BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163E04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 53,769,684 - 53,937,692
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041911
Upstream geneLOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b, Zcchc4, Anapc4, Slc34a2, 2310045A20Rik, 1810013D10Rik, LOC100041198
Downstream geneRbpj, Cckar, Tbc1d19, Stim2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163E04.bB6Ng01-163E04.g
ACCDH955893DH955894
length1,1461,177
definitionDH955893|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163E04, 5' end.DH955894|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163E04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,769,684 - 53,770,848)(53,936,514 - 53,937,692)
sequence
gaattctctgaagtcctgtgtgccttcttcatacaacatagcactcaggg
aggatagccatcagatcttggtccagccatgcccccatggtgctcaataa
tctaacaaaggctatgtgtatgacaggagagcaaggacctttaatctgct
ggagcccagggcatctgccagccatcggagaaccaactgtctccttttcc
cccatcagaaactgggctgccgccaaagcgccctttcctcttgcttatga
agcccaggatccccctgctctgcaggctgctgcctcctcttcccctccta
gctagcccagcctcttctctctgttccgccttctcctcaccccatctctt
tttctcttcctctttccatgcctctgatctcccaatgcccccatccttcc
tgttcccttggcagagggcaatggtgtcatcaggggttggccctgggtct
cctctagctcagaactgactggcttcatgcgaagtctctgtatacagctt
cagtgaagacagcttctctcaatagctctctcatccgtccagtttgcgaa
tggagaaactgatgctgagagagatgacactacctcctctcaaggtcttc
tgctgatgtaattttgctcaaggaatcattcactgaacacatctgatccc
ctcttcttggaaagttccagtctgcatgattgcaccagggctattaactg
aagtgctaccttctgtacccttaagacatccaaccccattgtgatcctac
tgcctctcccacccccaatttagcataagtctagtgcaggaaagttttgg
gtctttctatatctcagggcccttatttcatcatctatggagaatgagcg
atattggtttcttttgataataccagggtcttaagctctctgcataatgt
atttgcaggagcttacagtagaatggcttcctttggtctcacctagactg
tcaaccactctccccaccttccctctttgtcttgaggtttttgtaaatgc
aagaaaatgtgagtttcgaacacccctcaggagaaggaaagcctatctgc
tatattatgacacttagcagttttgtattggaggaacgaaacagagtgtt
cagtagctagggaagtagactggctctgaagtttctttcaggcaca
gaattcagtacaagcaattttgtcccaaaagggtttggggagctgattca
gtggataacgggcttgctgtgcaaacatgaagatctgaacttggatcctg
agcatctgcatagaaactggttgtggtgactgatgcctgtgaccccagca
ctaggaagcaggggcaggaagattcctggggattgcctgaccaagccagt
ctcaccaactttgcaaggcctggttcagtgagaatctctgtctcataata
taataaacatgctagtcatggtagcatatgcatttaatcccagcctgtgg
gaagcagaggcaggtggatctctatgagttcaaggggagcctgatctata
taacaagttccaggctagtcagggctatatagtgagatcctgtctttaaa
aattggatagaaatggttgctgtgcaagtgtgaagacctgagtgaggacc
ccagagagacagaaaggtcaaaaatatagtgtggacatctgtaatctgtt
ttaaaatgttatttagttattatatatacaatattctgtctgcatgtatg
cctgcacaccaatagaggataccagatctcattatagatggttgtgagcc
accatgtggtttctggggattgaactcaggacgtctagaagagcagacag
tgctctcaacctctgagtcatttctccagccggaacatctgtaatcttag
tgcttctatggacagataggagcagagacatgagagtcctgtgggagtac
ttgggcctgattcagaacaacaacaagaaacaaacaaacaacaaaatgag
atgctgtcttcaacaaagtggaaggtgaggaccaatacccaaggttttca
cctcatcacctatgttctgagcacatgtgtgcctgcacttacacacctga
gcatgcatccatgcatgcagcacatcctgacagaaggggagactcattag
cttggagcttcaccgaggagacaccagtatcacttctggccactgcacat
tacttggtgcatacaccacatataccatacagcacaattattaagtaaca
cacaccattttaaggaaaactctcctccatggtggtttcagttttggttc
tgtttgttgtccggattttattttttgccctggaattcccttgccttatg
gttcctctctacttcctagactgactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_53769684_53770848
seq2: B6Ng01-163E04.b_47_1192

