAATCATAGTCTAAGAGG  700

seq1  AGACTGAGAAACTGTAAGAACAAGATGCAATGGGTAAATGTAAGAAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGAGAAACTGTAAGAACAAGATGCAATGGGTAAATGTAAGAAAGCA  750

seq1  AGACAATGTTATCCTAGCACAGCATTACATGTGCTCATATGAATATCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATGTTATCCTAGCACAGCATTACATGTGCTCATATGAATATCAAG  800

seq1  CATTTGAGACAGTATGCATCAGACCTGCAGTCTAGTAGATAGACAGAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAGACAGTATGCATCAGACCTGCAGTCTAGTAGATAGACAGAGAG  850

seq1  ACGTCCCCCCCCCCCACCTAAGAATTTGGCACTTGGATAGTTAGTTGTTC  900
      ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCCCCCCCCCCCACCTA--GATTTGGCACTTGGATAGTTAGTTGTTC  898

seq1  CTGATGCACATGAAGGGTACATATCTAAGAGTATGGTGAAAGCACCAACT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTGATGCACATGAAGGGTACATATCTAAGAGTATGGTGAAAGCACC-ACT  947

seq1  GTAGTTGAAGGTTAGGTATGACATATGGGTGGAACTGGGAGAAGTGAAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTAGTTGAAGGTTAGGTATGACATATGGGTGGAACTGGGAG-AGTGAAGA  996

seq1  GGCTGAACATTATAATTTATTATATGAAACTTTGCTATCTACTCCAAATC  1050
       |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||
seq2  AGCTGAACATTATAA-TTATTATTTGAAACTTTGCTATCTACTTCCAATC  1045

seq1  AGCTGAATCCAACA-CAACAAACCAAGACTAATAACACTCCTAATTTACT  1099
      ||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||  | |||||||||  
seq2  AGCTG-ATCCCACACCAACAAACCAGGACTAATAAACCCCCTAATTTATA  1094

seq1  AATTTTAATACCATTTCCATATTCAA  1125
      |||||  ||||||||  |||||||||
seq2  AATTTATATACCATT--CATATTCAA  1118