BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188M22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 39,121,431 - 39,274,483
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClnk
Upstream geneCytl1, Msx1, Stx18, Nsg1, LOC100040397, Zfp509, Lyar, Tmem128, Otop1, Drd5, 4930487D11Rik, Slc2a9, Wdr1, 4930421P07Rik, 6820424L24Rik
Downstream geneLOC384174, Hs3st1, EG665839
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188M22.bB6Ng01-188M22.g
ACCGA013005GA013006
length1,182915
definitionB6Ng01-188M22.b B6Ng01-188M22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,121,431 - 39,122,635)(39,273,569 - 39,274,483)
sequence
gaattcaaattcccagcaaccacatgtactcatatacattgaataaataa
ataaataaataagtctttttaaaaaaggatattaaaaactgggcattgtg
tcagtacttattagaaaactttaacttacatttatatacaattaaaatta
actttatagggataaaagccatatgcatgttttcaaaacaaaagaaaatt
aaattaaactaaaagcagaccaaaaaaaaaaaatccacacttccatattg
aaacatcaaagtatcttggcatataataaaactcctctcccttctagtat
atacatatagcacacatataatctgtttacatggattttttatggtttag
cttgagttaaattatcaatacattgggccaattgtgtttatctgtaagga
aactacccagaaacaaagtaaacatatccaagattctttttccatttgta
agataagaatcatgacatcagcagccacagagatgtaaacctcactcttg
tatatgaatgttcacccttaaggcaggtacaggagtagcagccgggacac
tgaactcactaaactgagaatctgtgagtgtaaatggctcatcgtcttct
gccccagtcactacaacgtctgaagaatcagagatgaacttcattcagca
gaacggatatttgcttagtaagctgatggagaagcgatggagggtcagtg
gaaggacagagctctctctactgtgtatcttttgggagtggccacgtttt
gagtactgaccatgtgtctagttggtgcttgttggtggaaagagaaaata
gtggagacaagccatctcccctgtagcctcttggctttcttaaggagcct
agcttcccttgtgatgtcttcccccgacccccaccccagcagcctgcatt
gcactggcactgtgacttaatattatttcatttatgtggattgatgtttg
cctgcttctgtgtctgcgcacacgaatgatgtctgggacagtggactgga
ctccactgcggtcccagactctgctgcttgctttctatcatgcatgctta
atcttagagccagccctcaatcttctctaagcatgatctttctagcttct
gagcaatagtcactccaagttcagccttcagactgtcatcagaattcgcc
tgccacaatggacatcccaaaccttcgtctca
gaattcagtgctgatgcttcactgcacagtgcctttgtttcttctgttca
aagaccgaaaaaagccaggtctgggacaagtgttctgaagattggatatg
agagcccatccttgctcagtgttccaccagctccagggtcccgatgagat
tctttaatgagtatctttaaatctcaaatgtctttttattttctaaagat
ttattgattttatttataggagtaccctgtagctgtcttcagacacacca
gaagagggcatcagattccattacagatggttgtgagccaccatgtggtt
gctgggaattaaactcaggacctttggaagagcagtcagtgctcttaacc
actgagccatgttataatgaggatgggggtgtgtagcctcaaatgcaaat
gaagcaatgcatggtgtaggcaagagctttgaaaatgtgactgtgctatt
cataccagtataatgttcctgacttccttaaagacagggaagtatccaag
atttccttctcctttatacagaaagcgagagacagacagacagacagaca
gacagacagacagacagacagacagaaagacagagaatgaaggagagagg
tgagcagtcctatccctccataacaccacagagccaggtccaccataggt
attcacctcagcctccttcctctccttctctattctgagtctgtcttcag
gctacctgcagcctgttcaccgtgagtgctcaccctgagagtctatcatg
ggattcctcagccatattccatgctatttttctttttcttaatccaactc
ttccttcaagacctgaattcagccaatgtgaggacagatggtgtggggcc
ctttgccctgcccatttagcaatcttggcaagaactgggtccttgtgtgc
agggggggtggggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_39121431_39122635
seq2: B6Ng01-188M22.b_49_1230

seq1  GAATTCAAATTCCCAGCAACCACATGTACTCATATACATTGAATAAATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATTCCCAGCAACCACATGTACTCATATACATTGAATAAATAA  50

seq1  ATAAATAAATAAGTCTTTTTAAAAAAGGATATTAAAAACTGGGCATTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATAAGTCTTTTTAAAAAAGGATATTAAAAACTGGGCATTGTG  100

