BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169I06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 112,732,130 - 112,870,375
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTpst2, Tfip11, 2810002G02Rik, Hps4, EG625424, Asphd2, Sez6l
Upstream genePitpnb, Mn1, A230057G18Rik, Cryba4, Crybb1
Downstream geneEG625464, Myo18b, Adrbk2, Crybb2, LOC100042920, Crybb3, 2900026A02Rik, Gm854, Rutbc2, Aym1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169I06.bB6Ng01-169I06.g
ACCDH960473DH960474
length1,1611,155
definitionDH960473|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169I06, 5' end.DH960474|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169I06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,732,130 - 112,733,307)(112,869,209 - 112,870,375)
sequence
gaattctctggaaatggaagactgaaatgcaggtggtcactccttactcc
ttcctgctgtgacacaaatggcagtcactgctggtgttccaggtccttct
ttctagactgaagcctcccagcagcccctgtgtacagactagggcaactg
agactctggtctaaaagatcagggactttcccatctctagagccacgtcc
tgtaccatccgtaccccaggacctgagacaggaccaaggagggatgtaga
ctgtgagatggtgcatatgtgtctgtgaagcttgccttccctggacccct
cccaggctgtgagtgtcctcttggcgtgttaggtctgtgggaatacagcc
tgaacctgaagcatggtgtttggagctgagttgtgaatgctcacagactg
agatgggaaatggattaagttagttcttgcgttagctggttagaaaggtc
ctctcttttcagtgaggcttcaagacataggcactggttgtgtgttgggt
ggtggaagccaggcgttatctgactacaggtaatgccacacctaggtaca
tggtacccttttggagctcacagtgcccagcctgggtagccatgtctggc
attccccgggtagtgacaggcatgctgttgtatcgttttcttttcctgat
gcccagaaccgagaagagggcagaggctggcagagactccccatagtagc
aaaagtctctcccctaaaggcccttgtctggtaccttggggagctgagaa
gcccctctgcctctgacacagtatctccattgctccgcaggactgtcagg
gcaggaagccgtggtgaccaggctcgaggactggtgcttgaaaatgaggg
cgcccaggggaggtgagtctacgcagagaccccacagctctgtcacagcc
ccttcatgcttcatgtttcccgtctccagcattgggtgggcgggtgggcg
agcgggtgggcgagcgggtgaactttctgcacagaggctggtacacacca
ggaataccagcacacaggacactgcagtggactgtggttctaaggcagct
gggccagttctgctgaggtgctcctgcaggcacttcaatcttcacatgtg
tctgaagggattgccattacccctgctcccttgtctggaggaaagccctt
ctctactgaga
gaattccactgcaccatcaaacagtgctgttaatgggatggtgaagccgg
ccccttactgtgcagggtttggctttacagacccagctggggagagccac
tttagaaaggtctcttctaggatccattctgatgtctacagatctgcctg
tcgtgtttatgggagggagcagtgtgtcctgttcctgtttgctgtctggg
cctttccagcattgcttcctagcctgcagcctgacatagtgcatggctga
aggaattgtgtgtccctcaaaaggttacatggtgtttatgcagacagaca
ggagcctccagtgaccaccccctcctcttctctctgcccatcaagcctta
acctgagcaacagcgacatcctgaccatctatgatggcgatgaggttgtg
ccccacgtcctgggccagtactttggccacagcagccctcagaagctgta
ctcctccacaccggacctcaccatccagttccactccgaccctgcaggcc
tcatctttggcaagggccagggatttatcatgaactatataggtaggtat
cccaacccatctgtcttgtttgtgttggaggagaggcatggtggtttcct
gtgggtacgtctgtgaggatactgactctgttagagcgctggcgtagttg
tcctgtgtagttttaggaacaccattgtggaaggctgtgtgaccttgcga
gagtctgtgagccactctgagcacccttcttgcttgtataaagtggaaat
actgtctgtcttagttaaggttttactgctgtgaagagaccatgaccaag
gcaactcttataaaggacaacatttaattggggctggcttacaggttcag
cccattatcatcaaagtaggaacacagtagcatccaggcaggcatggtgc
aggagagctgagagttctacatcttcatctgaaggctgcacaggagattg
tgtgccacactaagtgtagcttgagcgtagagatctcaacccaccttcca
cagtgtgacacacttcctccaacccggcccacctcctccaattagcacac
actgttagaatgcactccaatgccaagcaatcaacacatgagttcataga
gactaacctactcaaaccatacacagggctcgcagtttgatactcggcat
ttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_112732130_112733307
seq2: B6Ng01-169I06.b_48_1208

