BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165N16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 68,381,077 - 68,488,804
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAY616753
Upstream gene3732412D22Rik, Phox2b, Tmem33, Slc30a9, EG666938, C330024D21Rik, D830007B15Rik, Atp8a1, LOC100042458, EG330097, EG666977
Downstream geneLOC666996
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165N16.bB6Ng01-165N16.g
ACCDH957798DH957799
length1,0661,097
definitionDH957798|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165N16, 5' end.DH957799|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165N16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,487,730 - 68,488,804)(68,381,077 - 68,382,195)
sequence
gaattccagtcttaagacatcatcatcatcatcaccaccaccaccatcat
caccatcatcatacgtttaaaacttctttgagcatcagtggcatacacaa
tgctaacaacaaatttagtgtatttaattcttatagtgaaatttccatga
tgatactgtctgaggtcatgaatctaaattctagcttcagagaggatctt
gattagatgacagagttatatagattcaaccaagtcagcgtggaaaacta
gatagtggcccttccaaagtctgggagctccccagctcccccactggacc
ctcctgaaccccagcacctcactattgtgtcctttcccttttcataccag
agtggttactaactcacactctgttgatagactccattgcccatgaggta
gactgtgactcagaatctttgcttccttaccaaattatatcccacattta
gcagtaagttatatcacactggggtacaattttcagagaatgtgtgtgtg
tggctgtgtgtgtgttgtcatttgtcttttttgaaagactcctttgagat
aagtaaagtgagagatcctttgtcctcctcctgaaagcaagcaggccaag
agattagctttaagttacatagcacatcagaaagcactctgggaccagac
ccagatttcttgatgacctgacaggccagtctgaagattttaatcagcag
gccagcaatggaacagagcaatggcttctgcaattggcagaatattcttc
atctgttccttgcttgcttttcctcttcatgagactctgcgaatacttgt
agttagttcaatgtatgttaatagatgcatcttaacattgtgttaaataa
ctaaccactcaccctaattctcaaaggtgtaggtgcagagctctaaagaa
gggaacttctccacatttctttgtgagacacaaatggttcatttaaacat
agccctgactcctgtttactgtatcttcaagtatctctggagactcctgt
gcgtagttcatcgtcatatgtaatgaaattgtgacctagactacagatga
gaaatttagcctgtta
gaattcctggagtgtagtgcacttggcgagaggtgtatgagctctctccc
acacctcattgtgtgtttctcttctgtatcttctgaggtaggttttatga
tgaaccagtagacagtggaccagtagacaaacaagcatttccttcaattc
aatgactgcctcaatcaaactaatcaagttgaagaatgggactctaggga
attttggtttataaagctgggtccaagcctagtgaaaaacaagccagggt
ttacaaatggcctccaaggtgataagaatagtcacgagaattgaacattc
accctgtgtaatctagcaatacccaggtaacagtgtcagaaatgagctag
aggacacctagctggtacacactacaaaatcaattgccttgttttgggtg
catgagtaaatctcactgccctttaggatcacagaaagttgtgatgctca
tggtgtgaaaggagaggacaaacgggcagcttgctctttacacacaagtg
ttctttcctctctgatcttaaaaaaaaattcctgatgacaacaggaagga
ttgctcagctagctatttatctagtgttggattgattggtacatcaaaca
agtgaaattagaaatttatacttcatcatgttagataaagcatgtgtgct
atgttggagtatttattctattaactccagctactgccacatattagcca
gagaactctgtctgactgctcagtaaacagccccaaccacctcttagatt
tcttcttgatcagtgtttgcagagcaaacagaaacttgataggcccacat
agattgcaaaatgaatttcctgtatgtggtgccaacacattcttttttcc
tggcagcctagttttgttttgtaggtttattcacctttccaaatttgcat
tctgactttcatccaaagctttgaaagatatttacaggatggagtgagta
tattgtacacaggtggctggtggatgaaaactctgcaaaggccactgatc
ttttgtgatagagtagaaaatactgtaatacagtgattatgtggcaatgg
aaagcacttaaatccatgaagtgtccgattagaacatagtgggaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_68487730_68488804
seq2: B6Ng01-165N16.b_45_1110 (reverse)

seq1  TAACAGGCCTAGATTTCCTCATCTGTTAAGTCTAGGTCACAATTTTCATT  50
      ||||||| ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||
seq2  TAACAGG-CTAAATTT-CTCATCTGT--AGTCTAGGTCACAA-TTTCATT  45

seq1  ACATATGACGATGAAACTAACGCACAGGAAGTCTCCAGAGATACCTTGAA  100
      ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  ACATATGACGATG-AACT-ACGCACAGG-AGTCTCCAGAGATA-CTTGAA  91

seq1  GATACAGTAAACAGGAGTCAGGGCTATGTTTAAATGAACCATTTGTGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGTAAACAGGAGTCAGGGCTATGTTTAAATGAACCATTTGTGTCT  141

