BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163D23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 17,072,762 - 17,208,773
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema3c
Upstream geneHgf, EG668131, LOC626390, LOC668142, LOC100041749, LOC100041832, Speer4f, EG630927
Downstream geneCd36, Gnat3, Gnai1, LOC100041818, LOC668167
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163D23.bB6Ng01-163D23.g
ACCDH955883DH955884
length9211,193
definitionDH955883|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163D23, 5' end.DH955884|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163D23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,207,864 - 17,208,773)(17,072,762 - 17,073,971)
sequence
gaattctcggttacatctttacaattataactcctcattgggtctcagca
ctgtcagggattcatctaacacatacttggctaatgagtctcctatctct
ctctgtagcacagcactctctgctgaagtgcatctgtagtaacaccttct
ttgacttatccatctggatagtccaccaaaacctcaaaccactgtgaggg
agaaatcagctttattttaatactgtttccgaagacaccacaatcttaaa
taagccatttcgttaaccaaattctctgtttatagagttttaaaagggaa
gagtttcaattagttaactcagtgttaactattagcaaagccacagtgtg
tatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatgtgatgaca
atgaatttgccatcatttaatctcttcctctgcatattttttaatttata
taatccctttctatctccaaattccaggttctattttatataggcaccct
ttcatacctttgctatacaaaaagctatctttcctcttggctattttaat
gtacttcctgcattagtattatggggtggatggaatggctgagtgggaga
tggtcactgctcaactgagtcgggatcctttgtggtggagtggcaaagca
actcccaagtatctctcttctgatttccacatacatgctacatcatgaaa
gcacatgcatgcatgtttgcaaaatatacattaaaacctaacatgaaaaa
tgctttaaatagattataaagtgtggctgggcatatttaaagtaaatacc
ctataagtcaccccttttgttcaagttcatggaaggagcacgttactttg
tctgtaggcaattagcaaaatgctacctggatagaaccttcagtttcatg
actgtgtgcattgtatggatc
gaattctttttaaaggacaatttaaaatcattgattattaatatattaga
taattgcactttttatatgagttcttttgagtaacctatatctatctaaa
aattaagtaaagaaataaaatgatgagtgacctttataatttaatcaatt
aaatgtaaacataaaattaataaaatttcaggccttagaagattgtatct
tattaagattctagtaaaataaacttaaaatgaaacaaactaaacttaag
tatgagaataaataagaacatattcaatttctagaatggataactagttt
tctctttattttataaatttttataaaatatttttaaaattgtaatctga
gaaatcaagaatatttttagaattttagctttaaaaatatttcagcgaag
aatttaaaaattaactcataccatttgtgtttttagtaattgattgccag
ctattaaaaagttcttgaagtttgttcaaaacaaatataaacttcaagtg
tgttctaaaggtggaaataccaactaaatacctttggtgacaaaattgtg
accctcaaaaacatattacctaagatgtctctcctaatctgcatttgtcg
aattgccctactataaaagacaacaaaatatttgatttaggtttcaaaag
tccacaaaacattctttaaacaaatgtttagttgaatttagcagccagct
accaagaggtgatgtgtgcccaaaattcactctgttgctagctataaaat
gcccaagaactcaaaaatgatgcctcacatcatggtaacattaaagaaca
tggaagaactaatgttatagtagtaagacagaaaacagaaactgttagca
cattattgtatttaattaacctataaacctaacaatagttttaattcata
ttttcaacaaaacttgatgtcaaacaactccccaaatacataattagtag
ttagattagaaataaatgtcaaacatacttgagatatatcggactgatat
gttactatattataactacactacgtgatgtgttttgctgagggttgaag
aaggactgcaagagagattccacgcttgaggtgagccgttgctgaggtgg
tttgagggttagaaaaagccattgtgttagtcacagactgggagatccat
gaatgtcaaacttatgaacaccctcaccaagttacatttatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_17207864_17208773
seq2: B6Ng01-163D23.b_48_968 (reverse)

seq1  GAACCATACAATGCACACAGTCATGAAACTG-AGGTTCTAT-CAGGTAGC  48
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GATCCATACAATGCACACAGTCATGAAACTGAAGGTTCTATCCAGGTAGC  50

seq1  ATTTTGCT-ATTGCCTACAGACAAAGTCACGTGCTCC-TCCATG-ACTTG  95
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||
seq2  ATTTTGCTAATTGCCTACAGACAAAGTAACGTGCTCCTTCCATGAACTTG  100

seq1  AAC-AAAGGGGTGACTTATAGGGTATTTACTTTAAATATG-CCAGCCACA  143
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AACAAAAGGGGTGACTTATAGGGTATTTACTTTAAATATGCCCAGCCACA  150

