BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168N24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 109,525,596 - 109,641,121
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVmn2r12, LOC231589
Upstream geneMtf2, Tmed5, Ccdc18, EG633606, LOC666614, Dr1, Pigg, Pde6b, Atp5k, Mfsd7, Pcgf3, LOC100042557, Cplx1, LOC100042571, Gak, Tmem175, Dgkq, Idua, Slc26a1, LOC100042616, Fgfrl1, LOC671564, 1810008K16Rik, EG627479, EG435864, EG667087, LOC100041615, V2r16, LOC545792, EG384219
Downstream geneEG231591, LOC667128, EG211223, EG384220, EG636052, EG384221, LOC667159, LOC667171, Tpte2, EG667185, LOC671695, LOC636173, LOC624831, LOC100041734, LOC100042749, LOC667198, 4930522L14Rik, LOC667243, Plcxd1, Gtpbp6, LOC675812, Chfr, Golga3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168N24.bB6Ng01-168N24.g
ACCDH960001DH960002
length1,0581,108
definitionDH960001|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168N24, 5' end.DH960002|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168N24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,525,596 - 109,526,662)(109,640,005 - 109,641,121)
sequence
gaattcccatccaccaatttccatggttaacccacctattcgctaggcca
ttgtgtattcccatgtttggggcagactcggctattgtcctaagtaatca
ctatgcagactagccctgagcttatctagctttgttctttgtaatgccta
attagtttcactgtctctactagaagcgaatttgaatgttaatgagtagg
caacattcttactgaattccaagctcatgggcctcaaggattttctagga
gcctttggaacactggcagagggttagctatatcaaaaaaatcaatcctt
aaaggcacttttaataaaacaatactgagagagagagcataaaccagaat
aacgcggggacatgatttgagtatatggtctatgggaatgccaaggttcc
aggaggcatagttttcttgaaacactttgccttgtgagtgcttccaggcc
tctcggcctgtcaagtagacttcactggagtgagcatagcacacaagtaa
atatagatagtgtaagtatacatattatagtatacatattatatatatgt
atatatgtatacacacatacacacacacatataatatatataatgttata
tatgtaaatatagaatcaggtatagtagacacacacatacataaatattt
caatgtatgaatttatgcccaactggtttggagaccaaacttagataacc
tttttatgaaggcatttagatagtaatcattgggagacaatcgaatacag
gcagtgatgcagtctatatatagctcttgccacaggtgggaactatgaat
ttaaggcagatgatgagacatctatcaacatatgatatccacaaagactc
aacagatagactccagacactctcattgtccagcattgtgaattggagtt
caatgtagtaaagctaaactaaactgtgacacattgaaagcattaaaata
gcgattgacatatgatatttttcagtggtctatgtacagggggaagaaga
ggaaacacacacagtttgtgtacacagctatacatctaaaacataacatt
gggagcag
gaattcattgtttttatcaaatggctgagaagcacctgaaaaaaatgttc
aacatccttaatcatcatggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagattcc
acctcacaccagtccgaatggctaagacaaaaattcaggtgacagcagat
gctaatgaggatgtggagaaagagagacagtcctccattgttatttggat
tgcaagttggtacaaccactctggaaatcagtctggcagttcctcagaaa
attagacatagtactagcagaagatccagcaattcctctcctgggcatat
acccagatgatattccaacttgtaataaggacacatggtccactatgacc
atagcagccttatttataatatccaggagctggaaagaacctagatgtcc
ttcaataaggaattaatacagaaaatgtggtacatttacacaatggagta
ctagtcagacaattcttttatgctttagctgctcattttcaatttttcta
acttgtaagtcagaatcaatattaaattttgtaatttttaatgtgataag
aaagtaaaacctaagtatgattcatcactaattctgattatgtctttcat
ttattaacattgaatcatttcagttcatcttggccattgttcagtgttct
aattttaagaatagtaatctattttgaaaattttaaagaaattcaacagg
catgtaaggcagagcttgcagcaagcaaaatggaaaggtagattatagaa
tctatatatagaatagttagaaactaagtagtactgcagtgctccatgct
gtcagtcactgagggaagaagttgttttggaggccagagtgtcaaaaaac
atgctgaatccagatataagccctgacatctcccactgtgccctctagct
ctaactttgttgctgtgcttgtgaaaacaatggagatgatattacagaca
tactagtttggattatgaagatatcacaggatatgatagagcacaaggag
acacagtgtctatcagtatgtctcagtgagtacctgaaatactggtaaat
ctagtagagatgaggattttctgggtaactcttgaatttccaaacttaac
cgtcaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_109525596_109526662
seq2: B6Ng01-168N24.b_46_1103