seq1  CACAAAGAAATGTGGAGAAGTTCCCTTCTTTAGAGCTCTGCACCTACACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGAAATGTGGAGAAGTTCCCTTCTTTAGAGCTCTGCACCTACACC  191

seq1  TTTGAGAATTAGGGTGAGTGGTTAGTTATTTAACACAATGTTAAGATGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAATTAGGGTGAGTGGTTAGTTATTTAACACAATGTTAAGATGCA  241

seq1  TCTATTAACATACATTGAACTAACTACAAGTATTCGCAGAGTCTCATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAACATACATTGAACTAACTACAAGTATTCGCAGAGTCTCATGAA  291

seq1  GAGGAAAAGCAAGCAAGGAACAGATGAAGAATATTCTGCCATTTGCAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAGGAAAAGCAAGCAAGGAACAGATGAAGAATATTCTGCCAATTGCAGAA  341

seq1  GCCATTGCTCTGTTCCATTGCTGGCCTGCTGATTAAAATCTTCAGACTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGCTCTGTTCCATTGCTGGCCTGCTGATTAAAATCTTCAGACTGG  391

seq1  CCTGTCAGGTCATCAAGAAATCTGGGTCTGGTCCCAGAGTGCTTTCTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAGGTCATCAAGAAATCTGGGTCTGGTCCCAGAGTGCTTTCTGAT  441

seq1  GTGCTATGTAACTTAAAGCTAATCTCTTGGCCTGCTTGCTTTCAGGAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATGTAACTTAAAGCTAATCTCTTGGCCTGCTTGCTTTCAGGAGGA  491

seq1  GGACAAAGGATCTCTCACTTTACTTATCTCAAAGGAGTCTTTCAAAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAAGGATCTCTCACTTTACTTATCTCAAAGGAGTCTTTCAAAAAAG  541

seq1  ACAAATGACAACACACACACAGCCACACACACACATTCTCTGAAAATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGACAACACACACACAGCCACACACACACATTCTCTGAAAATTGT  591

seq1  ACCCCAGTGTGATATAACTTACTGCTAAATGTGGGATATAATTTGGTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGTGTGATATAACTTACTGCTAAATGTGGGATATAATTTGGTAAG  641

seq1  GAAGCAAAGATTCTGAGTCACAGTCTACCTCATGGGCAATGGAGTCTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAAGATTCTGAGTCACAGTCTACCTCATGGGCAATGGAGTCTATC  691

seq1  AACAGAGTGTGAGTTAGTAACCACTCTGGTATGAAAAGGGAAAGGACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGTGTGAGTTAGTAACCACTCTGGTATGAAAAGGGAAAGGACACA  741

seq1  ATAGTGAGGTGCTGGGGTTCAGGAGGGTCCAGTGGGGGAGCTGGGGAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAGGTGCTGGGGTTCAGGAGGGTCCAGTGGGGGAGCTGGGGAGCT  791

seq1  CCCAGACTTTGGAAGGGCCACTATCTAGTTTTCCACGCTGACTTGGTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACTTTGGAAGGGCCACTATCTAGTTTTCCACGCTGACTTGGTTGA  841

seq1  ATCTATATAACTCTGTCATCTAATCAAGATCCTCTCTGAAGCTAGAATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATATAACTCTGTCATCTAATCAAGATCCTCTCTGAAGCTAGAATTT  891

seq1  AGATTCATGACCTCAGACAGTATCATCATGGAAATTTCACTATAAGAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCATGACCTCAGACAGTATCATCATGGAAATTTCACTATAAGAATT  941

seq1  AAATACACTAAATTTGTTGTTAGCATTGTGTATGCCACTGATGCTCAAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACACTAAATTTGTTGTTAGCATTGTGTATGCCACTGATGCTCAAAG  991

seq1  AAGTTTTAAACGTATGATGATGGTGATGATGGTGGTGGTGGTGATGATGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTAAACGTATGATGATGGTGATGATGGTGGTGGTGGTGATGATGA  1041

seq1  TGATGATGTCTTAAGACTGGAATTC  1075
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGTCTTAAGACTGGAATTC  1066

seq1: chr5_68381077_68382195
seq2: B6Ng01-165N16.g_66_1162

seq1  GAATTCCTGGAGTGTAGTGCACTTGGCGAGAGGTGTATGAGCTCTCTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAGTGTAGTGCACTTGGCGAGAGGTGTATGAGCTCTCTCCC  50

seq1  ACACCTCATTGTGTGTTTCTCTTCTGTATCTTCTGAGGTAGGTTTTATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTCATTGTGTGTTTCTCTTCTGTATCTTCTGAGGTAGGTTTTATGA  100