seq1  C-TTATAATCTATTTAAAGCA-TTTTCATGTTAGGTTTTAATGTATATTT  191
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATAATCTATTTAAAGCATTTTTCATGTTAGGTTTTAATGTATATTT  200

seq1  TGCAAACATGCATGCATGTGCTTTCATGATGTAGCATGTATGTGGAAATC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACATGCATGCATGTGCTTTCATGATGTAGCATGTATGTGGAAATC  250

seq1  AGAAGAGAGATACTTGGGAGTTGC-TTGCCACTCCACCAC-AAGGATCCC  289
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGAAGAGAGATACTTGGGAGTTGCTTTGCCACTCCACCACAAAGGATCCC  300

seq1  GACTCAGTTGAGCAGTGACCATCTCCCACTCAGCCATTCCATCCACCCCA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGTTGAGCAGTGACCATCTCCCACTCAGCCATTCCATCCACCCCA  350

seq1  TAATACTAATGCAGGAAGTACATTAAAATAGCCAAGAGGAAAGATAGCTT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTAATGCAGGAAGTACATTAAAATAGCCAAGAGGAAAGATAGCTT  400

seq1  TTTGTATAGCAAAGGTATGAAAGGGTGCCTATATAAAATAGAACCTGGAA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATAGCAAAGGTATGAAAGGGTGCCTATATAAAATAGAACCTGGAA  450

seq1  TTTGGAGATAGAAAGGGATTATATAAATTAAAAAATATGCAGAGGAAGAG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGATAGAAAGGGATTATATAAATTAAAAAATATGCAGAGGAAGAG  500

seq1  ATTAAATGATGGCAAATTCATTGTCATCACATGCACACACACACACACAC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATGATGGCAAATTCATTGTCATCACATGCACACACACACACACAC  550

seq1  ACACACACACACACACACATACACACTGTGGCTTTGCTAATAGTTAACAC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACATACACACTGTGGCTTTGCTAATAGTTAACAC  600

seq1  TGAGTTAACTAATTGAAACTCTTCCCTTTTAAAACTCTATAAACAGAGAA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTAACTAATTGAAACTCTTCCCTTTTAAAACTCTATAAACAGAGAA  650

seq1  TTTGGTTAACGAAATGGCTTATTTAAGATTGTGGTGTCTTCGGAAACAGT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTAACGAAATGGCTTATTTAAGATTGTGGTGTCTTCGGAAACAGT  700

seq1  ATTAAAATAAAGCTGATTTCTCCCTCACAGTGGTTTGAGGTTTTGGTGGA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATAAAGCTGATTTCTCCCTCACAGTGGTTTGAGGTTTTGGTGGA  750

seq1  CTATCCAGATGGATAAGTCAAAGAAGGTGTTACTACAGATGCACTTCAGC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCAGATGGATAAGTCAAAGAAGGTGTTACTACAGATGCACTTCAGC  800

seq1  AGAGAGTGCTGTGCTACAGAGAGAGATAGGAGACTCATTAGCCAAGTATG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTGCTGTGCTACAGAGAGAGATAGGAGACTCATTAGCCAAGTATG  850

seq1  TGTTAGATGAATCCCTGACAGTGCTGAGACCCAATGAGGAGTTATAATTG  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGATGAATCCCTGACAGTGCTGAGACCCAATGAGGAGTTATAATTG  900

seq1  TAAAGATGTAACCGAGAATTC  910
      |||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATGTAACCGAGAATTC  921

seq1: chr5_17072762_17073971
seq2: B6Ng01-163D23.g_68_1260

seq1  GAATTCTTTTTAAAGGACAATTTAAAATCATTGATTATTAATATATTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTAAAGGACAATTTAAAATCATTGATTATTAATATATTAGA  50

seq1  TAATTGCACTTTTTATATGAGTTCTTTTGAGTAACCTATATCTATCTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCACTTTTTATATGAGTTCTTTTGAGTAACCTATATCTATCTAAA  100

seq1  AATTAAGTAAAGAAATAAAATGATGAGTGACCTTTATAATTTAATCAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTAAAGAAATAAAATGATGAGTGACCTTTATAATTTAATCAATT  150

seq1  AAATGTAAACATAAAATTAATAAAATTTCAGGCCTTAGAAGATTGTATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAAACATAAAATTAATAAAATTTCAGGCCTTAGAAGATTGTATCT  200

seq1  TATTAAGATTCTAGTAAAATAAACTTAAAATGAAACAAACTAAACTTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGATTCTAGTAAAATAAACTTAAAATGAAACAAACTAAACTTAAG  250

