BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194D16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 66,792,026 - 66,946,211
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApbb2
Upstream geneLias, Ugdh, 1110003E01Rik, 4930589O11Rik, Hip2, 9030416H16Rik, 1700022K14Rik, LOC384261, B3bp, LOC100041809, Rhoh, LOC626641, EG666827, Chrna9, 9130230L23Rik, BC013481, LOC626714, LOC666854, LOC100042394, Nsun7
Downstream geneUchl1, LOC100041876, 3732412D22Rik, LOC624662, Phox2b, Tmem33, Slc30a9, EG666938, C330024D21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194D16.bB6Ng01-194D16.g
ACCGA016981GA016982
length1,160885
definitionB6Ng01-194D16.b B6Ng01-194D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,792,026 - 66,793,191)(66,945,336 - 66,946,211)
sequence
gaattcaacaaaaggccagactggcttcaaaactgggtcagtaatgtaaa
cacatggaagaaggtgggagtgagaggctatacagaatggtggagagtgt
ggcaaatgggcaaccatctgcagagtccaaagacattcaaatccaatcaa
tagcccttaagcaaagtaggtgccaaataaaattcacactctggacaatt
tctcagtttactgaggagttatttgctttaaaacctttttcttcctactc
ttgagttgaacctactaagggaaaaacagcacaaaagaaaagaagcaggg
tgagaatttcagaggtggaaggatcatgaagtcccagagtaactgtatct
gtgagggtaggctggcctcctgggctctagacttctgttctattctgagg
gtctgagccttttctagagttgtacacaaagctagaatgttttattgcac
ttccagtgaggacacatgtgggtcttgctcagtacaacattgtataatgt
gggcacccattactgaagctgttatagataggacagaagaaaaggagaag
ccagacaaagaggctggtcaagtccatgggcatagacatgcatccacact
gttgcaagtccatgggcataaatgtgcatccacactgttgcaagtacatg
ggcacagccatgcatccacactgttgcaagtccatgggcacagccgtgca
tccacactgttgcactattctcatttcagcttgctagaggcaaaactgcc
acaagtctcaaactatggtggaaacattgccttctatccacagaaatatt
aagcatgattatgtaattccaattaacaacatctgcagcaaagactctaa
ccaataccaaatgtttttatattccccattcctgcccactttcaggagat
aaatttttttttttctgatagcttttgtttttagcatctcaactggggaa
gggaaagtaaaatgcagaggacttaaatttggagaaacctggagtgtgtc
tatggctccaagacaaaaagggtctggggttaaatagaaaggatgaaagg
cactctctctactcctgcgtttattgacgtctgttatattttatactgag
atgaagacagctatgccactcaaccgaaaattggaattcatgtcgaacaa
ggacaagagc
gaattcaggtcaccaagtttccatggcaacatgtctttacccctgagcca
tctcattggccacgccacaccctcaccccgattgtgtgtatgtgtgcact
gtggtgatcaaaccttgggtattgctcggaggaacatttgtcaacctcct
tggaaacagggtcttttattggcttgaggcttaccagttagtttaggcta
gctggggagagcactagagatccgcctgtctctgccttcctaacacaggg
attacacatacaggccaccacgcccaccattttcacatgggttctggtta
tcaaacccatgacctcatgcttataaggtaagcacttcaccaactgagct
ctctctccatcccttggttatttagtgttagcttgggtgacagggtctct
gccactatctttcaaggcaacagacagccaagtgccccccttgaccccca
caaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaacccttctctt
ggtattaggcagaccaaaggaaagagaagcctaaggtatggacatacagc
aagtgtgttgcaaaaagttgcatcttagaaacaggattttaaaaataaac
cctttgaaagctgaagggactacaatccataaagaataagaaattaagag
ttaaaaagaaatggttacaagctccttgtactctgcaaaaacaaatgttc
ctccccaccccccaccccaccccccaccctgagccatttcctgctttgtt
gaacccagtcaggaagccagcttcccttcatcccaggactgctctttgtg
tgacaaagtatctgttgtacttgttgccaggtagagtttgtgttaatgaa
tagagactgattaaaggtgggggggtgggaggaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_66792026_66793191
seq2: B6Ng01-194D16.b_43_1202

seq1  GAATTCAACAAAAGGCCAGACTGGCTTCAAAACTGGGTCAGTAATGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAAAAGGCCAGACTGGCTTCAAAACTGGGTCAGTAATGTAAA  50

seq1  CACATGGAAGAAGGTGGGAGTGAGAGGCTATACAGAATGGTGGAGAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGAAGAAGGTGGGAGTGAGAGGCTATACAGAATGGTGGAGAGTGT  100

seq1  GGCAAATGGGCAACCATCTGCAGAGTCCAAAGACATTCAAATCCAATCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATGGGCAACCATCTGCAGAGTCCAAAGACATTCAAATCCAATCAA  150

seq1  TAGCCCTTAAGCAAAGTAGGTGCCAAATAAAATTCACACTCTGGACAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTTAAGCAAAGTAGGTGCCAAATAAAATTCACACTCTGGACAATT  200

seq1  TCTCAGTTTACTGAGGAGTTATTTGCTTTAAAACCTTTTTCTTCCTACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTTTACTGAGGAGTTATTTGCTTTAAAACCTTTTTCTTCCTACTC  250

seq1  TTGAGTTGAACCTACTAAGGGAAAAACAGCACAAAAGAAAAGAAGCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTGAACCTACTAAGGGAAAAACAGCACAAAAGAAAAGAAGCAGGG  300

seq1  TGAGAATTTCAGAGGTGGAAGGATCATGAAGTCCCAGAGTAACTGTATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATTTCAGAGGTGGAAGGATCATGAAGTCCCAGAGTAACTGTATCT  350

seq1  GTGAGGGTAGGCTGGCCTCCTGGGCTCTAGACTTCTGTTCTATTCTGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGTAGGCTGGCCTCCTGGGCTCTAGACTTCTGTTCTATTCTGAGG  400

seq1  GTCTGAGCCTTTTCTAGAGTTGTACACAAAGCTAGAATGTTTTATTGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGCCTTTTCTAGAGTTGTACACAAAGCTAGAATGTTTTATTGCAC  450

seq1  TTCCAGTGAGGACACATGTGGGTCTTGCTCAGTACAACATTGTATAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTGAGGACACATGTGGGTCTTGCTCAGTACAACATTGTATAATGT  500

seq1  GGGCACCCATTACTGAAGCTGTTATAGATAGGACAGAAGAAAAGGAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACCCATTACTGAAGCTGTTATAGATAGGACAGAAGAAAAGGAGAAG  550

seq1  CCAGACAAAGAGGCTGGTCAAGTCCATGGGCATAGACATGCATCCACACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACAAAGAGGCTGGTCAAGTCCATGGGCATAGACATGCATCCACACT  600

seq1  GTTGCAAGTCCATGGGCATAAATGTGCATCCACACTGTTGCAAGTACATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAAGTCCATGGGCATAAATGTGCATCCACACTGTTGCAAGTACATG  650

seq1  GGCACAGCCATGCATCCACACTGTTGCAAGTCCATGGGCACAGCCGTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGCCATGCATCCACACTGTTGCAAGTCCATGGGCACAGCCGTGCA  700

seq1  TCCACACTGTTGCACTATTCTCATTTCAGCTTGCTAGAGGCAAAACTGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACTGTTGCACTATTCTCATTTCAGCTTGCTAGAGGCAAAACTGCC  750

seq1  ACAAGTCTCAAACTATGGTGGAAACATTGCCTTCTATCCACAGAAATATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCTCAAACTATGGTGGAAACATTGCCTTCTATCCACAGAAATATT  800

seq1  AAGCATGATTATGTAATTCCAAATTAACAACATCTGCAGCAAAGACTCTA  850
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGATTATGTAATTCC-AATTAACAACATCTGCAGCAAAGACTCTA  849

seq1  ACCAATAACCAAATGTTTTTATATTCCCCATTCCTGCCCCACTTTCAGGA  900
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACCAAT-ACCAAATGTTTTTATATTCCCCATTCCTG-CCCACTTTCAGGA  897

seq1  GATAAAATTTTTTTTTTCTGATAGCCTTTGTTTTTAGCATCTCAACTGGG  950
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATTTTTTTTTTTCTGATAGCTTTTGTTTTTAGCATCTCAACTGGG  947

seq1  GAAGGGAAAGTAAAATGCAGAGGACTTAAA-TTGGAGAAACCTGGAGTGT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAAAGTAAAATGCAGAGGACTTAAATTTGGAGAAACCTGGAGTGT  997

seq1  GTCTATGGCTCCCAGACAAAAA-GGTCTGGGGTTAAAATAGGAAAGGAAT  1048
      |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||
seq2  GTCTATGGCTCCAAGACAAAAAGGGTCTGGGGTT-AAATA-GAAAGG-AT  1044

seq1  GAAAAGGCACTCTCTCTACCTCTGCGGTTTATGACGTCTG-TATA-TTTA  1096
      | |||||||||||||||||  ||||| ||  ||||||||| |||| ||||
seq2  G-AAAGGCACTCTCTCTACTCCTGCGTTTATTGACGTCTGTTATATTTTA  1093

seq1  TACTGGAGAGTGAGGAACAGCTATG-CACACCACC-AGAATATGAATTCA  1144
      |||| |||| ||| | ||||||||| ||| | ||| | |||  |||||||
seq2  TACT-GAGA-TGAAG-ACAGCTATGCCACTCAACCGAAAATTGGAATTCA  1140

seq1  TGTCAGACCAAGGACAAAGAGC  1166
      |||| || ||||||| ||||||
seq2  TGTC-GAACAAGGAC-AAGAGC  1160

seq1: chr5_66945336_66946211
seq2: B6Ng01-194D16.g_66_950 (reverse)

seq1  GCTCCTCCCA-CCCCCCACCTTT-ATCAGTCTCTATTCATTAACAC-AAC  47
      | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTTCCTCCCACCCCCCCACCTTTAATCAGTCTCTATTCATTAACACAAAC  50

seq1  TCTACCTGGCAAC-AGTACAACAGATAC-TTGTCACACAAAGAGCAGTCC  95
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTGGCAACAAGTACAACAGATACTTTGTCACACAAAGAGCAGTCC  100

seq1  TGGGCTGAA-GGAAGCTGGCTTCCTGACTGGGTTCAAC-AAGCAGG-AAT  142
      |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  TGGGATGAAGGGAAGCTGGCTTCCTGACTGGGTTCAACAAAGCAGGAAAT  150

seq1  GGCTCAGGGTGGGGGGTGGGGTGGGGGGTGGGGAGGAACA-TTGTTTTTG  191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGCTCAGGGTGGGGGGTGGGGTGGGGGGTGGGGAGGAACATTTGTTTTTG  200

seq1  CAGAGTACAAGGAGCTTGTAACCATTTCTTTTTAACTCTTAATTTCTTAT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTACAAGGAGCTTGTAACCATTTCTTTTTAACTCTTAATTTCTTAT  250

seq1  TCTTTATGGATTGTAGTCCCTTCAGCTTTCAAAGGGTTTATTTTTAAAAT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATGGATTGTAGTCCCTTCAGCTTTCAAAGGGTTTATTTTTAAAAT  300

seq1  CCTGTTTCTAAGATGCAACTTTTTGCAACACACTTGCTGTATGTCCATAC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTCTAAGATGCAACTTTTTGCAACACACTTGCTGTATGTCCATAC  350

seq1  CTTAGGCTTCTCTTTCCTTTGGTCTGCCTAATACCAAGAGAAGGGTTACA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGCTTCTCTTTCCTTTGGTCTGCCTAATACCAAGAGAAGGGTTACA  400

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACTTTGTGGGGGTCAAGGGGG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACTTTGTGGGGGTCAAGGGGG  450

seq1  GCACTTGGCTGTCTGTTGCCTTGAAAGATAGTGGCAGAGACCCTGTCACC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGGCTGTCTGTTGCCTTGAAAGATAGTGGCAGAGACCCTGTCACC  500

seq1  CAAGCTAACACTAAATAACCAAGGGATGGAGAGAGAGCTCAGTTGGTGAA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTAACACTAAATAACCAAGGGATGGAGAGAGAGCTCAGTTGGTGAA  550

seq1  GTGCTTACCTTATAAGCATGAGGTCATGGGTTTGATAACCAGAACCCATG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTACCTTATAAGCATGAGGTCATGGGTTTGATAACCAGAACCCATG  600

seq1  TGAAAATGGTGGGCGTGGTGGCCTGTATGTGTAATCCCTGTGTTAGGAAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGGTGGGCGTGGTGGCCTGTATGTGTAATCCCTGTGTTAGGAAG  650

seq1  GCAGAGACAGGCGGATCTCTAGTGCTCTCCCCAGCTAGCCTAAACTAACT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGACAGGCGGATCTCTAGTGCTCTCCCCAGCTAGCCTAAACTAACT  700

seq1  GGTAAGCCTCAAGCCAATAAAAGACCCTGTTTCCAAGGAGGTTGACAAAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGCCTCAAGCCAATAAAAGACCCTGTTTCCAAGGAGGTTGACAAAT  750

seq1  GTTCCTCCGAGCAATACCCAAGGTTTGATCACCACAGTGCACACATACAC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCCGAGCAATACCCAAGGTTTGATCACCACAGTGCACACATACAC  800

seq1  ACAATCGGGGTGAGGGTGTGGCGTGGCCAATGAGATGGCTCAGGGGTAAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCGGGGTGAGGGTGTGGCGTGGCCAATGAGATGGCTCAGGGGTAAA  850

seq1  GACATGTTGCCATGGAAACTTGGTGACCTGAATTC  876
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGTTGCCATGGAAACTTGGTGACCTGAATTC  885