seq1  TGAACCAGTAGACAGTGGACCAGTAGACAAACAAGCATTTCCTTCAATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCAGTAGACAGTGGACCAGTAGACAAACAAGCATTTCCTTCAATTC  150

seq1  AATGACTGCCTCAATCAAACTAATCAAGTTGAAGAATGGGACTCTAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTGCCTCAATCAAACTAATCAAGTTGAAGAATGGGACTCTAGGGA  200

seq1  ATTTTGGTTTATAAAGCTGGGTCCAAGCCTAGTGAAAAACAAGCCAGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGTTTATAAAGCTGGGTCCAAGCCTAGTGAAAAACAAGCCAGGGT  250

seq1  TTACAAATGGCCTCCAAGGTGATAAGAATAGTCACGAGAATTGAACATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAATGGCCTCCAAGGTGATAAGAATAGTCACGAGAATTGAACATTC  300

seq1  ACCCTGTGTAATCTAGCAATACCCAGGTAACAGTGTCAGAAATGAGCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTGTAATCTAGCAATACCCAGGTAACAGTGTCAGAAATGAGCTAG  350

seq1  AGGACACCTAGCTGGTACACACTACAAAATCAATTGCCTTGTTTTGGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACCTAGCTGGTACACACTACAAAATCAATTGCCTTGTTTTGGGTG  400

seq1  CATGAGTAAATCTCACTGCCCTTTAGGATCACAGAAAGTTGTGATGCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTAAATCTCACTGCCCTTTAGGATCACAGAAAGTTGTGATGCTCA  450

seq1  TGGTGTGAAAGGAGAGGACAAACGGGCAGCTTGCTCTTTACACACAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGAAAGGAGAGGACAAACGGGCAGCTTGCTCTTTACACACAAGTG  500

seq1  TTCTTTCCTCTCTGATCTTAAAAAAAAATTCCTGATGACAACAGGAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCCTCTCTGATCTTAAAAAAAAATTCCTGATGACAACAGGAAGGA  550

seq1  TTGCTCAGCTAGCTATTTATCTAGTGTTGGATTGATTGGTACATCAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCAGCTAGCTATTTATCTAGTGTTGGATTGATTGGTACATCAAACA  600

seq1  AGTGAAATTAGAAATTTATACTTCATCATGTTAGATAAAGCATGTGTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAATTAGAAATTTATACTTCATCATGTTAGATAAAGCATGTGTGCT  650

seq1  ATGTTGGAGTATTTATTCTATTAACTCCAGCTACTGCCACATATTAGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGAGTATTTATTCTATTAACTCCAGCTACTGCCACATATTAGCCA  700

seq1  GAGAACTCTGTCTGACTGCTCAGTAAACAGCCCCAACCACCTCTTAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTCTGTCTGACTGCTCAGTAAACAGCCCCAACCACCTCTTAGATT  750

seq1  TCTTCTTGATCAGTGTTTGCAGAGCAAACAGAAACTTGATAAGGCCCACA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTTCTTGATCAGTGTTTGCAGAGCAAACAGAAACTTGAT-AGGCCCACA  799

seq1  TAGATTGCAAAATGAATTTCCTGTATGTGGTGCCAACACATTCTTTTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGCAAAATGAATTTCCTGTATGTGGTGCCAACACATTCTTTTTTC  849

seq1  CTGGCAGCCTAGTTTTGTTTTGTAGGTTTATTCACCTTTCCAAATTTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGCCTAGTTTTGTTTTGTAGGTTTATTCACCTTTCCAAATTTGCA  899

seq1  TTCTGACTTTTCATCCAAAGCTTTGAAAGATATTTACAGGATGGAGTGAG  950
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAC-TTTCATCCAAAGCTTTGAAAGATATTTACAGGATGGAGTGAG  948

seq1  TAATATTGTAACACAGGTGGCTGGGTTGGAATTGAAAAACCTCTGCAAAA  1000
      | ||||||| ||||||||||||||  ||||  ||||||  |||||| |||
seq2  T-ATATTGT-ACACAGGTGGCTGG--TGGA--TGAAAA--CTCTGC-AAA  989

seq1  GGCCACTGATC-TTTGTGATAAGAGTAG-AAATACTGTTAAATACAAGTG  1048
      ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||  ||||| ||||
seq2  GGCCACTGATCTTTTGTGAT-AGAGTAGAAAATACTGT--AATAC-AGTG  1035

seq1  ATTAATTGTGCAATGGGAAAGCACTAAAATTCCATGATGTGTCCCGATTT  1098
      ||||  || ||||| |||||||||| ||| ||||||| |||| |||||| 
seq2  ATTATGTG-GCAAT-GGAAAGCACTTAAA-TCCATGAAGTGT-CCGATT-  1080

seq1  AGGAGCTATAAAGTGGGAATT  1119
         ||  | | ||||||||||
seq2  ---AG-AACATAGTGGGAATT  1097