seq1  GAATTCCCATCCACCAATTTCCATGGTTAACCCACCTATTCGCTAGGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATCCACCAATTTCCATGGTTAACCCACCTATTCGCTAGGCCA  50

seq1  TTGTGTATTCCCATGTTTGGGGCAGACTCGGCTATTGTCCTAAGTAATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTATTCCCATGTTTGGGGCAGACTCGGCTATTGTCCTAAGTAATCA  100

seq1  CTATGCAGACTAGCCCTGAGCTTATCTAGCTTTGTTCTTTGTAATGCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCAGACTAGCCCTGAGCTTATCTAGCTTTGTTCTTTGTAATGCCTA  150

seq1  ATTAGTTTCACTGTCTCTACTAGAAGCGAATTTGAATGTTAATGAGTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTTCACTGTCTCTACTAGAAGCGAATTTGAATGTTAATGAGTAGG  200

seq1  CAACATTCTTACTGAATTCCAAGCTCATGGGCCTCAAGGATTTTCTAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTCTTACTGAATTCCAAGCTCATGGGCCTCAAGGATTTTCTAGGA  250

seq1  GCCTTTGGAACACTGGCAGAGGGTTAGCTATATCAAAAAAATCAATCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGGAACACTGGCAGAGGGTTAGCTATATCAAAAAAATCAATCCTT  300

seq1  AAAGGCACTTTTAATAAAACAATACTGAGAGAGAGAGCATAAACCAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCACTTTTAATAAAACAATACTGAGAGAGAGAGCATAAACCAGAAT  350

seq1  AACGCGGGGACATGATTTGAGTATATGGTCTATGGGAATGCCAAGGTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCGGGGACATGATTTGAGTATATGGTCTATGGGAATGCCAAGGTTCC  400

seq1  AGGAGGCATAGTTTTCTTGAAACACTTTGCCTTGTGAGTGCTTCCAGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCATAGTTTTCTTGAAACACTTTGCCTTGTGAGTGCTTCCAGGCC  450

seq1  TCTCGGCCTGTCAAGTAGACTTCACTGGAGTGAGCATAGCACACAAGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGGCCTGTCAAGTAGACTTCACTGGAGTGAGCATAGCACACAAGTAA  500

seq1  ATATAGATAGTGTAAGTATACATATTATAGTATACATATTATATATATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGATAGTGTAAGTATACATATTATAGTATACATATTATATATATGT  550

seq1  ATATATGTATACACACATACACACACACATATAATATATATAATGTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTATACACACATACACACACACATATAATATATATAATGTTATA  600

seq1  TATGTAAATATAGAATCAGGTATAGTAGACACACACATACATAAATATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAATATAGAATCAGGTATAGTAGACACACACATACATAAATATTT  650

seq1  CAATGTATGAATTTATGCCCAACTGGTTTGGAGACCAAACTTAGATAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTATGAATTTATGCCCAACTGGTTTGGAGACCAAACTTAGATAACC  700

seq1  TTTTTATGAAGGCATTTAGATAGTAATCATTGGGAGACAATCGAATACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGAAGGCATTTAGATAGTAATCATTGGGAGACAATCGAATACAG  750

seq1  GCAGTGATGCAGTCTATATATAGCTCTTGCCACAGGTGGGAACTATGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGATGCAGTCTATATATAGCTCTTGCCACAGGTGGGAACTATGAAT  800

seq1  TTAAGGCAGATGATGAGACATCTATCAACATATGATATCCACAAAGACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCAGATGATGAGACATCTATCAACATATGATATCCACAAAGACTC  850

seq1  AACAGATAGACTCCAGACACTCTCATTGTCCAGCATTGTGAATTGGAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATAGACTCCAGACACTCTCATTGTCCAGCATTGTGAATTGGAGTT  900

seq1  CAATGTAGTAAAGCTAAACTAAACTGTGACACATTGAAAGCATTAAAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTAGTAAAGCTAAACTAAACTGTGACACATTGAAAGCATTAAAATA  950

seq1  GCGATTGACATTATGATTATTTTTCAGTGGTTCTTAATGTTACAGGGGGA  1000
      |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||  ||| ||||||||||
seq2  GCGATTGACA-TATGA-TATTTTTCAGTGG-TCT--ATG-TACAGGGGGA  994

seq1  AGAAGAGGACACAACCACACAGTTTGTGTACACAGCTAAATACATCTAAT  1050
      ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||| 
seq2  AGAAGAGGAAACA--CACACAGTTTGTGTACACAGCT--ATACATCTAAA  1040

seq1  ACATAACATT-GGAGCAG  1067
      |||||||||| |||||||
seq2  ACATAACATTGGGAGCAG  1058

seq1: chr5_109640005_109641121
seq2: B6Ng01-168N24.g_68_1175 (reverse)