seq1  GAATTCTCTGGAAATGGAAGACTGAAATGCAGGTGGTCACTCCTTACTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGAAATGGAAGACTGAAATGCAGGTGGTCACTCCTTACTCC  50

seq1  TTCCTGCTGTGACACAAATGGCAGTCACTGCTGGTGTTCCAGGTCCTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCTGTGACACAAATGGCAGTCACTGCTGGTGTTCCAGGTCCTTCT  100

seq1  TTCTAGACTGAAGCCTCCCAGCAGCCCCTGTGTACAGACTAGGGCAACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGACTGAAGCCTCCCAGCAGCCCCTGTGTACAGACTAGGGCAACTG  150

seq1  AGACTCTGGTCTAAAAGATCAGGGACTTTCCCATCTCTAGAGCCACGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTGGTCTAAAAGATCAGGGACTTTCCCATCTCTAGAGCCACGTCC  200

seq1  TGTACCATCCGTACCCCAGGACCTGAGACAGGACCAAGGAGGGATGTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCATCCGTACCCCAGGACCTGAGACAGGACCAAGGAGGGATGTAGA  250

seq1  CTGTGAGATGGTGCATATGTGTCTGTGAAGCTTGCCTTCCCTGGACCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGATGGTGCATATGTGTCTGTGAAGCTTGCCTTCCCTGGACCCCT  300

seq1  CCCAGGCTGTGAGTGTCCTCTTGGCGTGTTAGGTCTGTGGGAATACAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCTGTGAGTGTCCTCTTGGCGTGTTAGGTCTGTGGGAATACAGCC  350

seq1  TGAACCTGAAGCATGGTGTTTGGAGCTGAGTTGTGAATGCTCACAGACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTGAAGCATGGTGTTTGGAGCTGAGTTGTGAATGCTCACAGACTG  400

seq1  AGATGGGAAATGGATTAAGTTAGTTCTTGCGTTAGCTGGTTAGAAAGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGAAATGGATTAAGTTAGTTCTTGCGTTAGCTGGTTAGAAAGGTC  450

seq1  CTCTCTTTTCAGTGAGGCTTCAAGACATAGGCACTGGTTGTGTGTTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTTCAGTGAGGCTTCAAGACATAGGCACTGGTTGTGTGTTGGGT  500

seq1  GGTGGAAGCCAGGCGTTATCTGACTACAGGTAATGCCACACCTAGGTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAAGCCAGGCGTTATCTGACTACAGGTAATGCCACACCTAGGTACA  550

seq1  TGGTACCCTTTTGGAGCTCACAGTGCCCAGCCTGGGTAGCCATGTCTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACCCTTTTGGAGCTCACAGTGCCCAGCCTGGGTAGCCATGTCTGGC  600

seq1  ATTCCCCGGGTAGTGACAGGCATGCTGTTGTATCGTTTTCTTTTCCTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCCGGGTAGTGACAGGCATGCTGTTGTATCGTTTTCTTTTCCTGAT  650

seq1  GCCCAGAACCGAGAAGAGGGCAGAGGCTGGCAGAGACTCCCCATAGTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGAACCGAGAAGAGGGCAGAGGCTGGCAGAGACTCCCCATAGTAGC  700

