BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162J03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 131,748,705 - 131,874,474
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWbscr17
Upstream geneTyw1, A330070K13Rik, Caln1
Downstream geneAuts2, 4930563F08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162J03.bB6Ng01-162J03.g
ACCDH955378DH955379
length1,1571,132
definitionDH955378|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162J03, 5' end.DH955379|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162J03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,873,315 - 131,874,474)(131,748,705 - 131,749,855)
sequence
gaattccaatgcttgcttcctttacttgatgctctatgctttgagactgg
cttacatagaccagtgggaaatgggcatttcctttatttcattgtagagt
tctgcagtagtcacatttggccagttattccatctagcacctgctctatc
catccagtgctgacagacatttggagtatgtccagcctggtcttttgtaa
acaatgctgctaagagctttctcatgcttaccgttcccaagcctgtgtgg
gaaagcctcccccaaactgtatacaaactgtagtgcttcgggatcacacg
aagatggcatacattgtgatcattctcacaattctaaaacattttacatt
ttatttatttatgtgtacgggtgttttgcttgcatgtaagtctgtatacc
atgttcctacagtgcctgtggaggccagagaaggcataatatcccctaga
gatggagttacagccagccatgagccaattcatggaactgggaattgaac
ccaggtcttctggaagagcaaccaatgctcttaaataccaagacatctct
ctagcttcgtgctgtgatagttttagttgtcaacttgatacaaactagaa
tcatctataaggagggtctcaacaagggatggattgcctagattaagtta
gcctgtaggcatatcttggagagattgtcttgattgccttaattaaggta
ggatgatggagcccactgtgggtggcaacattccctaggtttgagcataa
aactgtgtgtgcatagcggggtggtggtggtgcatacctttaatcccaaa
cttgggtggcagaggcaggcagatttctgagttcgaggccagcctgatct
acaaagtgagttcaggacagccagggctatacagagaaccctgtctcgaa
aaaaaaaaaaaaaaaacaaccaaccttccttcccccacaaagccccccaa
aaacaaaacaaaaacaaaaaatcccgtgttgtgcacaaagagttgagcag
taatggccatgcacaccctcattttctctctgcttcatgattggatatga
tgtcactagctgctgcaagttcctggctttgacttccctactgaagtcag
attgactgtaacccgagttgaagcttaaataaaccctgtttcaaccttag
ttgcttt
gaattcctgtaagaatagttggtggtaggaaacagtatttggttagaggc
agatgttgggcccctcctatatacaggggaccctataagttaagaataac
tgcaggacctttaccttatacagggtcctaggatgagactggagatggat
gggtaaatattaatggagagagcattttatactatacattaattttatgg
agtgacttgccagagcaaggcctccttggtgtgtgatgacaaagagaggt
cagagagcaatcataaggcaaatacatagcttttggagaaattataagag
cctgctctctaaagagagttttatagaagcagtcacaaaatttccaaatt
agccagaaggcccataggactgtgaagttggtataagctaaagttaaact
tttgactgtattttgtaagccttggctggcagaattctaagactaggctg
accactgtctgggtaccaagttgagtctcaagagctgcttcctgttttat
acttctgatttcaagataacttgttagtgtttatctttggggtatgagat
gttccatataatggcctgtagccaaaaattgcattcctgatttgagtgta
tataacctcagctgaaagtaaagcaaaccgcagttgcttcaaacctctct
tgtgttggtatctatctgtcactgcgcagaatccttacatacctgagtat
tgagaccctgattctcccacggaaggagaccccacacagggtggtccgtg
gcaacctggctcatgattgcctataactccagctccagagggatctggcc
tctgtggaactttcactcacatgcatacacacacacataataaaaataaa
ataaacctttaaagaaatttcaaatgattcttcctctttctcaaggcttg
atgtctctaaatatacctcaatagacacaaaccaagtatagaacatgtaa
atgacacaaacctggaagtctctggattacaacagaacaaggaatcatta
attttgaaagtcagctaagtcaccaccaagcagcagcactgtatcatgct
actttctgtatttgataagcaatatatatatttttatccacttcaatgtg
gattttataggtctataactctttgcaaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_131873315_131874474
seq2: B6Ng01-162J03.b_45_1201 (reverse)

seq1  AAAGCAACTTAGGGTGAAAACAAGGGTTTATTT-AGCTTACAACTCGGGG  49
      ||||||||| ||| |||||   ||||||||||| ||||| |||||| |||
seq2  AAAGCAACTAAGGTTGAAA--CAGGGTTTATTTAAGCTT-CAACTC-GGG  46

seq1  TTACAGTCCATCTTGACTTCCAGTAGGGAAGTCAAAG-CAGGAACTTGCA  98
      |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTACAGTCAATC-TGACTT-CAGTAGGGAAGTCAAAGCCAGGAACTTGCA  94

seq1  GCAGCTAGTGACATCATATCCCATCATG-AGCAGAGAG-AAATGAGTGTG  146
      ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||
seq2  GCAGCTAGTGACATCATATCCAATCATGAAGCAGAGAGAAAATGAGGGTG  144

seq1  TGCATGGCCATTACTGCTCAACTCTTTGTGCAC-ACACGGGTTTTTTTGT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TGCATGGCCATTACTGCTCAACTCTTTGTGCACAACACGGGATTTTTTGT  194

seq1  TTTTGTTTTTGTTTTGGGGGGCTTTTGTGGGGGAA-GAAGGTTGGTTGTT  244
      |||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTGTTTTTGGGGGGC-TTTGTGGGGGAAGGAAGGTTGGTTGTT  243