seq1  CCTTGACGTGTAAGTTTGAAAATTCAAGAGTTACCAGAAAAATCCTCATC  50
      ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  CCTTGACGGTTAAGTTTGGAAATTCAAGAGTTACCCAGAAAATCCTCATC  50

seq1  TCTACTAGGATTTACCCAGGTATTCAGGTACTCACTGAGGACATACTGAT  100
      ||||||| |||||| ||||   |||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  TCTACTA-GATTTA-CCAGTATTTCAGGTACTCACTGA-GACATACTGA-  96

seq1  TAGACACTGGTGTCTCCTTTGTGCTCTATTCATATCCTGTGAATATCTTC  150
      |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TAGACACT-GTGTCTCC-TTGTGCTCTA-TCATATCCTGTG-ATATCTTC  142

seq1  ATAATCCAAACTAGTATGTTCTGTAATATCATCTCCATTGTTTTCACAAG  200
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCCAAACTAGTATG-TCTGTAATATCATCTCCATTGTTTTCACAAG  191

seq1  CACAGCAACAAAGTTAGAGCTAGAGGGCACAGTGGGAGATGTCAGGGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAACAAAGTTAGAGCTAGAGGGCACAGTGGGAGATGTCAGGGCTT  241

seq1  ATATCTGGATTCAGCATGTTTTTTGACACTCTGGCCTCCAAAACAACTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGGATTCAGCATGTTTTTTGACACTCTGGCCTCCAAAACAACTTC  291

seq1  TTCCCTCAGTGACTGACAGCATGGAGCACTGCAGTACTACTTAGTTTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCAGTGACTGACAGCATGGAGCACTGCAGTACTACTTAGTTTCTA  341

seq1  ACTATTCTATATATAGATTCTATAATCTACCTTTCCATTTTGCTTGCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCTATATATAGATTCTATAATCTACCTTTCCATTTTGCTTGCTGC  391

seq1  AAGCTCTGCCTTACATGCCTGTTGAATTTCTTTAAAATTTTCAAAATAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTGCCTTACATGCCTGTTGAATTTCTTTAAAATTTTCAAAATAGA  441

seq1  TTACTATTCTTAAAATTAGAACACTGAACAATGGCCAAGATGAACTGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATTCTTAAAATTAGAACACTGAACAATGGCCAAGATGAACTGAAA  491

seq1  TGATTCAATGTTAATAAATGAAAGACATAATCAGAATTAGTGATGAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCAATGTTAATAAATGAAAGACATAATCAGAATTAGTGATGAATCA  541

seq1  TACTTAGGTTTTACTTTCTTATCACATTAAAAATTACAAAATTTAATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAGGTTTTACTTTCTTATCACATTAAAAATTACAAAATTTAATATT  591

seq1  GATTCTGACTTACAAGTTAGAAAAATTGAAAATGAGCAGCTAAAGCATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGACTTACAAGTTAGAAAAATTGAAAATGAGCAGCTAAAGCATAA  641

seq1  AAGAATTGTCTGACTAGTACTCCATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTGTCTGACTAGTACTCCATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGT  691

seq1  ATTAATTCCTTATTGAAGGACATCTAGGTTCTTTCCAGCTCCTGGATATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTCCTTATTGAAGGACATCTAGGTTCTTTCCAGCTCCTGGATATT  741

seq1  ATAAATAAGGCTGCTATGGTCATAGTGGACCATGTGTCCTTATTACAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAGGCTGCTATGGTCATAGTGGACCATGTGTCCTTATTACAAGT  791

seq1  TGGAATATCATCTGGGTATATGCCCAGGAGAGGAATTGCTGGATCTTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATATCATCTGGGTATATGCCCAGGAGAGGAATTGCTGGATCTTCTG  841

seq1  CTAGTACTATGTCTAATTTTCTGAGGAACTGCCAGACTGATTTCCAGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTACTATGTCTAATTTTCTGAGGAACTGCCAGACTGATTTCCAGAGT  891

seq1  GGTTGTACCAACTTGCAATCCAAATAACAATGGAGGACTGTCTCTCTTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTACCAACTTGCAATCCAAATAACAATGGAGGACTGTCTCTCTTTC  941

seq1  TCCACATCCTCATTAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGTCTTAGCCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATCCTCATTAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGTCTTAGCCAT  991

seq1  TCGGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCA  1041

seq1  TGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTTCAGGTGCTTCTCAGCCATTTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTTCAGGTGCTTCTCAGCCATTTG  1091

seq1  ATAAAAACAATGAATTC  1117
      |||||||||||||||||
seq2  ATAAAAACAATGAATTC  1108