seq1  AAAAGTCTCTCCCCTAAAGGCCCTTGTCTGGTACCTTGGGGAGCTGAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCTCTCCCCTAAAGGCCCTTGTCTGGTACCTTGGGGAGCTGAGAA  750

seq1  GCCCCTCTGCCTCTGACACAGTATCTCCATTGCTCCGCAGGACTGTCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTCTGCCTCTGACACAGTATCTCCATTGCTCCGCAGGACTGTCAGG  800

seq1  GCAGGAAGCCGTGGTGACCAGGCTCGAGGACTGGTGCTTGAAAATGAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAGCCGTGGTGACCAGGCTCGAGGACTGGTGCTTGAAAATGAGGG  850

seq1  CGCCCAGGGGAGGTGAGTCTACGCAGAGACCCCACAGCTCTGTCACAGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCAGGGGAGGTGAGTCTACGCAGAGACCCCACAGCTCTGTCACAGCC  900

seq1  CCTTCATGCTTCATGTTTCCCGTCTCCAGCATTGGGTGGGCGGGTGGGCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGCTTCATGTTTCCCGTCTCCAGCATTGGGTGGGCGGGTGGGCG  950

seq1  AGCGGGTGGGCGAGCGGGTGAACTTTCTGCACAGAGGCTGGTACACACCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGGTGGGCGAGCGGGTGAACTTTCTGCACAGAGGCTGGTACACACCA  1000

seq1  GGAATACCAGCACACAGGACACTGCAGGTGGACTGTGGGTTCTAGGGCAG  1050
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||
seq2  GGAATACCAGCACACAGGACACTGCA-GTGGACTGT-GGTTCTAAGGCAG  1048

seq1  CCTGGGCAGTGCCTGCTGAGTGCCTCCTGCAGGCACCGTCCAATCTTCAC  1100
      |  || ||||  ||||||||   |||||||||||||  | ||||||||||
seq2  CTGGGCCAGT-TCTGCTGAGGTGCTCCTGCAGGCAC--TTCAATCTTCAC  1095

seq1  ATGGTTGTCGTTGGAAGTGATTGCCATTACCCCTGCTCCCCTTGGCTGGA  1150
      |||  ||||    |||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  ATG--TGTC---TGAAGGGATTGCCATTACCCCTGCT-CCCTTGTCTGGA  1139

seq1  GGGAAAAAGGCCCTTCTCTACACTGAGA  1178
      ||    || ||||||||||  |||||||
seq2  GG----AAAGCCCTTCTCT--ACTGAGA  1161

seq1: chr5_112869209_112870375
seq2: B6Ng01-169I06.g_66_1220 (reverse)

seq1  AAAAAATGCCCAGAAGTATCAAACATGC-AGCACTGTG-ATGGTTTGAGT  48
      ||||||||||    |||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||
seq2  AAAAAATGCC---GAGTATCAAAC-TGCGAGCCCTGTGTATGGTTTGAGT  46

seq1  AGGTTTGGTCTCTATGAACTCATGTGTTTGACTGCTTGGCCATAGGGAGT  98
      ||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |  |||| 
seq2  AGG-TTAGTCTCTATGAACTCATGTG-TTGATTGCTTGGCATT--GGAG-  91

seq1  TGCATTCTTAACAGGTGTGGCCTAATTGGAGGAGGTGTGGCCGTGTTGGA  148
      ||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  TGCATTC-TAACA-GTGTGTGCTAATTGGAGGAGGTG-GGCCGGGTTGGA  138

seq1  GGAAGTGTGTCAC-TTGTGG-AGGTGGGTTTTGAGATCTCCTACGCTCAA  196
      |||||||||||||  ||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||
seq2  GGAAGTGTGTCACACTGTGGAAGGTGGG--TTGAGATCT-CTACGCTCAA  185

seq1  GCTACACTTAGTGTGGCACACAATCTCCTGTTGCAGCCTTCAGATGAAGA  246
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCTACACTTAGTGTGGCACACAATCTCCTG-TGCAGCCTTCAGATGAAGA  234