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTCGAGACAGGGTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTCGAGACAGGGTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCC  293

seq1  TGGAACTCACTTTGTAGATCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTG  344
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GAACTCACTTTGTAGATCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTG  342

seq1  CCTCTGCCTCCCAAGTTTTGGGATTAAAGGTATGCACCACCACCACCCCG  394
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCACCCAAG-TTTGGGATTAAAGGTATGCACCACCACCACCCCG  391

seq1  CTATGCACACACAGTTTTATGCTCAAACCTAGGGAATGTTGCCACCCACA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCACACACAGTTTTATGCTCAAACCTAGGGAATGTTGCCACCCACA  441

seq1  GTGGGCTCCATCATCCTACCTTAATTAAGGCAATCAAGACAATCTCTCCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTCCATCATCCTACCTTAATTAAGGCAATCAAGACAATCTCTCCA  491

seq1  AGATATGCCTACAGGCTAACTTAATCTAGGCAATCCATCCCTTGTTGAGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGCCTACAGGCTAACTTAATCTAGGCAATCCATCCCTTGTTGAGA  541

seq1  CCCTCCTTATAGATGATTCTAGTTTGTATCAAGTTGACAACTAAAACTAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTTATAGATGATTCTAGTTTGTATCAAGTTGACAACTAAAACTAT  591

seq1  CACAGCACGAAGCTAGAGAGATGTCTTGGTATTTAAGAGCATTGGTTGCT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCACGAAGCTAGAGAGATGTCTTGGTATTTAAGAGCATTGGTTGCT  641

seq1  CTTCCAGAAGACCTGGGTTCAATTCCCAGTTCCATGAATTGGCTCATGGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGAAGACCTGGGTTCAATTCCCAGTTCCATGAATTGGCTCATGGC  691

seq1  TGGCTGTAACTCCATCTCTAGGGGATATTATGCCTTCTCTGGCCTCCACA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTAACTCCATCTCTAGGGGATATTATGCCTTCTCTGGCCTCCACA  741

seq1  GGCACTGTAGGAACATGGTATACAGACTTACATGCAAGCAAAACACCCGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTGTAGGAACATGGTATACAGACTTACATGCAAGCAAAACACCCGT  791

seq1  ACACATAAATAAATAAAATGTAAAATGTTTTAGAATTGTGAGAATGATCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAAATAAATAAAATGTAAAATGTTTTAGAATTGTGAGAATGATCA  841

seq1  CAATGTATGCCATCTTCGTGTGATCCCGAAGCACTACAGTTTGTATACAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTATGCCATCTTCGTGTGATCCCGAAGCACTACAGTTTGTATACAG  891

seq1  TTTGGGGGAGGCTTTCCCACACAGGCTTGGGAACGGTAAGCATGAGAAAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGGAGGCTTTCCCACACAGGCTTGGGAACGGTAAGCATGAGAAAG  941

seq1  CTCTTAGCAGCATTGTTTACAAAAGACCAGGCTGGACATACTCCAAATGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGCAGCATTGTTTACAAAAGACCAGGCTGGACATACTCCAAATGT  991

seq1  CTGTCAGCACTGGATGGATAGAGCAGGTGCTAGATGGAATAACTGGCCAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGCACTGGATGGATAGAGCAGGTGCTAGATGGAATAACTGGCCAA  1041

seq1  ATGTGACTACTGCAGAACTCTACAATGAAATAAAGGAAATGCCCATTTCC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACTACTGCAGAACTCTACAATGAAATAAAGGAAATGCCCATTTCC  1091

seq1  CACTGGTCTATGTAAGCCAGTCTCAAAGCATAGAGCATCAAGTAAAGGAA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTCTATGTAAGCCAGTCTCAAAGCATAGAGCATCAAGTAAAGGAA  1141

seq1  GCAAGCATTGGAATTC  1160
      ||||||||||||||||
seq2  GCAAGCATTGGAATTC  1157

seq1: chr5_131748705_131749855
seq2: B6Ng01-162J03.g_68_1199

seq1  GAATTCCTGTAAGAATAGTTGGTGGTAGGAAACAGTATTTGGTTAGAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTAAGAATAGTTGGTGGTAGGAAACAGTATTTGGTTAGAGGC  50

seq1  AGATGTTGGGCCCCTCCTATATACAGGGGACCCTATAAGTTAAGAATAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTGGGCCCCTCCTATATACAGGGGACCCTATAAGTTAAGAATAAC  100

seq1  TGCAGGACCTTTACCTTATACAGGGTCCTAGGATGAGACTGGAGATGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGACCTTTACCTTATACAGGGTCCTAGGATGAGACTGGAGATGGAT  150

seq1  GGGTAAATATTAATGGAGAGAGCATTTTATACTATACATTAATTTTATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAATATTAATGGAGAGAGCATTTTATACTATACATTAATTTTATGG  200

seq1  AGTGACTTGCCAGAGCAAGGCCTCCTTGGTGTGTGATGACAAAGAGAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTTGCCAGAGCAAGGCCTCCTTGGTGTGTGATGACAAAGAGAGGT  250

seq1  CAGAGAGCAATCATAAGGCAAATACATAGCTTTTGGAGAAATTATAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGCAATCATAAGGCAAATACATAGCTTTTGGAGAAATTATAAGAG  300

seq1  CCTGCTCTCTAAAGAGAGTTTTATAGAAGCAGTCACAAAATTTCCAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCTCTAAAGAGAGTTTTATAGAAGCAGTCACAAAATTTCCAAATT  350

seq1  AGCCAGAAGGCCCATAGGACTGTGAAGTTGGTATAAGCTAAAGTTAAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAAGGCCCATAGGACTGTGAAGTTGGTATAAGCTAAAGTTAAACT  400

seq1  TTTGACTGTATTTTGTAAGCCTTGGCTGGCAGAATTCTAAGACTAGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTGTATTTTGTAAGCCTTGGCTGGCAGAATTCTAAGACTAGGCTG  450

seq1  ACCACTGTCTGGGTACCAAGTTGAGTCTCAAGAGCTGCTTCCTGTTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGTCTGGGTACCAAGTTGAGTCTCAAGAGCTGCTTCCTGTTTTAT  500

seq1  ACTTCTGATTTCAAGATAACTTGTTAGTGTTTATCTTTGGGGTATGAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGATTTCAAGATAACTTGTTAGTGTTTATCTTTGGGGTATGAGAT  550

seq1  GTTCCATATAATGGCCTGTAGCCAAAAATTGCATTCCTGATTTGAGTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCATATAATGGCCTGTAGCCAAAAATTGCATTCCTGATTTGAGTGTA  600

seq1  TATAACCTCAGCTGAAAGTAAAGCAAACCGCAGTTGCTTCAAACCTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACCTCAGCTGAAAGTAAAGCAAACCGCAGTTGCTTCAAACCTCTCT  650

seq1  TGTGTTGGTATCTATCTGTCACTGCGCAGAATCCTTACATACCTGAGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGGTATCTATCTGTCACTGCGCAGAATCCTTACATACCTGAGTAT  700

seq1  TGAGACCCTGATTCTCCCACGGAAGGAGACCCCACACAGGGTGGTCCGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCCTGATTCTCCCACGGAAGGAGACCCCACACAGGGTGGTCCGTG  750

seq1  GCAACCTGGCTCATGATTGCCTATAACTCCAGCTCCAGAGGGATCTGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCTGGCTCATGATTGCCTATAACTCCAGCTCCAGAGGGATCTGGCC  800

seq1  TCTGTGGAAACTTCACTCACATGCATACACACACACATAATTAAAAATAA  850
      |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTGTGGAACTTTCACTCACATGCATACACACACACATAA-TAAAAATAA  849

seq1  AATAAACCTTTAAAAGAAATTCCAAATGATTC-TCCTCTTTCTCAAGGCT  899
      ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATAAACCTTT-AAAGAAATTTCAAATGATTCTTCCTCTTTCTCAAGGCT  898

seq1  TGATGTCTCTAAATATTACCTCAAATAGACACAAACCAAGTATAGAACAT  949
      ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGATGTCTCTAAATA-TACCTC-AATAGACACAAACCAAGTATAGAACA-  945

seq1  TGTAAATGACACAAACCCGGAAGTCTCTGGATTAACAACAGAACAAGGAA  999
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  TGTAAATGACACAAACCTGGAAGTCTCTGGATT-ACAACAGAACAAGG-A  993

seq1  ATCATATATTTTGAAAGGTCAGCTAAGTCACCAACCAAGCAAGCAAGCAC  1049
      |||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||
seq2  ATCATTAATTTTGAAA-GTCAGCTAAGTCACC-ACCAAGC-AGC-AGCAC  1039

seq1  TGTATTCATGGCTTACTTTCTGTAATTTGAATAGCAATAATATATATTTT  1099
      |||| |||||   |||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||
seq2  TGTA-TCATG--CTACTTTCTGT-ATTTGATAAGCAAT-ATATATATTTT  1084

seq1  ATATCAATTTTAATGTGAATTTTATAGTTCTATAACTCTTTTTTAAAAAA  1149
       |||| | || |||||| ||||||||| ||||||||||   |||  ||||
seq2  -TATCCACTTCAATGTGGATTTTATAGGTCTATAACTC---TTTGCAAAA  1130

seq1  AT  1151
      ||
seq2  AT  1132