seq1  TCAGTACTTATTAGAAAACTTTAACTTACATTTATATACAATTAAAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTACTTATTAGAAAACTTTAACTTACATTTATATACAATTAAAATTA  150

seq1  ACTTTATAGGGATAAAAGCCATATGCATGTTTTCAAAACAAAAGAAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATAGGGATAAAAGCCATATGCATGTTTTCAAAACAAAAGAAAATT  200

seq1  AAATTAAACTAAAAGCAGACCAAAAAAAAAAAATCCACACTTCCATATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAACTAAAAGCAGACCAAAAAAAAAAAATCCACACTTCCATATTG  250

seq1  AAACATCAAAGTATCTTGGCATATAATAAAACTCCTCTCCCTTCTAGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCAAAGTATCTTGGCATATAATAAAACTCCTCTCCCTTCTAGTAT  300

seq1  ATACATATAGCACACATATAATCTGTTTACATGGATTTTTTATGGTTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATAGCACACATATAATCTGTTTACATGGATTTTTTATGGTTTAG  350

seq1  CTTGAGTTAAATTATCAATACATTGGGCCAATTGTGTTTATCTGTAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTTAAATTATCAATACATTGGGCCAATTGTGTTTATCTGTAAGGA  400

seq1  AACTACCCAGAAACAAAGTAAACATATCCAAGATTCTTTTTCCATTTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACCCAGAAACAAAGTAAACATATCCAAGATTCTTTTTCCATTTGTA  450

seq1  AGATAAGAATCATGACATCAGCAGCCACAGAGATGTAAACCTCACTCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGAATCATGACATCAGCAGCCACAGAGATGTAAACCTCACTCTTG  500

seq1  TATATGAATGTTCACCCTTAAGGCAGGTACAGGAGTAGCAGCCGGGACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAATGTTCACCCTTAAGGCAGGTACAGGAGTAGCAGCCGGGACAC  550

seq1  TGAACTCACTAAACTGAGAATCTGTGAGTGTAAATGGCTCATCGTCTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCACTAAACTGAGAATCTGTGAGTGTAAATGGCTCATCGTCTTCT  600

seq1  GCCCCAGTCACTACAACGTCTGAAGAATCAGAGATGAACTTCATTCAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGTCACTACAACGTCTGAAGAATCAGAGATGAACTTCATTCAGCA  650

seq1  GAACGGATATTTGCTTAGTAAGCTGATGGAGAAGCGATGGAGGGTCAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGGATATTTGCTTAGTAAGCTGATGGAGAAGCGATGGAGGGTCAGTG  700

seq1  GAAGGACAGAGCTCTCTCTACTGTGTATCTTTTGGGAGTGGCCACGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACAGAGCTCTCTCTACTGTGTATCTTTTGGGAGTGGCCACGTTTT  750

seq1  GAGTACTGACCATGTGTCTAGTTGGTGCTTGTTGGTGGAAAGAGAAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACTGACCATGTGTCTAGTTGGTGCTTGTTGGTGGAAAGAGAAAATA  800

seq1  GTGGAGACAAGCCATCTCCCCTGTAGCCTCTTGGCTTTCTTAAGGAGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGACAAGCCATCTCCCCTGTAGCCTCTTGGCTTTCTTAAGGAGCCT  850

seq1  AGCTTCCCTTGTGATGTCTTCCCCCGACCCCCACCCCAGCAGCCTGCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCCTTGTGATGTCTTCCCCCGACCCCCACCCCAGCAGCCTGCATT  900

seq1  GCACTGGCACTGTGACTTAATATTATTTCATTTATGTGGATTGATGTTTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCACTGGCACTGTGACTTAATATTATTTCATTTATGTGGATTGATG-TTT  949

seq1  GCCTGCTTCTGTGTCTGCGCACACGAATGATGTTCTGGGACAGTGGACTG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTTCTGTGTCTGCGCACACGAATGATG-TCTGGGACAGTGGACTG  998

seq1  GACTCCACTGCGGTCCCAGACTCTGCTTGCTTTGCTTTCTATCCATGCAT  1050
      |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||
seq2  GACTCCACTGCGGTCCCAGACTCTGC-TGC-TTGCTTTCTAT-CATGCAT  1045

seq1  GCTTTAATCTTTAAGAGCAAGGCCCTCCAATCTTCTCTAAGCTATGATTC  1100
      || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||||||| |||| ||
seq2  GC-TTAATCTT--AGAGCCA-GCCCT-CAATCTTCTCTAAGC-ATGA-TC  1088

seq1  TTTCTAGC-TCTGAAGCACATATTCAACTCACAAGTCAAGCCCTTTCTGG  1149
      |||||||| |||| |||| ||| || |||| |||||  ||||  ||| | 
seq2  TTTCTAGCTTCTG-AGCA-ATAGTC-ACTC-CAAGTTCAGCC--TTCAGA  1132

seq1  CTCTGTCCATCCCAGGTATTCGCCTCGCCAC-ATTGACATCCCAAACCTT  1198
      || |   ||||    | |||||||| ||||| || |||||||||||||||
seq2  CTGT---CATC---AGAATTCGCCT-GCCACAATGGACATCCCAAACCTT  1175

seq1  CTTCTCA  1205
      | |||||
seq2  CGTCTCA  1182

seq1: chr5_39273569_39274483
seq2: B6Ng01-188M22.g_68_982 (reverse)

seq1  CACCCCACCCCCCCTGCACACAAGGACCCAGTTCTTGCCAAGATTGCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCACCCCCCCTGCACACAAGGACCCAGTTCTTGCCAAGATTGCTAA  50

seq1  ATTGGCAGGGCAAAGGGCCCCACACCATCTGTCCTCACATTGGCTGAATT  100
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAGGGCAAAGGGCCCCACACCATCTGTCCTCACATTGGCTGAATT  100

seq1  CAGGTCTTGAAGGAAGAGTTGGATTAAGAAAAAGAAAAATAGCATGGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTTGAAGGAAGAGTTGGATTAAGAAAAAGAAAAATAGCATGGAAT  150

seq1  ATGGCTGAGGAATCCCATGATAGACTCTCAGGGTGAGCACTCACGGTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGAGGAATCCCATGATAGACTCTCAGGGTGAGCACTCACGGTGAA  200

seq1  CAGGCTGCAGGTAGCCTGAAGACAGACTCAGAATAGAGAAGGAGAGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGCAGGTAGCCTGAAGACAGACTCAGAATAGAGAAGGAGAGGAAG  250

seq1  GAGGCTGAGGTGAATACCTATGGTGGACCTGGCTCTGTGGTGTTATGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGAGGTGAATACCTATGGTGGACCTGGCTCTGTGGTGTTATGGAG  300

seq1  GGATAGGACTGCTCACCTCTCTCCTTCATTCTCTGTCTTTCTGTCTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGGACTGCTCACCTCTCTCCTTCATTCTCTGTCTTTCTGTCTGTCT  350

seq1  GTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCTCGCTTTCTGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCTCGCTTTCTGTAT  400

seq1  AAAGGAGAAGGAAATCTTGGATACTTCCCTGTCTTTAAGGAAGTCAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGAAGGAAATCTTGGATACTTCCCTGTCTTTAAGGAAGTCAGGAA  450

seq1  CATTATACTGGTATGAATAGCACAGTCACATTTTCAAAGCTCTTGCCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATACTGGTATGAATAGCACAGTCACATTTTCAAAGCTCTTGCCTAC  500

seq1  ACCATGCATTGCTTCATTTGCATTTGAGGCTACACACCCCCATCCTCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCATTGCTTCATTTGCATTTGAGGCTACACACCCCCATCCTCATT  550

seq1  ATAACATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTG  600

seq1  AGTTTAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGAA  650

seq1  TCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGGGTACTCCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGGGTACTCCTAT  700

seq1  AAATAAAATCAATAAATCTTTAGAAAATAAAAAGACATTTGAGATTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATCAATAAATCTTTAGAAAATAAAAAGACATTTGAGATTTAAA  750

seq1  GATACTCATTAAAGAATCTCATCGGGACCCTGGAGCTGGTGGAACACTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTCATTAAAGAATCTCATCGGGACCCTGGAGCTGGTGGAACACTGA  800

seq1  GCAAGGATGGGCTCTCATATCCAATCTTCAGAACACTTGTCCCAGACCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGATGGGCTCTCATATCCAATCTTCAGAACACTTGTCCCAGACCTG  850

seq1  GCTTTTTTCGGTCTTTGAACAGAAGAAACAAAGGCACTGTGCAGTGAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTTCGGTCTTTGAACAGAAGAAACAAAGGCACTGTGCAGTGAAGC  900

seq1  ATCAGCACTGAATTC  915
      |||||||||||||||
seq2  ATCAGCACTGAATTC  915