seq1  GAATTCTCTGAAGTCCTGTGTGCCTTCTTCATACAACATAGCACTCAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAAGTCCTGTGTGCCTTCTTCATACAACATAGCACTCAGGG  50

seq1  AGGATAGCCATCAGATCTTGGTCCAGCCATGCCCCCATGGTGCTCAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGCCATCAGATCTTGGTCCAGCCATGCCCCCATGGTGCTCAATAA  100

seq1  TCTAACAAAGGCTATGTGTATGACAGGAGAGCAAGGACCTTTAATCTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACAAAGGCTATGTGTATGACAGGAGAGCAAGGACCTTTAATCTGCT  150

seq1  GGAGCCCAGGGCATCTGCCAGCCATCGGAGAACCAACTGTCTCCTTTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCAGGGCATCTGCCAGCCATCGGAGAACCAACTGTCTCCTTTTCC  200

seq1  CCCATCAGAAACTGGGCTGCCGCCAAAGCGCCCTTTCCTCTTGCTTATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCAGAAACTGGGCTGCCGCCAAAGCGCCCTTTCCTCTTGCTTATGA  250

seq1  AGCCCAGGATCCCCCTGCTCTGCAGGCTGCTGCCTCCTCTTCCCCTCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGGATCCCCCTGCTCTGCAGGCTGCTGCCTCCTCTTCCCCTCCTA  300

seq1  GCTAGCCCAGCCTCTTCTCTCTGTTCCGCCTTCTCCTCACCCCATCTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCCCAGCCTCTTCTCTCTGTTCCGCCTTCTCCTCACCCCATCTCTT  350

seq1  TTTCTCTTCCTCTTTCCATGCCTCTGATCTCCCAATGCCCCCATCCTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTCCTCTTTCCATGCCTCTGATCTCCCAATGCCCCCATCCTTCC  400

seq1  TGTTCCCTTGGCAGAGGGCAATGGTGTCATCAGGGGTTGGCCCTGGGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCTTGGCAGAGGGCAATGGTGTCATCAGGGGTTGGCCCTGGGTCT  450

seq1  CCTCTAGCTCAGAACTGACTGGCTTCATGCGAAGTCTCTGTATACAGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGCTCAGAACTGACTGGCTTCATGCGAAGTCTCTGTATACAGCTT  500

seq1  CAGTGAAGACAGCTTCTCTCAATAGCTCTCTCATCCGTCCAGTTTGCGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAGACAGCTTCTCTCAATAGCTCTCTCATCCGTCCAGTTTGCGAA  550

seq1  TGGAGAAACTGATGCTGAGAGAGATGACACTACCTCCTCTCAAGGTCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAACTGATGCTGAGAGAGATGACACTACCTCCTCTCAAGGTCTTC  600

seq1  TGCTGATGTAATTTTGCTCAAGGAATCATTCACTGAACACATCTGATCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATGTAATTTTGCTCAAGGAATCATTCACTGAACACATCTGATCCC  650

seq1  CTCTTCTTGGAAAGTTCCAGTCTGCATGATTGCACCAGGGCTATTAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTTGGAAAGTTCCAGTCTGCATGATTGCACCAGGGCTATTAACTG  700

seq1  AAGTGCTACCTTCTGTACCCTTAAGACATCCAACCCCATTGTGATCCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTACCTTCTGTACCCTTAAGACATCCAACCCCATTGTGATCCTAC  750

seq1  TGCCTCTCCCACCCCCAATTTAGCATAAGTCTAGTGCAGGAAAGTTTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCCCACCCCCAATTTAGCATAAGTCTAGTGCAGGAAAGTTTTGG  800

seq1  GTCTTTCTATATCTCAGGGCCCTTATTTCATCATCTATGGAGAATGAGCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTATATCTCAGGGCCCTTATTTCATCATCTATGGAGAATGAGCG  850

seq1  ATATTGGTTTCTTTTGATAATACCAGGGTCTTAAGCTCTCTGCATAATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGGTTTCTTTTGATAATACCAGGGTCTTAAGCTCTCTGCATAATGT  900

seq1  ATTTGCAGGAGCTTACAGTAGAATGGCTTCCTTTTGGTCTCACCTAGACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCAGGAGCTTACAGTAGAATGGCTTCC-TTTGGTCTCACCTAGACT  949

seq1  GTCAACCACTCTCCCCACCTTCCCTCTTTGTCTTGAGGTTTTTGTAAATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACCACTCTCCCCACCTTCCCTCTTTGTCTTGAGGTTTTTGTAAATG  999

seq1  CAAAGAAAATTGTGAGTTTCGAACA-CCCTCAGGGAGAAGGGAAAGCCTA  1049
      | ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||
seq2  C-AAGAAAA-TGTGAGTTTCGAACACCCCTCA-GGAGAA-GGAAAGCCTA  1045

seq1  TCTGCTAATTATTATGAACCAACTAGCCAGGTTTGTATGGAGGGAACAGA  1099
      |||||||  ||||||||  ||  ||| ||| ||||||| |  ||||| ||
seq2  TCTGCTA--TATTATGA--CACTTAG-CAGTTTTGTATTGGAGGAAC-GA  1089

seq1  AACAGAGTTTGTTCAGGTAGCTAGGGAAGTAGACCCTGGCTCCTGGAAGT  1149
      |||||||  |||||| |||||||||||||||||  |||||||   |||||
seq2  AACAGAG--TGTTCA-GTAGCTAGGGAAGTAGA--CTGGCTC--TGAAGT  1132

seq1  TTCTTTTCAGGGCACA  1165
      ||| ||||| ||||||
seq2  TTC-TTTCA-GGCACA  1146

seq1: chr5_53936514_53937692
seq2: B6Ng01-163E04.g_68_1244 (reverse)

seq1  CAGTCCTGAGTCTAGGAAGTAGA-AGGACCAATAAGGC-AGGGATTTCCA  48
      |||||   ||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||| |||||
seq2  CAGTC---AGTCTAGGAAGTAGAGAGGAACCATAAGGCAAGGGAATTCCA  47

seq1  GGGCAAAAATAAAAACCAGAACAAACAAACAGAAACAAAACTGAAACCA-  97
      |||||||||  |||| | | || ||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  GGGCAAAAAATAAAATCCGGAC-AACAAACAGAACCAAAACTGAAACCAC  96

seq1  CAT-GAGAGAAGTTTTTCTTTAAATGTGTGTGT-TTACTT-ATATGTGTG  144
      ||| |||   |||||| ||| ||||| |||||| |||||| |||  ||||
seq2  CATGGAGGAGAGTTTTCCTTAAAATG-GTGTGTGTTACTTAATAATTGTG  145

seq1  CTTGTATGGTATATGTGTGTATATGCA-CATGT-ATGTGCAGTGGCCAGA  192
      | ||||||||||||||| || |||||| || || ||||||||||||||||
seq2  C-TGTATGGTATATGTG-GTGTATGCACCAAGTAATGTGCAGTGGCCAGA  193

seq1  AGTTGATACTGGGTGTCTTCCTCGGTGAAGCTCC-AGCTTATGAGTTCTC  241
      || ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||
seq2  AG-TGATACT-GGTGTC-TCCTCGGTGAAGCTCCAAGCTAATGAG-TCTC  239

seq1  ACCTTCTGTCAGGATGTGCTGCATGCATGGATGCATGCTCAGGTGTGTAA  291
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTGTCAGGATGTGCTGCATGCATGGATGCATGCTCAGGTGTGTAA  289

seq1  GTGCAGGCACACATGTGCTCAGAACATAGGTGATGAGGTGAAAACCTTGG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGCACACATGTGCTCAGAACATAGGTGATGAGGTGAAAACCTTGG  339

seq1  GTATTGGTCCTCACCTTCCACTTTGTTGAAGACAGCATCTCATTTTGTTG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGGTCCTCACCTTCCACTTTGTTGAAGACAGCATCTCATTTTGTTG  389

seq1  TTTGTTTGTTTCTTGTTGTTGTTCTGAATCAGGCCCAAGTACTCCCACAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTCTTGTTGTTGTTCTGAATCAGGCCCAAGTACTCCCACAG  439

seq1  GACTCTCATGTCTCTGCTCCTATCTGTCCATAGAAGCACTAAGATTACAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCATGTCTCTGCTCCTATCTGTCCATAGAAGCACTAAGATTACAG  489

seq1  ATGTTCCGGCTGGAGAAATGACTCAGAGGTTGAGAGCACTGTCTGCTCTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCGGCTGGAGAAATGACTCAGAGGTTGAGAGCACTGTCTGCTCTT  539

seq1  CTAGACGTCCTGAGTTCAATCCCCAGAAACCACATGGTGGCTCACAACCA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACGTCCTGAGTTCAATCCCCAGAAACCACATGGTGGCTCACAACCA  589

seq1  TCTATAATGAGATCTGGTATCCTCTATTGGTGTGCAGGCATACATGCAGA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAATGAGATCTGGTATCCTCTATTGGTGTGCAGGCATACATGCAGA  639

seq1  CAGAATATTGTATATATAATAACTAAATAACATTTTAAAACAGATTACAG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATTGTATATATAATAACTAAATAACATTTTAAAACAGATTACAG  689

seq1  ATGTCCACACTATATTTTTGACCTTTCTGTCTCTCTGGGGTCCTCACTCA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCACACTATATTTTTGACCTTTCTGTCTCTCTGGGGTCCTCACTCA  739

seq1  GGTCTTCACACTTGCACAGCAACCATTTCTATCCAATTTTTAAAGACAGG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCACACTTGCACAGCAACCATTTCTATCCAATTTTTAAAGACAGG  789

seq1  ATCTCACTATATAGCCCTGACTAGCCTGGAACTTGTTATATAGATCAGGC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACTATATAGCCCTGACTAGCCTGGAACTTGTTATATAGATCAGGC  839

seq1  TCCCCTTGAACTCATAGAGATCCACCTGCCTCTGCTTCCCACAGGCTGGG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTGAACTCATAGAGATCCACCTGCCTCTGCTTCCCACAGGCTGGG  889

seq1  ATTAAATGCATATGCTACCATGACTAGCATGTTTATTATATTATGAGACA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATGCATATGCTACCATGACTAGCATGTTTATTATATTATGAGACA  939

seq1  GAGATTCTCACTGAACCAGGCCTTGCAAAGTTGGTGAGACTGGCTTGGTC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTCTCACTGAACCAGGCCTTGCAAAGTTGGTGAGACTGGCTTGGTC  989

seq1  AGGCAATCCCCAGGAATCTTCCTGCCCCTGCTTCCTAGTGCTGGGGTCAC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATCCCCAGGAATCTTCCTGCCCCTGCTTCCTAGTGCTGGGGTCAC  1039

seq1  AGGCATCAGTCACCACAACCAGTTTCTATGCAGATGCTCAGGATCCAAGT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCAGTCACCACAACCAGTTTCTATGCAGATGCTCAGGATCCAAGT  1089

seq1  TCAGATCTTCATGTTTGCACAGCAAGCCCGTTATCCACTGAATCAGCTCC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCTTCATGTTTGCACAGCAAGCCCGTTATCCACTGAATCAGCTCC  1139

seq1  CCAAACCCTTTTGGGACAAAATTGCTTGTACTGAATTC  1179
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCCTTTTGGGACAAAATTGCTTGTACTGAATTC  1177