seq1  TATGAGAATAAATAAGAACATATTCAATTTCTAGAATGGATAACTAGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAATAAATAAGAACATATTCAATTTCTAGAATGGATAACTAGTTT  300

seq1  TCTCTTTATTTTATAAATTTTTATAAAATATTTTTAAAATTGTAATCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTATTTTATAAATTTTTATAAAATATTTTTAAAATTGTAATCTGA  350

seq1  GAAATCAAGAATATTTTTAGAATTTTAGCTTTAAAAATATTTCAGCGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCAAGAATATTTTTAGAATTTTAGCTTTAAAAATATTTCAGCGAAG  400

seq1  AATTTAAAAATTAACTCATACCATTTGTGTTTTTAGTAATTGATTGCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAAAATTAACTCATACCATTTGTGTTTTTAGTAATTGATTGCCAG  450

seq1  CTATTAAAAAGTTCTTGAAGTTTGTTCAAAACAAATATAAACTTCAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAAAAAGTTCTTGAAGTTTGTTCAAAACAAATATAAACTTCAAGTG  500

seq1  TGTTCTAAAGGTGGAAATACCAACTAAATACCTTTGGTGACAAAATTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAAAGGTGGAAATACCAACTAAATACCTTTGGTGACAAAATTGTG  550

seq1  ACCCTCAAAAACATATTACCTAAGATGTCTCTCCTAATCTGCATTTGTCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCAAAAACATATTACCTAAGATGTCTCTCCTAATCTGCATTTGTCG  600

seq1  AATTGCCCTACTATAAAAGACAACAAAATATTTGATTTAGGTTTCAAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCCCTACTATAAAAGACAACAAAATATTTGATTTAGGTTTCAAAAG  650

seq1  TCCACAAAACATTCTTTAAACAAATGTTTAGTTGAATTTAGCAGCCAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAAAACATTCTTTAAACAAATGTTTAGTTGAATTTAGCAGCCAGCT  700

seq1  ACCAAGAGGTGATGTGTGCCCAAAATTCACTCTGTTGCTAGCTATAAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGAGGTGATGTGTGCCCAAAATTCACTCTGTTGCTAGCTATAAAAT  750

seq1  GCCCAAGAACTCAAAAATGATGCCTCACATCATGGTAACATTAAAGAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAGAACTCAAAAATGATGCCTCACATCATGGTAACATTAAAGAACA  800

seq1  TGGAAGAACTAATGTTATAGTAGTAAGACAGAAAACAGAAACTGTTAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAACTAATGTTATAGTAGTAAGACAGAAAACAGAAACTGTTAGCA  850

seq1  CATTATTGTATTTAATTAACCTATAAACCTAACAATAGTTTTAATTCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTGTATTTAATTAACCTATAAACCTAACAATAGTTTTAATTCATA  900

seq1  TTTTCAAACAAAACTTGATGTCAAACAACTCCCCAAATACATAATTAGTA  950
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTC-AACAAAACTTGATGTCAAACAACTCCCCAAATACATAATTAGTA  949

seq1  GGTTAAGAATTAGAAATAAATGTCAAACATACTTGAGATATATCGGAACT  1000
       ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  -GTTA--GATTAGAAATAAATGTCAAACATACTTGAGATATATCGG-ACT  995

seq1  GATATGTTACTATATTATAACTAACACTACGTGATGTGTTTTGCTGAGGG  1050
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTTACTATATTATAACT-ACACTACGTGATGTGTTTTGCTGAGGG  1044

seq1  TTGAAGAAAGGACTGC-AGAGAGA-TCCACGCTTGAGGTGAGCCGGTTTG  1098
      |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||
seq2  TTGAAG-AAGGACTGCAAGAGAGATTCCACGCTTGAGGTGAGCCG--TTG  1091

seq1  CCTGAAGGTGGTTTGAGGG-TAGAGAAAAGCACATGTG-TAGTCACAGAC  1146
       ||| |||||||||||||| |||| ||||||   |||| |||||||||| 
seq2  -CTG-AGGTGGTTTGAGGGTTAGA-AAAAGCCATTGTGTTAGTCACAGA-  1137

seq1  CTGGGAGGAGTCATGGGATGGTCAAAAACTGAAATGAAACACACTTCACC  1196
      |||||| ||  |||  ||  |||  |||||   ||| ||||| | |||||
seq2  CTGGGA-GATCCAT--GAATGTC--AAACT--TATG-AACAC-CCTCACC  1178

seq1  AAG-TACATTTATCT  1210
      ||| |||||||||||
seq2  AAGTTACATTTATCT  1193