seq1  TGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGCCTGGATGCTACTGTG  296
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAACTCTCAGCT-CTCCTGCACCATGCCTGCCTGGATGCTACTGTG  283

seq1  TTCCTACCTTGATGATAATGGGCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAA  346
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACTTTGATGATAATGGGCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAA  333

seq1  TGTTGTCC-TTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTCTCTTCACAGCAGTAA  395
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCCTTTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTCTCTTCACAGCAGTAA  383

seq1  AACCTTAACTAAGACAGACAGTATTTCCACTTTATACAAGCAAGAAGGGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTAACTAAGACAGACAGTATTTCCACTTTATACAAGCAAGAAGGGT  433

seq1  GCTCAGAGTGGCTCACAGACTCTCGCAAGGTCACACAGCCTTCCACAATG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGTGGCTCACAGACTCTCGCAAGGTCACACAGCCTTCCACAATG  483

seq1  GTGTTCCTAAAACTACACAGGACAACTACGCCAGCGCTCTAACAGAGTCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCTAAAACTACACAGGACAACTACGCCAGCGCTCTAACAGAGTCA  533

seq1  GTATCCTCACAGACGTACCCACAGGAAACCACCATGCCTCTCCTCCAACA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCTCACAGACGTACCCACAGGAAACCACCATGCCTCTCCTCCAACA  583

seq1  CAAACAAGACAGATGGGTTGGGATACCTACCTATATAGTTCATGATAAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAGACAGATGGGTTGGGATACCTACCTATATAGTTCATGATAAAT  633

seq1  CCCTGGCCCTTGCCAAAGATGAGGCCTGCAGGGTCGGAGTGGAACTGGAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCCCTTGCCAAAGATGAGGCCTGCAGGGTCGGAGTGGAACTGGAT  683

seq1  GGTGAGGTCCGGTGTGGAGGAGTACAGCTTCTGAGGGCTGCTGTGGCCAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGTCCGGTGTGGAGGAGTACAGCTTCTGAGGGCTGCTGTGGCCAA  733

seq1  AGTACTGGCCCAGGACGTGGGGCACAACCTCATCGCCATCATAGATGGTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGGCCCAGGACGTGGGGCACAACCTCATCGCCATCATAGATGGTC  783

seq1  AGGATGTCGCTGTTGCTCAGGTTAAGGCTTGATGGGCAGAGAGAAGAGGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTCGCTGTTGCTCAGGTTAAGGCTTGATGGGCAGAGAGAAGAGGA  833

seq1  GGGGGTGGTCACTGGAGGCTCCTGTCTGTCTGCATAAACACCATGTAACC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGTCACTGGAGGCTCCTGTCTGTCTGCATAAACACCATGTAACC  883

seq1  TTTTGAGGGACACACAATTCCTTCAGCCATGCACTATGTCAGGCTGCAGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGGGACACACAATTCCTTCAGCCATGCACTATGTCAGGCTGCAGG  933

seq1  CTAGGAAGCAATGCTGGAAAGGCCCAGACAGCAAACAGGAACAGGACACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAAGCAATGCTGGAAAGGCCCAGACAGCAAACAGGAACAGGACACA  983

seq1  CTGCTCCCTCCCATAAACACGACAGGCAGATCTGTAGACATCAGAATGGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCCTCCCATAAACACGACAGGCAGATCTGTAGACATCAGAATGGA  1033

seq1  TCCTAGAAGAGACCTTTCTAAAGTGGCTCTCCCCAGCTGGGTCTGTAAAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGAAGAGACCTTTCTAAAGTGGCTCTCCCCAGCTGGGTCTGTAAAG  1083

seq1  CCAAACCCTGCACAGTAAGGGGCCGGCTTCACCATCCCATTAACAGCACT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCCTGCACAGTAAGGGGCCGGCTTCACCATCCCATTAACAGCACT  1133

seq1  GTTTGATGGTGCAGTGGAATTC  1167
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATGGTGCAGTGGAATTC  1155